2021年5月20日
Bioconductors:
我们很高兴宣布Bioconductor 3.13,包含2042个软件包,406实验数据包,965注释包,29工作流。
有133个新的软件包,22新数据实验包,7个新注释包,1新的工作流,没有新的书,和许多更新和改进现有的包;与R 4.1.0 Bioconductor 3.13兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows和macOS 10.14.6莫哈韦或更高。这个版本将包括一个Bioconductor更新码头工人的容器。
Bioconductor谢谢你们每个人的贡献
访问2021年欧洲杯 对细节和下载。
更新或安装Bioconductor 3.13:
安装R 4.1.0。Bioconductor 3.13设计明确了这个版本的R。
按照说明在2021年欧洲杯比分预测 。
有133个新的Bioconductor软件包在此版本中。
airpartAirpart识别组细胞类型特异的等位基因显示差不平衡跨细胞类型或状态,利用单细胞等位基因的数量。它利用广义融合套索的二项式的观察等位基因数划分细胞类型的等位基因不平衡。另外,非参数方法分区提供细胞类型。包包括一个可视化的数量和质量控制检查单细胞等位不平衡数据集的功能。
自治这个包提供了一个通用的跨平台的组学数据分析和直观的解决方案。导入功能,预处理、勘探、对比分析和组学数据的可视化。它遵循一个整洁,函数式编程范例。
awst我们提出一个不对称Within-Sample转换(AWST)规范RNA-seq读计数和减少噪声的影响样本的分类。AWST包括两个主要步骤:标准化和平滑。这些步骤将基因表达数据减少表达的低噪音的特性,受背景影响和低信噪比和高表达的影响特征,这可能是放大的结果偏差和其他实验工件。
barcodetrackRbarcodetrackR R包开发克隆跟踪数据的分析和可视化。数据所需的样品和标签丰度矩阵形式。通常从细胞条码技术实验、集成网站检索分析,或类似的技术。
biodbbiodb包提供标准的访问远程化学和生物数据库(ChEBI、KEGG HMDB,…),以及内部本地数据库文件(CSV、SQLite),方便检索条目,访问web服务,搜索质量的化合物和/或名称,和质谱匹配LCMS和男男同性恋者。其架构作为一个开发框架促进新的数据库连接器的发展为当地项目或在单独的发布包。
BioNEROBioNERO旨在整合生物网络推理的所有方面在一个包中,包括数据预处理、探索性分析,网络推理,生物的解释和分析。BioNERO可以用来推断基因coexpression网络(gcn)和基因调控网络从基因表达数据(入库单)。此外,它可以用来探索(PPI)蛋白质相互作用网络的拓扑性质。GCN推理依赖于流行WGCNA算法。入库单推理是基于“群众智慧”的原则,由在推断入库单与多个算法(CLR, GENIE3和ARACNE)和计算每一对相互作用的平均排名。作为网络分析的所有步骤都包含在这个包,BioNERO让用户避免学习几个包的语法以及它们之间如何交流。最后,用户还可以跨独立集和计算表达式识别共识模块内和种间模块保存不同网络之间的数据。
BloodGen3ModuleBloodGen3Module包提供函数R曲目分析和生成指纹表征用户执行模块。函数可以执行组比较或单个样品分析和可视化的指纹网格图或指纹的热图。模块曲目分析通常涉及确定每个模块的组成型基因的比例明显增加或减少。正如我们在细节描述;https://www.biorxiv.org/content/10.1101/525709v2和https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33624743/,模块曲目分析的结果可以用指纹格式表示,在红色和蓝色斑点显示模块活动的增加或减少。这些斑点是随后表示在一个网格,每个位置被分配到一个给定的模块,或在一个热图,样品被安排在列和行中的模块。
bnembnem结合使用嵌套的间接测量效应模型(包mnem) CellNOptR的布尔网络。扰动实验细胞的信号节点分析的全球基因表达谱的影响。这些概要文件提供证据的布尔加调节节点网络,例如,是否两个父母激活孩子独立(或门)或联合(与门)。
BumpyMatrix为持有种基本实现BumpyMatrix类和几个子类对象的每个条目的矩阵。这类似于一个衣衫褴褛的数组但破烂在第三维度,更像一个崎岖不平的表面,因此得名。特别感兴趣的是BumpyDataFrameMatrix,每个条目是一个Bioconductor数据帧。这使我们能够自然地表示多变量数据的格式兼容二维容器SummarizedExperiment和MultiAssayExperiment对象。
卡昂随着高通量技术的发展,越来越多的基因表达分析往往取代hybridization-based微阵列的革命性技术。新方法编码类别再次利用样本的秩为每个基因在每个类。然后我们考虑基因的相关系数和阶级等级的样品和新等级的类别。相关系数最高的基因被认为是最有效的特征基因对样本进行分类。
cbpManager这个R包提供了一个闪亮的应用程序,允许用户生成、管理和编辑数据和元数据文件适用于进口cBioPortal癌症基因组学。创建癌症研究和编辑它的元数据。上传数据突变的病人将data_mutation_extended连接。这项研究的txt文件。创建和编辑临床病人数据,样本数据和时间数据。创建自定义时间追踪病人。
CelliDCelliD是clustering-free健壮的多元统计方法提取每个细胞从单细胞RNA-seq基因签名。CelliD允许无偏细胞身份识别在不同的捐赠者,tissues-of-origin、生物模型和单细胞组学协议。包也可以用来探索功能通路浓缩在单细胞的数据。
cellmigRation进口荧光标记细胞的TIFF图像,随着时间的推移和追踪细胞运动。支持并行图像处理和快速计算细胞的轨迹。深入分析细胞的轨迹是通过15轨迹分析功能来实现的。
censcyt高维微分方法丰富分析血细胞计数数据当协变量服从正确的审查(如存活时间)基于多个归责和广义线性混合模型。
CIMICECIMICE工具在肿瘤领域的系统发生学和它的目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症恶化马尔可夫链,中国石油物资公司)为了进化模型肿瘤亚型。CIMICE是一个突变的输入矩阵,因此一个布尔矩阵代表改变基因样本的集合。这些示例都假定为获得单细胞DNA分析技术和工具是专门编写使用这些数据的特点CMPC建设。
CNVgears这个包包含一组函数来执行一些类型的处理和分析基因拷贝数异变调用管道/算法结果以集成的方式,无论原始数据类型(snp数组或门店)。它提供函数结合多个CNV调用结果到一个单独的对象,过滤器,计算CNVRs (CNV区域)和继承模式,检测基因的负载等等。包最适合人类家庭群组研究。
CNVizCNViz需要探测、基因和segment-level log2拷贝数比率和启动一个闪亮的应用可视化样本的拷贝数。你也可以集成杂合性丢失(LOH)和单核苷酸变异(SNV)数据。
ComPrAn这个包是SILAC贴上complexome分析数据的分析。它使用肽一样格式的表作为输入并产生现成的表和图。
conclusCONCLUS是健壮的集群和积极的标记特性的工具选择单细胞RNA-seq (sc-RNA-seq)数据集。它利用一个共识聚类的方法,大大简化sc-RNA-seq为用户数据分析。值得注意的是,CONCLUS不包括测序文件的预处理步骤后得到下一代测序。CONCLUS分为以下步骤:一代的多个t-SNE情节与一系列参数,包括从主成分分析提取的基因的不同选择。使用Density-based空间聚类的应用程序与噪声(DBSCAN)摘要算法每个生成的簇t-SNE阴谋。所有DBSCAN结果组合成一个细胞相似矩阵。细胞相似矩阵用于定义“共识”集群横渡前面定义的集群解决方案的守恒。识别标记基因为每个集群存在共识。
调味品这个包封装许多函数进行微分拓扑分析。它着重于分析一个“使数据集与多个条件。虽然包主要是面向scRNASeq,但没有地方限制实际的输入格式。
CONSTANd可实现一个数据矩阵数据•巴卡洛克通过斜(使用RAS方法,参见参考资料)Nrows由Ncols矩阵的行和列的方式意味着= 1。结果是一个规范化数据矩阵K =拉,行mulipliers的产物R和列乘数年代与原矩阵一个。丢失的信息需要NA值不为零值,因为CONSTANd能够忽略缺失值在计算的意思。使用CONSTANd标准化允许样本之间的直接比较值在同一个甚至跨不同CONSTANd-normalized数据矩阵。
cosmosR宇宙(因果定向搜索Multi-Omic空间)是一种方法,集phosphoproteomics、转录组,和代谢组学数据集基于信号的先验知识,代谢和基因调控网络。它估计transcrption因素和激酶的活动,发现一个网络级的因果推理。因此,宇宙为跨mulit-omics实验观测数据集提供了机械的假设。
CTDquerier包比较Toxicogenomics从数据库检索和可视化数据(http://ctdbase.org/)。下载的数据格式化为下游DataFrames分析。
cyanoFilter一种方法来过滤和/或识别从所有粒子测量浮游植物细胞通过流式细胞术和细胞色素复杂信息。它使用一个一维序列盖茨在预定义的频道测量某些色素和复杂性。包是特别针对蓝藻,但将对浮游植物群落,至少有一个浮游植物细胞特征,区分每一个社区。
CytoGLMMCytoGLMM R包实现了两个多元回归策略:一个引导广义线性模型(GLM)和广义线性混合模型(GLMM)。最新的数据分析工具比较表达式在许多计算发现细胞类型。CytoGLMM关注的只是一个细胞类型。窄的领域的应用程序允许我们定义一个更具体的统计模型和容易控制统计担保。结果,CytoGLMM发现差异蛋白和大规模血细胞计数数据流同时减少偏见引起的标志引起的相关性和维护错误的发现病人的异质性。
dce计算微分因果效应(dce)(生物)网络。鉴于控制实验的观测样本和非控制性(如癌症)两个基因a和B,我们可以计算微分因果效应(广义)线性回归。如果的因果效应基因在基因B在控制样品不同于非控制性样本dce的因果效应将不同于零。我们调整了dce计算之前将网络信息的途径如KEGG数据库。
解耦转录组分析了差异基因表达分析往往导致基因列表,很难分析和解释。下游分析工具可以用来总结管制事件到一个更小的生物可判断的功能。特别是,方法预测转录因子的活动(TFs)基因表达是常用的。已经表明TF的转录目标收益率更稳健估计的TF活性比观察特遣部队本身的表达。因此,转录因子的评估活动,需要一个转录调控网络结合统计算法,总结了目标基因的表达成一个单一的活动得分。多年来,许多不同的监管网络和统计算法被开发出来,主要是在一个固定的一个网络,一个算法。系统地评估网络和算法,我们开发了脱钩,R包,允许用户应用提供有效的任意组合。
DeepPINCS(CPI)识别的新型复合蛋白的相互作用是重要的药物发现。揭示未知复合蛋白相互作用有助于设计新的药物靶蛋白的筛选候选化合物。准确的CPI预测有助于有效的药物发现过程。有效地识别潜在的消费者价格指数,基于机器学习的预测方法和深度学习发展。数据为离散符号序列提供了数据。在数据中,化合物被表示为微笑(简体molecular-input line-entry系统)字符串和蛋白质氨基酸序列的字符。结果被定义为一个变量,表示两个分子相互作用强度或是否有它们之间的交互。在这个包中,基于深度学习的模型,只需要两个化合物和蛋白质的序列信息作为输入和结果输出用于预测CPI。模型是实现通过使用化合物和蛋白质编码器与有用的特性。CPI模型还支持其他建模任务,包括蛋白质相互作用(PPI),化工交互(CCI),或单一化合物和蛋白质。 Although the model is designed for proteins, DNA and RNA can be used if they are represented as sequences.
DelayedRandomArray实现一个DelayedArray随机值的采样值的实现需要推迟到他们。可再生的抽样在任何子数组是通过组块,每个块初始化有不同的随机种子和流。通常分布在统计数据支持包,连同标量、矢量和数组参数。
DExMA执行的所有步骤没有消除这些基因的基因表达分析中提出了几乎两个数据集。它提供了必要的功能能够执行不同的基因表达分析的方法。此外,它还含有功能应用质量控制,下载地理数据集和显示结果的图形化表达。
diffUTRdiffUTR包提供了一个统一的接口和绘图功能limma /磨边机/ DEXSeq动力微分bin /外显子使用。它包括另外的一个改进版本limma:: diffSplice方法。最重要的是,diffUTR进一步扩展了这些框架的应用微分UTR用法分析使用多聚腺苷酸网站数据库。
dir.expiry实现了一个过期的系统版本目录的访问。目录没有被访问的注册函数在一定时间内被删除。这个旨在减少磁盘使用情况通过消除过时的旧版本的包生成的缓存。
drugTargetInteractions提供实用工具以确定药物小分子或基因/蛋白质的交互集标识符。所需的药物相互作用信息试图从本地SQLite ChEMBL数据库的实例。ChEMBL已经选择了这个目的,因为它提供了最全面的和最佳annotatated知识资源药物信息在公共领域。
epialleleRmitotically Epialleles特定DNA甲基化模式和/或减数继承。这个包调用hypermethylated epiallele频率的基因组区域或个人胞核嘧啶在新一代测序数据使用二进制排列图(BAM)文件作为输入。其他功能包括计算经验累积分布函数,每次读β值,和测试之间的意义关联epiallele甲基化状态在特定基因位置和基本频率(snp)。
epidecodeRepidecodeR包能够分析影响程度的DNA / RNA表观遗传基因或蛋白质的化学修改的失调。这个包集成化学改性生成的数据从主机外遗传性或epitranscriptomic技术如ChIP-seq, ATAC-seq, m6A-seq,等和特异表达基因差异表达基因列表的形式,核糖体占用或微分蛋白质翻译和识别基因失调造成的影响因不同程度的化学修饰与基因有关。epidecodeR产生累积分布函数(CDF)情节显示变化趋势总体log2FC基因分为组之间基于修改的程度与基因有关。工具还测试log2FC组之间差异显著性的基因。
epigraHMMepigraHMM提供了一组工具外遗传性分析的数据基于隐马尔可夫模型。它包含两个单独的峰打电话,一个用于共识山峰从生物/技术复制,和一个用于differial山峰从multi-replicate multi-condition实验。对于后者,window-specific后验概率与读计数浓缩为每一个可能的组合模式。
EWCE用来确定哪些类型的细胞内丰富基因列表。包提供了工具测试充实在简单的基因列表(如人类疾病相关基因)和微分表达式产生的那些研究。包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集和用户定义的数据集可以加载和使用的分析。
盛宴细胞集群是最重要之一,通常执行的任务在单细胞RNA序列(scRNA-seq)数据分析。细胞集群的重要一步是选择一个子集的基因(被称为“特性”),其表达模式将被用于下游集群。一组良好的功能应该包括那些区分不同的细胞类型,和质量这样的设置可以对聚类精度产生重大影响。宴会是一个R库选择最有代表性之前执行scRNA-seq集群的核心特性。它可以用作一个插件首先聚类算法,如SC3 TSCAN,夏普,SIMLR,修。宴会的核心算法包括三个步骤:1。共识聚类;2。能够意义推理;3所示。 validation of an optimized feature set.
fedup浓缩和损耗的R包测试使用一个确切概率法定义的路径。该方法是专为通用的途径(如注释格式。格林尼治时间,txt xlsx)允许用户自定义注解上运行路径分析。这个包也结合Cytoscape提供基于网络的通路可视化,提高结果的可解释性。
fgga包实现FGGA算法。这个包提供了一个基于分层系综法的ob因子图一致的蛋白质编码基因的注释。FGGA体现的元素谓词逻辑、通信理论、监督学习和推理的图形模型。
flowGraph流式细胞术中确定最大差的细胞群数据考虑细胞群之间的依赖关系;flowGraph计算和情节SpecEnr丰富分数给细胞群细胞计数。
fobitools一组工具与Food-Biomarker本体(FOBI)进行交互。生物意义的一组基本操作工具分析、图形和文本挖掘注释营养策略数据。
GenomicDistributions如果你有一组基因组范围,这个包可以帮助您可视化和比较。它产生的几种情节,例如:染色体分布情节,想象你的地区是如何分布在染色体;特征距离分布的阴谋,以可视化你的地区分布相对于感兴趣的一个特性,如转录起始位点(tss);基因组分区块,想象你的区域重叠基因启动子等特性,内含子、外显子,或基因间区域。它也很容易比较一组到另一个范围。
GenomicSuperSignature这个包包含指数的可复制和可翻译的轴变化(RAV)从公众中提取RNA序列数据集的聚类和平均pc。这个索引,命名为RAVindex与网格条款和GSEA进一步注释。功能连接个人电脑从红光的新数据集,提取可说明的注释,并提供直观的可视化,在这个包中实现。总的来说,这个包使研究人员能够分析新数据在现有数据库的背景下以最小的计算资源。
GEOfastqGEOfastq用于下载fastq文件从欧洲核苷酸存档(ENA)从一个从基因表达综合(GEO)加入。要做到这一点,样品从地理元数据检索和阅读顺序归档(SRA)。SRA运行到达然后用于构造FTP和粗ENA生成fastq文件的下载链接。
GeomxToolsNanoString技术GeoMx技术的工具。包提供的阅读功能DCC和PKC文件基于ExpressionSet派生的对象。标准化和质量控制功能也包括在内。
geva统计方法评估变化的微分表达式(DE)多个生物之间的条件。它考虑fold-changes和假定值从先前的微分表达式(DE)的结果,使用大规模数据(如。、微阵列和RNA-seq)和评估哪些基因在应对不同的反应实验。这个评估包括统计方法的一个独特的管道,包括加权汇总,分位数检测、聚类分析、方差分析测试,以分类的一个子集相关基因的德是相似或相关的某些生物因素。
制粒机制粒机是一种细胞类型反褶积的R包异构组织基于批量RNA-seq数据或单细胞RNA-seq表达谱。包提供了一个统一的基准测试界面快速运行和多个先进的反褶积方法。数据反褶积的外周血单核细胞(PBMCs)为个人提供免疫细胞类型。
杂环胺这个包为用户提供查询人类细胞的能力阿特拉斯单细胞实验数据的数据存储库。的项目(),文件(),样品()和包()每一个索引函数检索摘要信息;相应的* _details ()可用于个人的每个索引条目。基于文件的资源可以下载使用files_download ()。先进的使用方案允许用户通过大型结果集页面,并灵活查询链表的链表的结构代表查询响应。
HGCHGC(分层的基于聚类的缩写)是一个R包进行层次聚类在大规模的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据。细胞的关键思想是构建系统树图上共享最近邻(SNN)图。HGC提供了用于构建细胞的功能图,进行层次聚类图。
HiCDCPlus系统的3 d交互调用和微分分析高c和HiChIP。HiC-DC +(高c / HiChIP直接调用者+)包使原则高c和HiChIP数据集的统计分析,包括重要的相互作用在一个实验中,执行微分分析条件给定的复制实验-促进全球一体化研究。HiC-DC +估计显著交互高c或HiChIP实验直接从原始接触矩阵对每个染色体基因组指定的距离,由统一封存或限制性内切酶片段基因组间隔,通过训练背景模型考虑到随机聚合物结扎和系统化的阅读数变异的来源。
HubPubHubPub帮助Bioconductor中心为用户提供了功能结构。包能够创建一个骨架中心风格的包,用户可以填充必要的信息。也有功能来帮助将资源添加到中心包元数据文件以及将数据发布到Bioconductor S3 bucket。
immunotationMHC(主要组织相容性复合体)细胞表面分子复合物呈现抗原T细胞。抗原的曲目,在一个给定的遗传背景很大程度上取决于序列的编码MHC分子,因此,在人类高度可变HLA(人类白细胞抗原)hyperpolymorphic HLA位点的基因。已报告28000多不同HLA等位基因,与全球人类之间显著的等位基因频率的差异。可再生的和一致的注释HLA等位基因在大规模生物信息学工作流仍然是具有挑战性的,因为可用的参考数据库和软件工具经常使用不同的HLA命名方案。包immunotation提供了一致的HLA基因注释工具等典型immunoinformatics工作流例如MHC-presented肽的预测不同的人类的捐助者。转换器的功能提供映射不同HLA命名方案是基于MHC限制性本体(MRO)。包还提供了自动进入全球人类HLA等位基因频率参考人口净数据库存储在等位基因频率。
interacCircos实现在一个有效的方法来显示基因组数据,关系,信息在交互循环基因组(圆环)阴谋。“interacCircos”受到“circosJS”,“BioCircos。js”和“NG-Circos”和我们的模块集成circosJS”、“BioCircos。js”和“NG-Circos ' R包,基于“htmlwidgets的框架。
InteractiveComplexHeatmap这个包很容易使热图由ComplexHeatmap包到交互式应用程序中。它提供了两种类型的时空:1。在交互式图形设备,2。闪亮的应用。它还提供了功能整合互动的热图部件对于更复杂的闪亮的应用发展。
InterCellarInterCellar被实现为一个R / Bioconductor包包含一个闪亮的应用程序,允许用户从scRNA-seq数据交互地分析信息交流。从预算中的交互,InterCellar提供过滤选项,注释和多个可视化探讨集群,基因和功能。最后,用户可以定义interaction-pairs模块并链接到重要的功能从通路或基因本体。
IRISFGM单细胞RNA-Seq数据是有用的在发现细胞异质性和签名基因在特定的细胞群在癌症和其他复杂的疾病。具体来说,功能基因模块(女性生殖器切割)的调查可以帮助理解基因交互网络和复杂的生物学过程。QUBIC2被公认为最有效的工具之一,女性生殖器切割从scRNA-Seq数据识别。然而,C实现的可用性是有限的,和它的应用能力是影响只有少数下游分析功能。我们开发了一个R包命名IRIS-FGM综合scRNA-Seq解释功能基因系统模块分析)来支持功能梯度材料的调查和细胞集群使用scRNA-Seq数据。授权由QUBIC2 IRIS-FGM可以识别中的功能梯度材料粘住,预测类型/集群,识别差异表达基因,并进行功能富集分析。值得注意的是IRIS-FGM也是修对象可以很容易地用于修小品文。
KBoost重构基因调控网络和转录因子的活动是至关重要的理解生物过程和开发个性化的治疗潜力。然而,它仍然是一个开放的问题,现有的算法往往不能够处理大量的数据。此外,许多现在的方法预测大量的假阳性和无法集成其他的信息来源如之前所知的交互。这里我们介绍KBoost,一个算法,它使用内核PCA回归,推动和贝叶斯模型平均基因调控网络的快速和准确的重建。KBoost之前也可以使用一个网络建立在先前已知的转录因子的目标。我们已经使用三个不同的数据集对其他高性能KBoost基准测试算法。结果表明,我们的方法为多跨数据集的其他方法。
lisaClustlisaClust提供了一系列的函数来识别和想象的区域组织,细胞类型之间的空间关系是相似的。这个包可以用来提供一个高层次的总结程控colocalization在多路复用成像数据分段单细胞决议。
LRcellLRcell的目标是识别特定sub-cell类型驱动的变化观察大部分RNA-seq差异基因表达的实验。为了达到这个目标,LRcell利用组细胞标记基因获得从单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)作为指标对各种细胞类型组织的利益。接下来,对于每一个细胞类型,利用其标记基因指标,我们运用逻辑回归的全套基因与微分表达式假定值来计算一个程控假定值意义。最后,这些假定值比较来预测哪一个(s)很可能负责微分基因表达模式中观察到大部分RNA-seq实验。LRcell LRpath启发了[@sartor2009lrpath]算法由裁缝et al .,最初设计用于路径/基因集富集分析。LRcell包含三个主要组件:LRcell分析、情节生成和标记基因的选择。所有模块在这个包中都写在r .这个包还提供了标记基因在人类大脑前额叶皮层(pFC)地区,人类PBMC和九个老鼠大脑区域(额叶皮层、小脑、苍白球,海马体,Entopeduncular,后皮层、纹状体、黑质和丘脑)。
MACSrChIP-Seq的基于模型的分析(mac)是一种广泛使用的工具包,用于识别转录因子结合位点。这个包是一个R的最新MACS3的包装器。
MAGAR“Methylation-Aware R基因型协会”(MAGAR)计算methQTL从DNA甲基化和基因分型数据匹配样本。MAGAR使用线性建模策略叫论文认定/ methQTLs snp。MAGAR占论文认定的本地相关结构。
MatrixQCvis数据质量评估是不可或缺的一部分准备数据分析,以确保良好的生物信息检索。我们这里现在MatrixQCvis包,它提供了shiny-based交互式可视化数据质量标准的样品和一个部分水平。它广泛适用于定量组学数据类型的矩阵像格式(功能x样本)。它使低质量的检测样品,飘离群值在数据集和批处理效果。可视化包括在其他酒吧,小提琴的情节(数/强度)值,均值和标准差的阴谋,阴谋,经验累积分布函数(ECDF)情节,可视化的样本之间的距离,和多种类型的降维的情节。此外,MatrixQCvis允许微分表达式分析基于limma(主持t)和proDA(瓦尔德测试)包。MatrixQCvis建立在流行Bioconductor SummarizedExperiment S4类,因此使简单集成到现有的工作流程。包特别是专门针对代谢组学和蛋白质组学质谱数据,但也允许其他数据类型的数据质量评估可以表示为一个SummarizedExperiment对象。
模因MEME的无缝接口套件家庭为主题分析的工具。“模因”提供数据了解工具使用农庄对象作为entrypoints主题分析,数据结构用于检查和编辑主题列表、数据可视化和小说。“模因”的功能和数据结构都服从基地R和tidyverse工作流。
MetaboCoreUtilsMetaboCoreUtils定义metabolomics-related核心功能提供低级功能允许数据structure-independent使用跨各种R包。这包括离子加合物和化合物之间的函数来计算质荷比和质量或功能与化学公式。包还提供了一组加合物的定义和信息在一些商用内标混合女士常用于实验。
metapod实现了各种方法的假定值相结合微分分析公司的数据集。功能可以结合不同测试假定值相同的分析(例如,在ChIP-seq基因组窗户,外显子在RNA-seq)或相应的测试在单独的分析(例如,复制比较,效果不同的治疗条件)。支持提供处理对数转换输入假定值、缺失值和权重在适当的地方。
methylscapermethylscaper R包处理和可视化数据的联合分析甲基化和染色质可访问性(MAPit、NOMe-seq scNMT-seq, nanoNOMe,等等)。包支持单细胞和单分子数据和一个公共接口共同可视化数据类型通过命令具象的一代甲基化状态矩阵。闪亮的应用程序允许交互式系列化的产品精制和权重优化细胞或DNA分子的订单发现甲基化模式和核小体定位。
米娅米娅实现工具进行微生物分析基于SummarizedExperiment, SingleCellExperiment和TreeSummarizedExperiment基础设施。争吵和分析的分类数据是主要的范围。附加功能等常见的任务是实现社区指数计算和总结。
miaVizmiaViz实现绘图功能处理TreeSummarizedExperiment和相关对象的上下文微生物分析。这包括策划树、图和微生物系列数据。
midasHLA迈达斯是一个R包免疫遗传学数据转换和统计分析。迈达斯接受输入数据的形式HLA等位基因和吉珥类型,并且可以将其转换为生物有意义的变量,使HLA氨基酸细映射,分析HLA进化趋异,吉珥基因的存在,以及验证HLA-KIR交互。此外,它允许全面统计协会分析工作流的表型不同的测量尺度。大富翁关闭之间的差距的推理及其有效利用免疫遗传的变异使T细胞的相关发现,自然杀伤细胞,生物学和疾病。
miloR这个包执行单细胞微分丰富测试。细胞状态模拟代表社区近邻图。假设检验执行使用负二项式广义线性模型。
米娜越来越多的微生物基因组数据集生成和分析与快速发展的测序技术的帮助。目前,分类分析数据分析主要使用composition-based方法进行的,忽略了社区成员之间的相互作用。除此之外,缺乏有效的方法来比较微生物相互作用网络有限的社会动力学的研究。更好地理解社区的多样性是如何受到其成员之间复杂的相互作用的影响,我们开发了一个框架(微生物群落多样性和网络分析,米娜),一个全面的框架,用于微生物群落多样性分析和网络比较。通过定义和集成network-derived社区特性,我们大大减少noise-to-signal率多样性分析。一个引导和permutation-based方法实施评估社区网络的异同和提取歧视特征统计原则的方式。
miQC单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)使得它可能在高分辨率剖面组织的基因表达。之前一个重要预处理步骤执行下游分析是识别和清除细胞或退化的样品质量差的使用质量控制(QC)指标。两个广泛使用的质量控制指标确定一个“劣质”细胞是(我)如果细胞包含一个高比例的读取,映射到线粒体DNA编码基因(mtDNA)和(2)如果检测到少量的基因。miQC是数据驱动的质量控制指标,联合模型读取映射到mtDNA的比例和数量的检测基因与混合模型概率框架来预测低质量的细胞在一个给定的数据集。
mirTarRnaSeqmirTarRnaSeq R包可用于交互式mRNA microrna的排序统计分析。这个包利用表达式或微分表达式mRNA和microrna的测序结果和执行互动关系和各种GLM(定期的漠视、多元的漠视,和交互GLM)分析之间的信使rna和microrna的实验。可以时间点实验,这些实验或实验条件。
mistyRmistyR impolementation了多视图细胞间SpaTialmodeling框架(雾)。雾是一种可辩解的机器学习框架知识提取和单细胞的分析,高度多路复用,空间解析数据。雾有助于深入理解标志的交互通过分析内部和细胞间的关系。雾是一个灵活的框架能够处理一个自定义的视图。这些视图可以描述不同的空间上下文,即。,define a relationship among the observed expressions of the markers, such as intracellular regulation or paracrine regulation, but also, the views can also capture cell-type specific relationships, capture relations between functional footprints or focus on relations between different anatomical regions. Each MISTy view is considered as a potential source of variability in the measured marker expressions. Each MISTy view is then analyzed for its contribution to the total expression of each marker and is explained in terms of the interactions with other measurements that led to the observed contribution.
