26.1核心团队弃用包的标准

1. R CMD在一个或多个平台上构建或检查错误

   在每个Bioconductor版本中，必须在所有平台上正确地构建和检查包(在有限的情况下，可以使用跨平台构建的例外)。如果维护人员正在积极尝试修复，则将尽一切努力将包保留在存储库中。

   如果一个包损坏了一段时间，维护者将得到最后2周的通知。如果包在2周结束前没有修复，生命终止将启动。

2. 不活跃的维护者

   DESCRIPTION文件中列出的维护者必须对支持站点上的问题、来自用户和Bioconductor团队成员的与包相关的电子邮件、构建系统中与包相关的错误以及错误修复请求做出响应。DESCRIPTION中的电子邮件也必须是有效的活动电子邮件。

26.2用户请求弃用

或者，包维护者可以请求弃用包。维护者可能有许多不赞成他们的包的理由。一些常见的原因:

1. 他们不再希望维持他们的包装

2. 该软件包已被其他软件包所取代

3. 包装材料已经过时，淘汰包装是有意义的。

我们要求希望弃用他们的包的维护者发送电子邮件通知给bioc-devel邮件列表。核心团队将确保所有必要的步骤和通知能够执行。

26.3生命周期结束过程

一步我:弃用

将被弃用的包将被标记为弃用警告，并且包名将在构建报告中有一个擦除。该警告在包加载时发出，并在包“着陆页”上报告。该消息提醒用户，该包目前未能满足最小构建和检查标准，并且该包可能在下一个版本中从Bioconductor中删除。

如果在这6个月期间的任何时候满足了所需的标准(例如，包返回到主动维护，可能是在第三方“采用”之后)，警告将被删除。

步骤二:已经

当一个包在没有采取补救措施的情况下以“已弃用”的状态经历了一个开发周期时，该包将被标记为“Defunct”。该包已从夜间构建系统中删除，不再通过' BiocManager::install() '使用，并且没有当前的'登录页'。

这个包仍然可以在git存档和以前版本的Bioconductor中使用。

失效的包不能重新进入Bioconductor存储库，除非作为“新包”进行审查。

例子：

在Bioconductor发行版3.2 / devel 3.3期间被确定为已弃用的包将进行以下转换:

- devel 3.3中已弃用**生物版本** - 3.3中已弃用(即，发布状态没有变化)- devel 3.4中已失效**生物版本** - 3.4中已失效- devel 3.5中已消失**生物版本** - 3.5中已消失

26.4实现细节

1. 通知bioc-devel邮件列表和依赖包、导入包或建议包的维护者该包将被弃用。如果合适，表明欢迎新的维护者接管。

2. 将以下代码块添加到文件中的“devel”版本的包中R /打鼾声。R，将Bioconductor版本调整为当前版本后当前的devel版本。

   .onAttach <- function(libname, pkgname) {msg <- sprintf("软件包'%s'已弃用，将从Bioconductor版本%s中删除"，pkgname， "3.4") .已弃用(msg=paste(strwrap(msg, exdent=2)， collapse="\n"))}

3. 将以下注释添加到包DESCRIPTION文件中。

   PackageStatus:弃用

4. 该包在“devel”分支中保持弃用长达6个月，之后Bioconductor核心团队成员从“devel”包清单中删除该包。

26.5反转生命结束状态

如果在下一个Bioconductor版本发布之前修复了已弃用的包，则可以将其从终止生命过程中移除。要有一个包不弃用，请联系maintainer@bioconductor.org．如果一个包已经处于失效阶段;包很可能会被请求再次执行新的包提交过程。匈牙利瑞士比分

26.6“孤儿”包

“孤立”包是一个具有非活动和无响应的维护者的Bioconductor包。如上所述，Bioconductor努力与包维护者联系以修复损坏的包。如果维护者没有对核心团队发出的电子邮件做出回应，那么这个包就被认为是“孤立的”。偶尔，Bioconductor社区的成员会伸出手来接管“孤儿”包的维护。有兴趣的替换维护者被要求给原来的维护者发电子邮件maintainer@bioconductor.org正式申请接管许可。除非有明确要求将包退役，否则Bioconductor将根据Bioconductor包所需的开源软件许可证向感兴趣的替换维护者授予访问权限包命名策略维护者在提交时同意的。