2022年4月27日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.15，由2140个软件包、410个实验数据包、909个注释包、29个工作流和8本书组成。

有78个新的软件包，5个新的数据实验包，8个新的注释包，没有新的工作流，没有新书，对现有软件包进行了许多更新和改进。

Bioconductor 3.15兼容r4.2.0，支持Linux、64位Windows和Intel 64位macOS 10.13 (High Sierra)或更高版本。我们目前不支持arm64，因此希望安装Bioconductor Mac二进制包的arm64 Mac用户必须安装CRAN上可用的Intel 64位R版本。该版本将包括更新的Bioconductor码头工人的容器．

感谢大家对Bioconductor做出的贡献

访问2021年欧洲杯 有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 3.15入门
• 新的软件包
• 新的数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新书
• 来自新的和现有软件包的新闻
• 新闻从新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有工作流的新闻
• 已弃用和失效的包

Bioconductor 3.15入门

更新或安装Bioconductor 3.15:

1. 安装R 4.2.0。Bioconductor 3.15是专门为R。

2. 按照以下的说明操作2021年欧洲杯比分预测 ．

新的软件包

在这个版本的Bioconductor中有78个新软件包。

• APLAPL是一个用于关联图(AP)计算的包，AP是一种单细胞转录组数据可视化和分析的方法。APL的主要重点是从输入数据中识别单个细胞集群的特征基因。该软件包执行对应分析(CA)，并允许使用关联图识别集群特定的基因。此外，APL计算所有基因的集群特异性得分，允许根据基因的特异性对所选细胞集群进行排序。

• ASURATASURAT是一款单细胞数据分析软件。使用ASURAT，可以在细胞类型、疾病、生物过程和信号通路活性方面同时进行无监督聚类和生物学解释。ASURAT通过输入单细胞RNA-seq数据和基于知识的数据库，如Cell Ontology、Gene Ontology、KEGG等，将基因表达表转换为原始的多元表，称为样本符号矩阵(sign-by-sample matrices, SSMs)。

• bandleBandle包可以使用质谱数据对差分定位实验进行分析和可视化。支持的实验方法包括动态LOPIT-DC, hyperLOPIT，动态细胞器映射，动态PCP。它提供Bioconductor基础设施来分析这些数据。

• 啤酒BEER实现了分析噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-seq)数据的贝叶斯模型。给定一个PhIPData对象，BEER返回富集抗体反应的后验概率，相对于阴性对照样本的相对折叠变化的点估计，等等。此外，BEER为使用edgeR识别丰富的抗体反应提供了方便的实现。

• biodbExpasybiodbExpasy库使用biodb包框架提供对Expasy酶数据库的访问。它允许通过登录号检索条目。可以通过名称或注释访问Web服务来搜索数据库。

• biodbMirbasebiodbMirbase库是biodb框架包的扩展，它提供了对miRBase成熟数据库的访问。它允许通过登录号检索条目，并运行特定的web服务。描述:biodbMirbase库提供对miRBase数据库的访问，使用biodb包框架。

• biodbNcbi使用biodb包框架，biodbNcbi库提供对NCBI数据库CCDS、Gene、Pubchem Comp和Pubchem Subst的访问。它允许通过登录号检索条目。可以访问Web服务，以按名称或质量搜索数据库。

• biodbNcibiodbNci库是biodb框架包的扩展。它提供了对biodbNci的访问，这是一个连接到国家癌症研究所(美国)CACTUS数据库的图书馆。它允许通过登录号检索条目，并运行特定的web服务。

• BOBaFIT这个包提供了一种方法来改装和纠正拷贝数配置文件中的二倍体区域。它使用一种聚类算法来识别病理特异性的正常(二倍体)染色体，然后使用它们的拷贝数信号来改装整个配置文件。该包由三个函数组成:DRrefit(主要函数)、computenormal染色体和PlotCluster。

• 北欧化工Borealis是一个R库，用于对基于计数的亚硫酸氢盐测序数据进行离群值分析。它从亚硫酸氢盐测序(BS-seq)中检测异常的甲基化CpG位点。Borealis的核心是建模-二项分布。这对罕见疾病的诊断很有用。

• CBEA这个包实现了CBEA，一种对微生物组相对丰度数据进行基于集合分析的方法。该方法在集合中的分类群和每个样本的剩余分类群之间构建竞争平衡。更多细节可在Nguyen等人的2021+手稿中找到。此外，该软件包还添加了支持功能，以帮助用户使用现有的基因集分析方法执行分类集富集分析。在未来，我们还希望提供策划的知识驱动的分类集。