moanin简单和高效的工作流时间进程的基因表达数据,建立在开源项目托管在凹口和bioconductor publictly可用。moanin提供了辅助函数的所有步骤需要使用功能数据分析时间进程数据分析:(1)的功能建模timecourse数据;(2)微分表达式分析;(3)聚类;(4)下游分析。
ModCon集合函数来计算一个核苷酸序列拼接捐助者网站激活或抑制周围捐赠者的使用。提议的替代核苷酸序列编码相同的氨基酸,可以应用如在记者系统沉默或激活的拼接捐助网站。
MQmetrics包MQmetrics (MaxQuant指标)提供了一个工作流分析的质量和再现性从MaxQuant蛋白质组学质谱分析。输入数据从几个MaxQuant输出表中提取,并生成pdf格式的报告。它包括一些可视化工具来检查许多参数对运行的质量。它还包括两个函数可视化的红外热成像肽Biognosysin情况下他们的样品。
MsBackendMassbank质谱(MS)数据后端支持进出口MS / MS库光谱从MassBank记录文件。可以通过不同的后端处理纯MassBank文本文件中数据的格式或允许也直接与MassBank SQL数据库交互。对象从这个包应该用于光谱Bioconductor包。这个包因此增加了光谱MassBank支持包。
MsBackendMgf质谱(MS)数据后端支持进出口MS / MS谱数据从吉祥物通用格式(mgf)文件。这个包中定义的对象应该是使用光谱Bioconductor包。这个包因此mgf文件支持光谱包补充道。
MsFeaturesMsFeature包定义了质谱特性的功能。这包括功能组(质)功能基于他们的一些属性,如保留时间(coeluting功能),或者相关的信号样本。这个packge因此允许组织特性,其结果可以作为输入的QFeatures包允许在每组总丰度水平的功能。这个包定义的概念和功能基础和常见的数据类型,实现更为具体的数据类型预计将实现各自的包(如如。xcms)。这个包的所有功能实现模块化的方式,允许不同的分组方法的结合,使其重用在其他R包。
msqrob2msqrob2为评估提供了一个健壮的线性混合模型框架微分丰富MS-based定量蛋白质组学实验。我们的工作流可以从生肽强度或总结蛋白质表达的价值观。模型参数估计可以用岭回归稳定,经验贝叶斯估计和方差M-estimation强劲。msqrob2 hurde工作流可以处理缺失数据,而无需依靠很难核实归罪假设,,比最先进的方法,没有高低missingness非难。它建立在QFeature基础设施为定量质谱数据一起存储模型结果与原始数据预处理的数据。
MSstatsLOBDMSstatsLOBD包允许的极限的计算和可视化blac (LOB)和检测极限(LOD)。我们定义LOB的最高浓度明显肽预计当复制的空白样品不含肽测量。LOD被定义为测量浓度的值的概率,谎称自己没有肽的样品是0.05,0.05给出一个概率错误地声称它的存在。这些功能以前MSstats包的一部分。中描述的方法是Galitzine (2018) < doi: 10.1074 / mcp.RA117.000322 >。
multiSightmultiSight R包提供一个用户友好的图形界面来分析您的数据使multi-omics方式基于她的假定值池和多个块的统计方法。为每个数据集提供,使multiSight提供分类模型与特征选择可以使用生命指标:(i)预测表型(如诊断任务,组织学亚型),(2)设计途径和基因本体充实(分析)表示,(iii)构建网络推理与PubMed查询简化假设和数据驱动的。
mumosa各种工具的综合分析单细胞数据集。包括功能结合多个下游分析模式,跨多个模式执行MNN-based批校正,计算测定值之间的相关性不同的模式。
MungeSumstats的MungeSumstats包的目的是促进GWAS的标准化汇总统计。包括国民党重新格式化输入摘要统计法,空空的,英国石油公司和可以查找这些值是否缺少。它还消除了重复的单核苷酸多态性。
NanoStringNCToolsNanoString技术nCounter技术的工具。支持阅读RCC文件到一个ExpressionSet派生的对象。还包括质量控制方法和normalizaztion NanoString数据。
nempi使用一个不完整的微扰概要文件作为输入,并在日志赔率和推断基因差异表达的扰动和增加观察的。推理是由迭代地推断一个网络的扰动和推断网络的扰动。网络推理是由嵌套的影响模型。
ORFhunteRORFhunteR包是一个R和c++库自动测定和注释的开放阅读框(ORF)在一个大的RNA分子。它有效地实现了基于核苷酸序列的向量化的机器学习模型和随机森林分类算法。ORFhunteR包由一组函数写在R结合c++语言。包的效率分析的例子证实了RNA分子从NCBI RefSeq和运用数据库。包可用于生物医学研究基础研究和应用研究的相关转录组正常的人类细胞改变(例如,癌症)。
PDATK胰腺导管腺癌(PDA)相对贫穷的预后,是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类有可能识别有意义的亚型可通知临床治疗策略。胰腺癌腺癌作为工具(PDATK)提供了一个S4基于类的接口进行无监督亚型的发现,cross-cohort meta-clustering, gene-expression-based分类,和随后的生存分析确定影响预后的有用亚型在胰腺癌和超越。两个新方法,共识亚型在胰腺癌(中海壳牌)和胰腺癌总体生存预测(PCOSP)包括一致同意meta-clustering和总生存期预测,分别。此外,四个亚型分类器和三个发表出版预后基因签名包含允许用户轻松地创建发布结果,现有分类器应用于新数据和基准的相对性能的新方法。使用现有的Bioconductor类作为输入所有PDATK类和方法使集成与现有Bioconductor数据集,包括21个胰腺癌患者群中可用MetaGxPancreas数据包。PDATK被用来复制结果Sandhu et al (2019) [https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]和额外的纸是在工程使用包括出版中海壳牌验证亚型分类器,这两个在MetaGxPancreas使用可用的数据。包含亚型质心和预后基因签名从这些和其他出版物将使研究人员和临床医生对小说进行分类患者基因表达数据,允许的直接临床应用分类器包含在PDATK。总的来说,PDATK提供了一组丰富的工具来识别和验证有用的预后和分子亚型的基因表达数据的基础上,对现有新基准分类器,在小说病人数据发现了分类器应用于临床决策提供信息。
亲通路指纹的实现框架,介绍了论文“通路指纹:通路知识和基于拓扑结构的方法,生物标志物的发现和描述”。这种方法提供了一套系统的对比基因差异表达基因(如列表)并得到充分研究的“基本途径网络”(KEGG通路),测量的重要性通路和基因的基因集。包有助于研究人员发现生物标志物和它的功能。
PhenoGeneRanker这个包是一个基因/表型优先级的工具,利用多元异构基因表型网络。PhenoGeneRanker允许多层基因和表型网络。它还计算经验假定值的基因/表型排名使用随机分层抽样的基因/表型网络中基于他们的连接度。https://dl.acm.org/doi/10.1145/3307339.3342155。
PhIPDataPhIPData phage-immunoprecipitation测序(PhIP-seq)定义了一个S4类实验。建筑物RangedSummarizedExperiment类,PhIPData使用户能够协调元数据与实验数据分析。此外,PhIPData提供专业方法和识别beads-only样本子集,子集对象使用病毒别名,使用现有的肽库填充对象参数。
地球这个包包含R函数推断出额外的生物变量对胎盘补充DNA甲基化分析数据。这包括推断种族/祖先,胎龄,从胎盘细胞组成DNA甲基化数组(450 k / 850 k)数据。包提供了一个示例数据集处理胎盘。
PoDCall从“QuantaSoft”包含读取文件导出振幅值的ddPCR(96板)和强劲集阈值来确定每个通道的每个积极滴。浓度和浓度正常化除了其他指标然后计算为每个。结果返回一个表,选择写入文件,以及可选的情节(散点图和直方图)对每口井的通道写入文件。包包括一个闪亮的应用程序提供一个交互式的和用户友好的界面PoDCall的全部功能。
POWSC确定样本容量足够的权力来检测统计显著性是一个关键的一步在设计阶段为高通量实验。尽管很多方法和工具可供样本量计算微阵列和RNA-seq微分表达式(DE)的背景下,这一主题领域的单细胞RNA序列是可以理解的。此外,独特的数据特征出现在scRNA-seq稀疏和异质性等增加的挑战。基于仿真的方法,我们提出POWSC提供电力评估和样本大小推荐单细胞RNA测序分析。POWSC由数据模拟器创建现实的表达数据,和能力评估员提供了一个综合评价和可视化的权力和样本大小的关系。
ppcseq相对转录丰度已经被证明是一个有价值的工具对于理解生物系统的功能基因。使用RNA转录丰度的微分分析测序数据,负二项模型是迄今为止最频繁采用。然而,常见的方法是基于一个负二项模型不健壮的极端异常值,我们发现丰富的公共数据集。到目前为止,还没有严格的异常值和概率方法检测已经开发了RNA序列数据,识别主要是目视检查。最新进展在贝叶斯算法允许大规模的观测数据对比对其理论分布的统计模型。这里我们提出ppcseq,识别记录的关键质量控制工具,包括异常数据点的微分表达式的分析,不遵循一个负二项分布。应用ppcseq分析几个公开的数据集使用流行的工具,我们从3 - 10%的差异表明,丰富的成绩单在算法和数据集数据异常值的存在夸大了。
ptairMS这个方案实现了一套方法预处理数据从PTR-TOF-MS仪器(HDF5格式)并生成的样本特征表的峰值强度除了样本和特征元数据(如一个ExpressionSet对象为后续统计分析)。这个包还允许有用工具军团管理逐步分析数据,可视化工具和质量控制。到期的步骤包括校准、检测、峰值检测和量化,功能定位,缺失值归责和功能注释。应用程序能够呼出空气和细胞培养在顶部空间中描述小插曲和例子。这个包是用于数据分析Gassin Delyle研究成年人接受侵入性机械通气在重症监护室由于严重COVID-19或non-COVID-19急性呼吸窘迫综合征(ARDS),并允许identfy四potentiel biomarquers的感染。
quantiseqr这个包提供了一个简化工作流quanTIseq方法,开发执行量化RNA-seq肿瘤免疫组织的数据。对TIL10签名进行量化(解剖的贡献十免疫细胞类型),精心从人类RNA-seq样本的集合。TIL10签名已经广泛使用模拟验证,流式细胞术和免疫组织化学数据。
ramrramr R包检测低频异常甲基化发生在大型数据集得到的甲基化分析亚硫酸氢使用数组或高通量测序。此外,包提供函数可视化发现异常甲基化区域(amr)和生成集的所有可能的地区作为参考集富集分析。
rawrr这个包包装RawFileReader net程序集的功能。在R环境、光谱和色谱是由S3对象(Kockmann t . et al . (2020) < doi: 10.1101 / 2020.10.30.362533 >)。包提供了基本功能,下载和安装所需的第三方库。包的开发,测试,和使用功能基因组学中心苏黎世瑞士https://fgcz.ch。
RbecRbec是分析扩增子的DADA2改编版本从合成测序数据社区(同步通信卫星),在每个应变的参考序列的存在。Rbec不仅可以准确地同步通信卫星的微生物组成,但也在同步通信卫星预测污染物样品。
RCSL一种新的聚类算法和工具包RCSL(等级限制相似性学习)准确地识别各种细胞类型使用scRNA-seq数据从一个复杂的组织。RCSL认为所在地相似性和全球细胞之间的相似性来辨别细微的差别在相同类型的细胞以及细胞间较大差异的不同类型。RCSL使用斯皮尔曼等级相关的细胞与其他细胞表达载体来衡量其全球similar-ity,和自适应学习的邻居表示细胞局部相似性。细胞与其他细胞的整体similar-ity相似的线性组合其全球和地方相似。
ReactomeContentService4RReactome是一个免费、开源、开放获取生物分子策划的同行评议的知识库通路。这个包是与Reactome内容服务API进行交互。预先构建的功能将允许用户检索数据和图像,由蛋白质组成,相关通路,和其他分子Reactome特定基因或实体。
ReactomeGraph4R途径、反应和生物实体Reactome知识系统地表示为一个有序的网络。实例表示为节点和边缘实例之间的关系;他们都是存储在数据库Reactome图。这个包是一个接口查询从本地Neo4j数据库互联数据,目标是最小化Neo4j数码查询的使用。
RiboDiPA这个包执行微分Ribo-seq数据模式分析。它能够识别基因明显不同模式之间的核糖体足迹两个条件。RiboDiPA包含五个主要组件包括bam文件处理、p区映射,数据面元、微分模式分析和足迹可视化。
RLassoCoxRLassoCox是一个软件包,实现了RLasso-Cox魏刘提出的模型。RLasso-Cox模型整合基因交互信息到Lasso-Cox模型准确预测生存和生存生物标志物的发现。它是基于拓扑重要基因的假设基因相互作用网络往往有稳定的表达变化。RLasso-Cox模型使用随机游走评估基因的拓扑重量,然后强调了拓扑重要基因提高Lasso-Cox模型的泛化能力。RLasso-Cox模型的优点与高预后性能识别较小的基因集独立的数据集,这可能发挥重要作用在强大的生存标志物的各种癌症。
圣诞老人这个包提供了测量方法的力量之间的联系网络和表型。它通过测量集群跨网络的表型(Knet)。顶点也可以单独排名的强度和较高的权重的顶点(Knode)。
土星土星提供了一个胡须高性能、可扩展的框架,用于执行微分成绩单使用分析。包包含三个主要功能。第一个函数、fitDTU适合quasi-binomial广义线性模型,模型记录使用不同群体的利益。第二个函数,testDTU测试感兴趣的团体之间的微分的使用记录。最后,plotDTU可视化使用概要文件的记录组的兴趣。
ScaledMatrix提供延迟计算矩阵的扩展和集中值。结果相当于使用规模()函数,但可以避免显式实现期间稠密矩阵块处理。这允许更大的常用操作的效率,尤其是矩阵乘法。
SCArray提供大规模的单细胞RNA-seq数据操作使用基因组数据结构(GDS)文件。它结合了密集和稀疏矩阵存储在GDS文件和Bioconductor基础设施框架(SingleCellExperiment和DelayedArray)提供内存不足数据存储和大规模使用R编程语言操作。
scClassifR包包含一组pretrained机器学习模型预测基本免疫细胞类型。这使所有用户能够迅速得到第一个细胞类型的注释出现在他们的数据集,而无需先验知识。scClassifR还允许用户来训练自己的模型来预测新的基于特定细胞类型研究的需要。
sechmsechm SummarizedExperiment之间提供了一个简单的接口对象和ComplexHeatmap包。它使策划注释从SE对象的热图,构成了rowData colData列,容易获得和实现的特性使一代的热图更容易也更灵活。这些功能用于SEtools一揽子计划的一部分。
shinyepicoShinyEPICo是一个图形化管道分析Illumina公司DNA甲基化数组(450 k或史诗)。它允许计算差异甲基化位置和差异甲基化区域在一个用户友好的界面。此外,它包括几个选项出口进行下游分析结果和获取文件。
SingleMoleculeFootprintingSingleMoleculeFootprinting R包提供函数来分析单分子的碳足迹(SMF)数据。工作流以其装饰图案后,用户可以执行基本的数据分析SMF数据以最小的编码工作。从一个对齐的bam文件,我们将展示如何执行质量控制序列库提取甲基化信息在单分子水平占两个可能的SMF实验(单或双酶酶),基于模式分类单分子的分子入住率,情节SMF信息在一个给定的基因的位置
sitadela提供了一个接口来构建一个统一的数据库的基因组注释和坐标(基因、转录和外显子的水平)。时,其目的是使用简单的注释(或简单农庄对象)一样是必需的,而不是更复杂的注释Bioconductor包。时也有用组合reuired注释元素,如RefSeq坐标与运用生物型。最后,它可以下载、构建和处理与版本注释基因和转录(最新可用的地方,例如RefSeq和运用)。这是在精密医学应用中特别有用,后者必须报告。
SOMNiBUS这个包的目的是基于分析点甲基化数据预定义的基因组区域,比如通过有针对性的排序,从而确定差异甲基化区域(dmr)与表型相关或特征。的方法是建立一个丰富灵活的模型允许影响,多个反是;不同的甲基化水平,顺利在基因组区域。同时,该方法还允许测序错误和可以调节细胞类型变化的混合物。
SplicingFactorySplicingFactory R包使用转录水平的表达值根据各种统计分析剪接多样性措施,如香农熵或基尼指数。这些措施可以量化记录同种型多样性之间的样品或条件。此外,该方案分析了同种型多样性数据,寻找条件之间的显著变化。
Summix这个包包含Summix方法估计和调整的祖先基因等位基因频率数据摘要。比例函数summix估计参考祖先使用混合模型。adjAF函数产生祖先调整等位基因频率的观测样本与祖先比例匹配目标个人或样本。
supersigs生成SuperSigs(监督突变签名)在癌症基因组单核苷酸变异。函数包含在包允许用户学习监督突变签名的数据,并将它们应用到新的数据。中描述的方法是基于一个艾弗里(2021年,ELife)。
systemPipeToolssystemPipeTools包扩展了广泛使用systemPipeR (SPR)工作流环境与一个增强的数据可视化工具包,包括公用事业自动化的数据visualizaton分析差异表达基因(度)。systemPipeTools提供数据转换和数据探索函数通过散点图、分层聚类的热图,主成分分析,多维标度,广义主成分,t-Distributed随机邻居嵌入(t-SNE)和马火山地块。所有这些实用程序可以集成的模块化设计systemPipeR环境,允许用户轻松替代任何这些特性和/或自定义的替代品。
tLOHtLOH或transcriptomicsLOH评估证据,杂合性丢失(LOH)预处理空间转录组数据。这个工具需要空间集群和等位基因转录组信息可能杂合的单核苷酸多态性(SNP)在VCF格式。贝叶斯因子计算在每个SNP来确定潜在的杂合性丢失事件的可能性。包括两个绘图函数可视化每染色体等位基因分数和聚合贝叶斯因子。数据生成的10倍基因组基因表达Visium空间平台必须预处理获得个体样本VCF每个集群的列。必需的字段是等位基因深度(广告)与参考计数/替代等位基因和阅读深度(DP)。
TrajectoryGeometry给定一个时间序列或伪时间一系列基因表达数据,我们可能想知道:在这些数据做基因表达的变化表现出方向么?是这个方向的转折点。做不同的子集的数据在不同的方向?这个包使用球面几何学来探索这些问题。特别是,如果我们看(说)第n维主成分分析的基因表达,方向性可以检测到的聚类点(n - 1)维球体。
TrajectoryUtils实现底层工具为单细胞轨迹分析,主要用于内部重用高级包。包括一个函数创建一个集群级别最小生成树和数据结构来保存拟时间推理结果。
TraReTraRe(转录重新布线)是一个R包包含必要的工具来执行几个函数。基于模块的识别基因调控网络(入库单);参考这些模块通过分类重新布线测试;要重塑了模块的可视化分析入库单管制和辍学基因通过派系恢复方法。对于每一个工具,可以生成一个html报告包含有用的信息生成入库单和统计的数据进行测试。这些工具已经开发考虑测序数据(RNA-Seq)。
旅行创建一个虚拟指针R ALTREP对象没有数据在内存中分配。是由文件的指针映射的虚拟文件所以行为一模一样普通的指针。所有请求访问指针将被发送到底层文件系统,最终由一个定制的添加功能。包的主要目的是减少内存消耗当使用R的向量来表示大量数据。包的用例包括磁盘上的数据表示,(如压缩向量。RLE)等。
treekoRtreekoR是一个小说的框架,旨在利用单细胞血细胞计数数据的层次自然找健壮和解释的细胞子集之间的关联和患者临床终点。这些协会旨在概括嵌套在工作流比例普遍inovlving手动控制,经常被忽视的工作流使用自动聚类识别细胞群。我们开发了treekoR:派生细胞集群的层次树结构;细胞的比例测量比例父(树中的每个节点相对于细胞的数量属于它的父节点),除了比例对所有(细胞的比例在每个节点相对于所有细胞);执行意义测试使用比例计算;并提供一个交互式的html帮助突出关键结果可视化。
三轮车包包含函数来推断和想象细胞周期进程使用单细胞RNASeq数据。它利用转移学习的想法,预测新数据之前的学习生物可判断的空间。我们提供一个pre-learned细胞周期空间,这可以用来推断出人类和小鼠的细胞周期时间单一细胞样本。此外,我们还提供函数可视化细胞周期时间不同的嵌入和函数来建立新的参考。
ttgsea功能富集分析方法如基因集富集分析(GSEA)已被广泛用于分析基因表达数据。GSEA是一种强大的方法来推断结果的基因表达水平的基因数据集通过计算浓缩分数为预定义的基因集。GSEA取决于基因集的可用性和准确性。之间有重叠的基因集或类别,因为多个术语可能存在的一个生物过程,它可以导致冗余在丰富。换句话说,设置相关的术语是重叠的。使用深度学习,这个行囊,目的是预测浓缩分数从文本独特的标记或单词的基因集的名字解决这个重叠设置问题。此外,我们可以通过结合令牌和硬币一个新词发现铀浓缩的分数通过预测这样一个令牌相结合。
VarConVarCon R包将注释的位置信息转换为一个单核苷酸变异(SNV)(指的是编码序列或参考基因组序列)。它检索基因组参考序列在单核苷酸变异的位置。驴,SNV是否可能影响绑定的剪接调控蛋白VarCon calcualtes HEXplorer分数作为评估。此外,VarCon另外报告拼接网站检索中的基因组序列拼接的优势,由于SNV任何更改。
vissE这个包可以解释和分析的结果从一个基因集富集分析使用基于网络的和文本挖掘方法。大多数导致大型列出重要的基因集富集分析,很难解释。工具在这个包中帮助建立一个重要的基因集的相似性网络从一个基因集富集分析,可以追究他们的生物功能使用文本挖掘方法。
wppi蛋白质相互作用数据组学数据分析和建模至关重要。数据库知识一般,没有特定的细胞类型、生理条件或任何其他上下文确定哪些连接功能和信号。基因功能注释等本体和人类表型本体可能有助于评估交互作用的相关性。这个包基于功能注释的蛋白质相互作用预测功能相关性如人类蛋白质基因本体和本体,和重视基因网络拓扑结构的基础上,功能分数和路径搜索算法。
XNAStringXNAString包允许基地序列和相关的化学修改的描述在一个单一的对象。XNAString能够捕获单链,以及双链分子。化学修改字符串表示为独立与不同特性的分子(糖基序列,序列,主干序列,修改),可以读取或写入一个执掌符号。它还允许使用从ViennaRNA RNAfold二级结构预测。XNAString被设计成高效表示核酸疗法为基础,因此它存储信息的目标序列,并提供接口的匹配和定位功能Biostrings包。
有22个新的Bioconductor数据实验包在这个版本。
BeadSorted.Saliva.EPIC原始数据对象用来估计ewastools唾液细胞比例的估计。FlowSorted.Saliva。史诗对象由saples化验的劳伦·米德尔顿等人。(2021)。
BioImageDbs包提供了一个bioimage图像分析的数据集使用机器学习和深入学习。与监管标签数据集包括显微镜成像数据。提供的数据是R可以加载列表数据Keras / tensorflow R。
DExMAdata数据对象需要allSameID DExMA包()函数。也有一些东西是必要的,能够应用DExMA包的例子,这说明包功能。
emtdata这个包提供了预处理RNA-seq数据,上皮间充质转变在细胞系诱导。这些数据来自三个出版物Cursons et al。(2015), Cursons etl。(2018)和Foroutan et al。(2017)。在每一个出版物,EMT是诱发跨多个细胞系治疗由TGFb等兴奋剂。这些数据将是有用的在决定为了实现急诊医疗监管程序修改。数据处理的戴维斯在生物信息学实验室部门WEHI。
ewceData这个包ewce所需提供了参考数据。表达式加权Celltype浓缩(EWCE)是用来确定哪些细胞类型中丰富基因列表。包提供了工具测试充实在简单的基因列表(如人类疾病相关基因)和微分表达式产生的那些研究。包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集和用户定义的数据集可以加载和使用的分析。
GenomicDistributionsData这个包提供了GenomicDistributions包可以使用参考数据。原始数据和辅助函数从ensembldb获得和处理。数据文件可用于以下基因组装配:hg19, hg38, mm9 mm10。
GSE13015微阵列表达矩阵平台GPL6106和67败血病的患者临床资料,使他们可以加入地理GSE13015。GSE13015数据解析成ExperimentHub SummarizedExperiment对象可用。这个数据数据可以作为一个例子支持BloodGen3Module R包。
imcdatasetsimcdatasets包提供公开的IMC数据集。IMC是一种技术,使测量> 40蛋白质组织部分。生成的图像可以分割提取单个细胞数据。数据集通常包含三个元素:SingleCellExperiment对象包含单个细胞数据,CytoImageList对象包含多通道图像和CytoImageList对象包含细胞面具被用来提取单个细胞的数据图像。
LRcellTypeMarkers这是一个外部为LRcell ExperimentData包。这个数据包包含基因富集得分计算从scRNA-seq数据集显示每个细胞类型的基因富集在特定的大脑区域。LRcell包是用来识别特定sub-cell类型驱动的变化观察大部分RNA-seq差异基因表达的实验。有关详细信息,请访问:https://github.com/marvinquiet/LRcell。
