05:Bioconductor注释资源
2019年7月2日
内容
1符号之间的映射
1.1org.Hs.eg.db
的org.软件包包含要在不同符号之间映射的信息。此处检查可用org.包裹。
biocmanager ::可用（“^ org \\。”）## [1]“org.ag.eg.db”“org.at.tair.db”“org.bt.eg.db”## [4]“org.ce.eg.db”“org.cf。eg.db" "org.Dm.eg.db" ## [7] "org.Dr.eg.db" "org.EcK12.eg.db" "org.EcSakai.eg.db" ## [10] "org.Gg.eg.db" "org.Hs.eg.db" "org.Mm.eg.db" ## [13] "org.Mmu.eg.db" "org.Pf.plasmo.db" "org.Pt.eg.db" ## [16] "org.Rn.eg.db" "org.Sc.sgd.db" "org.Ss.eg.db" ## [19] "org.Xl.eg.db"正则表达式“^ org \ \”)。坚持包名以org.(“^ org”）然后是文字时期而不是代表任何字母的野卡（“\ \”。）。
除了这些包，许多org.资源可从annotationhub.下面描述,
图书馆（注释声）查询(AnnotationHub(),“^ org \ \”)。# # snapshotDate (): 2019-05-02## # $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ ## ## $species: Escherichia coli， ' chlorelis '_C-169， 'Klebsiella a…## # $rdataclass: OrgDb ## #额外的mcols():taxonomyid, genome, description， ## # coordinate_1_based, maintainer, rdatadateadded, prepareclass， ## #标签，rdatapath, sourceurl, sourcetype'object[["AH70563"]]' ## ## title ## AH70563 | org.Ag.eg.db.sqlite ## AH70564 | org. at . air.db.sqlite ## AH70565 | org.Bt.eg.db.sqlite ## AH70566 | org.Cf.eg.db.sqlite ## AH70567 | org.Gg.eg.db.sqlite ## ... ... . #### AH73812 |sqlite ## AH73813 | org.Burkholderia_mallei_ATCC_23344.eg。sqlite ## AH73814 | org.Bacillus_cereus_(strain_ATCC_14579_|_DSM_31)。sqlite ## AH73815 | org.Bacillus_cereus_ATCC_14579.eg。sqlite ## AH73816 |org . schizoscharomyces_cryophilus_oy26 .例如的命名约定org.对象使用双字母代码来表示物种，例如，HS.是HOMO SAPIENS.其次是中央用于映射到其他符号的标识符;为了org.Hs.eg.db，中心标识符是Entrez基因标识符，要从HGNC符号映射到集成标识符，必须在基因符号和集成标识符之间存在映射，然后从集成标识符到集成标识符之间存在映射。
许多额外的org.套餐可在annotationhub.，如下所述。
库(org.Hs.eg.db)我们可以发现可用keytypes（）查询数据库，以及列（）映射到，例如
头（键（org.hs.eg.db））##[1]“1”“2”“3”“9”“10”“11”这里有一些ENTREZID密钥
id <- sample(keys(org.Hs.eg.db)， 10)两个主要功能是选择（）和mapIds ()。mapIds ()更专注。它保证了键之间的一对一映射单个选定列。通过Defaul，如果键映射到多个值，则使用数据库返回的“第一”值。返回值是一个命名为载体;查询和返回值之间的1：1映射使得此功能在管道中特别有用，其中必须发生单个映射。
mapIds(org.Hs.eg.db, eid，“SYMBOL”，“ENTREZID”)##'select（）'返回1：1键之间映射键和列之间## 112268315 54012 106481389 57325 4113 ##“LOC112268315”“ZNF299P”“RNU6-657P”“KAT14”“MAGEB2”## 100418862 104413892 79160 1064181873 105369543 105369543 105369543 105369543 105369543 ##“SPECC1P1”“F10-AS1”“LINC01711”“RNU4-84P”“”LOC105369543“选择（）更一般的，返回一个由键组成的data.frame，加上一个或多个列。如果一个键映射到多个值，则返回多行。
地图< - 选择（org.hs.eg.db，eid，c（“符号”，“go”），“EntrezID”）##'select（）'返回1：密钥和列之间的许多映射暗(地图)## [1] 17头（地图）证据本体## 1 112268315 LOC112268315 ## 2 54012 ZNF299P ## 3 106481389 RNU6-657P ## 4 57325 KAT14去:0000086 IEA BP ## 5 57325 KAT14去:0004402 IDA MF # 6 57325 KAT14去:0005515 IPI MF 2文本注释
2.1TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
TxDb包包含关于基因模型(外显子，基因，转录坐标)的信息。有很多TxDb可安装的软件包