• cellxgenedpcellxgene数据门户(https://cellxgene.cziscience.com/)为以标准方式处理的单细胞序列数据集合提供了一个图形用户界面，以“计数矩阵”摘要。cellxgenedp包提供了一个可选的、基于r的接口，允许数据发现、查看和下载。

• CNVMetricsCNVMetrics包计算相似性度量，以促进样本和/或方法之间的拷贝数变化比较。相似性度量可用于比较基因不相关样本和具有共同遗传背景的样本的CNV谱。有些指标基于共享的放大/删除区域，而其他指标依赖于放大/删除级别。用作输入的数据类型是一个纯文本文件，其中包含拷贝数变化的基因组位置，以及状态和/或log2比值值。最后，提供了一个可视化工具来研究结果度量。

• cogeqcCogeqc旨在促进对标准比较基因组学分析的系统质量检查，以帮助研究人员发现问题并为每个数据集选择最合适的参数。cogeqc可以用来评估:i.基因组装配质量与BUSCOs;2使用基于蛋白质结构域的方法进行正交群推断;3使用同步网络属性进行同步检测。还有数据可视化功能，可以查看QC汇总统计信息。

• comaprcomapr从单倍型状态序列中检测单配子的交叉间隔，并将交叉存储在GRanges对象中。遗传距离可以通过映射函数计算，使用估计的交叉率为制造者间隔。可视化功能用于绘制基于间隔的遗传图谱或累积遗传距离，这有助于揭示跨基因组和跨个体的交叉景观的变化。

• coMethDMRcoMethDMR通过优化利用预定义基因组区域内CpGs的协变来识别与连续表型相关的基因组区域。coMethDMR没有检测基因组区域内的所有cpg，而是进行了一个额外的步骤，在不使用任何结果信息的情况下，首先选择共甲基化的子区域。接下来，coMethDMR使用随机系数混合效应模型测试子区域内甲基化和连续表型之间的关联，该模型同时模拟该区域内CpG位点之间的变化和差异甲基化。

• CompoundDbCompoundDb提供了从各种不同来源(如LipidMaps、HMDB、ChEBI或MassBank)创建和使用(化学)化合物注释数据库的功能。数据库格式允许存储另外的MS/MS谱以及化合物信息。该包还为Bioconductor的光谱包提供了一个后端，从而允许将实验金属MS/MS光谱与数据库中的MS/MS光谱进行匹配。数据库可以以SQLite格式存储，因此是可移植的。

• COTAN单细胞水平基因对共表达分析的统计和计算方法。为单细胞基因互作组分析提供了基础。基本思路是研究零UMI计数的分布，而不是专注于正计数;这是通过一个广义列联表框架完成的。COTAN可以有效评估基因对的相关或反相关表达。它提供了与相关性相关的数值指标和相关独立性检验的近似p值。COTAN还可以评估单个基因是否存在差异表达，用新定义的全局分化指数对其进行评分。此外，该方法还提供了根据基因与其他基因的共表达模式绘制和聚类基因的方法，有效地帮助基因相互作用的研究，成为识别细胞识别标记基因的新工具。

• crisprBase提供S4类一般核酸酶，CRISPR核酸酶和碱基编辑器。实现了几个crispr特定的基因组算术函数，以帮助提取间隔序列和原间隔序列的基因组坐标。提供了常用的CRISPR核酸酶对象，可以很容易地在其他包中使用。DNA和rna靶向核酸酶都被支持。

• crisprBowtie提供了一个用户友好的界面，以映射上靶标和脱靶的CRISPR gRNA间隔序列使用领结。校准是快速的，可以使用常用的或定制的CRISPR核酸酶进行。该校准可以与任何参考或自定义基因组一起工作。DNA和rna靶向核酸酶都被支持。

• crisprBwa提供了一个用户友好的界面，以使用bwa映射CRISPR gRNA间隔序列的on-target和off-target。校准是快速的，可以使用常用的或定制的CRISPR核酸酶进行。该校准可以与任何参考或自定义基因组一起工作。目前在Windows机器上不支持。

• crisprScore为CRISPR引导rna (gRNAs)提供几种靶上和靶外评分方法的R包装器。支持的核酸酶有:SpCas9、AsCas12a、enAsCas12a和RfxCas13d (CasRx)。靶上切割效率评分方法有RuleSet1、Azimuth、DeepHF、DeepCpf1、enPAM+GB、CRISPRscan。CFD和MIT评分方法均可用于脱靶特异性预测。该软件包还提供了一个lindel派生的评分，以预测gRNA产生诱导Cas9核酸酶移码的嵌段的概率。注意，DeepHF、DeepCpf1和enPAM+GB在Windows机器上不可用。