MACSdata测试数据集从MACS3测试例子使用的例子MACSr包中。9数据集都是上传到ExperimentHub。原始数据可以在找到:https://github.com/macs3-project/MACS/。
methylclockData9数据集的集合,安德鲁斯bakulski脐带血,血液gse35069,血液gse35069陈,血液gse35069完成,结合脐带血,绳bloo d gse68456 gervin莱尔脐带血,guintivano dlpfc和唾液gse48472”。数据下载meffil。数据用来估计细胞计数使用外在后生12岁加速度(EEAA)方法收集的数据集使用MethylClock包估计时间和妊娠DNA methylationwith估计使用智慧不同的甲基化时钟
microbiomeDataSetsmicrobiomeDataSets是微生物组的集合数据集加载Bioconductor ExperimentHub的基础设施。工作流的数据集作为参考和小品文发表毗邻Bioconductor微生物分析工具。可以添加额外的数据集加班和添加作者是受欢迎的。
MouseThymusAgeing这个包提供了数据访问数矩阵和胸腺epithlial细胞RNA单细胞测序数据的元数据在鼠标老化使用SMARTseq2和10 x Genommics化学反应。作为一个提供数据的访问通过ExperimentHub包。它的目的是促进Baran-Gale数据的重用et al。一致的格式,包括相关和有用的元数据。
msigdb这个包提供了分子特征数据库(MSigDB) R可访问对象。签名都存储在GeneSet类对象形成GSEABase包和整个数据库存储在一个GeneSetCollection对象。这些数据然后ExperimentHub主持。数据在这个包中获得的MSigDB Broad研究所。每个基因集的元数据存储以及基因GeneSet类对象中设置。
ObMiTi包提供RNA-seq计数2亩musclus菌株;野生型和Ob / Ob。每个菌株分为两组,每组食物饮食或高脂肪的饮食。RNA表达12周后测量7组织。
preciseTADhub一个包含pre-trained experimentdata包来补充preciseTAD包模型和变量的引入每个基因组注释用于构建模型解析ExperimentHub可用对象和列表。总共preciseTADhub提供n = 84随机森林分类模型优化预测出/染色质循环边界区域和存储为.RDS文件。价值,n,来自这样一个事实:我们认为l = 2细胞系{GM12878, K562}, g = 2地面实况边界{箭头,Peakachu},和c = 21常染色体染色体{CHR1 CHR2,…, CHR22}(省略CHR9)。此外,每个对象本身就是外带一个二道菜列表包含:(1)模型对象,和(2)CTCF的变量重要性,RAD21, SMC3, ZNF143用来预测边界地区。每个模型通过“抵抗”战略,训练数据从染色体{CHR1 CHR2,…, CHRi-1, CHRi + 1,…, CHR22}被用来构建模型和第i个染色体是用于测试。更多细节参见https://doi.org/10.1101/2020.09.03.282186模型构建的策略。
ptairData包ptairData包含两个原始数据集从Proton-Transfer-Reaction飞行时间质谱仪(PTR-TOF-MS),收购HDF5格式。一个呼出空气的两个志愿者健康个体三个复制,和一个从细胞培养顶部空间两个分枝杆菌物种和一个控制(培养基)和两个复制。这些数据集使用的例子和装饰图案的ptairMS包(PTR-TOF-MS数据预处理)。也有用于gererate ptrSet ptairMS数据:exhaledPtrset mycobacteriaSet
scpdata包传播质谱(MS)的单细胞蛋白质组学(SCP)的数据集。公布的数据收集工作和格式化的使用scp数据结构。在光谱数据集包含定量信息,肽和/或蛋白质水平对单个细胞或分钟样本数量。
SimBenchDataSimBenchData包包含一个共有35个单细胞RNA-seq数据覆盖范围广泛的数据特征,包括主要排序协议、多种组织类型,人类和小鼠来源。
SingleMoleculeFootprintingData这个包包含数据objcets relevanat SingleMoleculeFootprinting包。更具体地说,它包含对齐的测序数据(的一个例子。bam & .bai)必要的运行SingleMoleculeFootprinting装饰图案。此外,我们提供数据是必不可少的功能正常工作如BaitCapture()和SampleCorrelation ()。
STexampleData的转录组数据集空间解决SpatialExperiment Bioconductor格式,用于示例,演示,教程和其他用途。数据集被来自各种公开的来源,和求职几个技术平台。
TENxVisiumData收集Visium空间10 x基因组学,基因表达数据集类SpatialExperiment格式化为对象。数据覆盖各种生物和组织,包括:单一和多节实验,以及单一部分进行全转录组和有针对性的面板分析。数据集可能用于测试示例包,教程和工作流的示威活动,或类似的目的。
有7个新的Bioconductor注释包在这个版本。
AHLRBaseDbsAnnotationHub供应LRbaseDb对于许多物种中的注释数据库。我们所有的SQLite文件生成Snakemake工作流lrbase-workflow。有关细节,请参见README。lrbase-workflow的md。
AHMeSHDbsAnnotationHub供应MeSHDbNIH网注释数据库对许多物种。所有的SQLite文件和元数据。csv是由我们Snakemake工作流mesh-workflow。
AHPathbankDbs包提供了一个全面的映射表的代谢物和蛋白质与PathBank通路有关。表包括HMDB KEGG ChEBI,中科院Drugbank, Uniprot id。表提供的10种(“智人”,“大肠杆菌”,“亩所支配”,“拟南芥”、“酿酒酵母”,“牛”,“秀丽隐杆线虫”、“鼠形”,“黑腹果蝇”,和“铜绿假单胞菌”)。这些表信息可以用于代谢物组(和其他)富集分析。
AHPubMedDbs供应AnnotationHub预处理sqlite,宠物猫和数据。PubMed的表数据集。我们所有生成的数据集Snakemake工作流pubmed-workflow。有关细节,请参见README。pubmed-workflow的md。
gwascatData这个包管理一个文本文件在云与2021年3月30日的快照EBI / EMBL GWAS目录。这简化了访问EBI GWASCAT的快照。可以获得更多的当前图像使用gwascat包。
MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38轻微的等位基因频率数据存储从数据库基因聚合(3.1.1 gnomAD版本)人类基因组GRCh38版本。
Orthology.eg.db从NCBI Orthology映射方案,基于数据,利用NCBI基因id和分类id。
1新工作流包Bioconductor的这个版本。
没有新的在线书籍。
1.9.3版本的变化(2021-01-28)现在违约性染色体排除在模型拟合
还包括在twosamplecompare国网公司的论点
数据帧的输出ACEcall和twosamplecompare现在局限于选中的染色体
版本变化1.9.1 (2021-01-15)适应的染色体只有单一的生殖系复制(例如X和Y男性)
添加的选项指定哪个细胞结构在squaremodel包括
选择保存readCounts-object runACE
0.0.99版本的变化3.1.5版本的变化删除警告future_options弃用
3.1.4版本的变化错误修复加载力量文件
3.1.3版本的变化(2020-11-19)nmr_pca_outliers_plot修改显示的名字在所有边界的阴谋
3.1.2版本的变化(2020-11-04)错误修复与Bioconductor R_CHECK_LENGTH_1_CONDITION Renviron变量
3.1.1版本的变化(2020-10-30)奥特列表的修改订单
版本变化3.1.0 (2020-10-22)1.1.5版本的变化(2021-03-09)bug修复,修复的bug的假定值和不一致的输出格式。
改变版本1.1.4 (2021-02-28)错误修复:修复Bug当元数据只包含一个变量和一些样品被移除最小库大小截止。
改变版本1.1.3 (2021-02-19)添加一个警告消息的情况下小类群的数量。
1.1.2版本的变化(2020-12-08)Bug修复,修复Bug,抽样比例估计将返回一个数字,而不是一个向量。
变化的1.1.1版(2020-11-20)结合微生物的功能包。
1.54.0版本的变化新功能
有一个新的替代方案Inparanoid orthology包,称为Orthology.eg.db
这个包使用NCBI orthology数据映射NCBI id基因物种之间使用通常的选择()接口
修改
从OrgDb UniGene数据已被移除,ChipDb包
基因型数据已经添加到OrgDb和ChipDb包
1.53.0版本的变化新功能
修改
1.34.0版本的变化新功能
删除从OrgDb UniGene ChipDb包
添加基因类型表OrgDb和ChipDb包
构建Orthology.eg添加功能。db包映射NCBI IDs物种之间的基因
RSQLite弃用使用dbGetQuery数据库修改语句;更新使用dbExecute代替
2.99.0版本的变化主要更新
(2.99.0)默认的缓存位置发生了变化。使用工具:而不是rappdirs: user_cache_dir: R_user_dir。为了避免冲突的缓存,用户将不得不管理旧缓存位置之前。信息处理旧缓存位置提供的装饰图案。
(2.99.0)另一个重大变化,自动创建一个默认的缓存位置在非交互式会话,而不是使用一个临时位置。在交互式会话,用户仍然提示输入许可。
2.23.0版本的变化用户可见的修改
修改
1.21.0版本的变化修改
1.21.9添加PNG作为有效的源类型
1.21.4移除小插图创建注释中心方案。引用和参考单一AnnotationHub装饰图案
1.21.3标签数据库现在biocViews和美元元标签。也检查有效AnnotationHub或AnnotationHubSoftware biocViews。
1.21.2添加mtx。广州作为有效的源类型
错误修正
内部错误修正
删除
在版本1.4.0变化新功能
(v 1.3.1)支持罗尔斯()服务(更细粒度的实现/扩展Terra()的编排API)。
(v 1.3.2)介绍avworkspace_ *()函数用于查看和更新工作流配置。
(v 1.3.3)介绍avnotebooks_()函数来管理笔记本在工作区和运行时。
(v 1.3.11)介绍avtable_paged page-wise访问表的()
(v 1.3.14)介绍avworkspace_clone()克隆现有工作区。
(v 1.3.21) avworkspaces可用的工作区()返回一个宠物猫。
(v 1.3.24) gsutil_rsync()支持正则表达式的值排除=排除文件同步。
(v 1.3.24) avworkflow_localize()工作流控制和/或输出文件复制到本地磁盘。
用户可见的变化
(v 1.3.1)服务功能有乐趣(x,…,签名。身体=列表(y)),其中x是一个参数的URL的RESTful接口,y是一个论证的“身体”和类似的请求。…提供向后兼容性,并用于填充元素。身体;完整的界面时需要URL和身体有相同的命名参数。
(v 1.3.10 1.3.11)返回“实体”专栏的名字“table_id”,而不是“名字”。
(v 1.3.22)本地化()/ delocalize()警告当干= TRUE,因此缺乏定位更加明显。
(v 1.3.24) gsutil_stat()返回一个宠物猫summaring斗状态,而不是字符()。
(v 1.3.30)添加推荐人:莱昂纳多请求头
错误修复
(v 1.3.6)。身体由1参数,它是表示为一位不愿透露姓名的集合。
(v 1.3.7)允许位置匹配。身体参数
(诉1.2.1 / 1.3.31)drs_stat()返回一个记录每个URL当多个散列。
1.2.0版本的变化新功能
错误修复
1.5.5版本的变化(2021-01-31)ThreeMostPairBam支持paired-end bam补充道。
1.5.4版本的变化(2021-01-10)固定PASEXP_3UTR的bug。
1.5.3(2021-01-05)更正版本的变化更新PolyA_DB的链接。
1.5.1版本的变化(2020-12-07)更新进口和作者。
版本变化1.8.4 (2021-05-12)R > v4.0.0现在是必需的
更新文档和装饰图案
代码清理
版本变化1.8.3 (2021-04-05)artmsProtein2SiteConversion现在支持uniprot id亚型(感谢王艾米丽)
更新装饰图案做出清晰如何在“normalization_reference”提供一些蛋白质id(感谢Olga舒伯特)
版本变化1.8.2 (2021-03-18)artmsProtein2SiteConversion:新天车作为参数,提供一个新的用户定义的铝:XXX: yy。检查文档以了解更多
QC情节:默认情况下,所有QC情节现在输出到一个文件夹目录,按类型(qc-basic、qc-extended qc_summary)
artMS工作目录:artMS将创建所有文件夹和子文件夹相对于工作目录。不需要指定工作目录的完整路径,但是用户必须设置工作目录:setwd(路径“/ / /工作/目录/”)
配置文件数据对象的更新:
“输出”,用户可以添加一个文件夹想要输出结果文件。例如,“输出:results_202003 /结果示例。txt”将创建“resutls_202003”文件夹(如果不存在),所有可用的结果文件
“利物浦”(log2fc)更新为-0.58到0.58范围,即。,a fold change larger than a 1.5 (instead of 2 as before)
更新和改进文档和装饰图案
几个bug修复
版本变化1.8.1 (2020-10-27)更新“plotPCA”消息
更新文档和小插曲
2.1.3版本的变化新引用
ASpli发表在生物信息学
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab141
特性
错误修复
gbCounts标识正确NA结的名字
minAnchor jCounts是硬编码的,所以它没有影响分析。现在正确地传递。
2.1版本的变化新功能和功能
新的轨迹图.plotGenePattern helper函数。
土地覆盖、连接和架构
特性
增强小插曲。
快速启动部分是修改为了使用gtf和bam ASpli包所提供的文件
添加新节ASpli装饰图案的概述
错误修复
binGenome函数分配正确的垃圾箱位于每个基因的开始和结束
binGenome函数计算正确基因范围重叠
1.15.11版本的变化打破限制序列长度必须小于或等于536870912结束。
1.15.10版本的变化修复idxstatsBam返回值的问题“*”
1.15.9版本的变化添加rmarkdown建议方案。
1.15.8版本的变化更新文档时没有BSgenome对象是可用的。
1.15.7版本的变化修复的NA值TSSEscore无限值时的数据。
1.15.6版本的变化rtracklyaer修复文档的缺失的环节:导入。
1.15.5版本的变化消除重复的数据读取时转变。
1.15.4版本的变化空对象输入exportBamFile时解决这个问题。
1.15.3版本的变化重用头当exportBamFile splitGAlignmentsByCut函数。
1.15.2版本的变化解决标签MC exportBamFile函数。
1.15.1版本的变化编写exportBamFile函数代替rtracklayer:: export.bam。
1.13版本的变化版本变化0.99.0 (2020-08-05)0.99.1版本的变化新功能
用户可见的明显变化
错误修复
一个也没有。
0.99.0版本的变化新功能
用户可见的明显变化
错误修复
版本变化0.99.0 (2021-02-22)版本2.3.4的变化(2021-04-18)从食物添加缺失的导入
2.3.3版本的变化(2021-04-14)撞触发新的构建版本
2.3.2版本的变化(2021-04-14)在处理分而治之的推理错误修复。
2.3.1版本的变化(2020-12-14)缩放mu.mu在.EmpiricalBayesMu由spike-ins规模相匹配
缩放mu0在.BASiCS_MCMC_Start匹配的规模spike-ins当使用μ的EB之前
降低最小公差mintol_mu(1 e-5代替1 e - 3)作为默认值.BASiCS_MCMC_ExtraArgs
在版本1.4.0变化支持安装Python包目录的文件系统。
清洁Conda包目录系统安装期间减少磁盘使用情况。
在版本1.4.0变化避免缓存安装程序在执行系统安装在installConda ()。否则,在外部目录缓存来避免要求/污染BiocFileCache缓存。
正式放弃Windows 32位支持installConda ()。
迁移activateEnvironment()回到这里,从蛇怪。
添加cleanConda()实用程序清洁Conda环境。
添加setCondaPackageDir()来设置Conda包缓存目录。
版本1.8.0的变化迁移findMutualNN BiocNeighbors ()。
支持d = NA multiBatchPCA()更方便禁用的PCA在调用函数。
错误修复的d = NA指定的子集。在fastMNN行= ()。
添加了applyMultiSCE()函数轻松地应用功能主要从多个SingleCellExperiment输入/选择实验。
添加了mnnDeltaVariance()函数来计算多神经网络诊断的方差差异对。
添加了quickCorrect()函数来快速执行交叉,归一化、特征选择和修正。
添加了一些clustering-based诊断(clusterAbundanceVar (), clusterAbundanceTest()和compareMergedClusters())从OSCA书。
现在不是矩阵multiBatchPCA之前意识到到内存()。
1.1.3版本的变化小的改进和修复
getRDS()更新与新URL。
1.1.2版本的变化小的改进和修复
clusterPlot()接受字符作为标签的参数向量和因素。
1.1.1版本的变化小的改进和修复
spatialPreprocess()使用准确而不是默认近似PCA。
1.1.0版本的变化新Bioconductor猛击(3.13)
2.8.0版本的变化提高稀疏行构造子集的效率在non-DelayedArray rowBlockApply ()。
避免开销DelayedArray块处理当DelayedArray原始和支持类型。
从天窗迁移whichNonZero ()。
添加toCsparse(),让它更容易转换SparseArraySeeds CsparseMatrixes。
添加realizeFileBackedMatrix(),与文件备份组件实现DelayedMatrix。
2.7.1版的变化(2020-11-03)1.7.3版本的变化添加方法基于pValue和qValue生成/没有电话
默认方法生成调用pValue
添加函数merging_libraries每个条件允许调用合并
1.27版本的变化错误修复
(1.27.17)更新支持网站看标签。标签是不区分大小写
(1.27.15)报告检查的小插图尽管包类型(@lshep # 136)
(1.27.9)允许通过parseFile孩子限制型心肌病文档的可移植性
(1.27.3)正确检查如果包在凹口/ Bioc已经存在
(1.27.3)正确检查单个冒号使用
(1.27.2)正确路径通过调用R.home R许可数据库文件(“分享”)。
新功能
所有包类型(1.27.16)检查小插曲(@lshep # 136)
(1.27.12)检查LazyData:真在DESCRIPTION (@lshep # 128)
(1.27.11)R版本依赖检查在“描述”现在是“注意”(@lshep # 126)
(1.27.10)检查“错误”等关键字信号装置功能,“消息”、“警告”、“停止”等。(@hpages # 125)
(1.27.8)检查“测试”进入“.Rbuildignore”
(1.27.7)删除BiocCheck BiocCheckGitClone安装脚本;推荐使用BiocCheck ()
(1.27.6)检查用户关注标签的包名支持网站
(1.27.5)检查“粘贴”/“paste0”信号装置功能,“消息”、“警告”,“停止”(@LiNk-NY # 64)
从外部资源(1.27.4)检查下载(github, gitlab, bitbucket都,dropbox;@LiNk-NY # 75)
(1.27.1)检查许可证不排除类的用户,例如,非学术用户。
1.99版本的变化主要更新
(1.99.0)默认的缓存位置发生了变化。使用工具:而不是rappdirs: user_cache_dir: R_user_dir。为了避免冲突的缓存,用户将不得不管理旧缓存位置之前。信息处理旧缓存位置提供的装饰图案。
(1.99.0)另一个重大变化,自动创建一个默认的缓存位置在非交互式会话,而不是使用一个临时位置。在交互式会话,用户仍然提示输入许可。
(1.99.0)一组环境变量可能是系统范围或用户广泛控制默认缓存位置:BFC_CACHE。注意:不要使用R变量或命令行导出设置这个变量。它必须设置系统宽或用户广泛在未来重现性R会话,否则它必须指定在使用。它之前必须设置调用库(BiocFileCache)生效。
(1.99.0)修复部分参数在SQL函数SQLExecute匹配错误
(1.15.1)添加文件锁定的线程安全的SQL操作。谢谢你的公关@LTLA
错误修复
1.10.0版本的变化从确定迁移findMutualNN ()。
供应商的RcppAnnoy头大的再现性。
添加了一个距离=“余弦”选项对所有算法。
1.26版本的变化用户可见的变化
1.10.0版本的变化新功能
biocPkgRanges允许容易识别包状态为指定范围的包从构建报告(要求按字母顺序)
biocBuildEmail提供了核心团队发送电子邮件通知功能包维护者
用户可见的明显变化
biocBuildEmail允许保存凭证申请电子邮件验证通过credFile论点
setCache使用工具::R_user_dir (“BiocPkgTools”、“缓存”)而不是rappdirs: user_cache_dir
错误修复
biocBuildReport占了一些包的描述文件是畸形的
biocBuildReport更新为构建报告格式的变化
2.20.0版本的变化1.1.10版本的变化新功能
添加了use_bioc_coc()函数应卢克Zappia et al。
1.1.9版本的变化新功能
现在use_bioc_github_action()有一个码头工人参数控制是否要建立一个码头工人形象的GHA工作流(只在Linux上)凯文Rue-Albrecht请求的。
1.1.7版的变化错误修复
切换到匹配usethis 2.0.1的哪些改变了很多在biocthis内部代码。
版本1.1.4的变化新功能
从knitcitations转向RefManageR讨论https://github.com/cboettig/knitcitations/issues/107。
1.1.3版本的变化错误修复
1.59.0版本的变化增强
(1.57.3)添加DifferentialDNA3DStructure biocViews术语
(1.57.2)添加凹口包扭转依赖项列表
(1.57.1)添加Chlamydomonas_reinhardtii biocViews术语
版本变化0.99.11 (2021-05-17)改变的例子里面BiodbConfig避免误解设置(“缓存。目录”、“~ / my.biodb.cache”),导致相信一些文件都写在用户运行示例时主文件夹。
版本变化0.99.10 (2021-05-07)正确的c++函数的文档。
版本变化0.99.9 (2021-05-07)从BiocCheck解决一些笔记。
正确的示例进行类。
版本变化0.99.8 (2021-05-06)特拉维斯正确的模板。yml扩展:失踪deps安装,运行所有检查。
提高模板Makefile扩展。
添加test-cpp失踪。Rtemplate file for running C++ tests from testthat.
限制默认条目来测试一个条目在通用的测试。
改善小插曲。
重命名默认装饰图案为“biodb.Rmd”。
版本变化0.99.7 (2021-04-27)重命名Biodb班级分成BiodbMain为了避免“Rd警告:以前的别名或文件被别名:覆盖Biodb”在Windows平台。
实现newInst()创建新的BiodbMain实例的全局函数。
版本变化0.99.6 (2021-04-27)重建doc。
版本变化0.99.5 (2021-04-27)添加缺失的参数文档runGenericTests ()。
版本变化0.99.4 (2021-04-27)长时间测试移动到单独的目录“长”。
版本变化0.99.3 (2021-04-27)添加“biodb”看了我的资料在网站https://support.bioconductor.org/的支持标签。
版本变化0.99.2 (2021-04-27)切换到MassBank提取测试MassCsvFile和MassSqlite连接器。
版本变化0.99.1 (2021-04-26)删除Git BiocCheckGitClone拒绝的文件。
在本地测试使用CHECK_RENVIRON。
正确条件BiodbEntryFields:: getRealName()没有通过检查。
添加所有doc文件/ *人。Rd for BiocCheck run on //www.andersvercelli.com.
