封装生命政策结束

创建日期：2015年3月3日。
上次编辑日期：2020年3月23日

Biocumon Project致力于提供一种软件存储库，其与社区中的用户稳定和相关。每年100-150新软件包添加到存储库;截至2019年秋季超过1800包托管。Biocumons构建系统每24小时构建并检查每个软件包。常规执行示例，Vignette和单元测试代码可确保包装正常运行，并且所有必需的依赖项都可用。该构建系统为跨三个平台提供每个包的详细报告：Linux，Windows和Mac。

为了维护高质量的存储库，我们采用了一年的生命结束（EOL）程序，用于不再通过构建或支票，并且没有活动维护者。在每个生物导体释放之前评估封装的EOL弃用;EOL策略适用于软件，注释，工作流程和实验数据包。

核心团队包弃权的标准

1. R CMD在一个或多个平台上构建或检查错误

   包裹必须在每个生物导体释放时在所有平台上构建和检查所有平台上的错误（在有限情况下提供跨平台构建的例外情况）。如果维护者正在积极尝试修复，将在存储库中保留所有努力。

   如果包装在延长的时间段内被打破，维护者将获得最后2周通知。如果包裹未在2周结束时固定，则会开始生命结束。

2. 不活跃的维护者

   在描述文件中列出的维护者必须响应于支持站点的问题，来自用户和Biocumond团队成员的包相关的电子邮件，构建系统中的包相关的错误，以及错误修复的请求。描述中的电子邮件还必须保持有效的，活动的电子邮件。

用户请求弃用

或者，包维护者可以请求包弃权。维护者可能有任何弃用包装的原因。一些常见的原因：

1. 他们不再希望维持他们的包裹

2. 虽然其他包，但包已被取代

3. 包装材料已经过时，退出包装是有意义的。

我们要求希望弃用其包的维护者向BioC-devel@r-project.org发送电子邮件通知。核心团队将确保可能发生所有必要的步骤和通知。

生命过程结束

步骤一步：弃用

要弃用的包将标记为弃用警告，包名称将在构建报告中删除删除。加载包时会发出警告，并在包装​​“着陆页”上报告。消息警告用户当前失败的软件包失败最小的构建和检查条件，并且该包可能会在下一个版本中从Biocumond中删除。

如果在此6个月期间的任何时间满足所需的标准（例如，包裹返回到主动维护，可能在第三方的“采用”之后）删除警告。

第二步：缺失

当一个包已经通过一个开发周期作为'已弃用'而没有补救措施时，该包标记为“已缺陷”。该包从夜间构建系统中删除，不再通过'biocmanager :: install（）'可用，并且没有当前的“登陆页”。

包在Git存档中仍然可用，并在以前版本的Biocumond中提供。

除了通过审查作为“新包”之外，DiveLate Packages无法重新进入Biocuconductor储存库。

例：

在Bioconductor第3.2 / Devel 3.3期间识别用于弃用的包裹将进行以下转换：

- deprecate in devel 3.3 ** Bioc Release ** - deprecate in release 3.3 (i.e., no change in release status) - defunct in devel 3.4 ** Bioc Release ** - defunct in release 3.4 - gone in devel 3.5 ** Bioc Release ** - gone in release 3.5

实施细节

1. 通知BioC-Devel邮件列表和包的维护者，根据包装包已弃用。如果合适，表示欢迎新的维护者接管。

2. 将以下代码块添加到文件中的包的“devel”版本r / zzz.r.，将Biocumon版本调整为版本后当前的devel版本。

   .onattach < - 函数（libname，pkgname）{msg < -  sprintf（“package'％s'被弃用，将从Biocumon版本％s”，pkgname，“3.4”）中删除.depecated（msg = paste（strwrap（strwrap）msg，Exdent = 2），折叠=“\ n”））}

3. 将以下注释添加到包描述文件中。

   PackageStatus：弃用

4. 该包仍持续在“Devel”分支中弃用，最多6个月，之后，Biocumon Core团队成员从“Devel”包装清单中删除包装。

逆转生命结束

如果在下一个生物导体释放之前固定，则可以不弃用包装折旧并从生命结束时删除。要有一个不推荐的包，请联系维护者@biocondion.org。如果包装已经在废除阶段;该包主要可能会要求再次通过新的包裹提交过程。匈牙利瑞士比分

'孤儿'包裹

“孤壁”包装是具有非活动和非响应维护者的生物导体包。如上所述，Biocumons使得多次努力到达包装维护者以固定破碎的包装。如果维护者没有从核心团队发送的电子邮件中的回复，则该包被认为是“孤儿”。偶尔，生物导体群落的成员伸出到过度维持“孤儿”包。有兴趣的更换维护者被要求通过电子邮件发送原始维护者和维护程序@biococtor.org，以正式请求接管。除非有明确的待退休的包裹请求，否则Biocometiond将根据Bioconducts包所需的开源软件许可证授予对感兴趣的更换维护者的访问权限。