• cytoMEM标记富集建模，自动生成和显示从单细胞数据中识别的细胞群的定量标签。MEM的输入是一个数据集，该数据集具有预先聚类或预先门化的总体，其中单元格在行中，特征在列中。标签传达了测量特征的列表和特征在每个种群中的相对富集水平。MEM可以应用于各种各样的数据类型，并可以比较MEM标签从流式细胞术，大规模细胞术，单细胞RNA-seq，和使用RMSD谱流式细胞术。

• DepInfeRDepInfeR集成了两个实验上可访问的输入数据矩阵:癌症细胞系或原发肿瘤的体外药物敏感性(X)和一组蛋白质的药物亲和性(Y)，以推断癌症的分子蛋白质依赖性矩阵(ß)。DepInfeR利用正则化多元线性回归解蜗壳蛋白对活力表型的抑制作用。它为每个蛋白质和每个样本指定了一个“依赖系数”，因此可以用于获得对异质性疾病中基因组畸变的功能后果的因果和准确理解，并指导对特定癌症类型、亚型或个体患者的药物干预的选择。欲了解更多信息，请阅读预印本bioRxiv: https://doi.org/10.1101/2022.01.11.475864。

• DifferentialRegulation差异调控是一种通过从单细胞rna测序(scRNA-seq)数据中获得的拼接和未拼接mRNA丰度平衡的差异，检测两组样本(如健康vs.疾病，或治疗vs.未治疗样本)之间差异调节基因的方法。差分调节解释了样本对样本的可变性，并在贝叶斯层次模型中嵌入了多个样本。特别是，当读与多个基因或一个基因的多个拼接版本兼容时(未拼接的拼接的或不明确的)，该方法将这些多映射读分配给原始基因及其拼接版本。通过马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)技术(metropolis - in- gibbs)推断参数。

• EpiCompareepiccompare用于比较和分析表观遗传数据集，以达到质量控制和基准测试的目的。这个包输出一个由三个部分组成的HTML报告:(2)样品的峰值(黑名单峰和非标准峰的百分比、峰值宽度)和片段(重复率)的度量。重叠峰和不重叠峰的百分比和统计显著性。也包括心烦意乱的情节和(3。功能注释)峰的功能注释(ChromHMM, ChIPseeker和富集分析)。还包括TSS周围的峰值富集。

• epimutacions该软件包包括一些统计异常值检测方法，用于DNA甲基化数据的表观检测。软件包中包含的方法包括MANOVA、多元线性模型、隔离林、鲁棒马氏距离、分位数和beta。这些方法将带有疑似疾病的病例样本与参考小组(由健康个体组成)进行比较，以确定给定病例样本中的疾病发生情况。它还包含一些函数，用于注释和可视化识别的结果。

• extraChIPs这个包建立在现有工具的基础上，并添加了一些简单但非常有用的功能，用于处理ChIP-Seq数据。重点是检测差分绑定窗口/区域。一组函数专注于保留grange对象的mcols的集合操作，而另一组函数则帮助结果的可视化。强制tibble对象也包括在内。

• fastreeR计算距离，建立系统发育树或在VCF或FASTA文件的样本之间执行层次聚类。函数是用Java实现的，通过rJava调用。并行实现，直接操作VCF或FASTA文件快速执行。

• GBScleanRGBScleanR是一个用于从基于下一代测序器(NGS)的基因分型平台获得的基因型数据的质量检查、过滤和错误纠正的包。GBScleanR采用可变调用格式(VCF)文件作为输入。这个包的主要功能是estGeno ()该模型利用隐马尔可夫模型，结合等位基因reads的不均匀观察比，从给定的基因型标记的阅读数估计样本的真实基因型。这种实现即使在基因分型测序(GBS)和类似方法(如RADseq)中观察到的噪声基因型数据中也可以进行稳健的基因型估计。目前的实现接受任何一代多亲本杂交二倍体群体的基因型数据，例如来自近交系双亲的双亲本F2，来自非亲本双亲的双亲本F2，以及可称为MAGIC群体的8向重组自交系(8-way RILs)。

• GenomicInteractionNodesgenomic icinteractionnodes包可以从bedpe文件导入交互并定义交互节点，即具有多个交互循环的基因组交互站点。相互作用节点是调控一个或多个基因的结合平台。检测到的交互节点将被注释以用于下游验证。