图书馆（DOLER）＃为`％>％`BiocManager::available("^TxDb") %>% tibble::enframe(name = NULL)###缩放：34 x 1 ##值## ## 1 txdb.athalana.biomart.plantsmart22 ## 2 txdb.athalana.biomart.plantsmart25 ## txdb.athalana.biomart.plantsmart28 ## 4txdb.btaurus.ucsc.bostau8.refgene ## 5 txdb.celegans.ucsc.ce11.ensgene ## 6 txdb.celegans.ucsc.co11.refgene #auc.ce6.ensgene ## 8 TXDB。cfamiliaris.ucc.canfam3.refgene ## 9 txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene ## 10 txdb.dmelanogaster.ucc.dm6.ensgene ##＃...更多的行 查询（AnnotationHub（），“^ TXDB \\。”）# # snapshotDate (): 2019-05-02## # snapshotDate(): 2019-05-02 ## # $dataprovider: Rattus norvegicus, Gallus Gallus, Macaca mulatta, Caenorhab…## ## $rdataclass: TxDb ## ## additional mccols (): taxonomyid, genome, description， ## # coordinate_1_based, maintainer, rdatadateadded，准备类，## ## tags, rdatapath, sourceurl, sourcetype ## ##检索记录，例如，'object[["AH52245"]]' ## ## title ## AH52245 | TxDb. athaliana . biomart.plantsmart22。sqlite ## AH52246 | TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25。sqlite ## AH52247 | TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28。sqlite ## AH52248 | TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGene。sqlite ## AH52249 | txdb . celeganss . ucsc .ce11. refgene。sqlite ## ... ...## AH70596 | txdb . ptroglodytes.com . ucsc . pantro5 . refgene。sqlite ## AH70597 | TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene。sqlite ## AH70598 | TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene。sqlite ## AH70599 | TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGene。sqlite ## AH70600 | txdb . sscrofa . ucsc . susscr3 . refgen .sqlite这里我们加载TxDb包含基因模型的对象HOMO SAPIENS.使用UCSC为hg38基因组构建提供的注释，使用knownGene注释轨道。
库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)2.2外显子(),成绩单(),基因()
注释外显子的坐标可以提取为a农庄对象
外显子（TXDB.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene）与647025年# #农庄对象范围和1元数据列:# # seqnames范围链| exon_id # # < Rle > < IRanges > < Rle > | <整数> # # [1]chr1 11869 - 12227 + | 1 # # [2] chr1 12010 - 12057 + | 2 # # [3] chr1 12179 - 12227 + | 3 # # [4] chr1 12613 - 12697 + | 4 # # [5] chr1 12613 - 12721 + | 5 ## ... ... ... ... . ...# # [647021] chrUn_GL000220v1 155997 - 156149 + | 647021 # # [647022] chrUn_KI270442v1 380608 - 380726 + | 647022 # # [647023] chrUn_KI270442v1 217250 - 217401 | 647023 # # [647024] chrUn_KI270744v1 51009 - 51114 | 647024 # # [647025] chrUn_KI270750v1 148668 - 148843 + | 647025 ## ------- ## seqinfo: 595从hg38基因组序列(1循环)数据库中还存在其他信息，例如基因（这些TXDB的Entrez Gene ID）
< -交货外显子(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38。已知基因，列= "GENEID"## Granges对象具有647025范围和1个元数据列：## SEQNAMES范围股票|Geneid ## <铁锯> | ## [1] CHR1 11869-12227 + |100287102 ## [2] CHR1 12010-12057 + |100287102 ## [3] CHR1 12179-12227 + |100287102 ## [4] CHR1 12613-12697 + |100287102 ## [5] CHR1 12613-12721 + |100287102 ## ...... ...... ......。... ## [647021] chrun_gl000220v1 155997-156149 + |109864274 ## [647022] Chrun_ki270442V1 380608-380726 + | ## [647023] chrUn_KI270442v1 217250-217401 - | ## [647024] chrUn_KI270744v1 51009-51114 - | ## [647025] chrUn_KI270750v1 148668-148843 + | ## ------- ## seqinfo: 595 sequences (1 circular) from hg38 genome 注意，对象报告“595个序列”;这是因为外显子既包括标准染色体，也包括部分组装的染色体。使用keepStandardChromosomes ()更新对象以包含在“标准”色调上发现的外显子;这pruning.mode =参数确定是否可以删除“正在使用”的序列名(与它们相关联的外显子)。
