• 使用Bioconductor
• 安装R
• 安装包
• 找到包
• 更新包
• 解决方案的安装
• 为什么BiocManager:安装()?
• 预配置Bioconductor
• 遗留版本和旧R版本

使用Bioconductor

当前版本的Bioconductor是3.15版本;它的工作原理与R4.2.0版本。较老的R和Bioconductor必须更新其安装以利用新特性并访问已添加到的包Bioconductor自上次发布以来。

的开发版本Bioconductor是3.16版本;它的工作原理与R4.2.0版本。的最新“devel”版本R(如果可用)将在下一个版本中得到支持Bioconductor发布周期。

安装R的最新版本，然后得到最新版本的Bioconductor以R开头并输入命令

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.15")

也许有可能改变Bioconductor现有安装的版本;看到“改变版本的部分。

细节，包括指令安装额外的包和更新，找到,进行故障排除提供如下。一个【2021欧洲杯官方合作伙伴】 版本的Bioconductor是可用的。有很好的使用的原因BiocManager:安装()用于管理Bioconductor资源。

安装R

1. 的最新版本R．的R常见问题和R安装和管理手册包含在各种平台(主要是Linux、OS X和Windows)上安装R的详细说明。

1. 启动R程序;在Windows和OS X上，这通常意味着双击R应用程序，在类unix系统上，在shell提示符下键入“R”。

2. 使用R的第一步是，通过键入启动R帮助浏览器help.start ()在R命令窗口中。对于任何函数的帮助，例如“mean”函数，请键入？的意思是．

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安装Bioconductor包

要安装核心包，在R命令窗口中输入以下命令:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

安装特定的软件包，例如“基因组特征”和“注释dbi”

BiocManager:安装(c(“GenomicFeatures”、“AnnotationDbi”))

的安装()函数(在BiocManager包中)有改变其默认行为的参数;类型安装?为进一步帮助。

有关使用BiocManager及其高级用法(如版本切换)的更详细说明，请参阅BiocManager装饰图案．

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找到Bioconductor包

参观2021年欧洲杯 来发现可用的包。

要以编程方式搜索可用的包，请使用以下命令:

BiocManager:可用()

例如，使用“^org”搜索模式将显示所有可用的生物体注释包。

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更新安装Bioconductor包

Bioconductor包，特别是开发分支中的包，会相当定期地更新。的版本中识别需要更新的包Bioconductor，开始一个新的R会话，然后进入

BiocManager:安装()

使用参数问= FALSE在没有提示的情况下更新旧的包。阅读帮助页安装?额外的细节。

升级安装Bioconductor包

由于开发周期的关系，R的所有版本最终将支持多个版本的Bioconductor．的最新版本Bioconductor对于你的R版本，输入

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

记住最新版本的Bioconductor如果你的R版本过时了，可能会有。当你的R版本过期时，BiocManager会通知你。

有关详情，请参阅Bioconductor版本控制的方法，请参阅先进的部分的版本编号开发人员参考部分。

重新编译安装Bioconductor包

很少情况下，操作系统中的底层更改需要重新编译所有已安装的包以兼容源(C或Fortran)。解决这个问题的一种方法可能是开始一个新的R会话并进入

如果(!install.packages("BiocManager") pkgs <- rownames(installed.packages()) BiocManager::install(pkgs, type = "source"， checkBuilt = TRUE)

由于这将重新安装当前安装的所有包，因此可能会占用大量的网络带宽和编译时间。所有包都是隐式更新的，累积的效果可能会导致工作流程中断。它还要求您安装必要的编译器。

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解决方案的安装

使用的命令

BiocManager::valid() ## R版本3.5或更高版本

标记过期或对您的版本太新的包Bioconductor．输出给出了解决已识别问题的方法，以及帮助页面有效吗?列出影响函数行为的参数。

排除BiocManager

BiocManager不能在您的系统上工作的一个可能的原因是您的R版本太旧了BiocManager．为了避免这个问题，请确保您的系统中安装了R的最新版本。BiocManager支持3.5.0及以上的R版本。

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为什么使用BiocManager:安装()?