版本变化0.99.0 (2021-04-22)提交给Bioconductor
2.48.0版本的变化新功能
getSequence()现在允许关闭缓存通过“useCache”的论点。
自动检测的SSL与运用问题,和适当的设置应用于httr biomaRt所使用的功能。
错误修复
解决问题getSequence()和ID类型所不能提供的“序列”页面。这可能导致截断序列从查询返回。
getBM()将会失败如果它发现了一个缓存条目,但文件是损坏的。如果遇到无效的条目现在检测并删除。
版本变化0.99.0 (2021-03-05)在version 1.19.2变化次要的修改
0.99.38版本的变化1.2.0版本的变化以前零权边缘现在分配一个名义积极重量makeSNNGraph ()。
添加MbkmeansParam()包装mini-batch k - means mbkmeans。
添加SOMParam()从kohonen包装自组织映射的实现。
添加AffinityParam()包装从apcluster亲和力传播代码。
添加DbscanParam()来提供一个定制的DBSCAN实现自动选择每股收益。
添加PamParam()包装PAM实现集群。
添加ClaraParam()包装的克拉拉实现集群。
添加AgnesParam()包装凝结的嵌套方法从集群。
添加DianaParam()将从集群的分析方法。
添加clusterSweep()轻松地执行参数扫描通过clusterRows ()。
添加linkClusters()发现在不同的聚类簇之间的关系。
添加compareClusterings()来计算多个集群之间的相似之处。
添加nestedClusters()来量化嵌套在两个集群的程度。
移动对象到对象kmeans美元KmeansParam当全= TRUE ()。
移动对象到对象hclust美元HclustParam当全= TRUE ()。
添加clusterRMSD()为每个集群计算root-mean-squared-deviation。
2.1.2版本的变化错误修复
1.5.2版本的变化(2020-12-04)1.34.0版本的变化错误修复
改革CTSS类。新访问器:CTSS ()(没有点)。
正确的类加载BAM文件时错误。(关闭# 36)。
使用BSgenome对象从主环境如果可用。
1.47.1版本的变化错误修复
版本2.1.0的变化版本变化1.14.0 (2021-04-28)新功能
热图现在可以存储为PDF文件。
现在功能显示更短更清晰的信息。
包不再需要Java运行时环境,用于存储excel文件,与旧的32位操作系统兼容。
使用日志提供的z分数cgdsr代替z得分。
版本变化测试盒框新功能
Bug修复和小改进
0.1.1版本的变化新功能
提高可用性通过改变描述和添加互动之旅
0.1.0版本的变化新功能
大部分的功能,在一个概念证明格式。
版本0.0.1的变化新功能
版本变化1.7.7 (2021-04-12)添加处理稀疏矩阵
版本变化1.7.6 (2021-04-04)添加功能来创建HTML报告
固定的错误decontX策划
1.7.4版本的变化(2021-03-09)使生/滴矩阵输入decontX估计环境RNA
0.99.0版本的变化版本变化0.99.11 (2021-05-11)Bug修复和文档更新Bioconductor释放
版本变化0.99.0 (2020-09-02)2.16.0版本的变化3.25.6版本的变化修复一个缺陷在estLibSize引入的持续推动。
3.25.5版本的变化在描述中添加LazyDataCompression
3.25.4版本的变化添加选择endMinusStart annotatePeakInBatch。
3.25.3版本的变化rtracklyaer修复文档的缺失的环节:导入。
3.25.2版本的变化更新文档。
更新findEnhancers已知的交互数据
3.25.1版本的变化修复bug的genomicElementDistribution高峰时长度为零。
1.27.4版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/pull/146
1.27.3版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/pull/144
1.27.2版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues/142
1.27.1版本的变化1.1.3版本的变化重大变化
支持“多功能”分析,如平行的多个特性分析(垃圾箱,山峰或基因)在同一对象。
新的“覆盖”选项卡&功能generate_coverage_tracks()和plot_coverage_BigWig集群()来生成跟踪报道和交互式地想象位点/基因感兴趣的应用程序。
新国际米兰,intra-correlation小提琴情节vizualise细胞内相关之间的分布和集群。
新的标准化方法:TF-IDF结合系统删除PC1强烈与图书馆相关的大小。
简单的拷贝数变化的近似和可视化使用“calculate_CNA”功能基因重新样品,提供一个或多个控制样本。
新的generate_analysis () & generate_report()函数来运行一个全面ChromSCape分析和/或生成一个HTML交互式报告现有的分析。
支持自定义的微分分析找到微分位点之间的一个子集样品和/或集群。
新途径覆盖UMAP可视化累积途径信号直接在细胞。
现在支持片段文件的输入(例如从10 x细胞管理员scATAC管道),使用一个包装的Signac包FeatureMatrix()函数。
新的“贡献PCA”情节展示最有贡献的特性和染色体PCA。
再构造作用ChromSCape目录和更快的读取/保存使用包“qs”S4的对象。
微小的变化
内存优化和更快的皮尔森细胞间相关性与“鸡笼”包,和使用的Rcpp as_dist () RAM-efficient距离计算。
更快的关联过滤使用设计进行处理。
plot_reduced_dim现在支持基因输入颜色细胞信号。
所有的情节现在可以保存在高质量的PDF文件。
“geneTSS”改为“genebody”发起人扩展,以更好地反映事实,马克在genebodies传播。
可能重命名样本应用程序中。
将采样流体UMAPs &热图的导航。
改变总细胞百分比为基础的特征选择手工砖的选择特性,与前面是srongly大小依赖于实验。
快计算稀疏的圣言。
速度微分分析使用成对Wilcoxon等级测试从“残渣”包。
0.99.0版本的变化概述:
新功能:
输入数据集读一个创造
CIMICE分析和中国石油物资公司推断
输出数据可视化
1.5.3版本的变化1.29.1版本的变化3.99.1版本的变化DE_GSE8057添加新的数据集,其中包含DE基因获得GSE8057 (2020-03-08, Mon)
3.99.0版本的变化添加KEGG浓缩人类肠道微生物组数据的分析(2021-02-20,坐)
3.19.1版本的变化改变v1.3.3 (2021-02-28)发射的应用与run_clustifyr_app ()
情节,最不同等级相关的查询和参考
1.3.2版本的变化(2021-02-25)build_atlas ()结合参考
更多的问答
1.3.1版本的变化(2020-12-26)问答部分
现在默认为前1000名变量基因修(包括v4)
错误修复
1.5.2版本的变化用户可见的明显变化
loadCNVcalls()不检查基因拷贝数异变。装船时默认文件名(read.csv ()) cnvs.file
loadCNVcalls()允许可选check.names.cnvs.file参数
装饰图案更新
小
添加rmarkdown在描述文件为推荐
1.5.1版本的变化错误修复
用户可见的明显变化
plotVariantsForCNV()允许两个新参数定制传奇可视化
plotAllCNVs()允许“基因组”参数与不同的基因组
小
小插曲修复
其他一些小的修正
版本变化0.99.3 (2021-04-14)1.9.1版本的变化添加uniquely_high_in_one_group方法get_signatures ()。
添加compare_partitions ()。
用foreach + doParallel并行计算实现
1.9.0版本的变化使用行/列*家庭功能adjust_matrix ()减少内存使用以及提高速度。
版本变化1.23.1 (2021-05-16)2.7.10版本的变化anno_simple ():文本符号可以nchar > 1。
anno_text ():添加show_name论点。
2.7.9版本的变化添加frequencyHeatmap ()。
添加Heatmap3D ()。
2.7.8版本的变化添加cluster_between_groups ()。
添加图形论点anno_block ()。
2.7.7版本的变化离散数值传奇标签现在在正确的顺序。
并行foreach + doParallel实现
表达式是正确处理离散的传说
adjust_dend_by_x ():简化的表示单位。
数量的分割可以相同数量的矩阵行/列。
改变2.7.6版传奇():添加一个新参数grob。
2.7.5版本的变化anno_block ():添加labels_offset和labels_just。
anno_lines ():show_points可以是一个向量。
pheatmap ():支持kmeans_k。
第2.7.4版本的变化添加save_last选项ht_opt ()。
2.7.1版的变化normalize_comb_mat ():添加full_comb_sets和complement_set参数控制整套组合集。
根据ggplot2调整列标题的空间。
传奇():对于title_position = =“lefttop”,标题位置调整。
传说是时自动调整根据设备大小调整设备。
传奇():添加interval_dist控制距离的两个邻近的优惠。
固定一个bug Rstudio崩溃
make_comb_mat ():打印警告消息当有NA值矩阵。
临时的解决方案与Rstudio沃金在视网膜显示屏
添加bin_genome ()和normalize_genomic_signals_to_bins ()
如果直接发送打印信息anno_ * ()函数来top_annotation或类似的观点。
pheatmap ():热图名称设置为“默认并没有传说的头衔。
还翻译统计数据::热图()和gplots: heatmap.2 ()。
将所有代码交互的热图InteractiveComplexHeatmap包。
0.99.0版本的变化版本变化0.99.343 (2021-04-09)提交Bioconductor
名称空间
导出的新函数conclusCacheClear ()
描述
删除LazyData:没错。
DataFormatting.R
更新的文档
loadDataset.R
在loadDataset.R简化嵌套的“如果”
methods-normalization.R
修改使用getBM只检索基因数矩阵的(而不是所有数据库)
test_setters.R / test_getters.R
在loadDataset.R简化嵌套的“如果”
test_loadData.R
单元测试适应构成了rowdata。coldata的新格式
test_scRNAseq-methods.R
使用tempdir()输出目录
本月
新生成的数据
装饰图案
版本变化0.99.0 (2021-03-01)0.99.6版本的变化更新描述:添加马策划和DEA部分和坏马情节的例子
0.99.5版本的变化取决于:重要
更新BugReports链接
0.99.4版本的变化-不允许输入值
NA警告并自动替换零输入值
在警告消息格式错误修复
0.99.3版本的变化错误修复在浮动规范的警告消息
0.99.2版本的变化错误修复去除杂散Rproj文件
0.99.1版本的变化错误修复文档示例中
0.99.0版本的变化最初版本
0.99.2版本的变化1.26.0版本的变化filterWindowsGlobal =()最后正确的行为对于不同宽度的数据。
normFactors()和normOffsets()接受DGEList输入对象=和se。=参数。
mergeResults()和朋友现在默认选项卡从mcols =()的输入。
1.10.0版本的变化改进的图形界面功能:
重大变化
Bug修复和微小的变化
改变版本1.1.0 (2020-10-02)版本变化0.99.0 (2021-02-19)1.3.6版的变化(2021-04-23)scaleImages接受数字矢量值
1.3.5版本的变化(2021-04-07)添加measureObjects函数
1.3.4版本的变化(2021-03-20)支持磁盘上的表示图像
改变v1.3.3 (2021-01-24)添加测试闪亮的快照
支持win32再次
1.3.2版本的变化(2021-01-12)更新的引用
1.3.1版本的变化(2020-12-01)允许厚边界轮廓
3.11版本的变化API的变化
修复/内部变化
添加安装CytoML XSD
3.10版本的变化API的变化
改变处理四门根据RGLab / cytolib # 16
重命名的方法:
比较。项- > gs_compare_cytobank_counts
重命名的类:
flowJoWorkspace - > flowjo_workspace
修复/内部变化
1.29.1版本的变化1.3.1版本的变化改变cmdscale。特征。向量在methyl_MDS_plot
1.3.0版本版本的变化与新的Bioc版本更新
版本变化0.99.0 (2021-01-25)2.7.3版本的变化(2021-04-01)解决办法:改变例子adjustSignaturesForRegionSet()来限制内存使用量(之前的例子产生错误在检查在Windows上拱i386)。
解决办法:确保基因组区域的扩展了一半的序列模式(需要adjustSignaturesForRegionSet()函数)不会导致界外地区。
2.7.2版本的变化(2021-03-26)更新readAlexandrovSignatures()阅读COMSIC签名格式v3.2(发表于2021年3月)。
2.7.1版的变化(2021-03-21)更新readAlexandrovSignatures()添加可能读宇宙签名版本3.1直接从Excel文件(如宇宙网站上提供)。
还可能调整/规范化突变签名人类基因组的特定子集(通过农庄组织定义对象)。调整/标准化执行根据核苷酸频率在指定区域(对核苷酸frequncies参考序列,例如,整个基因组的签名是派生的)。
0.99.0版本的变化新功能
方法
新的分离()集成的各个成员函数解耦统计数据集中的评价。
新家庭分离主义者对共享文档是由:
转换器
版本变化0.99.0 (2021-03-21)版本变化1.99.3 (2013-07-25)更新
一些变化海鸥装饰图案
重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()
修正
固定错误bf2Vcf()当没有变异
版本变化1.99.2 (2013-07-11)更新
更新的引用
添加详细的选项bam2R抑制输出
改变模式()“整数”loadAllData值()
修正
固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()
版本变化1.99.1 (2013-06-25)更新
使用knitr漂亮的小插曲
包括海鸥装饰图案
修正
删除固定问题bf2Vcf ()
makePrior()添加背景在所有网站
版本变化1.99.0 (2013-04-30)更新
海鸥新算法
通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)
1.27.1版本的变化0.18.0版本的变化新功能
实现ConstantArray对象。ConstantArray类是一个DelayedArray子类有效模拟数组包含一个恒定值,没有实际创建数组在内存中表示。
添加比例为DelayedMatrix对象()方法。
添加sinkApply(),一个走在RealizationSink便利函数导数和填充的数据块。
对稀疏DelayedArray rbind()和cbind()对象现在完全支持。
延迟的操作类型DelayedUnaryIsoOpWithArgs现在保存在适当的时候稀疏。
用户可见的明显变化
错误修复
构造子集DelayedArray对象现在传播的名字/ dimnames,即使放弃= TRUE,结果只有一个维度(问题# 78)。
日志()DelayedArray对象现在处理“基地”的论点。
解决问题is_sparse DelayedUnaryIsoOpStack和DelayedNaryIsoOp对象()方法。
cbind () / rbind()不再强迫提供对象类型的对象(提交f1279e07) 1。
解决小问题在昏暗的()setter(提交c9488537)。
1.14.0版本的变化解决缺少na。rm =参数AvgsPer设置功能。
DelayedMatrixStats不再有HDF5Array或BiocParallel硬要求。
正确处理掉=分位数函数(< URL: https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/pull/71 >)。
解决2个问题如何处理中心论点(< URL: https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/pull/69 >)。
1.0.0版本的变化1.2.0版本的变化版本是1.7.2变化(2021-03-25)服饰的主要内部变化函数,有两个用户的后果:o dualDepeche选择弃用,因为它使函数非常沉重的维护和没有足够灵活的使用。o接口dAllocate多改进,允许光滑的分配的新数据建立模型,这使得大型dualDepeche运行时,构造函数外,可能比之前更多样化的方式。
版本变化1.7.1上(2021-02-02)添加不扩展数据在服饰的选择功能
冷凝服饰扩展程序的代码
1.31.16版本的变化关闭异常值与glmGamPoi配件更换。
1.31.15版本的变化添加“saveCols”结果()和lfcShrink columsn输出()通过元数据。
1.31.13版本的变化允许附加参数传递给数据访问功能integrateWithSingleCell ()。
1.31.2版本的变化固定界面glmGamPoi normalizationFactors可用。感谢迈克尔·舒伯特,发现这和江诗丹顿Ahlmann-Eltze指出修复。
1.5.2版本的变化(2021-05-05)为分散估计更新装饰图案
1.4.2版本的变化(2020-09-30)在装饰图案修复图扩展问题
0.99.0版本的变化1.3.18版本的变化使用数据。表而不是data.frame modify-in-place。
增加了对代谢组学DIA的支持数据。
基于层次聚类对齐。
创建一个孩子运行(功能+色谱)从两个父母。
添加支持sqMass文件。
1.3.5版本的变化支持过渡SAINTq强度水平
支持pyopenms补充道。
添加支持sqMass文件。
添加使用BiocParallel并行化。
使用特定于上下文的qvalues来确定参考。
在multipeptide代替multiprecursor校准完成。
肽的前体被迫feature-RT相同。
在c++ Savitzky戈利平滑。
又快又轻全局比对功能。
3.2版本的变化新型的情节:dba.plotProfile ()
可以混合单头和paired-end bam文件吗
各种错误修复
1.10.2版本的变化添加辅助函数来计算准确的时刻,这样用户就可以描述系统偏差的扩散的分数
1.10.1版本的变化版本变化0.99.27 (2021-04-06)主要的加速或能够计算
固定的错误使用错误的默认与DEXSeq系数
版本变化0.99.13 (2021-03-04)从ensembldb固定错误变量错误当创建注释
格式和重命名的变化符合Bioc标准
版本变化0.99.10 (2021-02-05)提交给BioConductor
改善limma:: diffSplice
差3 ' UTR使用
1.4版本的变化还说1新的可视化函数:dittoFreqPlot ()”。
构成了rowData”说与SE和sc通过的交换。rownames的输入,如简化提供通过符号和var的id。
改进和扩展的分裂。的能力:1 -添加他们dittoBarPlot ()”、“dittoDotPlot()”,和“dittoPlotVarsAcrossGroups () ';2 -添加的分裂。调整所有函数的输入传递adjudstments底层的facet_grid()”和“facet_wrap()的调用;3 -添加split.show.all。他人的输入“dittoDimPlot()”和“dittoScatterPlot()的允许全谱的点,而不是点排除的细胞。使用的,在所有方面的背景显示为浅灰色;4 - Bug修复:将现在与标签模糊/散点图、标签位置计算方面,在不影响方面。
改进的dittoPlot()的绘图引擎(也影响“dittoPlotVarsAcrossGroups()”,和“dittoFreqPlot()):轴绘制,1 -扩展几何学躲避也工作在紧张的颜色。由“& 2 -添加了一个用于添加再分组的箱线图。lineweight的控制选项;对于轴/脊策划,1 -添加另一种histogram-shaping选项(“ridgeplot试试。形状= "嘘" ')和2 -改进使用空白通过一个新的“ridgeplot.ymax。扩张的输入。
这样的标准化输出逻辑。悬停= TRUE将导致情节转换即使的数据。= TRUE”。
“dittoHeatmap()”:“秩序。“现在还可以接受多个基因/元数据名称order by和bug修复:当给定一个整数向量,这个向量将直接用于设置的热图列的顺序。
' dittoBarPlot()”:分组&“var”通过添加“retain.factor顺序控制改善。水平的输入。
3.17.1版本的变化1.12.0版本的变化添加BPPARAM = read10xCounts()并行的多个样本。
给所有的*氛围()函数更好的名字,和soft-deprecated当前版本。
添加ambientContribSparse()来估算环境贡献下稀疏的假设。
添加cleanTagCounts()来删除不良条码标签数矩阵。
转换所有matrix-accepting功能S4泛型支持SummarizedExperiment输入。
emptyDrops()现在将包装SparseArraySeeds强迫所有DelayedArray输入。
设置测试。环境在emptyDrops = TRUE()将不再改变罗斯福而test.ambient = FALSE。添加测试。环境= NA保留back-compatible行为。
错误修复重新定义的正确使用较低时。排名=设置emptyDrops ()。
添加一个常数。环境= TRUE选项hashedDrops()与很少HTOs更好地支持实验。
版本变化0.99.0 (2021-01-11)版本变化1.3.01 (2020-11-06)沙丘现在接受多个指标
沙丘现在默认使用敝中断
1.21.2版本的变化2.27.1版本的变化除DESeq依赖
添加额外的警告RPKM使用
已经删除功能
3.34.0版本的变化从Rsubread featureCounts2DGEList()的新函数,转换结果::featureCounts DGELists ()。
删除“ndim”论点plotMDS.DGEList ()。
read10X()现在的mtx文件中的注释行数和跳过那些行读取的数据。
修复一个缺陷在voomLmFit(), 0有时错误地识别由于浮点错误。
的“bcv”方法plotMDS.DGEList()将在未来的版本中被弃用的磨边机。
1.10版本的变化在标签添加功能来解析表达式通过parseLabels(真/假)
越权ggrepel新默认值为马克斯。通过引入重叠maxoverlapsConnectors = 15
用户可以指定一个方向通过directionConnectors连接器
删除labhjust和labvjust
添加pCutoffCol(通过Andrea Grioni)
改变版本1.2.3新功能
更新小插曲。
这是一个主要版本更新EnMCB包。
我们添加新选项选择相关的方法。
我们在合奏添加mboost算法预测模型。
用户可见的明显变化
删除未使用的数据。
正确的参数的名字。
错误修复
1.21.1版本的变化2.22.0版本的变化分层对于功能getGenesets)1.11.3版本的变化修复bug在gseaplot2(2021-1-28,清华)
1.11.2版本的变化修复showCategory cnetplot, emapplot, emapplot_cluster当showCategory词描述的是一个矢量
1.11.1版本的变化2.15.3版本的变化修复缺失rmarkdown宣言。
2.15.2版本的变化确保远程gzip文件被妥善处理ensDbFromGtf。
2.15.1版本的变化添加新字段canonical_transcript基因表报告基因的规范记录的ID。
1.33.0版本的变化版本变化0.99.0 (2021-04-09)R > = 4.0要求提交
删除未使用的依赖关系
正确的工作generateVcfReport(尽管SNV只有)
无与伦比的读取现在generateBed *输出的末尾
编译和工作在苹果硅(本机ARM64 R)
完全文档化方法
完全覆盖测试和例子
全面的小插曲
版本变化0.4.0 (2021-03-08)上市
残雪报告只包括上下文出现在超过50%的读取
generateVcfReport(现在只能够处理SNVs)
添加文档的一些方法
添加了几个例子
添加扩增子的样本数据,捕捉挥动
基于样本数据的添加一些测试
README.md
版本变化0.3.9 (2021-01-19)快c++雪茄解析器来躺在参考空间查询
新方法提取基频数:generateBaseFreqReport
版本变化0.3.7 (2021-01-12)再次大量的重构
残雪报告子现在使用提高:容器::flat_map(附加2 x加速)
删除dplyr依赖,整个包使用数据。现在表
版本变化0.3.5 (2021-01-09)大量的重构
新方法:preprocessBam加载/预处理()来节省时间
新的c++子残雪报告std::地图总结(渲染加速)
版本变化0.3.2 (2021-01-06)第一次尝试stablilize API (generateCytosineReport和generateBedReport)
临时ECDF方法(generateBedEcdf)
上传到GitHub
版本变化0.3.1 (2020-01-01)沉重的重构,许多内部方法补充道
c++函数几乎所有瓶颈(等待快:雪茄,摘要,基因组加载)
版本变化0.2.1 (2020-12-21)第二个迭代epialleleR可用包
0.99.0版本的变化epigraHMM的第一个版本。
现在可以添加通过addOffsets正常化补偿。
epigraHMM现在使用hdf5文件来存储中间数据在计算的EM算法。中间数据包括窗口嗯和混合模型后probabiltiies,和forward-backward概率。这种变化导致convergece更好的内存利用率。
版本1.0.1的变化删除ggrepel、rlang factoextra依赖性。
更新修包开关
开关计数的方式处理前消除行0前稀疏矩阵表达式转换成一个完整的矩阵
1.7.5版本的变化小为Mac编译错误修复。
1.7.4版本的变化(2020-06-01)添加“规模”plotMetricsCluster方法参数。
1.7.3版本的变化(2020-04-16)Clusterboot接口可以通过cbi的参数设置质量的方法。需要以下值之一:“kmeans”,“克拉拉”、“clara_pam”、“hclust”,“pamk”、“pamk_pam”。
版本是1.7.2变化(2020-04-14)稳定性分析和质量分析不会停留在引导。
版本变化1.7.1上(2020-04-13)Clusterboot接口可以通过设置“cbi”参数稳定性的方法。需要以下值之一:“kmeans”,“克拉拉”、“clara_pam”、“hclust”,“pamk”、“pamk_pam”。
1.0.0版本的变化新功能
弃用&已经
版本变化1.3.7 (2021-03-10)参数平行改变在exomePeak2()和exomePeakCalling()函数;现在的参数允许用户配置特定数量的并行计算中使用的核心(默认= 1)。
为了避免下游分析潜在的混乱,默认设置的参数log2FC_cutoff在函数exomePeak2()和exomePeakCalling()从1改为0。调整应该很少影响峰值调用的结果。
山峰的命名输出文件现在是按他们的基因组排序顺序。
现在最大的峰宽增加,默认是100 * fragment_length。这样一个更高的绑定可以显著改善m6A-Seq DRACH主题发现的结果。
1.3.5版本的变化(2021-02-07)提高了语法和细节描述文件和小品文。
当使用函数exomePeak2执行差异分析()的测序深度互动的漠视将估计背景特性,它默认是不相交的外显子区域的峰值检测。对真实数据测试背景方法可以使差异甲基化方向更内联与摄动蛋白调节器的期望。以前,背景测序深度估计只能实现在多工位的函数而不是exomePeak2 ()。
1.3.4版本的变化(2021-02-05)的选项consistent_peak,consistent_log2FC_cutoff,consistent_fdr_cutoff,α,p0从功能exomePeak2弃用()和exomePeakCalling ()。consistent_peak选项复制实现一致的峰值在旧包exomePeak调用算法,及其性能明显低于的NB GLM派生方法根据我们最近的测试。因此,一致性相关功能删除exomePeak2的在以后的版本。
改变v1.3.3 (2021-02-03)修复bug时不合并重叠的外显子记录注释没有重叠的记录,这可能发生在一个非常小的注释。
1.99.0版本的变化主要更新
(1.99.0)默认的缓存位置发生了变化。使用工具:而不是rappdirs: user_cache_dir: R_user_dir。为了避免冲突的缓存,用户将不得不管理旧缓存位置之前。信息处理旧缓存位置提供的装饰图案。
(1.99.0)另一个重大变化,自动创建一个默认的缓存位置在非交互式会话,而不是使用一个临时位置。在交互式会话,用户仍然提示输入许可。
1.17.0版本的变化(1.17.1)删除小插图创建注释中心方案。引用和参考单一AnnotationHub装饰图案
1.17.0版本的变化修改
1.17.2移除小插图创建注释中心方案。引用和参考单一AnnotationHub装饰图案
1.17.1标签数据库现在biocViews和美元元标签。也检查有效AnnotationHub或AnnotationHubSoftware biocViews。
错误修正
改变版本1.1.0 (2021-05-09)1.3.2版本的变化1.19.1版本的变化1.3.0版本版本的变化(2020-11-27)1.5.5版本的变化(2021-05-12)改变fcoex对象来存储dgCMatrix代替dataframe表达式和离散表达式。
删除选项3 +类的多级离散化(可能导致向后不兼容),他们会不兼容更好的内存处理dgCMatrix系统。
版本变化0.99.0 (2021-04-01)版本变化0.99.7 (2021-04-24)添加信息来解释示例数据在自述和小插曲
微小的变化,导出函数的例子做评论
plotFemap +参数化一些硬编码的变量
版本变化0.99.6 (2021-02-24)更新的包数据脚本路径
版本变化0.99.5 (2021-02-24)减少外部数据大小
版本变化0.99.4 (2021-03-24)更新包数据集(geneSingle geneDouble geneMulti)
创建3个小插曲来描述使用每个数据集包实现
runFedup +运行分析的输入测试向量而不是单个列表+褶皱浓缩计算评估0 0/0 +实例丰富路径定义为褶皱浓缩≥1(而不是> 1)
writeFemap +写EM-formatted fedup结果的表列表
plotFemap +实现tryCatch()返回NULL如果Cytoscape不是在本地运行
prepInput +新函数输入基因列表做准备
版本变化0.99.3 (2021-02-24)更新4.1 R版本依赖
版本变化0.99.2 (2021-02-24)Untracking系统文件
版本变化0.99.1 (2021-02-23)版本撞
版本变化0.99.0 (2021-02-17)提交给Bioconductor
3.26版本的变化1.1.2版本的变化(2020-11-11)修复bug在保持额外的读取与minMapBase过滤时
允许跳过与minMapBase过滤
版本1.8.0的变化1.21.6版本的变化1.29.1版本的变化版本变化0.99.0 (2020-09-30)2.1.16版本的变化PlotManualBars允许NewData函数的输入
2.1.15版本的变化在FlowSOMmary ggtexttable固定警告
2.1.13版本的变化添加RelabelMetaclusters
PlotFileScatters现在有一个参数改变轴标签标记和/或渠道(yLabel)
现在真/假向量作为输入接受GetMarkers / GetChannels
2.1.11版本的变化添加示例AddAnnotation
添加示例NClusters NMetaclusters
改变使用fsom flowSOM.res的示例
添加输入textColor和textSize AddLabels PlotNumbers, PlotLabels
PlotNumbers可以画出集群和metaclusters参数“水平”
在GetFeatures,总体参数改为水平
添加GetCounts和GetPercentages每个集群或metacluster分别计数和百分比
FlowSOMmary不会崩溃了一列具有相同值的热图
包括打印函数FlowSOM类
固定错误PlotManualBars
现在PlotMarker也接受多个标记
2.1.8版本的变化解决问题当矩阵没有列了SOM函数
2.1.5版本的变化尺度参数FlowSOM功能默认值为FALSE。
现在FlowSOM包装器函数返回FlowSOM对象,而不是包含FlowSOM对象和一个metaclustering列表
metaclustering现在发现作为一个元素flowSOM对象。还metaclusters的数量和MFI NMetaclusters值存储和访问的()和GetMetaclusterMFIs()函数。
如果你想重复使用FlowSOM对象生成的早期版本中,您可以使用UpdateFlowSOM函数。
FlowSOM现在使用nClus代替maxMeta = 10 = 10为默认
FlowSOM现在利用ggplot2策划。PlotFlowSOM提供主体结构和参数适应nodeSize,视图(网格,MST或者一些自己的布局矩阵),…PlotStars等的基础上通过添加额外的层ggplot对象。这也允许轻松地将多个情节布局工具如ggarrange, cowplot,东拼西凑,…
GetChannels / GetMarkers现在也可以作为输入而不是flowFrame FlowSOM对象。新功能:
轻松地生成一个模型的清晰的总结与多个情节,现在可以使用FlowSOMmary函数,它创建一个pdf文件。
GetFeatures允许地图新文件(内部使用NewData函数)和集群可以返回计数,百分比和MFI值为每个单独的样本。
PlotFileScatters可以是有用的概述批处理在运行FlowSOM之前潜在影响的算法
0.99.56版本的变化改善annotate_foods()函数。
0.99.41版本的变化添加新函数命名msea执行使用FOBI GSEA。
0.99.38版本的变化解决文斯凯里(从Bioconductor包评论家)的意见和建议。
0.99.35版本的变化添加FOBI表包数据。
0.99.29版本的变化修复Bioconductor单包构建器错误和警告:
使用真/假而不是在ora.R T / F
0.99.24版本的变化提交给Bioconductor !