std_ex < - expistaldardchromosomes（ex，pruning.mode =“coarse”）std_ex## GRANGES对象591211范围和1元数据栏：## SEQNAMES范围股票|Geneid ## <铁锯> | ## [1] CHR1 11869-12227 + |100287102 ## [2] CHR1 12010-12057 + |100287102 ## [3] CHR1 12179-12227 + |100287102 ## [4] CHR1 12613-12697 + |100287102 ## [5] CHR1 12613-12721 + |100287102 ## ...... ...... ......。... ## [591207] CHRM 5826-5891 - | ## [591208] CHRM 7446-7514 - | ## [591209] chrM 14149-14673 - | ## [591210] chrM 14674-14742 - | ## [591211] chrM 15956-16023 - | ## ------- ## seqinfo: 25 sequences (1 circular) from hg38 genome 然后可以提出各种问题，例如，每条染色体上的外显子数量
表（SEQNAMES（STD_EX））# # # # chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 # # 54957 43673 35902 23108 26710 26200 28551 22424 20967 20752 35167 34142 # # chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY # # 10059 20483 22509 29016 36559 10389 35837 12821 6621 13013 18396 2918 # # chrM # # 37或者是超过10000个核苷酸的外显子。
std_ex(宽度(std_ex) > 10000)## GRANGES对象具有267范围和1个元数据栏：## SEQNAMES范围股票|Geneid ## <铁锯> | ## [1] CHR1 32485101-32496686 + |728116 ## [2] CHR1 35919499-35930528 + |26523 ## [3] CHR1 36055637-36072500 + |192669 ## [4] CHR1 92387011-92402056 + |79871 ## [5] CHR1 96813273-96823738 + |58155 ## ...... ...... ......。... ## [263] CHRX 140774403-140793215 + |286411 ## [264] CHRX 73841382-73851592 - | 7503 ## [265] chrX 73841382-73852723 - | 7503 ## [266] chrX 132369317-132379677 - | 55796 ## [267] chrX 138614731-138632986 - | 2258 ## ------- ## seqinfo: 25 sequences (1 circular) from hg38 genome 当然还有更科学的相关问题。
2.3exonsBy (),ranscriptsby（）， 等等
2.4Ensembldb.
的Ensembldb.package提供了对来自Ensembl的类似但更丰富的信息的访问，大多数数据资源通过annotationhub.;AnnotationHub查询要求包含两个的记录ensdB.以及一个特别的合奏版本。
库(ensembldb)查询(AnnotationHub (), c(“^ EnsDb \ \ ",“运用96”))# # snapshotDate (): 2019-05-02##带有0 Records ##＃SnapshotDate（）：2019-05-023.访问在线资源
3.1biomaRt
库(biomaRt)参观biomart网站并弄清楚如何浏览数据以检索，例如染色体21和22上的基因。您需要浏览到Ensembl Mart，Homo Spaiens.数据集，建立染色体21和22的过滤器，然后指定您希望返回的EnsemBl Gene ID属性。
现在做同样的过程biomaRt:
库(biomaRt)头(listMarts(), 3) # #集市列表头(listDatasets (useMart(“运用”)),3)运用< - # # # #集市数据集完全指定的集市useMart(“运用”,数据集=“hsapiens_gene_ensembl”)负责人(listFilters(运用),3)# #过滤器myFilter < -“chromosome_name substr (filterOptions (myFilter运用),1,50) ## return values myValues <- c("21"， "22") head(listatattributes (ensembl)， 3) ## attributes myAttributes <- c("ensembl_gene_id"，"chromosome_name") ## assemble and query mart res <- c(attributes = myAttributes, filters = myFilter, values = myValues, mart = ensembl)3.2KEGGREST
图书馆（Keggrest）3.3annotationhub.
