常见的生物导体方法和类

我们强烈建议重用现有的导入数据方法，并为代表数据重用已建立的类。以下是导入不同文件类型和常用的一些建议生物体课程。对于更多课程和功能，也尝试搜索Biocviews.对于您的数据类型。

输入

• GTF，GFF，床，Bigwig等， -rtracklayer.：：进口（）
• VCF -VariantAnnotation.:: ReadVCF（）
• 山姆/巴姆 -RSAMTOOLS.:: scanbam（）那基因管理:: readgalignment *（）
• Fasta -生物仪器:: ReadDnastringset（）
• FASTQ -缩短:: readfastq（）
• MS数据（基于XML和MGF格式） -msnbase.:: ReadmsData（）那msnbase.:: Readmgfdata（）

普通课程

• 矩形功能x样本数据 -概括分析::摘要（）（RNASEQ Count Matrix，MicroArray，...）
• 基因组坐标 -Genomicranges.:: Granges（）（基于1的，封闭间隔）
• DNA / RNA / AA序列 -生物仪器:: * stringset（）
• 基因套 -生物集:: biocset（）那GSEABASE.:: Geneset（）那GSEABASE.:: GenesetCollection（）
• 多OMICS数据 -MultiAsaySayexperiment.:: multiadsayexperiment（）
• 单细胞数据 -SinglecellexPeriment.:: SingleCellexPeriment（）
• 大规模数据 -msnbase.:: msnexp（）