0.99.18版本的变化添加一个名为fobi_graph生成的函数FOBI图表。
0.99.12版本的变化这次1.2.1版本的变化添加外部计数的合并
添加出版
一些小错误修正
1.28.0版本的变化新功能
新功能exist.gdsn ()
新功能is.sparse.gdsn ()
公用事业公司
从v1.9.2 v1.9.3 LZ4更新
XZ更新从v5.2.4 v5.2.5
apply.gdsn ():工作因素变量如果less-than-32-bit整数存储
”是一个新的组件。稀疏的objdesp.gdsn ()
选项(gds.verbose = TRUE)显示额外的信息
1.26.1版本的变化公用事业公司
apply.gdsn ()1.37.0版本的变化2.21.5版本的变化添加函数来计算variant-specific通货膨胀因素。
2.21.4版本的变化添加选项来执行一个快速近似assocTestSingle评分标准误差。新功能nullModelFastScore准备一个空模型使用此选项。
2.21.1版本的变化更新fitNullModel对象的结构。零模型对象与以前的结构将自动更新一个警告,但您可能想要考虑重新运行fitNullModel如果你计划使用一个年长的零模型的当前版本。
在版本1.4.0变化新功能
主GeneTonic()函数获得一个额外的参数,gtl——这可以用来提供一个名为列表对象,传递一个参数(如,在加载在一个序列化的对象),而功能保持不变的。相同的gtl参数也暴露在其他功能的包,看到一些例子的装饰图案,或检查每个特定的文档功能。以标准化的方式创建这个对象,函数GeneTonic_list()现在是可用的。
后一个新的函数进行模糊聚类(大卫)的实现添加——看到gs_fuzzyclustering ()。它返回一个表和附加信息集群genesets和组中每组的状态。
ggs_backbone()函数可以提取两偶图骨干Gene-Geneset图,这可以进一步探讨低于Gene-Geneset面板的主要元素。一旦创建了骨干,你一步远离检出的基因作为“中心”Gene-Geneset图,并可能识别节点根据他们的连接起着至关重要的作用。
一个新函数,signature_volcano(),火山阴谋Gene-Geneset面板添加一个签名。这张图显示了基因选择geneset的颜色,而剩下的基因数据显示为阴影点在后台。的颜色和透明度显示基因可以由用户选择,以及选择显示所有基因的基因名称geneset。
gs_summary_overview()也能生成酒吧情节而不是默认的segment-dot(棒棒糖)的阴谋。
一个新函数,summarize_ggs_hubgenes(),构建一个DT datatable Gene-Geneset面板。此表列出了输入数据的单个基因和各自的学位Gene-Geneset图。此外,操作按钮链接到NCBI GeneCards和GTEx数据库包含为每个基因。
gene_plot()获得的额外labels_display参数控制标签是否显示;现在的显示标签的抖动也尊重点
其他的笔记
1.13.3版本的变化1.28.0版本的变化新功能
用户可见的明显变化
弃用,已经
1.44.0版本的变化用户可见的明显变化
弃用,已经
反对disjointExons()赞成exonicParts ()。
删除TxDb对象的物种()方法(在BioC 3.3和已经弃用BioC 3.4)。
1.5.1版本的变化1.44.0版本的变化用户可见的明显变化
弃用,已经
版本变化测试盒框用户可见的变化
现在gscores()函数返回从输入gscores SeqInfo对象。
改进的web应用程序。
1.0.0版本的变化0.99.0版本的变化提交给Bioconductor
0.6.5版本的变化版本变化0.99.0 (2021-02-01)2.5.3版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/396
2.5.2版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/379
2.5.1版本的变化1.1.12版本的变化进口ggtree BiocCheck通过。星期五(2021-05-14)
1.1.11版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/8
1.1.10版本的变化修复一个缺陷compute_aes(这是支持映射美学geom_fruit在aes (x, y)函数的变量)。(我2021-05-10)
1.1.9版本的变化支持映射美学geom_fruit在aes (x, y)函数的变量。星期五(2021-05-07)
1.1.8版本的变化更新小插曲。(2021-04-25,阳光)
1.1.7版的变化更新男人和小插曲。(星期二,2021-04-06)
1.1.6版本的变化删除第一轴geom_tile小插曲,因为这一层的轴是没有意义的。(2021-02-24,结婚)
1.1.5版本的变化不要使用svg开发。(2021-02-04,清华)
版本1.1.4的变化具体位置自动方法为特定的几何学方法。(2021-01-27,结婚)
1.1.3版本的变化支持多个从几何学的ggridges密度图。(2020-12-31,星期四)geom_density_ridges、geom_density_ridges2 geom_density_ridges_gradient, geom_ridgeline geom_ridgeline_gradient。
1.1.2版本的变化4.9.1版本的变化2.17.1版本的变化版本变化0.99.0 (2021-03-30)版本变化1.37.1 (2020-05-04)删除Biocarta和NCI通路。
添加WikiPathways通路。
更新所有路径数据。
1.54版本的变化用户可见的明显变化
1.40版本的变化用户可见的变化
装饰图案已经重写在R减价生成一个HTML页面装饰图案,让它短和更快的生产。
开发的应用程序可以通过函数的igsva ()”。
错误修复
取代fastmatch: fmatch IRanges()::匹配,CharacterList-method后disscussion https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/39,以避免输入表达式矩阵的行名称被改变fastmatch:: fmatch()添加一个属性。
修正错误的调用.mapGeneSetsToFeatures()当基因集给出了GeneSetCollection对象。
1.20.0版本的变化新功能
实现H5SparseMatrix类和H5SparseMatrix()构造函数。H5SparseMatrix是代表DelayedMatrix子类和操作在一个HDF5稀疏矩阵存储在CSR / CSC /耶鲁格式。
实现H5ADMatrix类和H5ADMatrix()构造函数。H5ADMatrix是DelayedMatrix子类的中央矩阵表示和操作一个“h5ad”文件,或任何矩阵的组/层。
实现H5File对象。的H5File类提供了一个正式的表示一个HDF5文件(本地或远程,包括文件存储在Amazon S3 bucket)。
HDF5Array对象现在使用Amazon S3上的文件(通过使用H5File ())。
错误修复
2.99.4版本的变化改进的标签和轴处理与协变量连续板
正式弃用heatmap_2 heatmap_plus的
重构转向devtools工具链
变化的1.1.1版(2021-02-19)版本变化0.99.3 (2021-05-14)删除构建/文件夹。
版本变化0.99.2 (2021-04-20)删除一些丰富的文件。
版本变化0.99.1 (2021-04-18)删除一些丰富的文件。
版本变化0.99.0 (2021-04-10)第一个版本提交0.99.0 Bioconductor
1.28.0版本的变化hlaPredict ()返回HLA等位基因的剂量时类型=“响应+剂量”hlaPredict ()默认返回最好的猜测和剂量
有一个新选项“Pos +等位基因”hlaPredict (),hlaGenoCombine (),hlaGenoSwitchStrand (),hlaSNPID ()和hlaCheckSNPs ()匹配的基因型的位置,引用和替代等位基因;这是特别有用,当训练集和测试集两个匹配相同的参考基因组,例如,1000人基因工程
hlaGDS2Geno ()支持SeqArray GDS文件
一个新的选项“加”hlaAttrBagging ()和hlaParallelAttrBagging ()
pos。开始”和“pos。结束“替换为”pos。在中期hlaFlankingSNP ()和hlaGenoSubsetFlank ()
新功能hlaAlleleToVCF ()转换为估算经典HLA等位基因VCF文件
1.26.1版本的变化hlaAttrBagging对象可以删除在垃圾收集没有打电话hlaClose ()
使内部GPU API
比起v1.26.0多线程性能改善
版本变化0.99.14 (2021-04-13)固定的错误,防止通过负.hic文件
版本变化0.99.13 (2021-03-23)添加到construct_features RE-agnostic特性
版本变化0.99.12 (2021-02-19)提交给Bioconductor
1.21.1版本的变化1.9版本的变化1.33版本的变化1.33.2版本的变化
1.33.1版本的变化
1.33.0版本的变化
1.0.4版本的变化第一个更新以响应F1000评论
添加HPA_data_downloader约会参数
现在,当你有save_file设置为true,该文件将印有日期下载。这允许可再生的合计他创建文件的访问。
处理过时的文件我们现在有参数version_date_normal和version_date癌症,它允许用户选择下载他们想要使用基于HPA数据下载日期。默认的“最后”,搜索最新版本的文件save_location
最后一个加法force_download,一个论点overide函数的默认使用本地文件的情况下,你想下载最新版本的HPA数据。
改变HPAStainR shiny_HPAStainR和扩展
增加HPAStainR确切概率法的主要功能
由于使用模拟假定值中存在的不一致chisq.test默认的新的测试如果确切概率和论证test_type所以用户可以选择添加了。
假定值的输出改为数字而不是一个角色。
1.0.3版本的变化(2021-02-03)改变read.table HPA_data_downloader ()。R数据。表的从文件中读()
变化在以前的版本1.0.2中(2021-25-20)由于dplyr更新改变部分的代码崩溃。
版本1.0.1的变化(2020-11-20)HPA_data_downloader testthat ()。R失败由于拼写变化
HPA“不利”改为“不宜”
testthat()已经更改以反映其变化
更多更新所有评论从F1000后不久
1.31.1版本的变化版本变化0.99.0 (2021-04-23)1.16.0版本的变化新功能
其他的笔记
1.23.6版本的变化代码清理
1.23.3版本的变化修复一个testthat拼写错误
1.23.2版本的变化宽容sufficience cell-subclustering不是第一个模型需要改进测试
1.23.1版本的变化版本变化0.99.7 (2021-05-04)增加次数webresource尝试连接
版本变化0.99.6 (2021-05-04)yopougon评论Bioconductor审查
包括mro.obo。gz文件可以读取没有解开
版本变化0.99.1 (2021-01-01)提交给Bioconductor
版本是1.7.2变化(2020-05-05)新的依赖关系:RANN,莱顿,phyclust
添加新分区方法subclustering使用莱顿算法基于事例的邻接矩阵。
改变默认subclustering莱顿方法比随机树的方法要快得多。
将贝叶斯过滤步骤分两步,一个运行模型,一个适用于过滤阈值。这允许更新的阈值,而无需重新运行整个模型。
修复组引用subclustering是做什么。
绘图时预期的内部存储集群信息更新引用允许结果版本~ 1.3之间,这个策划。
修复add_to_seurat方法工作时没有提供修对象重新排序后修复。
解决随机树subclustering应用不同的方法之间的定心数据hclust存储在infercnv_obj@tumors_subclusters hc和分裂infercnv_obj@tumors_subclusters subclusters美元。
使去噪步骤图只能生成如果plot_steps是正确的。(它是相同的最终图绘制是基于不同的选项,使其冗余)
变化的1.1.1版(2020-10-30)1.99.4版本的变化更新get_PAscore2。
1.99.3版本的变化添加rmarkdown建议。
1.99.2版本的变化修复一个错误如果utr3列表是空的。
1.99.1版本的变化添加dontrun getGCandMappability doc。
1.99.0版本的变化叫海波的代码合并。
0.99.10版本的变化添加响应论点,这样服务器只能回复一个事件从UI。
0.99.9版本的变化输出可以浮动随着鼠标的位置。
0.99.8版本的变化与刷点击鼠标不会冲突。
0.99.7版本的变化sub-heatmap,它允许删除行和列的四个方面。
0.99.0版本的变化提交Bioconductor
0.0.0.9000版本的变化2.26.0版本的变化新功能
添加commonColnames()访问器来获取或设置特征向量的列名称出现在个人DataFrames SplitDataFrameList对象。
实现一元+和- AtomicList衍生品。
用户可见的明显变化
弃用,已经
错误修复
修复unplit()命名的对象列表。
修复findOverlapPairs(失踪)主题(修复# 35)。
分位数()一个AtomicList对象总是返回一个矩阵(修复# 33)。
修复which.min () / which.max CompressedNumericList对象()(修复# 30)。
出口startsWith()和endsWith CharacterList / RleList对象()方法(修复# 26)。
0.99.8版本的变化版本变化1.1.11 (2021-05-11)新功能
可见用户更改
修复
在CIS_volcano_plot固定一个小问题导致的重复一些标签如果强调基因中提供输入
版本变化1.1.10 (2021-04-08)修复
改进
小
仅供开发者
完整的测试套件是返工符合testthat v.3
版本变化1.1.9 (2021-02-17)修复
固定小问题在内部函数绝对文件路径和纠正错误
版本变化1.1.8 (2020-02-15)修复
固定小问题在内部函数优化文件系统的一致性
1.1.7版的变化(2020-02-10)修复
固定小问题在import_association_file检查参数
1.1.6版本的变化(2020-02-06)升级
修复
简化协会文件检查逻辑remove_collisions:现在功能块只有在房颤不包含所需的列
1.1.5版本的变化(2020-02-03)升级
小插曲和文档更新
改变版本1.1.4 (2020-11-16)升级
所有部件报告的改进
改变版本1.1.3 (2020-11-10)修复
新
添加装饰图案“使用ISAnalytics没有RStudio支持”
1.1.2版本的变化(2020-11-05)修复
固定失踪重启阻塞小部件
变化的1.1.1版(2020-11-04)修复
重要的笔记
2.3.14版本的变化错误修复转让ComplexHeatmapPlot注释的颜色。
2.3.13版本的变化弃用iSEEOptions赞成panelDefaults(施工期全局变量)和registerAppOptions(运行时全局变量)。
2.3.12版本的变化添加了一个.allowableColorByDataChoices下游面板控制通用ColorBy *数据选择。
2.3.11版本的变化清理表和ComplexHeatmapPlot旅游。
2.3.10版本的变化错误修复RowDotPlot颜色之旅。
2.3.9版本的变化错误修复ComplexHeatmapPlot选中列的顺序。
2.3.8版本的变化使用闪亮的::MockShinySession美元新()来模拟闪亮的会话对象。
2.3.7版本的变化错误修复缺geom_density_2d进口
2.3.6版本的变化错误修复为优雅的弃用旧的参数在不同的构造函数。
2.3.5版本的变化行弃用ColumnSelectionType和ColumnSelectionSaved(同上),所有主动/保存选项现在传播。
版本2.3.4的变化修复连接按钮观察员开放的装饰图案。
2.3.3版本的变化边界情况错误修复SummarizedExperiments正确清洗zero-row /列。
2.3.2版本的变化添加了cleanDataset()一般以确保所有SummarizedExperiment存在和独特的名字。
2.3.1版本的变化1.3.5版本的变化切换到注册为存储DE面板选项,通过registerPValuePatterns和相关功能。
1.3.4版本的变化支持内存通过registerFeatureSetCollections及其统计特性集集合。
v1.3.3变化重新分配文档从小组参观于旅游。
1.3.2版本的变化Tour-related补丁修复的构建。
1.3.1版本的变化版本变化1.13.07 (2021-05-06)更新类型:小。
importGTF()和importRdata()更新处理罕见的混合链和unstranded亚型(unstanded现在discareded)。
addORFfromGTF()更新更好的repport如果没有或只有少量的orf补充道。
各种各样的维护更新。
版本变化1.13.06 (2021-04-09)更新类型:小。
运行时由isoformSwitchTestDEXSeq repported()更新也考虑记录的数量分析。
analyzeORF()更新,使分析analyzeNovelIsoformORF没有发现重叠时,()。
switchPlot固定现在阿尔法论证工作。
各种更新的警告,描述和错误消息。
extractSequence()更新删除终端如果包含在annoation终止密码子。
extractSequence()更新alsoSplitFastaFile = TRUE时产生均匀大小的文件。
analysORF不再允许截断orf的识别。
版本变化1.13.05 (2021-01-07)更新类型:专业。
最长analyseORF更新orfMethod”。一个nnotatedWhenPossible” a hybrid between “longes” and “longestAnnotated”. See ?analyseORF for details.