annotationhub.提供无需注释包即可使用的注释资源。
图书馆（注释Hub）AH < - AnnotationHub（）注释的一个例子是org.为非模式生物提供样式的数据资源。使用flexible发现可用的资源查询()命令。
查询（啊，“^ org \\。”）## # $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ ## ## $species: Escherichia coli， ' chlorelis '_C-169， 'Klebsiella a…## # $rdataclass: OrgDb ## #额外的mcols():taxonomyid, genome, description， ## # coordinate_1_based, maintainer, rdatadateadded, prepareclass， ## #标签，rdatapath, sourceurl, sourcetype'object[["AH70563"]]' ## ## title ## AH70563 | org.Ag.eg.db.sqlite ## AH70564 | org. at . air.db.sqlite ## AH70565 | org.Bt.eg.db.sqlite ## AH70566 | org.Cf.eg.db.sqlite ## AH70567 | org.Gg.eg.db.sqlite ## ... ... . #### AH73812 |sqlite ## AH73813 | org.Burkholderia_mallei_ATCC_23344.eg。sqlite ## AH73814 | org.Bacillus_cereus_(strain_ATCC_14579_|_DSM_31)。sqlite ## AH73815 | org.Bacillus_cereus_ATCC_14579.eg。sqlite ## AH73816 |org . schizoscharomyces_cryophilus_oy26 .例如了解有关特定资源使用的更多信息(只选择该资源或使用mcols ()在资源的子集上。标识符,例如,
啊[“AH70563”]##带有1 reck ##＃snapshotdate（）：2019-05-02 ########################### DataProvider：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/data/##＃$ species：anopheles gambiae ##＃$ rdataclass：Orgdb ##＃$ rdatadateadded：2019-04-29 ##＃$ title：org.ag.eg.db.sqlite ##＃$ desigres：ncbi基因ID基于AnophelesGambiae ##＃$ caxonomyid：180454 ###基因组：NCBI Genomes ### $ Sourcetype：NCBI / ensembl ### $ SourceUroL：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene.nlm.nih.gov/gene/ data /，ftp：//ftp.ensembl .... ##＃$ scessize：na ##＃$标签：c（“ncbi”，“基因”，“注释”）###检索“对象的记录”[[“AH70563”]]'通过使用检索和使用资源[[与相应的
org < -啊[[“AH70563”]]##下载0个资源##从缓存中加载##'AH70563：77309'org.# # OrgDb对象:# # | DBSCHEMAVERSION: 2.1 # # | Db型:OrgDb # # |支持包:AnnotationDbi # # | DBSCHEMA: ANOPHELES_DB # # |生物:冈比亚疟蚊# # |物种:按# # | EGSOURCEDATE: 2019 - apr26 # # | EGSOURCENAME: Entrez基因# # | EGSOURCEURL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA # # | CENTRALID:如# # | TAXID:180454 # # | GOSOURCENAME:基因本体# # | GOSOURCEURL: ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/godatabase/archive/latest-lite/ # # | GOSOURCEDATE: 2019 - apr24 # # | GOEGSOURCEDATE: 2019 - apr26 # # | GOEGSOURCENAME: Entrez基因# # | GOEGSOURCEURL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA # # | KEGGSOURCENAME: KEGG基因组# # | KEGGSOURCEURL:ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genomes ## | KEGGSOURCEDATE: 2011-Mar15 ## | GPSOURCENAME: UCSC Genome Bioinformatics (gambiae Anopheles) ## | GPSOURCEURL: ## | gpsourceate: 2018-Oct2 ## | ENSOURCEDATE: 2019- apr # | ENSOURCENAME: Ensembl ## | ENSOURCEURL: ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta## ##请参阅:help('select')获取使用信息确定中心键和可以在它们之间映射的列
