爱尔兰斯洛伐克预测

的Bioconductor项目是维护在一个Git源代码控制系统。爱尔兰斯洛伐克预测包维护者更新包将改变他们的git存储库。

从SVN过渡到git的基本步骤进行了总结

• 新包工作流:更新你的GitHub库后包验收。
• 创建一个新的GitHub库为现有的包。
• 保持一个Bioconductor只有库为现有的包。

更多的存储库创建的场景:

• 现有的GitHub库同步与Bioconductor。
• 创建一个本地存储库供私人使用。

代码更新的场景:

• 拉出上游更改,如引入的核心团队。
• GitHub和推Bioconductor存储库。
• 解决合并冲突。
• 放弃改变。
• 修复bug在重击和释放。

Github的场景

• 添加的合作者和使用Github社会编码功能。
• 改变包维护者
• 删除大量数据文件和清洁git树

看到其他常见问题。

基本工作流程

最小的工作流是结帐、更新提交和推动改变您的存储库。使用BiocGenerics作为一个例子:

git克隆git@git.bioconductor.org: cd包/ BiocGenerics BiocGenerics # #添加一个文件,例如,“碰README”# #编辑文件,例如,“vi描述”BiocGenerics git commit README描述BiocGenerics git推动美元

这就要求Bioconductor知道你使用的SSH密钥来建立你的身份。

两个有用的命令是

BiocGenerics git diff #美元审查变更之前提交BiocGenerics git日志#美元最近提交审查

如果已经克隆存储库的工作流程是确保你的“主人”分支,拉任何更改,然后介绍你的编辑。

BiocGenerics git checkout主BiocGenerics git美元拉# #添加、编辑、提交和推动如上所述

在哪里提交修改

介绍了新功能和错误修正主(“重击”)分支的GIT存储库。

BiocGenerics git checkout主BiocGenerics git拉# #美元编辑' R / foo。R”和提交主BiocGenerics git commit R美元/ foo。R #(主c955179)你的提交消息1文件改变了,10插入(+),3删除(-)BiocGenerics git推动美元

进行更广泛的修改修复bug在重击和释放。

Bug修复可以移植到当前版本分支。使用择优挑选识别commmit (s)你想端口。例如,3.6版本,移植最近提交的主人

美元BiocGenerics git checkout RELEASE_3_6 BiocGenerics git择优挑选主BiocGenerics git推动美元

检查和版本疙瘩

每个提交推到Bioconductor存储库应该建立和检查没有错误或警告

BiocGenerics $ cd . .CMD构建BiocGenerics R BiocGenerics_1.22.3.tar.gz CMD检查

每个提交、发布或猛击应该包括一个肿块z的部分x.y.z包版本控制方案。

构建每天发生一次,大约24小时。看到构建报告对于git提交了最新的构建(左上角)

注释包

传统注释包不存储在GIT中由于注释文件的大小。更新现有的注释包请发电子邮件到maintainer@bioconductor.org。Bioconductor团队的成员将在接触来接收更新包。

更新注释包可以存储在使用GIT是一个需求AnnotationHub或类似的服务器托管的数据。大尺寸的文件直接在包不包括。提供一个新的注释包请联系hubs@bioconductor.org的指导和阅读文档如何创建一个中心包。

目前直接更新注释包,即使是那些存储在git,不受支持。如果你想更新注释包,进行所需的更改,推动到git.bioconductor.org。然后发送一个电子邮件hubs@bioconductor.org和maintainer@bioconductor.org请求包的传播。

更多的帮助

需要更多帮助?问的bioc-devel邮件列表。