importGTF, importRdata analyseORF更新也annoate ORF annoations的来源。analyzeCPAT和analyzeCPC2更新也改变这些如果removeNoncodinORFs = TRUE。
使更好的开放框架分析addORFfromGTF()和analyzeNovelIsoformORF IsoformSwitchAnalyzeR()函数被添加。这些应该使用而不是analyzeORF ()。这些函数也注释ORF annoations的来源。看到小插图描述为什么这些都是可取的。
analyseORF ORF()和一个额外的更新方法检测:“longest.AnnotatedWhenPossible”。
getCDS()函数和CDSSet类被用户addORFfromGTF analyzeNovelIsoformORF() +()提供了一个更好的方法来分析开放。
下游功能依赖ORF数据现在检查所有亚型已经评估了羊痘疮。这些是extractSequence (), analyzeSwitchConsequences (), switchPlotTranscript()和switchPlot ()。
isoformSwitchAnalysisPart1()和isoformSwitchAnalysisPart2()也进行了更新,支持新的ORF注释方案。
使用isoformSwitchAnalysisPart1()和isoformSwitchAnalysisPart2()是那么复杂的通过删除许多参数传递给项子功能从而更多地依赖于默认参数。
importRdata()更新导入”具有gene_ids”而不是StringTie gene_ids(带注释的基因)。
StringTie注释救援在importRdata()更新使用“具有一定gene_ids”而不是“具有一定gene_names”用密集的基因,从而解决问题有相同的基因名称,由StringTie合并。
importGTF()现在也从StringTie进口ref_gene_id gtf使上述更新importRdata ()。如果不是pressent将复制gene_name代替。
extractGeneExpression()更新允许简单的基因annoation输出。
isoformToGeneExp()更新使用rowsum()而不是tidyverse大型数据集的实现,因为它要快得多。
importRdata的结果()的estimateDifferentialGeneRange选项现在repports条件名称依照IsoformSwitchAnalyzeR的其余部分。
被提到的StringTie2已经合并成StringTie。
文档和装饰图案相应更新。
版本变化1.13.04 (2020-12-10)更新类型:小。
装饰图案更新。
版本变化1.13.03 (2020-12-08)更新类型:小。
装饰图案更新。
版本变化1.13.02 (2020-12-07)更新类型:小。
更新描述。
更新的装饰图案对于Gallaxy上运行分析。
版本变化1.13.01 (2020-10-29)更新类型:小。
由于Bioconductor发布版本撞。
固定一个错误importRdata()修复StringTie注释时,也可能引发麻烦。感谢@yaccos识别问题。
固定的一个极端例子情形,差的估计importRdata()会产生一个错误。
analyseSignalP()更新处理没有信号肽被发现的情况下与一个警告而不是一个错误。
在version 1.19.2变化修复
通用电气的添加联系
除去dplyr乐趣,以避免未来的错误
当有rownames column_to_names修复错误
1.26.0版本的变化释放Bioconductor 3.13的一部分
1.25.2版本的变化“注册”从宏观ksort删除。为了避免警告在Mac OS
1.25.1版本的变化小修理MismatchC.cpp
1.25.0版本的变化新分支Bioconductor 3.13重击
1.4.5版本的变化(2021-04-15)上海广电批效应修正改进
疯狂的异常值检测固定
KnowSeq报告更新,包括上海广电的变化和疯狂的修改
交叉验证度提取实现进一步的版本
RUV批效果整合政府的方法
3.48.0版本的变化新功能
显式地设置重量=零在调用lmFit()不再越权权重价值发现对象。从默认设置在lmFit ()ndups =和间隔= 1来ndups =零和间隔=零,尽管这并不改变函数的行为从用户的观点。
许多改进duplicateCorrelation()使结果更加健壮和使界面符合lmFit ()。duplicateCorrelation()集权重一样lmFit ()。设置重量=零在函数调用不再覆盖中的权重对象。现在duplicateCorrelation()检查是否阻碍因素是跨越设计矩阵。如果是这样,它返回intrablock相关性为零,输出一个警告。以前这种用法错误并不是特别困和可能导致相关性或NA或接近1根据浮点错误。duplicateCorrelation()现在问题一个简化的消息当设计不是满秩,并使用消息()这样做,而不是猫()。在输出方面,duplicateCorrelation()现在界限genewise相关性从0.01上下界,这样总是会相关矩阵正定。还有一个解决duplicateCorrelation返回的值()当没有块或重复。
新论点足球俱乐部治疗(),这样的叠化阈值可以指定叠化而不是log2-fold-change规模。
不再plotMDS()调用cmdscale(),而是直接执行必要的特征向量计算。比例的方差解释为每个维度现在计算,选择添加到维度标签。的ndim参数是现在移除。现在所有的特征向量存储plotMDS。MDS的时候不需要再计算不同维度绘制。
新的参数路径和bgxpathread.idat ()。read.idat()现在检查gzip IDAT文件,如果检测,给出了信息的错误消息。现在read.idat()检查输入文件之前调用illuminaio读函数的存在。
其他代码的改进
文档
附加的文档设计的观点lmFit使用术语“样本”而不是“数组”,提到设计矩阵违约美元对象设计当组件不是零。
duplicateCorrelation()帮助页面修改包括新代码的例子。
帮助页面轰()现在解释说,设计矩阵将被设置集团如果可用DGEList对象的因素。
coolmap()帮助页面现在澄清heatmap.2()的参数是保留的,哪些可以包含在coolmap调用。
错误修复
1.10.0版本的变化错误修复
0.99.7版本的变化修复错误
0.99.6版本的变化编辑小插图
0.99.5版本的变化从ExperimentHub添加PBMC的数据集
0.99.4版本的变化编辑描述
0.99.3版本的变化R > = 3.6生成一个警告
0.99.2版本的变化改变LRcell依赖R > = 3.6
0.99.1版本的变化改变.gitignore文件
0.99.0版本的变化1.5.1版本的变化更新日志从基地10基地2。
ZICP现在已经弃用(https://cran.r-project.org/web/packages/cplm/NEWS)
删除SLM的未来R2功能模型
随着残差拟合值返回
提取随机效应也回来了
2.8.0版本的变化新功能
增强
错误修复
1.1.2版本的变化2021年5月10日添加feature-label输出
2021年4月27日,添加feature-label输出
2021年添加截断值在3月6日
1.1.1版本的变化硬编码α固定于2020年12月21日。
这次1.2.1版本的变化版本变化0.99.12 (2021-05-18)替换由openxlsx xlsx
版本变化0.99.11 (2021-05-10)重命名功能正常化normalizeAssay
重命名函数变换transformAssay
重命名功能批量batchCorrectionAssay
重命名函数转嫁给imputeAssay
版本变化0.99.10 (2021-05-06)撞击触发构建版本
版本变化0.99.9 (2021-04-29)添加hexbin建议
修复bug在MAplot情节显示正常
版本变化0.99.8 (2021-04-28)设置> = 0.29.15 S4Vectors所需要的版本
版本变化0.99.7 (2021-04-28)添加版本描述文件的依赖关系
版本变化0.99.6 (2021-04-27)添加MatrixQCvis Bioconductor支持站点上看到标签
版本变化0.99.5 (2021-04-27)减少文件大小的小插图使用partial_bundle driftPlot
版本变化0.99.4 (2021-04-26)为PCoA添加解释方差
添加se论点create_boxplot允许订购样品
使用ggplotly driftPlot
允许灵活的样本MA-plot提供基于特征向量样本的名字
退出时返回SummarizedExperiment闪亮的应用程序
添加函数maxQuant允许创建从maxQuant输出(SummarizedExperiment对象。xlsx文件)
版本变化0.99.3 (2021-03-18)减少文件大小的小插图使用partial_bundle情节人物
版本变化0.99.2 (2021-03-18)降低分辨率的图片装饰图案以减少文件大小
版本变化0.99.1 (2021-03-17)减少文件大小的小插图
版本变化0.99.0 (2021-03-12)写数据操作和情节的功能
这些函数的编写测试
为shinyQC创建UI和服务器模块
编写测试UI和服务器模块
加载不同的UI元素取决于类型的数据(如果数据包含缺失值或完成)
版本变化1.17.1 (2020-11-27)错误修复
1.1.5版本的变化新功能
0.99.11版本的变化支持与runStreme STREME ()。STREME将在未来取代DREME MEME套件版本。
0.99.10版本的变化固定一臭虫,其路径不正确的扩大在一定条件下当用作数据库条目
0.99.8版本的变化删除内联r在integrative_analysis bioc构建机器上装饰图案来解决问题
0.99.7版本的变化版本撞力包裹重建
0.99.6版本的变化更新ChIP-seq装饰图案来证明这一点
0.99.5版本的变化重命名ame_plot_heatmap - > plot_ame_heatmap一致性
0.1.2版本的变化runTomTom () dist违约现在ed(从皮尔森)。
0.1.0版本的变化1.1.3版本的变化包添加
metabCombine():主要包工作流包装器函数
参数列表函数加载默认的主要工作流程的方法
改变labelRows
“冲突”参数替换为“三角洲”,与默认值(0.2)
“minScore”参数的默认值增加到0.5
改变calcScores
改变fit_loess
改变selectAnchors
默认为“tolrtq”观点改变了从0.5到0.3
1.1.2版本的变化(2020-12-28)改变fit_gam () / fit_loess
新孤立点检测方法基于箱线图/差补充道
新观点:局外人,接受“疯狂”或“箱线图”价值
改变参数的名字:“压裂”“道具”、“比例”“系数”
文档和次要代码变化主要和支持功能
改变plot_fit
新选项显示、隐藏或高亮显示(传奇)离群值
新参数:局外人,接受“秀”/“s”,“删除”/“r”,或“亮点”/“h”作为参数;ocol,异常值点颜色如果离群值参数设置为“亮点”/“h”
其他的变化
新测试用例fit_gam ()
变化的1.1.1版(2020-12-02)错误修复
combinedTable检查失踪组值(# 7)问题
calcScores / evaluateParams组错误(问题# 8)
警告列名与括号字符“{([])}”(问题# 9)
QCol bug(问题# 10)
新功能
0.99版本的变化MetaboCoreUtils 0.99.1
MetaboCoreUtils 0.99.0
1.1.1版本的变化错误修复
增加了一些辅助函数
版本是1.7.2变化(2020-12-17)1.0.0版本的变化版本变化1.3.13 (2021-02-20)新功能
错误修复
1.9.1版本的变化1.15.1版本的变化BUG修复和改进
1.17.5版本的变化改进和错误修正
从文件中读。gzip:跳过头行tabix文件修复https://github.com/al2na/methylKit/issues/226
1.17.4版本的变化改进和错误修正
.setMethylDBNames:正确可能methylDBclass从“methylDB”到“methylRawDB”
从文件中读。gzip:禁用跳过fread.gzipped减压
会导致严重的问题在https://groups.google.com/g/methylkit_discussion/c/UruFjvX89B4/m/vV2Qnd8NEAAJ和https://github.com/al2na/methylKit/issues/222中解释了吗
1.17.3版本的变化改进和错误修正
出口methylRawListDB和methylRawList构造函数
1.17.2版本的变化改进和错误修正
对合并methylRaw faq部分添加到methylRawList更新装饰图案
1.17.1版本的变化改进和错误修正
readmethylDB:试图读之前检查文件是否存在
加载tabix文件:
版本变化1.9.5 (2021-05-04)添加功能来调整相关的多个测试
返回返回ppm范围时对称矩阵结构
版本变化1.9.4 (2021-04-30)添加字体mz_vis mono
分裂中的示例如何使用过滤器mz_summary可视化
1.9.3版本的变化(2021-04-28)介绍AdjacencyMatrix S4类、来自SummarizedExperiment存储邻接矩阵。AdjacencyMatrix对象结构类型,统计,结合
调整AdjacencyMatrix对象的文档和测试
添加函数mz_summary和mz_vis(沙尔茨Liesa贡献)
1.9.2版本的变化(2021-03-24)添加部分结构的矩阵生成= FALSE
版本变化1.9.1 (2021-02-20)修复错误的故事
版本变化0.99.0 (2021-03-19)版本变化0.99.0 (2021-03-19)2.1.2版本的变化(2020-07-01)核心的热图标签改善
aggregate_top_taxa弃用
双峰性和potential_analysis功能固定的
改变版本2.1.1 (2020-04-06)添加重叠函数
1.0.3版本的变化添加选项将分类列(如获得通过qiime)在应用程序中
在以前的版本1.0.2中变化固定的错误使用NaN值在表型相关分析
防止应用程序在加载数据格式错误的功能
版本1.0.1的变化调整是兼容shinyjs 2.0.0
1.3.11版本的变化填补ggclust错误地图颜色和形状。(2021-05-12,结婚)
版本就开始变化更多的ggdiffclade布局。星期五(2021-04-16)
https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues/23
1.3.8版本的变化为ggbartaxa和ggdiffbartaxa添加别名。(星期二,2021-03-23)
1.3.7版本的变化时更新import_qiime2避免错误只提供功能表。星期五(2021-02-26)
1.3.6版的变化将svg开发转换成pdf dev。(2021-02-04,清华)
1.3.5版本的变化修复一个错误例如ggrarecurve。(2021-01-07,星期四)factorNames = "集团" factorNames =“集团”
1.3.4版本的变化geom_tiplab也支持循环布局,所以删除geom_tiplab2。(2020-11-26,清华)
v1.3.3变化添加。treedata taxonomyTable类。(我2020-11-23)
1.3.2版本的变化少见的< - get_rarecurve (obj,块= 400)p < - ggrarecurve(罕见)
1.3.1版本的变化0.99.15版本的变化修复错误导致轻轨交通报告错误的测试残留物的数量。
0.99.13版本的变化版本变化0.99.1 (2021-03-13)修正模型正常化bug——现在使用默认TMM正常化。可以使用日志(M_s)抵消通过规范。testNhoods方法= " logMS”。
版本变化0.99.0 (2021-03-04)提交给Bioconductor
版本变化0.99.9 (2021-03-24)增加了新的功能,plotMetrics
mixtureModel现在抛出一个警告如果flexmix尚未确定两个分布
装饰图案包括指令来评估是否使用miQC数据集
版本变化0.1.0 (2021-02-10)提交给Bioconductor
1.9.4-1.9.5版本的变化添加引用信息< 2021-04-15,因此>
1.9.3版本的变化添加海绵模块(SM)方法< 2021-02-02,Thue >
1.9.1-1.9.2版本的变化更新miRSM。R<2020-11-26, Thus>
1.17.1-1.17.2版本的变化版本变化0.99.11 (2021-05-14)改变消息文件
0.99.10版本的变化缩小回购
0.99.9版本的变化更新建议笔记
0.99.8版本的变化固定检查错误
0.99.7版本的变化处理下载问题
0.99.6版本的变化处理出现的问题
0.99.5版本的变化固定的文档对数据集和警告警告R CMD文件大小
0.99.4版本的变化固定的文档数据集的警告
0.99.3版本的变化固定的文档警告代码
0.99.2版本的变化发起
0.99.11版本的变化清洁缓存控制。
0.99.9版本的变化变化mistyR装饰图案,以反映变化insilico论文的评价。
0.99.0版本的变化版本Bioconductor片段准备提交。
0.1.0版本的变化1.71.1版本的变化rda是已经和所有引用都被删除了
bug hclustWidget禁止使用更多的功能比样本——这是固定的
1.39.1版本的变化使用进口而不是视情况而定
使用Authors@R
KEGG。db(不可以从BioC > = 3.13) - > KEGGREST
getGeneSets:只返回描述选择的途径
更新示例基因集
版本变化0.99.0 (2018-05-15)1.1.9版本的变化MEFISTO集成到MOFA2
修和SingleCellExperiment提高互操作性
提高内存使用和培训时间可选取代float64数组float32数组
mofapy2已经更新到版本0.6.0现在都有自己的存储库
版本1.1.4的变化MEFISTO集成到MOFA2
改善与蛇怪的Python接口
样本的元数据可以合并遐对象之前和之后的训练
1.35.2版本的变化1.12.1版本的变化修正参数检查MPRASet建设允许用户不需要指定条形码或eseq。
修复错误的订购宰牲节在日志比对象与总=“没有”选项
0.99.4版本的变化添加了PlotProteinPeptideRatio()函数可视化比较确定的蛋白质和多肽/蛋白质比实验。
0.99.3版本的变化删除LazyData:没错。
0.99.2版本的变化1.24.0版本的变化释放Bioconductor 3.13的一部分
1.23.1版本的变化texshade更新。住在猪圈里,最新版本
1.23.0版本的变化新分支Bioconductor 3.13重击
0.99版本的变化0.99.4变化
0.99.3变化
0.99.2变化
0.99.1变化
0.99.0变化
0.99版本的变化0.99.3变化
0.99.2变化
0.99.1变化
1.3版本的变化1.3.3变化
1.3.2变化
1.3.1变化
1.3.0改变版本
2.17版本的变化2.17.7变化
2.17.6变化
2.17.5变化
2.17.4变化
2.17.3变化
2.17.2变化
2.17.1变化
2.17.0变化
变化的1.1.1版(2020-03-27)1.17.2版本的变化更新开发匹配错误修复的主人
1.17.1版本的变化更新开发匹配错误修复的主人
1.16.2版本的变化作者列表更新
1.16.1版本的变化更新的createDatabase记录所有内部的平均光谱数据库
添加许可证和版权信息的代码
添加github工作流CI(以及随后的格式更新通过测试)
0.99.6版本的变化作者在描述文件更新
0.99.5版本的变化修复标准错误的模型参数估计msqrobLmer当使用doQR = TRUE
0.99.4版本的变化小更新装饰图案。取代eval R = FALSE在一块,这样代码评估。
0.99.3版本的变化避免酸式焦磷酸钠和1:…
0.99.2版本的变化0.99.1版本的变化
1.1.2版本的变化更新Spectronaut转换器允许在输入文件中的注释。
1.1.1版本的变化2.0.0版本的变化(2021-05-14)重构的pacakge模块化
版本变化1.8.2 (2020-12-17)更新进度条
更新groupComparisonTMT避免重用本地函数抄袭lm的pacakge
版本变化1.8.1 (2020-12-10)添加MSstatsTMT论文的引文
修复bug在groupComparisonTMT()由于更新相关的pacakge
修复bug MedianPolish总结
proteinSummarization():将零值替换为钠肽前后正常化
1.18.0版本的变化新功能
Bug修复和小改进
1.1.7版的变化(2021-05-10)删除Biocarta数据库从装饰图案,它不再是由石墨R包。
列出所有可用的数据库错误消息。
1.1.5版本的变化(2021-04-19)错误修复。
添加信息和参考有关指标的计算功能。
改变版本1.1.4 (2020-12-09)添加的正确引用BMC生物信息学。
改变版本1.1.3 (2020-11-19)防止警告由于进口两种不同的选择()函数。
1.1.2版本的变化(2020-11-07)加速代谢物ID不同的ID格式之间的映射
变化的1.1.1版(2020-11-05)错误修复。防止重复通路标题导致一个错误。
包括新功能列举duplicted通路标题与落后的数字。
2.0.0版本的变化(2020-11-23)更新的选择显著结果“topDirs”功能。重大变化,结果将更加严格而pre-2.0.0版本
删除“BLMA”和“技术”依赖性,添加“聚合”的依赖
假定值默认使用“max”聚合。即。,为a region differentially interacting with multiple regions, a maximum p-value will be selected. Fisher, Lancaster, and Sidak methods are also available
协调计算重要的地区使用“p。只adj_cutoff”(“α”截止删除)
“曼哈顿”功能是和谐与“topDirs”
“perm_test”功能是和谐与“topDirs”
更新片段匹配功能
0.99.0版本的变化1.0.0版本的变化新功能
1.5.2版本的变化添加磨边机:calcNormFactors prepSim()步骤()
添加参数‘弟弟’simData()指定是否要模拟两组
prepSim()和simData()现在支持模拟“奇异”的设计(没有样品,没有集群),以及只有样品/集群
simData()默认为模拟提供尽可能多的样本,以避免重用(重复)的参考样本
1.5.1版本的变化显著加速aggregateData()代替使用rowX与天窗对列表()::summarizeAssayByGroup ()
添加选项使用“prop.detected”和“num.detected”汇总统计(aggregateData参数“有趣”)()
添加在aggregateData并行支持()和pbd()通过参数BBPARAM(传递给嘘:sumCountsAcrossCells()和BiocParallel:: bplapply,分别)
aggregateData()现在商店的数量下细胞进入聚合int_colData () $ n_cells(与元数据()n_cells美元)支持自动构造子集
论点n_threads换成BPPARAM所有可平行的函数(aggregateData (), pbd(),多())
错误修复在prepSim():函数之前失败当集群/样本/ group_id细胞元数据列在第二
错误修复在resDS (): cpm = TRUE之前没有正确处理丢失的群抽样组合
1.1.2版本的变化(2021-02-03)释放
3.1.4版本的变化固定的拼写错误。
3.1.2版本的变化Plot_lesion_segregation已得到改进。它现在可以多个样本同时情节。用户还可以指定他们想把染色体。情节现在还包含色彩和染色体上的基因突变的比例链每个染色体由水平线视觉效果。
3.1.2版本的变化2.25.5版本的变化解决编译错误clang-11报告(Kurt Hornik和固定),关闭# 244
2.25.4版本的变化添加依赖”rmarkdown”到“建议:“
2.25.3版本的变化确保头正确提供返回列的数据类型。
2.25.2版本的变化解决问题# 238:确保头所有后端调用返回相同的列。
2.25.1版本的变化使用最新Rcpp凹凸版触发新的构建
2.25.0版本的变化新Bioc猛击版本
1.15.2版本的变化添加rmarkdown建议方案。
1.15.1版本的变化rtracklayer修复缺失的环节::出口。
版本1.1.4的变化添加plot_granges_heatmap()函数使用农庄组织策划的热图
1.1.3版本的变化固定的错误当读取重叠在名称和位置为内部函数StatLM ()
1.1.2版本的变化添加单元测试。
1.1.1版本的变化版本变化0.99.5 (2020-12-21)解决问题从构建报告
版本变化0.99.4 (2020-12-18)解决问题从构建报告
版本变化0.99.3 (2020-12-18)解决问题从构建报告
版本变化0.99.2 (2020-12-18)解决问题从构建报告
版本变化0.99.1 (2020-12-17)解决问题从构建报告
版本变化0.99.0 (2020-12-15)提交给Bioconductor
变化的1.1.1版(2021-05-04)版本1.1.4的变化变化
版本变化1.99.4 (2021-04-15)删除MCUPGMA-dependencies小型网络。
版本变化1.99.0 (2021-03-08)完全基于秩的扩展(netboost (…robust_PCs = TRUE, filter_method =“枪兵”,方法=“枪兵”))。
全力支持的非参数版本。
1.7.3版本的变化plotFastqcPCA的简化版本。现在集团是一个可选的因素。不执行聚类
版本是1.7.2变化弃用runFastQC
1.7.1上版本的变化添加macs2 callpeak importNgsLogs日志
1.6.1版本的变化增加了asPercent plotAlignmentSummary
增加的能力通过fqName < -分配新值
1.9.1版本的变化1.99.0版本的变化包括predNuPoP_chem函数预测核小体定位基于概要训练基于化学地图
装饰图案文件创建了R减价
添加新闻文件文档版本肿块
2.7.1版的变化(2020-11-11)2.99.19版本的变化固定一个错误导致n_references列值1甚至没有引用的记录
2.99.17版本的变化注液电池网络的质量提高过滤
2.99.16版本的变化注液电池质量过滤网络
2.99.13版本的变化更健壮的访问UniProt(网络故障的情况下)
2.99.11版本的变化改进的下载器后端
2.99.8版本的变化数据库管理器
2.99.7版本的变化固定的许多缓存错误
2.99.6版本的变化新资源:人类表型基因本体和本体论注释
版本变化2.99.0 (2021-03-08)3.0版本的变化主要变化:频率依赖健身。
删除v。1功能。
多个initMutants。
添加从麦哲伦麦哲伦的来源和功能。
版本变化2.99.93 (2021-04-30)固定的缺陷和改进与三元素rfitness规模的测试向量。
版本变化2.99.92 (2021-04-27)rfitness:规模可以三元素向量。
装饰图案:偏离SSWM例子(不运行)。
版本变化2.99.9 (2021-04-22)固定在一个引用日期输入错误。
我们是不一致的,允许一个基因的一些示例。
自述:nem。
版本变化2.99.8 (2021-01-01)删除未使用的代码。
长时间测试:不再使用1节。
版本变化2.99.7 (2020-12-30)装饰图案:固定两个失踪的裁判和添加种子在两个例子。
版本变化2.99.6 (2020-12-30)不再v。1功能。
稍快的装饰图案。
版本变化2.99.5 (2020-12-18)随机超时在构建tokay2 (Windows、BioC);固定装饰图案的种子。
版本变化2.99.4 (2020-12-17)清理的c++代码。
版本变化2.99.3 (2020-12-13)删除不必要的(和堆满)运行测试时输出和无关紧要的警告。
减少执行时间的长期运行的例子(Rd)文件。
减少时间的装饰图案。
版本变化2.99.2 (2020-12-11)失败的测试在Mac上。
版本变化2.99.1 (2020-12-10)BioC撞版本号,所以它将成为下一个版本3.0.0版本。
最新版本的exprtk。
版本变化2.21.995 (2020-12-09)装饰图案:重写大部分FDF例子为健身规范使用名称(不是数字)。
版本变化2.21.994 (2020-12-08)可以从任意配置:开始模拟多个init突变体(和multispecies功能)。
Freq-dep-fitness不需要在健身WT表。
撞版(2.21.xyz)为新BioC重击。
2.0.0版本的变化修改
添加Rcpp代码在线测试算法
添加在线批处理算法Zrnic et al。[2020]
添加Storey-BH算法
添加setBound函数
装饰图案和pkgdown网站更新
更新单元测试
更新的引用
3.11版本的变化增强
错误修复
添加了一个修复gate_tautstring所使用的密度估计
3.10版本的变化API的变化
简单的重命名
类和方法不再出口
错误修复
2.9.1版本的变化1.31.3版本的变化修复bug与单基因mol.sum easygsea报道的数据。同样添加删除= F mol.sum和node.map其他几行。
1.31.2版本的变化解决检查错误由于变化与KEGGEdgeSubtype KEGGgraph包(1.51.1版)。
1.31.1版本的变化现在korg包括6833种KEGG或超过2017 1588个新物种。
版本变化测试盒框添加DESeq2介绍部分,一幕
允许用户现在可以越多就单个PC plotloadings ()
ellipseType改进椭圆功能添加参数,ellipseLevel, ellipseSegments
越权ggrepel新默认值为马克斯。通过引入重叠maxoverlapsConnectors = 15
用户可以指定一个方向通过directionConnectors连接器
删除labhjust和labvjust
1.5.4版本的变化(2021-04-15)mzML参数解析优化
1.5.3(2021-03-30)更正版本的变化额外的原始峰面积计算不平滑(peakArea生)
对齐的峰值在功能集成算法,integrateFIR()现在弹性缺失的扫描
1.5.2版本的变化(2021-01-31)更改文件包别名由于覆盖.rd警告在Windows(不区分大小写的名称和路径)
迁移到Github行动持续集成
1.5.1版本的变化(2021-01-19)单元测试更新,以符合新的r-devel all.equal()环境检查行为
版本变化1.9.1 (2021-01-14)CI工具
错误修正
0.99.12版本的变化删除* r中的bug,date: 2020.12.19.
0.99.11版本的变化我们第一次审查后更新包。
0.99.7版本的变化添加pathway_info_hsa。rdata数据。
0.99.6版本的变化我们第一次审查后更新包。
0.99.5版本的变化我们更新R版本依赖从4.0.0到4.1。
0.99.4版本的变化我们订阅bioc-devel邮件列表
0.99.3版本的变化删除* r中的bug,date: 2020.11.19.
0.99.2版本的变化删除* r中的bug,date: 2020.11.8.