BiocManager:安装()是否推荐安装方式Bioconductor包。相比安装R包的“标准”方式，选择这种方式有几个原因install.packages ()．

Bioconductor有一个不同于R (Bioconductor有一个“devel”分支，它会引入新的包和更新，还有一个稳定的“release”分支，每6个月发布一次，它会修复bug，但不会引入新特性)。

R和之间不匹配的结果Bioconductor发布时间表是Bioconductor确认的版本install.packages ()有时不是可用的最新“版本”。例如，一个R小版本可能会在下一个Bioc版本发布前的几个月被引入。在Bioc发布后，R小版本的用户将被指向过期的版本Bioconductor．

独特的“devel”分支的结果是install.packages ()有时只指向“发布”存储库，而Bioconductor2021欧洲杯体育投注开户希望获得前沿功能的开发人员和用户都希望访问Bioconductor“重击”库。例如,Bioconductor3.0版本可用于R.3.1。x,所以Bioconductor2021欧洲杯体育投注开户开发人员和前沿用户需要能够安装的开发版本Bioconductor包到支持版本2.14的R的相同版本(尽管可能是不同的实例或至少库位置)Bioconductor．

的间接后果Bioconductor的结构化发布是包之间通常有更广泛的依赖关系，既可以通过通常的包机制显式地依赖，也可以隐式地依赖，因为存储库、发布结构和Bioconductor社区交互有利于跨包重用数据表示和分析概念。因此，如果知道包来自同一个版本，并且所有的包都在该版本中是当前的，那么就会有更高的溢价。

BiocManager包作为确保适当的Bioconductor安装是针对正在使用的R的版本而使用的，而不考虑R和Bioconductor发布周期。

>库(BiocManager) Bioconductor版本3.9 (BiocManager 1.30.4)， ?BiocManager::install for help

的安装()功能由BiocManager提供。这是一个包装install.packages的版本选择的存储库Bioconductor在使用中，而不是R发布时相关的版本。

安装()还会提醒用户在一个版本中保持最新，默认情况下检查过期的包并询问用户是否愿意更新

更新旧包:'BBmisc'， 'genefilter'， ' genome icalignments '， ' genome icranges '， 'IRanges'， 'MASS'， 'reshape2'， 'Rgraphviz'， 'RJSONIO'， 'rtracklayer'全部/部分/不更新?[/ s / n):

BiocManager包提供了切换到“devel”版本的工具Bioconductor

> BiocManager::install(version = "devel")升级89个包到Bioconductor版本“3.10”?[y/n]: y安装包'BiocVersion'尝试URL '//www.andersvercelli.com/packages/3.10/bioc/src/contrib/BiocVersion_3.10.0.tar.gz'内容类型'应用程序/x-gzip'长度987字节==================================================下载987字节*安装*源*包'BiocVersion'…**帮助***安装帮助索引**构建包索引**测试安装的包是否可以加载* DONE (BiocVersion)…Bioconductor版本3.10 (BiocManager 1.30.4)， ?BiocManager::install用于帮助

(在R /Bioconductor在发布周期中使用' devel '需要使用不同版本的R本身，在这种情况下，安装devel的尝试失败，并出现适当的消息)。

BiocManager包还提供有效的()测试所安装的包不是来自不同的大杂烩Bioconductor发布(“太新”的包已经从源代码而不是存储库安装;普通用户很少有这些功能)。

> BiocManager::valid() * sessionInfo() R version 3.6.0 Patched (2019-05-02 r76454) Platform: x86_64-pc-linux-gnu(64位)…Bioconductor版本“3.9”* 2包过时* 0包太新…创建一个有效的安装与BiocManager::install(c(" genomics icfeatures "， "AnnotationDbi")， update = TRUE, ask = FALSE)更多的细节:BiocManager::valid()$too_new, BiocManager::valid()$out_of_date警告消息:2 packages out- date;0包太新

为那些花大量时间在Bioconductor，上述特征变得越来越重要和安装()更受欢迎install.packages ()．

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预配置Bioconductor

Bioconductor也可以通过码头工人的图片或可在铁砧

遗留版本和旧R版本

的最新版本R和Bioconductor．如果这是不可能的R < 3.5.0，请使用以下方法进行安装Bioconductor包

要安装核心包，在R命令窗口中输入以下命令:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)

安装特定的软件包，例如“基因组特征”和“注释dbi”

BiocInstaller: biocLite (c(“GenomicFeatures”、“AnnotationDbi”))

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