• 使用生物体
• 安装R.
• 安装包
• 查找包裹
• 更新包
• 故障排除包安装
• 为什么biocmanager :: install（）？
• 预配置Bioconductor
• 遗留和旧的R版本

使用生物体

目前的释放生物体版本3.12;它适用R.版本4.0.3。旧的用户和生物体必须更新其安装以利用新功能和访问已添加到的软件包生物体自上次发布以来。

发展版本生物体是版本3.13;它适用R.版本4.1.0。最近的“devel”版本R.（如果可用）将在下一步期间得到支持生物体释放周期。

安装R的最新版本，然后获取最新版本生物体通过启动r并进入命令

if（！percennamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（版本=“3.12”）

可能会改变生物体现有安装的版本;看'更改版本'Biocmanager小插图的部分。

细节，包括指示安装额外的包并更新那找， 和排除故障下面提供。一种【2021欧洲杯官方合作伙伴】 版本生物体可用。有好处使用原因biocmanager :: install（）用于管理生物体资源。

安装R.

1. 下载最新版本R.。这r常见问题解答和R安装和管理手册包含在各种平台上安装R的详细说明（Linux，OS X和Windows是主要的平台）。

1. 启动R程序;在Windows和OS X上，这通常意味着在Unix的系统上双击R应用程序，在shell提示符下键入“r”。

2. 作为r的第一步，通过键入启动R帮助浏览器help.start（）在R命令窗口中。有关任何功能的帮助，例如，“平均”功能，类型？吝啬的。

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安装生物体包

要安装核心包，请在R命令窗口中键入以下内容：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager :: install（）

安装特定包，例如“GenomicFeatures”和“AnnotationDBI”，具有

biocmanager ::安装（c（“genomicfeatures”，“AnnotationDbi”））

这安装（）函数（在Biocmanager包中）有转换其默认行为的参数;类型？安装进一步帮助。

有关使用BiocManager及其高级使用的更详细的解释，例如版本切换，请参阅Biocmanager小插图。

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找到生物体包

参观2021年欧洲杯 发现可用的包裹。

要以编程方式搜索可用包，请使用以下内容：

biocmanager ::可用（）

例如，使用“^org”搜索模式将显示所有可用的有机体注释包。

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安装更新生物体包

生物体封装，特别是发展分支机构的包，经常更新。识别需要在版本中更新的软件包生物体，开始新的r并进入

biocmanager :: install（）

使用参数ask = false.在没有提示的情况下更新旧的包。请阅读帮助页面？安装有关其他详细信息。

升级已安装生物体包

R的一些版本支持多个版本生物体。使用最新版本生物体对于您的R版本，输入

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager :: install（）

请记住，最近的版本生物体如果您的R版本过期，则可以使用。

有关更多细节生物体版本控制的方法，查看先进部分在小插图和版本编号中开发人员参考部分。

重新编译安装生物体包

很少，操作系统的底层更改需要重新编译所有已安装的包以用于源（C或FORTRAN）兼容性。解决此方法的一种方法可能是启动新的r会话并输入

if（！percennamespace（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）pkgs < -  rownames（已安装.packages（））biocmanager ::安装（pkgs，type =“source”，checkbuilt = true）

由于这将重新安装所有当前已安装的软件包，因此它可能涉及大量的网络带宽和编译时间。所有包都隐含更新，累积效果可能会引入扰乱工作流程的皱纹。它还要求您安装了必要的编译器。

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故障排除包安装

使用命令

biocmanager ::有效（）## R 3.5或更高版本

为您的版本的超出日期或太新的标记包生物体。该输出表明解决了识别的问题和帮助页面？有效的列出影响函数行为的参数。

排除BiocManager故障排除

Biocmanager无法在您的系统上工作的可能性可能是您的R版本太旧了Biocmanager.。为了避免此问题，请确保您的系统中安装了最新版本的R.Biocmanager支持3.5.0及以上的R版本。

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为什么使用Biocmanager :: Install（）？

biocmanager :: install（）是推荐的安装方式生物体包裹。偏好这种情况有几个原因，以通过r pacakges通过的“标准”方式install.packages（）。