0.99.1版本的变化删除* r中的bug
0.99.0版本的变化版本变化0.99.0 (2021-02-17)1.1.9版本的变化修复在文档、示例和风格来满足BioC需求
1.1.8版本的变化修复满足BioC需求文档和示例
1.1.7版的变化固定getSPS期待残留信息。
1.1.6版本的变化包括警告标志创建PhosphoExperiment对象没有属性。
1.1.5版本的变化固定在plotQC系统树图生成的警告消息。(警告消息:矢量化输入element_text()不是官方支持。)。
版本1.1.4的变化固定的参数plotQC从关口到毛评点
1.1.3版本的变化1.4.12版本的变化版本变化1.17.10 (2021-02-02)错误修复
0.99.4版本的变化更新的引用
0.99.3版本的变化bioconductor录取将于下个周期
0.99.2版本的变化Lazydata设置为假
0.99.0版本的变化改写了许多数据手册页
0.3.0版本的变化1.3.4版本的变化添加选项限制QCRSC晶石值。
1.3.2版本的变化pqn添加输入/输出。
固定蒟蒻阁情节bug。
这次1.2.1版本的变化占失踪在QCRSC注射。
版本变化0.99.6 (2021-04-06)NEWS.Rd更新)
版本变化0.99.5 (2020-12-09)纠正一个作者的名字)
版本变化0.99.4 (2020-12-09)改变了R版本依赖> = 4.1 (R-devel)
0.99.3版本的变化小代码更改Bioconductor审查员指出的
版本变化0.99.2 (2020-11-11)改变参数的例子运行得更快
版本变化0.99.1 (2020-11-11)删除.Rproj文件从存储库中
版本变化0.99.0 (2020-11-10)提交给Bioconductor
1.24.0版本的变化释放Bioconductor 3.13的一部分
1.23.2版本的变化更新和文档装饰图案以适应新版本的Illumina公司TruSeq DNA外显子组库准备装备
改变默认col.names readRegionsFromBedFile ();相应的更新页面的帮助
1.23.1版本的变化重建基因组数据对象(旧数据对象已不符合新“BSgenome”版)
1.23.0版本的变化新分支Bioconductor 3.13重击
1.99.3版本的变化NB函数现在出口
注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。
1.99.2版本的变化错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)
1.1.15版本的变化臭虫固定在PomaMultivariate
1.1.8版本的变化POMA 1.0.0
0.99版本的变化新功能
初步审查。
0.99.0版本的变化修改所需的文件和格式的代码风格。
1.1.22版本的变化更新包放下网站
对Bioconductor 3.13更新消息
1.1.18版本的变化基因表达数据已经存储在返回的summarizedExperiment对象的化验高伦雅芙促进summarizedExperiment对象的简单过滤。元数据槽现在是空的。
策划推广活动:实现boxplotPromoters函数的情节绝对子活动的箱线图,相对启动子活性和基因表达。
识别替代促进剂:getAlternativePromoters的实现,用于识别启动子可能表现出替代使用。
1.1.15版本的变化为识别实现getAlternativePromoters替代促进剂
为可视化实现boxplotPromoters推广使用
1.1.6版本的变化执行条件向量遵循命名约定
1.31版本的变化1.31.3版本的变化
1.31.2版本的变化
1.31.1版本的变化
1.31.0版本的变化
1.23.9版本的变化增加了新的uniqueMsLevel通用< 2021-04-08 >星期四
1.23.8版本的变化增加了新的filterPrecursorCharge通用的< 2021-04-06 >星期二
1.23.7版本的变化添加ProcessingStep对象和相关方法(从光谱)
1.23.6版本的变化增加了量化泛型(从MSnbase) < 2021-01-02 >坐
1.23.5版本的变化新的alignRt通用。
1.23.4版本的变化新的虚拟参数类。
1.23.3版本的变化新的filterIntensity通用。
1.23.2版本的变化通用的新化合物。
1.23.1版本的变化新calculateFragments通用(从MSnbase)
1.18.0版本的变化Bug修复和微小的变化
版本变化0.99.5 (2021-04-08)文件夹src-x64 gitignore src-i386
版本变化0.99.4 (2021-04-08)插曲:在安装卡盘eval = FALSE
版本变化0.99.3 (2021-04-01)添加BugReports描述文件
改变vigette:消除回声= FASLSE和添加安装部分
把dontrun从例子
避免槽槽()和创建一个通用的方法访问和setter
这两个datSet modyfied documentaion
本月/脚本中添加文档
版本变化0.99.0 (2021-03-12)提交给Bioconductor
1.22.0版本的变化新功能
calculateNormalDatabase现在提出了一个不相干的间隔宽度,减少噪声,同时保持尽可能高的决议
添加支持GATK4 Mutect CollectAllelicCounts输出作为替代品
添加segmentationGATK4 ModelSegments使用GATK4的细分功能
用户可见的明显变化
min.total补充道。计数过滤filterIntervals去除间隔较低数量的计数在肿瘤和正常阅读。特别有用的非目标过滤在高效化验标准过滤器保持高太多方差区域。
改变默认的min.mappability preprocessIntervals目标区间为0.6 (0.5)
添加min.mappability filterIntervals以便更保守的短裤normalDB生成后可以进行测试
PSCBS: 1.20.0两步分割略有调整,只有高质量的目标区间(在其高mappability和低噪声)是用于第一次分割
添加-skipgcnorm国旗覆盖。R跳过GC-normalization
添加AF.info.field选项为非标准calculateMappingBiasGatk4 GenomicsDB进口
如果分割函数添加断点在鱼饵,这些断点现在搬到开始或者结束的诱饵,以避免一个诱饵分配给两个部分
Dx。Rnow always generates a _signatures.csv file with –signatures, even if insufficient number of mutations
删除已经calculateIntervalWeights函数
修正
解决当VCF荒谬的错误消息不包含生殖系变异(# 166)。
解决各种相关问题seqlevelsStyle函数(例如# 171)
解决崩溃在calculateMappingBiasGatk4并非所有样本有一个变种调用一个特定的染色体(chrY)
解决相关的注解映射与triallelic网站和GenomicsDB偏见
固定一个问题Mutect 1.1.7数据好snp被忽略(# 174)
1.29版本的变化qcmetrics 1.29.1
qcmetrics 1.29.0
1.1.0版本的变化QFeatures 1.1.4
QFeatures 1.1.3
QFeatures 1.1.2
手动安装preprocessCore(有关详细信息,请参阅https://github.com/Bioconductor/bioconductor_docker/issues/22)在装饰图案和测试使用分位数正常化。
更新小插图显示正常()和logTransform()直接在QFeatures对象和参考QFeaturesWorkshop2020车间和WSBIM2122 8章。
QFeatures 1.1.1
QFeatures 1.1.0
1.9.4版本的变化文档添加新的数据集。
1.9.3版本的变化新功能:添加函数IRSnorm执行跨多个TMT强度正常化运行使用一个共同的参照样本规模(内部参考)。
1.9.2版本的变化错误修复:更新getContrastResults测试参考
修复bug is_validScalingFunction -开关are_equal来相同的
1.9.1版本的变化修复bug在getContrastRestults文件写入. txt,文件名称现在应该正确对比形成的名字
0.99.0版本的变化所有设置Bioconductor提交!
版本0.0.1的变化添加了一个新闻。md文件跟踪更改方案。
版本1.0.1的变化1.16.0版本的变化新功能
版本变化0.99.2 (2020-12-21)代码清理bioconductor
初始提交bioconductor
改变v1.3.3 (2020-11-18)已经df_estimate()函数
这次1.2.1版本的变化(2020-11-17)根据(Phipson和史密斯2010 pFdr改编)
1.31.1版本的变化新功能
1.11版本的变化版本变化1.7.12 (2021-02-24)使用蛇怪来管理python (cwltool)的依赖关系。
重命名的“cwlParam”到“cwlProcess”,“cwlStepParam”到“cwlWorkflow”。
包装R函数的支持添加到Rcwl工具。
版本变化1.7.7 (2021-02-24)所有食谱搬到https://github.com/rworkflow/RcwlRecipes。
增加了新的核心功能:cwlUpdate cwlSearch cwlLoad。
核心函数返回一个“cwlHub”对象。
2.12.0版本的变化一致的可互换的处理节点| |网络名称和suid边缘
createNetworkFromDataframes发挥不错的宠物猫
1.0版本的变化0.0.0.9000版本的变化1.5.2版本的变化(2021-04-16)添加检查以确保集群进行修对象前途径分析。
1.5.1版本的变化(2021-04-01)在perform_reactome_analysis固定错误:错误消息并没有正确显示。
1.2.0版本的变化添加了rmd2id()函数轻松地确定每一章的ID。
设置代码的链接到原始章extractCached ()。
暴露collapseStart()和collapseEnd()为手动创建可折叠的块。
添加scrapeReferences()刮bookdown书供参考外部使用。
添加configureBook()来配置一个部署Bioconductor包作为一本书。
添加链接()快速链接引用配置Bioconductor书包。
添加extractFromPackage()从Rmarkdown文件在安装包中提取对象。
添加createRedirects()从旧的重定向,弃用页面他们的新位置。
1.1.7版的变化错误修复
read_counts(现在)读取/外显子基因计数为每个样本数值,而不是整数,以支持32位整数计算值超过阈值(如2447935369)。此前,read_counts()将报告等大量微小的分数。这个错误是由克里斯托弗·威尔克斯。
1.1.6版本的变化错误修复
现在project_homes()读取一个文本文件从recount3_url /生物/ homes_index使支持自定义url,如http://snaptron.cs.jhu.edu/data/temp/recount3test。
版本1.1.4的变化错误修复
固定project_homes (), available_projects()和available_samples()来支持使用非标准recount3_urls,用户知道是project_homes()的生物的选择。此修复使用户能够创建自己的定制recount3-like网络服务器和访问他们的数据在这个包使用的功能。这解决了参数available_homes available_projects()和available_samples ()。这个错误是由克里斯托弗·威尔克斯。
1.1.3版本的变化新功能
添加expand_sra_attributes由安德鲁·E贾菲()。这个函数扩展了SRA属性存储在一个给定的SRA的研究,这使得它更容易使用的数据。然而,这使得它难以融合的研究,因此应小心使用。
1.1.1版本的变化错误修复
版本1.1.4的变化提高用户指南,修复错误,新的引文,添加免责声明文本,更新servermatrix()块。
更新的例子来进一步限制下载。get_rmdl()函数使用下载= FALSE,
更新数据分析装饰图案。使用减少dpi的图像数据分析限制包大小的小插图。使用更新的元数据文件的名字。
压缩新的元数据v.0.0.2文件限制包的大小。
使用统一的元数据文件标签v.0.0.1文件。
1.1.3版本的变化添加v.0.0.2数据库编译文件服务器(recount.bio /数据)和修订recountmethylation跨平台支持的功能。新文件反映IDAT下载完成于2020年11月从GEO / GDS,包括史诗的第一个编译/ HM850K数组。
添加平台在相关的参数getdb功能。
添加which.platform参数get_rmdl
添加新功能smfilt过滤服务器数据表最新编译文件,占平台的文件名。
清理和shoretenedservermatrix函数。现在处理RCurl呼吁“dn”(原籍get_rmdl)在处理条件dn =零。
更新用户的指导修复拼写错误,反映v.0.0.2样本,并添加一个下载诊断部分。添加数字引文格式,删除评价验证部分由于可能包从糟糕的网络连接建立失败。
更新ExperimentHub脚本文件元数据和表添加新v.0.0.2编译文件。
重命名示例元数据目录来避免混淆“gsm_metadata元数据。csv文件表”为中心。
1.3.2版本的变化用户可见的明显变化
connect_database内部提供的链接()已经更新,以联系的最新版本regulonDB v10.8。
1.3.1版本的变化错误修复
1.11.1版本的变化新功能
用户可见的明显变化
删除从read_gmql is_GMQL整个数据集函数必须有正确的文件夹结构,以便正确地工作
交换顺序的参数“dir_out”和“名字”的收集()函数现在后者之前,是前者。
弃用,已经
错误修复
2.36.0版本的变化新功能
添加额外的hyberslab选择函数中引入HDF5 1.10.7 (H5Scombine_hyperslab, H5Scombine_select H5Sget_select_npoints)。
支持对文件的读访问S3 bucket现在包括窗口。
添加h5deleteAttribute()函数。
错误修复
在版本1.4.0变化用户可见的变化
压缩库更新:
zstd: 1.3.8 1.4.5
错误修复
1.14版本的变化新功能
错误修复
CPPFLAGS用于构建R现在HDF编译期间使用。
现在包配置脚本将停止编译HDF5时如果遇到错误。这应该简化诊断问题。
0.99.3版本的变化更名为R函数遵循bioconductor公约
0.99.2版本的变化初始版本进行审核
1.3.4版本的变化添加rmarkdown建议方案。
v1.3.3变化添加github操作。
1.3.2版本的变化解决这个问题如果有softclip映射读取和读取长度小于变动范围。
1.3.1版本的变化保持原始countReads重要。
版本变化0.99.0 (2020-10-21)1.7.1上版本的变化1.5.4版本的变化(2021-01-23)添加情节类型“点”plotCompare功能
1.5.3(2021-01-12)更正版本的变化错误修复的长度为零的注释
错误修复设置函数
错误修复绘图函数
1.5.2版本的变化(2020-12-12)错误修复供plotCompareByCoord名称策划
1.5.1版本的变化(2021-01-12)1.5.1版本的变化(2021-01-12)2.9.3版本的变化改变了一些默认的选项值
一些修正
2.9.2版本的变化rnb.execute.pOOBAH实现功能。由于内森Steenbuck。
更新联系人信息的描述
2.9.1版本的变化intensities.by.color改进功能。由于内森Steenbuck。
2.19版本的变化2.19.4版本的变化
2.19.3版本的变化
2.19.2版本的变化
2.19.1版本的变化
1.23.12版本的变化次要的修改
小文档更新
1.23.8版本的变化次要的修改
装饰图案:小更新
1.23.6版本的变化次要的修改
“视图”的方法:小更新的文档
1.23.4版本的变化错误修复
“视图”的方法:显示的行名称
1.23.2版本的变化错误修复
1.99.01版本的变化1.99.0版本的变化rpx 1.99.8
rpx 1.99.7
rpx 1.99.6
rpx 1.99.5
rpx 1.99.4
rpx 1.99.3
rpx 1.99.2
rpx 1.99.1
1.27.0版本的变化
1.3.1版本的变化2.8版本的变化新功能
2.6.0版本的变化改善cellCounts的速度,也减少了内存使用。
添加了一个参数“umi。截止的cellCounts打电话给所有的细胞有一个UMI总数大于指定的阈值。
添加支持FASTQ-format CellCounts读取输入。
1.3.2版本的变化(2020-11-24)2.22.0版本的变化新功能
Bug修复和小改进
2.16.0版本的变化1.16.0版本的变化1.16.0版本的变化1.1.2版本的变化(2020-11-27)1.12.0版本的变化删除getColoredPathway
新功能:writeGMT
更新url BridgeDb datasources.tsv(again)
错误修复:downloadPathwaysArchive使用重定向url
1.11.4版本的变化更新url BridgeDb datasources.tsv
1.11.3版本的变化新功能
0.30.0版本的变化新功能
添加combineRows (), combineCols()和combineUniqueCols DataFrame对象的()。这些更加灵活的版本rbind()和cbind(),不需要合并的对象具有相同的列或行。
添加unname()通用和矢量对象的一个方法。
弃用,已经
错误修复
解决长期存在的缺陷在rbind为DataFrame对象()方法。错误是导致rbind()返回不正确的结果的列DataFrame对象结合的混合普通列表和其他类似的物品,例如IntegerList对象(IRanges包中定义)。
解决问题DataFrame印刷(提交735 c6b7f和89 b045e7)。
修复bug在扩大()当DataFrame对象扩大一个或所有未经选择的列(提交a8f839bb)。
1.6.0版本的变化seqFitNullGLMM_SPA ()可以使用的剂量估算剂量直接转换的最佳猜测基因型
新功能glmmHeritability ()近似遗传评估
1.16.0版本的变化错误修复
版本变化0.99.0 (2021-01-06)0.99.0版本的变化新功能
用户可见的明显变化
错误修复
1.5.1版本的变化版本变化1.5.60 (2021-05-18)1.0.0版本的变化1.20.0版本的变化runMDS可以使用用户提供的函数计算距离矩阵。runMDS可以存储矩阵计算的距离。runMDS还存储返回的对象的eig和GOF字段。
处理中心,规模、颜色和限制plotDots相似,plotHeatmap, plotGroupedHeatmap
添加runTSNE use_fitsne参数允许使用快速插值t-SNE代替Barnes-Hut t-SNE。
版本变化0.99.5 (2020-12-30)版本变化1.5.11 (2021-01-19)scDblFinder现在提供双重浓缩试验
双重线代和缺省参数进一步优化
1.15.1版本的变化(2021-05-06)添加PsiNorm规范化方法和它的包装。
添加描述了如何使用PsiNorm的装饰图案。
1.1版本的变化scp 1.1.6
scp 1.1.5
scp 1.1.4
scp 1.1.3
scp 1.1.2
scp 1.1.1
scp 1.1.0
1.5.3(2021-03-14)更正版本的变化移动ScaledMatrix“进口”部分的描述。
1.5.2版本的变化(2020-12-21)添加LTLA / ScaledMatrix“遥控器”部分的描述。
1.5.1版本的变化(2020-12-17)1.20.0版本的变化所有从先前版本现在已经弃用功能。
添加了一个简化quickSubCluster =选项()直接获得集群作业。
弃用combinePValues(),因为这是取代metapod:: combineParallelPValues ()。
getClusteredPCs()现在使用咆哮:clusterRows默认()。
现在自动检测pval decideTestsPerLabel ()。=如果没有提供。
添加clusterCells()包装咆哮的功能。
删除的选项通过矩阵设计= pseudoBulkDGE ()。
迁移所有normalization-related函数(computeSumFactors (), calculateSumFactors (), cleanSizeFactors()和computeSpikeFactors())更好的天窗。Soft-deprecated现有功能。
修改getTopHVGs()接受一个SingleCellExperiment和计算DataFrame modelGeneVar ()。
添加fixedPCA()来计算一个PCA与固定数量的组件,一个拉嘘::runPCA()(但不需要走开)。
修改denoisePCA()所以现在抱怨如果子集。行=没有提供。
修改所有成对*功能,这样的假定值方向=“任何”来源于两个假定值从片面的测试。这是必要的,为正确选择利物浦=和=,代价是稳当当块= NULL和利物浦很大。
改变版本1.2.3改变了访问github的示例数据。io回购:readRDS (url (" https://ncborcherding.github.io/vignettes/scRepertoire_example.rds "))
1.2.2版本的变化删除为了通过建立在Bioconductor Startrac-based功能。弃用,已经
反对StartracDiversity ()
1.2.0版本的变化提交
用户可见的明显变化
弃用,已经
反对combineSeurat赞成或combineExpression ()。
反对seurat2List赞成expression2List ()。
1.1.2版本的变化克隆重叠系数固定问题,是比较独特的条形码和不是clonotypes
添加函数没有clonotypes checkBlanks删除列表元素,这样可以防止错误的可视化
重新添加Startrac指标去掉零碎的包和添加它
大量修改的依赖性减少总数
1.2.0版本的变化迁移whichNonZero beachmat ()。
修正的因素在aggregateAcrossCells colData聚合()。添加适当的支持向量。
错误修复使用正确的响应。在perCellQCMetrics altexps = (), perFeatureQCMetrics ()。
添加了正常化。所有normalizeCounts =选项()。删除不必要的警告当下来。目标=没有指定。暴露的默认大小。因素= SingleCellExperiment方法。
修改了SingleCellExperiment logNormCounts方法(),以便手动指定大小的因素并不适用于替代实验。只有相关尺寸。=因素和使用。altexps =指定。
不赞成使用。logNormCounts altexps =赞成applySCE()()和aggregateAcrossCells ()。
重命名addPerCellQC()和addPerFeatureQC () addPerCellQCMetrics()和addPerCellFeatureMetrics(),一致性。Soft-deprecated旧的功能。
大多数移动quickPerCellQC()功能到新的perCellQCFilters()函数。使用前直接返回一个过滤SummarizedExperiment对象。
残渣的normalization-related功能迁移到这个包。添加pooledSizeFactors (), computePooledFactors (), cleanSizeFactors()和computeSpikeFactors ()。
添加变换=“作用”normalizeCounts()和logNormCounts()的反双曲CITE-seq数据的转换。
现在修改isOutlier()返回异常。过滤器对象。这些都是简单的逻辑向量构造子集preseve“阈值”属性。
迁移correctGroupSummary()从拟声唱法,计算修正版本的组级别汇总统计。
1.11.5版本的变化返回β和γ矩阵
1.11.4版本的变化与SC RNA序列数据更新装饰图案
1.11.2版本的变化1.11.1下重新上传文件版本
1.11.1版本的变化与RNA单细胞测序数据更新参考手册
改变版本1.0.0 (2021-04-19)sechm从SEtools包
广义的注释
1.23.1版本的变化升级数据集hg38 mm10
python脚本从python2 python3升级
1.32.0版本的变化新功能
新选项的后悔。idx的seqSetFilter ()未分类的样本和变量指标
新选项的后悔。idx的seqSetFilterAnnotID ()未分类的变异指数
重写的函数seqSetFilterPos ():新选项“ref”和“alt”的多。默认pos = TRUE”
新选择的包装。idx的seqAddValue ()对包装一个索引变量
新选项“警告”seqSetFilter ()启用或禁用警告
新功能seqNewVarData ()和seqListVarData ()变长数据
公用事业公司
允许任何变体seqApply ()和seqBlockApply ()
返回的列表对象seqGetData ()总是有名字如果有多个输入变量名
错误修复
seqGDS2VCF ()应该输出”。”而不是NA的过滤柱
seqGetData ()应该支持因素”。padNA = TRUE”或“.tolist = TRUE”
修复seqGDS2VCF ()因子变量
seqSummary (gds,“过滤器”美元)应该返回一个数据帧用零行如果“注释/过滤器”不是一个因素呢
变化的1.1.1版(2021-01-22)版本变化1.31.1 (2020-11-30)1.5.3(2021-04-19)更正版本的变化版本1.5.0的变化shareAttributes和最小长度在包的选择深度在函数is.shared版本变化0.99.9 (2021-01-07)Bug修复:DMR阴谋集团的颜色
版本变化0.99.0 (2020-11-13)提交给Bioconductor
1.50版本的变化新功能
(v 1.49.1)(。,"QualityScaledDNAStringSet")传播的名字。见https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues/3。
(v 1.49.1)实现(。,"DNAStringSet")。见https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues/3。
错误修复
1.5.3(2021-04-12)更正版本的变化支持setReadable函数和可读参数在TSEA函数转换可以在itemID列id基因符号浓缩结果表。
支持dtnetplot Reactome通路
1.5.2版本的变化(2021-02-22)1.3.1版本的变化(2020-11-11)加快
基于公开可用的FFPE样本修改更多的违约
添加新的参数sameChrProp更好的模拟
修改后的模型SRCR距离adjcent ss-DNA组合:从正态分布、对数正态分布分布
重命名的参数
固定生产嵌合的错误没有SRCR读取
固定生产读重复的错误覆盖率低
版本1.1.4的变化添加export_to_shiny_app ()
添加simplifyGOFromMultipleLists ()
1.1.2版本的变化添加anno_word_cloud ()函数
1.14.0版本的变化添加了unsplitAltExps()函数来反向分割替代实验的影响。
添加了一个mainExpName () getter和setter记住主要实验的名称。
splitAltExps()现在将存储选择mainExpName ref。
swapAltExp()现在丢弃的提升实验从列表中选择实验输出。它还将交换之间的colData withColData = TRUE时交换实验。这些变化帮助实现输出的可逆性。
添加applySCE()方便地应用到主函数和替代实验。
添加withDimnames = reducedDim < -()和reducedDims < - ()。如果这是真的,这些方法现在发出警告在观察不兼容行名称。
尊重任何元数据传入值reducedDims < -()和altExps < - ()。
reduced.dim补充道。矩阵类保存属性在reducedDims在构造子集/相结合。
设置在altExp withColData = TRUE()和altExps()现在将预谋colData colData (x)的输出。
添加withDimnames = altExp < -()和altExps < - ()。如果这是真的,这些方法现在发出警告在观察不兼容的列名。现在还withColData =,扭转将在getter如果colData最左边的列是一样的(x)。(如果不一样,则发出一个警告)。
2.1.2版本的变化(2021-05-13)添加diffAbundanceFET和plotClusterAbundance功能
与闪亮的UI帮助按钮来新的在线帮助页面
扩大convertSCEtoSeurat()函数来额外的数据副本
更新和合并pkgdown文档
添加HTML报告修策划工作流和标记的发现
重构的正常化UI
矩阵类型添加标签系统
几个bug修复
添加通用包装器函数正常化,降低维数和特征选择
2.0.1版本变化(2021-01-07)添加细胞类型标签功能,包装单方法
添加细胞类型选项卡标签界面下的微分表达式
添加标记识别在修拉的工作流
1.6.0版本的变化放松的要求一致的行名称combineRecomputedResults ()。
支持稀疏DelayedArray输入classifySingleR ()。
平行放置在标签而不是行aggregateReference(),与小种子的设置的变化。限制了PCA 1000强最高度可变的基因,为速度。
版本变化0.0.1 (2021-02-07)新功能
1.7.8版本的变化改变默认为‘parallelSites minSNP的价值功能。
1.7.7版本的变化解决办法:增加“rmarkdown”“建议”。
只有情节路径重复数“sneakPeek”功能。
1.7.6版本的变化Bug修复:空组由“groupTips”功能。
创建“paraFixSites”和“fixationIndel”功能。
1.7.5版本的变化治疗“phyMSAmatched”对象为“lineagePath”类为简单起见。
改进的多处理。
解决办法:重复的集群名称。assignClusterNames内部函数。
重命名“allSitesPos”“allSitesName”。
添加“plotMutSites”支持“lineagePath”和“fixationSites”对象。
1.7.4版本的变化cl。核多处理打开和关闭的选项。
1.7.3版本的变化解决办法:无法获得位置的所有网站。
版本是1.7.2变化解决办法:失踪的出口“阴谋。phyMSAmatched”功能。
解决办法:“addMSA”功能无法处理“treedata”对象。
多进程“addMSA”和“sitesMinEntropy”功能。
1.7.1上版本的变化猜序列类型基于ATCG addMSA的比例。
2.0.0版本的变化添加了一个新闻。md文件跟踪更改方案。
改变默认的输出大部分功能从SlingshotDataSet PseudotimeOrdering和它们之间的转换函数和SingleCellExperiment补充道。
现在getLineages依赖createClusterMST
删除plotGenePseudotime
补充道。df选项slingCurves slingMST,为策划作为data.frame对象提供相关信息。这应该帮助那些策划与ggplot弹弓的结果,特别是对我们的交通方案。
更新所有文档。
版本1.5.0的变化新功能
错误修复
版本变化1.1.700 (2021-05-05)在描述文件更新的作用
