这是常见问题解答,目前正在建设中。
Bioconductor有一个“发布”和一个“发展”分支。' release '分支适用于大多数用户,可以使用当前版本的R.新的包首先被添加到“devel”分支中,然后在下一个分支中可用Bioconductor通常在4月和10月。看到为什么使用BiocManager:安装()?有关我们发布政策的更多信息,以及这些指令如果您希望使用devel分支。
大多数Bioconductor软件包适用于Windows、Mac OS和Linux操作系统。有些包在一个或多个平台上不可用。这通常是因为软件包依赖于操作系统不可用的附加软件。例如,一个用户试图安装GeneRfold
遇到了这个消息:
> BiocManager::install("GeneRfold") Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.3), R 3.5.1 Patched (2018-07-30 r75013)安装包(s)'GeneRfold'包不可用(适用于R版本3.5.1补丁)
访问包主页显示该包在用户试图安装该包的平台Windows上不可用。如果包装描述中没有说明为什么包装不可用,请随时询问2021年欧洲杯投注 .
检查包名的拼写是否正确、大写是否正确是很有用的!
软件包安装失败的一个常见原因是R
或Bioconductor
软件依赖关系未得到满足,如图所示,用户试图安装affyPLM
包:
...** inst **准备延迟加载包错误:无法找到'affyPLM'所需的'affy'包执行暂停
一定要使用BiocManager:安装
来2012年欧洲杯投注门
适合您的系统和版本的R
.请确保您安装的软件包是最新的2012年欧洲杯投注门
.
不太常见的情况是,包可能安装了,但是加载失败,就像这里的Rsamtools
包:
dyn.load(file, DLLpath = DLLpath,…):unable to load shared library '/usr/local/lib64/R/library/Rsamtools/libs/Rsamtools. Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath,…所以”:/usr/local/lib64/R/library/Rsamtools/libs/Rsamtools.因此:undefined symbol: ecrc32
这可能是一个系统配置问题,例如,Windows路径
环境变量没有正确设置,或者Linux . conf设置错误ldconfig
程序或LD_LIBRARY_PATH
环境变量不正确。
软件包也可能因为第三方软件不可用而安装失败。这经常发生在配置
包安装过程的一部分,如这里所示XML
包:
*安装“XML”源码包... ...检查xml2-config……错误:XML包配置失败
这些类型的错误有时可以很容易地解决(安装必要的库或其他软件,可能引用包的主页).通常有必要比你想的更彻底地了解你的系统,也许在生物导体的帮助下2021年欧洲杯投注 .
要从Bioconductor存储库的开发版本安装包,请安装并使用R的开发版本。BiocManager:安装()
将自动从正确的存储库下载包。同样,如果使用旧版本的R,BiocManager:安装()
将安装适当版本的包。
使用包有三个主要步骤。(1)确定合适的包装。使用2021年欧洲杯 浏览可用的软件。(2)探索整个包的功能和工作流。通过阅读包小插图来完成此操作,这些小插图列在描欧洲杯2021体育彩票述包的页面上,并可从biocViews获得。例如,定位IRanges小插曲.(3)在特定职能方面寻求帮助,例如:
library(IRanges) help(package="IRanges") ## overview
要查看帮助系统的更探索性界面,请尝试
help.start ()
如果你是新手R
,那么了解一些基本的R技能在小插图和帮助页面中是有帮助的;花点时间学习R
本身。
不同的源代码采用不同的方法来管理注释。Bioconductor中的注释包是基于每次Bioconductor发布前不久获得的下载,因此与在线资源相比可能滞后6个月(在发布周期结束时)。这种方法的优点是注释不会在分析开发过程中意外地更改,而缺点是资源与当前的理解不完全一致。要查找关于每个注释包使用的数据源的信息,可以尝试类似于
库(org.Hs.eg.db) org.Hs.eg_dbInfo ()
Bioconductor包可以帮助进一步调查差异,例如AnnotationDbi、rtracklayer、Biostrings和BSgenome(例如BSgenome. hsapians . ucsc .hg17)。
两篇相关邮件列表的文章(一个,b)解决这个问题。通常,在自己的包中使用其代码的包应该尽可能使用Import: ' ed。插图所需要的包装通常是建议的。Depends:适用于不能被Import: ' ed的包(例如,因为它们没有命名空间),或者适用于提供包用户所需的基本功能的包,例如,你的函数总是返回农庄
对象,因此用户将必然需要GenomicRanges
在他们的搜索路径上。
许多包提供从R. Try内可用的引用
引用(“DESeq”)
对于任何已安装的包。要将项目作为一个整体引用,使用
引用(“Biobase”)