生物体具有与r不同的存储库和发布计划（生物体有一个“devel”分支，介绍了哪些新软件包和更新，并且介绍了一个稳定的“释放”分支，每6个月发出一次，以介绍错误，但不是新功能）。

r和r和r的不匹配的结果生物体发布时间表是生物体版本识别install.packages（）有时不是最近的“释放”。例如，可以在下次BIOC释放之前几个月推出R小版本。Buoc释放后，RMINE版本的用户将指出到过期版本生物体。

独特的'devel'分支的结果是install.packages（）有时只指向“发布”存储库，然而生物体2021欧洲杯体育投注开户希望获得前沿特性的开发人员和用户希望访问生物体'devel'存储库。例如，生物体3.0版本可用于R.3.1.x，所以生物体2021欧洲杯体育投注开户的开发人员和前沿用户需要能够安装生物体的相同版本(尽管可能不同的实例或至少不同的库位置)的R支持版本2.14生物体。

间接后果生物体的结构释放是包装通常具有更广泛的依赖关系，彼此通过通常的包机制明确明确，并隐含地是因为存储库，释放结构和生物体社区互动支持在包中重新使用数据表示和分析概念。因此，知道软件包来自同一版本，因此所有软件包都在释放内部是最高的溢价。

Biocmanager软件包是确保适当的主要方法生物体无论r和r如何，安装都与r的版本一起使用生物体释放循环。

>库（Biocmanager）Biocumon V9.9（Biocmanager 1.30.4），？Biocmanager ::安装帮助

这安装（）功能由biocmanager提供。这是一个包装纸install.packages.，但与根据版本选择的存储库生物体在使用中，而不是在释放R的时间内相关的版本。

安装（）默认检查过日期包并询问用户是否希望更新，也不要轻推用户在发布中保持最新状态

> BiocManager :: Install（）Bioconductor Version 3.9（Biocmanager 1.30.4），R 3.6.0修补（2019-05-02 R76454）更新旧包装：'BBMISC'，'Genefilter'，'Genomicalign'，'Genomicranges'，'Genomicranges'，“讽刺”，'Mass'，'Reshape2'，'rghrachviz'，'rjsonio'，'rtracklayer'更新全部/ some / none？[A / S / N]：

BiocManager软件包提供切换到“devel”版本的设施生物体

> BiocManager :: Install（版本=“devel”）将89包升级到Bioconductor版本'3.10'？[y / n]：y安装包'生物version'尝试URL'https://biocidodder.org/packages/3.10/bioc/src/contrib/biocversion_3.10.0.tar.gz'内容类型'应用程序/ x-Gzip'长度987字节==================================================下载了987字节*安装*源*包装'Biocversion'... **帮助***安装帮助索引**构建包索引**测试如果可以加载已安装的包装* DONE（BIocversion）。.. Bioconductor Version 3.10（Biocmanager 1.30.4），？BiocManager ::安装帮助

（在R /的某些点生物体发布周期使用'devel'需要使用不同版本的r本身，在这种情况下，尝试使用适当的消息安装devel失败。

Biocmanager套件还提供有效的（）要测试已安装的软件包不是来自不同的HodgePodge生物体发布(“太新”的包是从源代码而不是从存储库安装的;经常使用的人很少会有这些)。

> Biocmanager :: valid（）* sessioninfo（）R版本3.6.0修补（2019-05-02 R76454）平台：X86_64-PC-Linux-GNU（64位）... Bioconductor版本'3.9'* 2包装过时* 0封装太新...创建使用Biocmanager :: Install的有效安装（C（“GenomicFeatures”，“AnnotationDBI”），Update = True，Ask = False）更多详细信息：BiocManager ::有效（）$ too_new，biocmanager :: valid（）$ out_of_date警告消息：2包过期;0包太多了

对于花费大量时间的用户生物体，上面概述的功能变得越来越重要安装（）更倾向于install.packages（）。

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预先配置生物体

生物体也可以作为一组亚马逊机器图像（AMIS）和Docker映像。

遗留和旧的R版本

始终建议更新到最新版本R.和生物体。如果这是不可能的R <3.5.0.，请使用以下用于安装生物体包

要安装核心包，请在R命令窗口中键入以下内容：

源（“https://biocumon.org/bioclite.r”）

安装特定包，例如“GenomicFeatures”和“AnnotationDBI”，具有

Biocinstaller :: Bioclite（C（“GenomicFeatures”，“AnnotationDBI”））

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