添加GeneExpression biocVie
LazyData切换到假
修复返回值显示方法文档
版本变化1.1.434 (2021-26-02)修复方法根据SummarizedExperiment通用定义子集
版本变化1.1.432 (2021-15-02)修改文档乳胶的错误
版本变化1.1.430-1.1.431 (2021-12-02)添加BumpyMatrix建议
更新文档
版本变化1.1.429 (2021-12-02)添加cd_keep = TRUE将所有colData spatialData
修复bug cd_keep与多个元素
版本变化1.1.428 (2021-12-02)添加逐条列记项化验一幕
纠正拼写cd_keep - > cd_bind spatialData文档中
版本变化1.1.427 (2021-09-02)修复tenx装饰图案
版本变化1.1.426 (2021-09-02)修复read10xVisium例子的数据参数
版本变化1.1.425 (2021-08-02)在read10xVisium恢复数据参数
结合文档中缺少逐条列记
版本变化1.1.424 (2021-07-02)清洁的文档
删除spatialImage-methods。R文件
版本变化1.1.423 (2021-02-02)修复文档imgData议题
版本变化1.1.422 (2021-29-01)删除已经数据,因为当地的形象问题(使用示例(read10xVisium)而不是)
版本变化1.1.421 (2021-28-01)修复数据本地形象问题
版本变化1.1.42 (2021-21-01)实施新的SpatialExperiment类
spatialData槽
imgData和图像处理方法(HLC)
1.1.6版本的变化(2021-02-04)删除额外的插槽在SPE类定义(即spatialData和spatialCoordsNames)
spatialCoords存储在int_colData() =数字矩阵
spatialDataNames存储在int_metadata() =特征向量指定的一个子集colData ()
SPE显示方法不包括spatialData colData;相反,spatialData / CoordNames分别打印
SPE构造函数现在允许规范spatialData /坐标/名称,名称可以提供的一个子集colData ();spatialData /坐标是可选的
sample_ids cbind()现在允许重复,这是由独特的消息
一致的使用“spe SpatialExperiment对象在所有例子(在此之前,已经和se使用)
固定缓存/ path-related错误在windows SpatialImage单元测试
添加SpatialExperiment类的单元测试的有效性
imgData场int_metadata现在需要存在(但可以空DFrame)
colData < -保护sample_id & spatialDataNames字段;spatialData < -保护colData
1.1.5版本的变化(2021-31-03)x.y撞版本。z格式还是z增量
通用代码风格修订Bioc指南包括,例如:
使用访问器(而不是@)
保持一个80个字符的限制
周围的空间逻辑运算符(但不是函数参数)
内联{函数定义的if - else语句等。
在脚本重新排序roxygen2文档保持一致
1.1.6版本的变化(2021-05-17)空间的热图能够维护大纲(中风)宽度aSVG中定义。可以更新的笔画宽度与“update_feature”。
可以独立于文本aSVGs特性,即有不同的颜色,笔画宽度等。
只有“g”、“路径”、“矩形”,“椭圆”、“使用”和“标题”元素允许aSVG的文件,和其他元素将会提高错误或警告。“使用”元素不应在“g”,和“g”元素不应该“矩阵”的“变换”属性的值。
包括两种方法提取形状坐标。如果一个失败,另一个将默认使用。所以在大多数情况下失踪是由于不规则的形状,尽管一些坐标空间的热图仍然可以被创建。
添加时空大米胚芽鞘的应用和装饰图案的例子。
基因表达数据缓存下载。
在“spatial_hm”,“是。反式”的论点是被“ft.trans”;宽度和高度参数被移除,因为空间的热图长宽比与原始aSVG设置相同。
闪亮的应用:函数“shiny_all”改名为“shiny_shm”;应用程序能够以HDF5数据库后端,它包含数据和aSVG文件,和HDF5数据库也可以上传用户界面;重新组织用户界面:登录页面(包括链接到不同的应用程序实例),空间的热图(包括子图像、互动、视频矩阵的热图,交互式网络),空间浓缩(识别空间feature-specific基因),关于;新功能介绍:自动完成搜索框,url的特定应用程序状态可以书签,全屏,滚动高度,工具提示,one-to-multiple联赛的空间特性,固定比例(单孔位微吹气扰动不挤在多个aSVGs)的情况下,元数据列和链接列在数据矩阵;代码组织模块等。
1.1版本的变化1.1.20变化
1.1.19变化
1.1.18变化
1.1.17变化
1.1.16变化
1.1.15变化
1.1.14变化
1.1.13变化
1.1.12变化
1.1.11变化
1.1.10变化
1.1.9变化
1.1.8变化
1.1.7变化
1.1.6变化
1.1.5变化
1.1.4的变化
1.1.3变化
1.1.2的变化
1.1.1变化
1.1.0变化
版本变化1.7.1上(2020-11-22)版本变化1.16.0 (2020-05-20)•添加与复杂的多路模拟数据序列设计的能力
•添加模拟“条件”效应,德的一个子集,eQTL效应应用于只有一个子集的个体(例如疾病与健康的样品)
•添加模拟不同数量的细胞的能力对于每一个样本,从伽马分布采样。
•更新splatPop装饰图案描述这些变化
逻辑矩阵现在应该正确处理时最小化输出SingleCellExperiment对象
其他一些小的修正
0.99.18版本的变化R版本更新
0.99.17版本的变化微小的修改
0.99.16版本的变化微小的修改
0.99.15版本的变化调整样本数据集创建脚本SummarizedExperiment的使用
0.99.14版本的变化文档更新
0.99.13版本的变化更新文档和例子
0.99.12版本的变化更新文档和例子
0.99.11版本的变化装饰图案的更新
0.99.10版本的变化示例数据集更新
0.99.9版本的变化文档和代码格式更新。
0.99.8版本的变化多样性的示例计算功能。
0.99.7版本的变化格式修正。
0.99.5版本的变化添加详细理由功能。
0.99.4版本的变化更新数据集的例子。
0.99.3版本的变化在calculate_diversity SummarizedExperiment输入类型更新,新的观点:SE_assay。
更新文档,一幕。
0.99.2版本的变化代替ExpressionSet SummarizedExperiment输入类型。
0.99.1版本的变化更正:删除不必要的文件。
0.99.0版本的变化1.21.1版本的变化在版本1.4.0变化添加VIP总结表
添加椭圆pca_scores_plot绘图选项
mv_sample_filter可用于火车/预测模式
文档更新
小问题修复
添加中间折叠方法改变
更新PQN新的输入/输出变化在pmp包中
南方浸信会更新新的输入/输出变化在pmp包中
更新MTBLS79由于南方浸信会的变化
1.22.0版本的变化新功能
版本变化0.99.9 (2021-02-19)固定的新闻文本格式
版本变化0.99.8 (2021-02-11)固定的多个问题的发展回顾
不再使用for循环函数代码
0.99.0版本的变化1.21.2版本的变化错误修复
添加rmarkdown描述
1.21.1版本的变化更新
更新轴。文本和theme_bw
1.21.0版本的变化新功能
1.3.15版本的变化变化在PairSummaries不得分。
1.3.14版本的变化主要更改PairSummaries功能和对NucleotideOverlaps细微的修改,ExtractBy, FindSets。调整模型,PairSummaries呼吁预测pid。
1.3.13版本的变化DisjointSet函数添加到从PairSummaries对象提取单连锁集群。
1.3.12版本的变化现在PairSummaries计算4-mer预测对之间的距离。
1.3.11版本的变化函数FindSets已经添加并执行单链接聚类对名单由向量表示的整数使用Union-Find算法。长期这个函数将有一个大的包装器函数为用户易于访问,但仍将暴露。
1.3.10版本的变化NucleotideOverlap现在通过GeneCalls对象,允许PairSummaries放弃包含的对象作为参数。
版本就开始变化小插曲,建议方案的变化。
1.3.8版本的变化PairSummaries现在允许用户填写具体匹配块的缺口预测双参数AllowGaps和OffSetsAllowed。
1.3.7版本的变化在PairSummaries调整PID预测模型。
1.3.6版的变化重叠群名称匹配的实现。计划预计用户遵循NCBI叠连群命名和人造石铺地面格式,直接接受人造石铺地面的重叠群名称,删除第一个空白之后,一切从FASTA头。重叠群名称匹配可以禁用如果用户希望,使用参数AcceptContigNames,但确保正确的叠连群GeneCalls对象匹配到合适的重叠群在同线性对象是用户的责任。
1.3.5版本的变化gffToDataFrame现在解析transl_table属性
1.3.2版本的变化1.1.40版本的变化主要变化
添加is_demo选项:现在只影响工作流模块。锁定用户在一个临时文件夹使用WF模块时,给用户一个新的临时文件夹每次刷新。这将防止目录存在问题如果很多用户使用的是相同的部署实例。
添加welcome_guide选项:是否启用欢迎指导,突出了指导下拉菜单。
重写与一个画廊欢迎选项卡,显示所有SPS特性。
loadDF, dynamicFile dynamicFileServer添加回到这个主机工作包,而不是spsComps SPS因为这些依赖项已被使用。离开这些函数在spsComps将引入额外的依赖关系,而这些功能不太常用的外框架。
轻微的变化
选择warning_toast现在还检查如果你在“本地”模式。
删除一些不必要的条目生成yaml文件的引用。
修复一些错误。
更多信息时错误消息spsOptions配置文件无法找到
添加一些.onLoad方法,用户可以使用spsOption获取包加载默认值。
更新essquise功能
添加更多的指导。
删除shinyDashboardPlus滚动到顶部按钮,我们有自己的“高级”按钮。
spsInit添加断言。
添加一些截图readme。
错误修复
修复一个警告在发呜呜声由于列类型的问题
1.1.35版本的变化主要变化
登录功能补充道:
用户可以选择是否启用登录在全球。负责的选择。
还有登录加载屏幕功能,可以开启和关闭。
现在有3种不同的登录加载屏幕,用户可以与之交互。
网站更新。https://systempipe.org/sps
更新管理员面板:
应用信息:添加图表住CPU、温度、和RAM
用户管理:管理员可以添加/删除/更改用户直接从这个选项卡,而不是只从命令行。
轻微的变化
错误修复
修复bug造成服务器登录页面没有加载
登录之后添加1 s延迟在javascript中调整页面的仪表板可以显示正常。
修复一个表呈现错误在工作流cwl一步减价文本。
1.1.30版本的变化主要变化
新的spsAccount类。这门课与登录管理,它允许用户创建/删除用户/管理员账户,密码,改变角色。
弃用spsPlotContainer类因为我们重写画布特性和移动到一个单独的包{抽屉}。
新spsCoreTabReplace允许用户覆盖默认的核心标签。
更多的SPS选项。
现在用户可以选择是否加载负载一定的关注开始,即使对于违约核心标签。结合spsCoreTabReplace函数,现在用户可以定制所有的原始应用程序。
用户可以更改应用程序标题,标志形象。
管理面板添加到应用程序,用户现在可以访问管理员面板通过添加”?user_definded_string”结束的url。默认设置是“admin”。以管理员账户登录是必需的。用户可以使用spsAccount类来添加/更改管理员帐户之前启动应用程序。
应用信息:当前SPS应用服务器选项卡显示信息,如CPU、RAM、大小等。
用户控制:当前SPS应用程序的选项卡,查看帐户信息。
改变了安装模块的方式。默认模块、工作流RNAseq和快速ggplot依赖包没有安装在默认情况下,除非你使用依赖= TRUE安装命令。这意味着所有这些依赖关系从进口表明类。这有助于节省很长一段时间SPS包安装。用户根据他们的需要安装这些包。当用户加载这些模块,但还没有完全安装依赖包,应用程序不会崩溃,相反,与安装指令一条警告消息将显示在控制台和应用程序的UI。
基于模块安装更改,模块加载方法也发生了变化。模块服务器函数只被称为负载如果用户设置选项。在以前的版本中,还加载服务器功能,只是隐藏卸载模块的用户界面。这可以节省大量的时间在应用起始时间,大约从10 > < 3年代如果没有默认的模块被加载。
错误修复
更新所有链接到我们的新网站:https://systempipe.org/sps
修复一些错误引导系统
1.1.20版本的变化主要变化
https://systempipe.org/sps{.uri}。
SPS小函数分解成,3种不同的包。我们希望这些软件包可以帮助人们在他们自己的闪亮的应用,或者其他R项目。
{spsComps}: SPS组件,所有新的闪亮的自定义组件和效用函数中使用的服务器端。
{抽屉}:重新设计的画布,纯粹的前端图像编辑工具。
{spsUtil}: SPS公用事业、一般有用的效用函数,可以使用/没有光泽。
重新设计了新标签功能。现在用户使用spsNewTab函数来创建新的自定义可视化选项卡。弃用旧newSpsTab函数。简单的语法和使用模板。默认情况下它将使用“简单”模板包装90%的闪亮的代码从用户,因此它们可以集中于绘图代码。也有“全”模板向用户公开所有的代码。
新spsEzUI spsEzServer函数中使用“简单”模板包装复杂的代码。
新spsOptDefaults打印出所有这些选项的默认SPS选项和当前值在控制台。
新的通知系统。2021欧洲杯体育投注开户开发人员可以编写一些通知,商店在一个偏远的位置,当应用程序启动时,它将尝试下载并解析这个文件通知消息广播给用户。这样,开发人员可以将2021欧洲杯体育投注开户消息发送到用户经常没有重新部署应用程序,通知将会显示在右上角。
的互动指南回来了。几个版本的测试中,我们添加了导游系统。这一次,开发人员可以定2021欧洲杯体育投注开户制自己的导游。guide_content。R文件is created when a SPS project initialize. It is stored in R of folder relate to the project root. The guide will also be displayed on the app top right corner.
轻微的变化
错误修复
由于1.6.0闪亮的更新修复bug
修复所有缺陷引起的{shinydashboardPlus} v2.0更新。
1.1.10版本的变化从1.1.0 1.1.05所做的更改
工作流模块R会话
RNAseq模块
普通用户界面
工作流模块CWL选项卡
工作流模块功能齐全
现在您可以运行一个完整的示例工作流在SPS通过选择“例子”选项工作流设置步骤。
其他systemPipeR preconfiged工作流将造成问题,因为格式问题,将导致错误systemPipeR:: runWF函数,不引入了SPS。请等待更新systemPipeR来解决这个问题。你仍然可以使用SPS文件准备所有工作流。这意味着,步骤1 - 4将工作,步骤5给你如果你选择错误的工作流不“例子”。
返工的工作流部分
所有3标签合并成的主要选项卡
改变配置选项卡CWL选项卡
添加支持运行wf子选项卡
现在主要选项卡5 subtabs,他们都是联系在一起的。
状更好的指导方针为用户使用,,找不到其他步骤如果前一步骤没有完成。
原始快照管理下拉页面改变工作流运行会话。这次会议将锁定用户独特的页面,他们不能互动页面上的其他应用程序部件(工作目录更改),以防止应用程序崩溃由于wd变化。
其他的变化
一个新的UI组件spsTimeline:水平时间界面单元,可以更新状态,updateSpsTimeline服务器。
一个新的UI bsHoverPopover:增强高水平bsPlus功能:HoverPopover,额外的JS弹出窗口用于制造工作按钮。
固定一些renderDesc链接问题。在renderDesc更好的联系,扩大和间距动画的链接。
对页面上的变化
现在新闻上呈现应用程序的选项卡
减少开发人员对页面上的内容。
改变了开发者github链接的电子邮件。
变化对可视化
RNAseq部分目前仅在一个选项卡大模块:用户上传的目标文件和原始计数表,并在subtabs做出不同的情节。
这引入大量的依赖关系,将决定以后如果我们继续spsBio它或分离。
1.48.0版本的变化新功能
函数ri_data_extract允许为每个搜索m / z时间范围,而不是一个范围为所有大众。
手册页错误和澄清。不再user-significant变化。
错误修复
添加额外的断言ncdf4_convert。
依赖包ncdf4应该是进口而不是取决于在描述文件。
1.31.1版本的变化改变默认DE估计方法从具体到GLM-based测试(glmQLFit glmQLFTest)当使用磨边机。
删除DE no-replicates数据集的估计方法。
1.12.0版本的变化新功能
次要的修改和bug修复
1.35.1版本的变化1.11.1版本的变化1.5.1版本的变化1.13版本的变化1.13.1版本的变化
1.1.0版本的变化1.27.15版本的变化更新的文档geneModelFromTxdb
1.27.14版本的变化rmarkdown添加到显示
更新importScSeqScore。
1.27.13版本的变化修复当读取文件数量的大小。
1.27.12版本的变化添加decontructor hic.cpp。
1.27.10版本的变化分割多个文件的装饰图案。
1.27.9版本的变化情节背靠背交互数据跟踪
1.27.8版本的变化修复hic.cpp中的错误
1.27.7版本的变化计算出误差dyn.load trackViewer.so
1.27.6版本的变化添加支持.hic和.cool importGInteraction
1.27.5版本的变化添加importGInteraction
1.27.4版本的变化改变viewTracks re-sample方法
1.27.3版本的变化更新文档。
添加label_on_feature lolliplot
1.27.2版本的变化修复bug蒲公英的饼图。当引入label.parameters情节。
1.27.1版本的变化修复bug,如果所有分数大于10和分数是整数。
版本变化1.5.02 (2021-01-21)0.99.12版本的变化重大变化
顶级文档/文件夹删除
0.99.11版本的变化重大变化
取决于R > = 4.1
0.99.10版本的变化重大变化
1.1.2版本的变化用户可见的明显变化
只有一个分离成两个函数
引入新的输入数据格式上面的函数
0.99.13版本的变化没有变化
0.99.12版本的变化小虫子固定
0.99.11版本的变化T / F改变了真/假
0.99.10版本的变化更多的评估块小插曲
0.99.9版本的变化xlsx改为html文件,库删除
generate_cliques结构已经改变,新的情节函数。
0.99.8版本的变化日志文件添加到runrewiring方法。
消息结构preparerewiring方法清洗。
0.99.7版本的变化输出每个supermodule重新布线方法
0.99.6版本的变化装饰图案文件在本地可用的(而不是github)
SummarizedExperiment对象是允许使用
代码风格和结构已得到改进
0.99.5版本的变化openxlsx xlsx图书馆改变
0.99.4版本的变化类()函数删除。
0.99.3版本的变化excel_generation功能添加
装饰图案文件更新
0.99.2版本的变化重新布线方法部分并行
0.99.1版本的变化装饰图案文件添加
小虫子固定
0.99.0版本的变化自动模块选择重新测试。
重新添加html报告文件。
单元测试补充道。
版本变化0.99.0 (2020-12-30)1.15.6版本的变化优化阅读。nhx大型树文件(2021-03-12,星期五)
https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/51
1.15.5版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/50
1.15.4版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/46/files
1.15.3版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/44
1.15.2版本的变化https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/40
1.15.1版本的变化0.99.3版本的变化0.99版本的变化最初的版本。
增加预印本引文,装饰图案。
1.30.0版本的变化迁移createClusterMST TrajectoryUtils包()。
修改orderCells()返回一个包含更多的信息PseudotimeOrdering对象。
处理拟时间矩阵testPseudotime()分别通过测试每条路径。支持自定义包含行。在每个输出DataFrame data =。
版本变化0.99.0 (2020-09-30)1.10.0版本的变化增加了更多的tximeta()消息传递在linkedTxome指定“源”。本质上,这个触发器GTF处理行为,用户可能希望避免,所以指定一个字符串“运用”可能是首选。还请注意装饰图案。
添加注意对小鲑鱼进口装饰图案与tximeta tgMap的步骤需要基因符号id,而不是基因。
添加了散列:GENCODE 38 (h), M27(规则),并运用104;GENCODE 37 (h), M26(规则),并运用103;GENCODE 36,运用102年。
固定一臭虫,其多重解析运用GTF TxDb将添加到BiocFileCache rname相同。
1.9.11版本的变化增加了对GENCODE 38的散列(h), M27(规则),并运用104年。
1.9.6版本的变化使用工具::R_user_dir rappdirs,而是符合BiocFileCache变化. .
1.9.5版本的变化添加散列GENCODE 37 (h)、M26(规则),并运用103。
1.9.2版本的变化1.19.4版本的变化1.1.9版本的变化允许选择的数量从FastQ读取加载文件准备和分裂功能。默认值:1 m读取(1 e9)。
小BiocCheck修复。
1.1.8版本的变化使用query_regions选择限制片段用于微分测试diffWaldUMI4C。
1.1.7版的变化固定的错误值或值的限制当策划微分窗口。
1.1.6版本的变化固定错误创造的基因注释当一个外显子属于一个以上的成绩单。
固定的错误当只有一个样本的名字在分析列)(不提供。
1.1.5版本的变化固定错误选择的参考UMI4C样本当超过1样品总umi相同数量的。现在它将选择第一个。样本的选择作为参考可以重载ref_umi4c论点。
版本1.1.4的变化固定错误在白色domainogram策划并不符合0 log2 FC。
1.1.3版本的变化固定错误时提供一个参考样本用于正常化UMI计数。
1.1.2版本的变化固定的错误时cut_pos! = 0消化基因组对象生成一个缺口(见问题# 8)
1.10.0版本的变化新功能
一个新的数据结构,universalmotif_df,已经可用。这允许图案作为一个将data.frame操纵对象。to_df()函数用于生成结构从主题的列表。update_motifs()函数用于更改应用到实际的图案,和to_list()返回实际的主题。请注意,这只是意味着作为一个选项同时更方便地操纵主题插槽的多个主题之前返回给一个列表;不能用于各种universalmotif universalmotif_df结构功能。此外,requires_update()可以用来确定主题是否过时universalmotif_df对象。许多感谢@snystrom讨论和重大贡献。
view_motifs (): universalmotif包现在完全依赖自己的代码生成多边形数据使用ggplot2绘制图案,这意味着ggseqlogo进口一直在下降。现在可以使用一些新选项,包括策划multifreq标志和更好的控制字符间距。已经努力确保函数的默认行为从以前版本不变。这种变化也应该允许更容易修复的bug和灵活性为未来增加或变更。
新功能,merge_similar():识别和合并相似的图案在一个主题列表。从本质上讲,一个包装compare_motifs (), hclust (), cutree(),和merge_motifs ()。
新功能,view_logo():情节标识与矩阵的输入,而不是主题对象的输入。允许任意列的高度和多字字母。
新功能,average_ic():计算的平均信息内容主题的列表。
trim.from trim_motifs(…):从两个方向或只有一个。
shuffle_sequences(…,窗口,窗口。大小,window.overlap):洗牌迭代序列在windows指定的大小。
return.granges scan_sequences(…):可以选择返回一个农庄组织对象。
scan_sequences(…不。重叠,no.overlaps.by。链,no.overlaps.strat):去除重叠点击扫描后,防止重叠达到同样的图案被返回。这个可以做/链。第一个打击或最高得分达到可以保留每组重叠。这些新观点也可以用于enrich_motifs ()。
respect.strand scan_sequences(…):根据主题是否扫描序列链链槽。只适用于DNA / RNA图案。这个选项也可以在enrich_motifs ()。
微小的变化
一些添加和清理文档和小插曲。
支持MotIV-pwm2格式化的图案已经下降,随着包不再是当前Bioconductor版本的一部分。
read_matrix () / write_matrix(): 9月的论点现在可以零(没有分离器。)
Rdpack依赖已经下降。
merge_motifs (): single-motif输入现在仅返回主题而不是抛出错误。
dedup.names view_motifs(…):现在真正的默认。此外,make.unique()函数现在是用来删除处理的名字。
compare_motifs(…)方法:改变了默认的比较法PCC。
错误修复
使用create_motif()和一个字符不再抛出一个错误。
生成随机图案填充multifreq槽现在工作。
版本变化0.99.0 (2018-05-15)1.2.5版本的变化(2021-02-14)包名称改为VaSP VaSP。
这次1.2.1版本的变化(2021-01-16)添加了引用和改进的一些代码。
1.1.6版本的变化检查装饰图案转移到本月/。
1.1.5版本的变化添加作者迈克尔·施包。
版本1.1.4的变化修复错误的文档。
1.1.3版本的变化添加装饰图案与健康检查子目录。
1.1.2版本的变化添加函数plotVelocity和plotVelocityStream。
1.1.1版本的变化刷新缓存的环境。
1.1.0版本的变化Bioconductor版本1.1.0。
0.99.0版本的变化版本变化0.99.8 (2021-05-07)3.13.8版本的变化修复plotQC XCMSnExp对象的()
3.13.7版本的变化添加featureArea函数来提取m / z-rt地区特性。
修复featureSpectra函数。
重新添加质/女士装饰图案。
特点:plotQC()支持XCMSnExp对象了
3.13.6版本的变化解决问题# 545:跳过第二centWave运行CentWavePredIsoParam地区感兴趣的未定义的边界峰值/扫描范围。
暂时删除质/女士装饰图案(直到MsBackendMgf添加到Bioconductor)。
3.13.5版本的变化添加filterChromPeaks方法来过滤色谱峰的XChromatogram或XChromatograms对象。
添加filterChromPeaks方法XCMSnExp(问题# 541)。
支持返回光谱对象chromPeakSpectra,featureSpectra和reconstructChromPeakSpectra。
支持MS1光谱的提取chromPeakSpectra。
支持提取光谱的最大总信号或信号峰值最大基地chromPeakSpectra。
添加对提取的光谱选择的支持/个人峰值/功能使用山峰和特性参数chromPeakSpectra和featureSpectra,分别。
3.13.4版本的变化进口参数对象从ProtGenerics。
进口filterIntensity,正常化和alignRt为色谱图和MChromatograms从MSnbase。
3.13.3版本的变化对齐,色谱图获得新方法“没有”这将只保留值和保留时间相同。为方法= " matchRtime "(更快)匹配函数最亲密的从MsCoreUtils包使用。
方法关联,色谱图获得参数useIntensitiesAbove执行相关只有值大于该阈值(避免因此高度相关,因为许多0-values)。
添加方法filterIntensity,色谱图允许过滤色谱对象只保留数据点的强度高于用户提供阈值。
3.13.2版本的变化添加新功能manualChromPeaks允许手动添加和集成色谱峰。
3.13.1版本的变化支持构造子集XChromatograms与= FALSE下降。
1.17.2版本的变化我们提供了一个新的函数LCD_extractCohort_callPerPID()也属于液晶家人和执行签名cohort-wide水平的检测,但消遣的实际计算曝光per-PID只有cohort-wide调用的签名确认。ovall包装器函数LCD_complex_cutoff_combined()现在也调用新函数并将结果存储在返回的列表项extractCohort_callPerPID名称
1.17.1版本的变化引入函数的输入参数minimumNumberOfAlterations LCD_complex_cutoff_perPID (), LCD_complex_cutoff_consensus()和LCD_complex_cutoff_combined ()。如果样品有比这更少的突变截止,发出的一个警告。默认情况下,这个值设置为25,可能是一个不错的选择的分析SNV突变签名。Indel突变特征的分析,更好的选择是20。
1.2.0版本的变化更新anndata和其他Python的依赖,现在使用anndatav0.7.6
改善转换检查所有插槽AnnData2SCE ()
使返回转换AnnData2SCE varm槽的()
避免将obsp和varp稠密矩阵AnnData2SCE ()
AnnData2SCE()现在应该化验时总是返回dgCMatrix矩阵是稀疏的
更一致的元数据转换成uns SCE2AnnData ()
处理转换列表列构成了rowData在SCE2AnnData colData和()
更好地支持转换anndataSparseDataset数组
改进支持HDF5 AnnData支持对象的转换
更好地支持写作DelayedArray化验writeH5AD ()
存储X_name AnnData2SCE()使用SCE2AnnData()和添加一个AnnData2SCE X_name参数()和readH5AD ()
添加一个压缩参数writeH5AD ()
出口zellkonverterAnnDataEnv供其他包使用
0.99.3版本的变化新功能
2.16.0版本的变化3.0.0版本的变化从86年研究curatedMetagenomicData现在包含20283个样本
共10084个样本添加自Bioconductor 3.10(2019年10月)
研究添加自Bioconductor 3.10(2019年10月):
的curatedMetagenomicData ()方法重构效率
mergeData ()方法重构的准确性和效率returnSamples ()在研究方法已经添加返回sampleMetadata对象替换combined_metadata对象combined_metadata下一个版本的对象将被删除许多方法已经直接废弃状态:
cmdValidVersions ()getMetaphlanTree ()ExpressionSet2MRexperiment ()