choosecentralorgpkgsymbol（org）# #[1]“ENTREZID”列（ORG）## [1]“AccNum”“Ensembl”“Ensemblprot”“Ensembltrans”## [5]“Entrezid”“酶”“证据”“evidenceall”## [9]“Genename”“Go”“GoAll”“本体”“## [13]”Ontologicall“”Path“”Pmid“”Refseq“## [17]”符号“”Unigene“”Uniprot“以下是一些Entrez标识符及其对应的符号anopheles gambiae.，或者允许1:许多地图(选择（））或强制执行1：1张图。我们用annotationdbi :: select（）消除歧义选择（）一般定义在annotationdbi.和选择（）一般定义在dplyr.：论文方法具有不兼容的签名和“合同”，因此必须以明确解决我们意图的方式调用。
图书馆（DOLER）＃为`％>％`EID < - HEAD（键（键））ANNOTIONDBI :: SELECT（OD，EID，“符号”，“ENTREZID”）##'select（）'返回1：1键之间映射键和列之间## ENTREZID SYMBOL # 1 1267437 AgaP_AGAP012606 ## 2 1267439 AgaP_AGAP012559 ## 3 1267440 AgaP_AGAP012558 ## 4 1267447 AgaP_AGAP012586 ## 5 1267450 AgaP_AGAP012834 ## 6 1267459 AgaP_AGAP012589EID％>％MAPIDS（x = org，“符号”，“ENTREZID”）％>％tibble :: enframe（“ENTREZID”，“符号”）##'select（）'返回1：1键之间映射键和列之间## # A tibble: 6 x 2 ## ENTREZID SYMBOL ## ## 1 1267437 AgaP_AGAP012559 ## 3 1267440 AgaP_AGAP012558 ## 4 1267447 AgaP_AGAP012586 ## 5 1267450 AgaP_AGAP012834 ## 6 1267459 AgaP_AGAP012589 3.4实验室
实验室类似于annotationhub.，但含有愈合的实验结果。日益，实验室提供了用于记录和方便访问这些资源的包。一个很好的例子实验室包是[CutatedTCGADATA] []。
图书馆（实验室）库（CutatedTcGadata）[curatedTCGAData][]包提供了一个通过ExperimentHub提供的资源集合的接口。接口是直接的。使用CutatedTCGADATA（）要发现可用类型的数据，请在识别癌症类型后选择测定类型。
CutatedTCGADATA（）##请参阅下面的列表以获取可用的队列和测定##可用癌症代码：## Acc Blca BRCA CESC CHOL Coad DLBC ESCA GBM HNSC KICH ## KIRC KIRP LUDL LGG LIHC LUAD LUSC MESO OV PCPG ## PRAD读取SARC SKCM Stad TGCT THCA THYM UCEC UVM ##可用数据类型:## CNACGH CNACGH_CGH_hg_244a ## CNACGH_CGH_hg_415k_g4124a CNASeq CNASNP ## CNVSNP GISTIC_AllByGene GISTIC_Peaks ## GISTIC_ThresholdedByGene Methylation ## Methylation_methyl27 Methylation_methyl450 ## miRNAArray miRNASeqGene mRNAArray ## mRNAArray_huex mRNAArray_TX_g4502a ## mRNAArray_TX_g4502a_1 ## mRNAArray_TX_ht_hg_u133a Mutation ## RNASeq2GeneNorm RNASeqGene RPPAArrayCutatedTCGADATA（“BRCA”）##标题DispatchClass ## 31 BRCA_CNASeq-20160128 RDA ## 32 BRCA_CNASNP-20160128 RDA ## 33 BRCA_CNVSNP-20160128 RDA ## 35 BRCA_GISTIC_AllByGene-20160128 RDA ## 36个BRCA_GISTIC_Peaks-20160128 RDA ## 37 BRCA_GISTIC_ThresholdedByGene-20160128 RDA ## 39 BRCA_Methylation_methyl27-20160128_assays H5File ## 40 BRCA_Methylation_methyl27-20160128_se的Rds ## 41 BRCA_Methylation_methyl450-20160128_assays H5File ## 42 BRCA_Methylation_methyl450-20160128_se的Rds ## 43 BRCA_miRNASeqGene-20160128 RDA ## 44 BRCA_mRNAArray-20160128 RDA ## 45 BRCA_Mutation-20160128 RDA ## 46 BRCA_RNASeq2GeneNorm-20160128 RDA ## 47 BRCA_RNASEQGENE-20160128 RDA ## 48 BRCA_RPPAARRAY-20160128 RDACutatedTCGADATA（“BRCA”，C（“RNASEQGENE”，“CNVSNP”）））## Title DispatchClass ## 33 BRCA_CNVSNP-20160128 Rda ## 47 BRCA_RNASeqGene-20160128 Rda添加dry.run = false.触发来自实验室的数据的实际下载（仅限第一次），并作为用户呈现给用户MultiAssayExperiment。
mae < - cutatedtcgadata（“brca”，c（“rnaseqgene”，“cnvsnp”），dry.run = false）mae##包含用户定义的名称和相应类的2个列出的##的MultiAsayAyexperiment对象。##包含长度2：## [1] BRCA_CNVSNP-20160128的实验列表类对象：带有284458行和2199列## [2] BRCA_RNASEQGENE-20160128的粗糙化学性：20502行和878列##特征：##实验（） - 获取实验列表实例## COLDATA（） - 主/表型DataFrame ## SampleMap（） - 样本可用性DataFrame ##`$`，`[`，`[[` - [[` - 提取冷Coldata列，子集或实验## * format（） - 转换为长或宽DataFrame ## Assays（） - 将实验列表转换为简单矩阵然后通过单独的测定或在更合成的分析中易于使用这些数据。例如，可以通过该图书馆数据中的图书馆大小的分布。