• GenProSeq蛋白质工程的生成建模是解决合成生物学、医学和材料科学等基础问题的关键。机器学习使我们能够在各种尺度上生成有用的蛋白质序列。生成模型是一种机器学习方法，它试图对数据的分布进行建模，允许生成与模型所训练的那些具有相似属性的新样本。蛋白质的生成模型可以学习对各种下游任务有帮助的生物学上有意义的表征。此外，他们可以学习生成以前没有观察到的蛋白质序列，并为满足所需标准的蛋白质序列分配更高的概率。在这个软件包中，常见的蛋白质序列的深层生成模型，如变分自编码器(VAE)，生成对抗网络(GAN)和自回归模型都是可用的。在VAE和GAN中，采用Word2vec进行嵌入。将变压器编码器应用于蛋白质序列的自回归模型。

• ggmanhManhattan plot和QQ plot是全基因组关联研究(Genome Wide Association Study)的常用可视化方法。“ggmanh”包旨在保持这些图的生成简单，同时保持可定制性。主要函数包括曼哈顿an_plot、qqunif和thinPoints。

• GRaNIE与疾病相关的基因变异通常影响非编码区域，因此可能具有调节作用。为了了解这些调控区域的基因变异的影响，识别由特定调控元件(REs)调节的基因是至关重要的。基因调控元件的作用，如增强子，通常是细胞类型特异性的，这可能是因为调节特定增强子的转录因子(tf)的组合具有细胞类型特异性活性。这种TF活性可以用现有的工具如diffTF进行量化，并捕捉开放染色质区域内TF结合的差异。总的来说，这形成了一个基因调节网络(GRN)，具有细胞类型和数据特异性的TF-RE和re -基因链接。在这里，我们使用大量RNAseq和开放染色质(例如，使用ATACseq或ChIPseq开放染色质标记)和可选的TF活动数据重构这样的GRN。我们的网络包含不同类型的链接，将tf连接到调控元件，后者连接到同一染色质结构域(TAD)附近或内部的基因。我们使用一个统计框架，通过基于排列的方法为所有环节分配经验fdr和权重。

• 爱马仕提供用于预处理RNA-seq数据的质量控制、过滤、归一化和差异表达分析的类和函数。数据可以从SummarizedExperiment以及矩阵对象，可以从BioMart注释。支持筛选表达量过低或不包含必要注释的基因，以及筛选与其他样本有足够相关性或读取总数的样本。标准归一化方法包括cpm，rpkm而且tpm可以用，和DESeq2以及轰差异表达分析是可用的。

• lineagespotLineagespot是一个用R编写的框架，旨在基于单个(或列表)变种文件(即变种调用格式)识别与SARS-CoV-2相关的突变。该方法可以利用下一代测序技术检测废水样品中的SARS-CoV-2谱系，并试图推断SARS-CoV-2谱系的潜在分布。

• LinTInd当我们结合基因编辑技术和测序技术时，我们需要从生成的等位基因中重建一个谱系树，并计算每对组之间的相似性。FindIndel()和IndelForm()函数将帮助您对齐每个读取到引用序列，并分别生成疤痕表单字符串。IndelIdents()函数将帮助您为每个单元格或读取定义疤痕形式。IndelPlot()函数将帮助您可视化删除和插入的分布。TagProcess()函数将帮助您为每个单元格提取索引或读取。TagDist()函数将帮助您计算每对组之间的相似性，它们包含的每个驻留。BuildTree()函数将帮助您重构树。PlotTree()函数将帮助您可视化树。

• Macarron马卡龙是代谢组学实验中潜在生物活性代谢物的优先排序工作流。优先排序整合了生物活性证据的优势，如与已知代谢物的共变异、相对于已知代谢物的丰度以及与生物活性的环境或表型指标的关联。广义上说，该工作流程包括代谢谱特征的分层聚类(在某种情况下，这些特征的丰度共同变化)、功能注释的转移、相对丰度的估计和鉴别特征与表型/疾病之间关联的差异丰度分析。

• MBECS微生物组批量效应校正套件(MBECS)提供了一组函数来评估和减轻由于批量处理而产生的未水噪声。为此，它从不同的包中集成了大量的批处理校正算法(BECA)。此外，它还提供了一个修正和报告管道，可以初步了解修正批处理效应前后数据集的特征。

• mbOmicmbOmic包包含一组微生物学和代谢组学数据的分析功能，旨在分析微生物学和代谢产物之间的组间相关性。微生物组和代谢组的综合分析是mbOmic的目标。初步实现了利用肠道菌群丰度进行肠型鉴定。