MAE [“BRCA_rnaseqgene-20160128”]]％>％测定（）％COLSUMS（）％COLSUMS（）％密度（）％密度（）％图（MAIN =“TCGA BRCA RNASEQ库尺寸”）
5出处
sessionInfo ()## R version 3.6.0补丁(2019-04-26 r76431) ##运行在:macOS High Sierra 10.13.6 ## ## Matrix products: default ## BLAS: /Users/ma38727/bin/R-3-6-branch/lib/libRblas. php中。## libRlapack: /Users/ma38727/bin/R-3-6-branch/lib/libRlapackdylib # # # #语言环境:# # [1]en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US。UTF-8 ## ## attached base packages: ## [1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets ## [8] methods base ## ##其他附加包:# # # # [1] ensemblVEP_1.27.0 [2] VariantAnnotation_1.31.3 # # [3] Rsamtools_2.1.2 # # [4] Biostrings_2.53.0 # # [5] XVector_0.25.0 # # [6] RaggedExperiment_1.9.0 # # [7] curatedTCGAData_1.7.0 # # [8] MultiAssayExperiment_1.11.4 # # [9] SummarizedExperiment_1.15.5 # # [10] DelayedArray_0.11.2 # # [11] BiocParallel_1.19.0 # # [12] matrixStats_0.54.0 # # [13]ExperimentHub_1.11.1 # # [14] KEGGREST_1.25.0 # # [15] biomaRt_2.41.3 # # [16] ensembldb_2.9.2 # # [17] AnnotationFilter_1.9.0 # # [18] TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene_3.4.6 # # [19] GenomicFeatures_1.37.3 # # [20] GenomicRanges_1.37.14 # # [21] GenomeInfoDb_1.21.1 # # [22] dplyr_0.8.2 # # [23] GO.db_3.8.2 # # [24] org.Hs.eg.db_3.8.2 # # [25]## [32] BiocGenerics_0.31.4 ## [33] BiocStyle_2.13.2 ## ##通过命名空间加载(而不是附加):# # # # [1] httr_1.4.0 bit64_0.9-7 [3] shiny_1.3.2 assertthat_0.2.1 # # [5] interactiveDisplayBase_1.23.0 BiocManager_1.30.5.1 # # [7] blob_1.1.1 BSgenome_1.53.0 # # [9] GenomeInfoDbData_1.2.1 yaml_2.2.0 # # [11] progress_1.2.2 lattice_0.20-38 # # [13] pillar_1.4.2 RSQLite_2.1.1 # # [15] backports_1.1.4 glue_1.3.1 # # [17] digest_0.6.19 promises_1.0.1 # #[19] htmltools_0.3.6 httpuv_1.5.1 ## [21] Matrix_1.2-17 XML_3.98-1.20 ## [23] pkgconfig_2.0.2 bookdown_0.11 ## [25] zlibbioc_1.31.0 purrr_0.3.2 ## [27] xtable_1.8-4 later_0.8.0 ## [29] tibble_2.1.3 lazyeval_0.2.2 ## [31] cli_1.1.0 magrittr_1.5 ## [33] crayon_1.3.4 mime_0.7 ## [35] memoise_1.1.0 evaluate_0.14 ## [37] fansi_0.4.0 tools_3.6.0 # [19]0prettyunits_1.0.2 hms_0.4.2 # # [41] stringr_1.4.0 compiler_3.6.0 # # [43] rlang_0.4.0 grid_3.6.0 # # [45] rcurl_1.95 - 4.12 rappdirs_0.3.1 # # [47] bitops_1.0-6 rmarkdown_1.13 # # [49] codetools_0.2-16 DBI_1.0.0 # # [51] curl_3.3 R6_2.4.0 # # [53] GenomicAlignments_1.21.4 knitr_1.23 # # [55] rtracklayer_1.45.1 bit_1.1-14 # # [57] utf8_1.1.4 zeallot_0.1.0 # #vctrs_0.1.0 tidyselect_0.2.5 ## [65] xfun_0.8 .0 ## [64] Rcpp_1.0.1 png_0.1-7 ## # [64] vctrs_0.1.0 tidyselect_0.2.5 ## [64] xfun_0.8 .0