• MetaboAnnotation辅助(代谢组学)数据集注释的高级功能。这些函数包括基于质量匹配执行简单试探性注释的函数，也包括考虑LC-MS特征注释的m/z和保留时间的函数，前提是各自的参考值可用。此外，该功能还提供了简化LC-MS/MS光谱与谱库和对象匹配的高级函数，以及表示和管理匹配数据的功能。

• MobilityTransformRmobilitytransformer收集了一个工具集，用于CE-MS/MS数据的有效移动性规模转换，以提高可重复性。它提供了从已添加到分析中的迁移标记确定迁移时间的功能，并基于这些标记执行转换。mobilitytransformer支持数字向量、频谱对象和MSnOnDiskExp的转换。

• Motif2Site使用基序IUPAC序列或床坐标和床或bam格式的ChIP-seq实验检测结合位点。结合/比较不同实验、组织或条件下的结合位点。所有归一化和微分步骤均采用TMM-GLM方法完成。信号分解是通过设置母点作为混合正态分布曲线的中心来完成的。

• MSA2distMSA2dist使用自定义评分矩阵计算DNAStringSet或AAStringSet所有序列之间的成对距离，并进行基于密码子的分析。它使用评分矩阵用于这些成对距离计算，可以适应于任何评分的DNA或AA字符。例如，通过使用文字距离MSA2dist计算成对的IUPAC距离。

• MsBackendMsp质谱(MS)数据后台支持从NIST MSP格式(MSP)文件导入和处理MS/MS谱。从具有不同MSP的文件导入数据口味是支持的。这个包中的对象将MSP文件添加到Bioconductor的spectrum包中。因此，在没有为MS数据处理提供完整基础设施的spectrum包的情况下，不应该使用这个包。

• MuData将multiassayexperiment保存到muon和mudata支持的h5mu文件中。Muon是一个用于多模态组学数据分析的Python框架。它使用基于hdf5的格式进行数据存储。

• netZooRPANDA(数据同化网络间传递属性)是一种重构基因调控网络的信息传递模型。它集成了多种生物数据来源，包括蛋白质-蛋白质相互作用数据、基因表达数据和序列基序信息，以重建全基因组、条件特异性调控网络。[(Glass et al. 2013)]。LIONESS(Linear Interpolation to Obtain Network estimation for Single sample)是一种通过将线性插值应用到现有聚合网络推理方法的预测中来估计样本特定调节网络的方法。CONDOR(COmplex Network Description Of regulator)是一种生物网络，特别是eQTL网络的二部社群结构分析工具，包括一种根据节点的模块化贡献对其进行评分的方法。[(Platig等，2016)。]ALPACA(跨社区架构的改变分区)是一种比较来自不同表型状态的两个基因组规模网络的方法，以识别特定于条件的模块。[(Padi和Quackenbush 2018)]。这个包将pypanda - PANDA和LIONESS的Python实现(https://github.com/davidvi/pypanda)，the CONDOR的R实现(https://github.com/jplatig/condor)和ALPACA的R实现(https://github.com/meghapadi/ALPACA)集成到一个工作流中。在这个包中，每个工具都可以由一个函数调用，相关的输出可以在当前的R会话中访问，用于下游分析。

• nnSVG空间解析转录组数据中空间可变基因(SVGs)的可扩展识别方法。该方法基于最近邻高斯过程，采用BRISC算法进行模型拟合和参数估计。允许识别和排序svg具有灵活的长度尺度横跨组织切片或在协变量定义的空间域内。随空间位置的数量线性扩展，可应用于包含数千或更多空间位置的数据集。

• 食人魔OGRE计算用户定义的基因组区域数据集之间的重叠。任何区域都可以被提供，例如基因、snp或测序实验中的reads。关键数字有助于分析重叠的范围，这也可以在基因组水平上可视化。

• omicsVieweromicsViewer以交互的方式可视化ExpressionSet(或summarizeexperiment)。omicsViewer有一个独立的后端和前端。在后端，用户需要准备一个ExpressionSet，它包含下游数据解释所需的所有信息。为了使前端能够清楚地识别所提供的信息，对表现型数据或特征数据的头部施加了一些额外的要求，同时对现有的ExpressionSet对象保持最小的修改。完全依赖于R/Bioconductor保证了后端统计分析的最大灵活性。一旦准备好了ExpressionSet，它就可以使用前端可视化，通过shiny和plotly实现。特征和样本都可以从(数据)表或图(散点图/热图)中选择。不同类型的分析，如富集分析(使用Bioconductor包fgsea或fisher’s exact测试)和STRING网络分析，将实时执行，结果同时可视化。当选择一个样本子集和一个表现型变量时，均值显著性检验(t检验或基于排序的检验;表型变量为定量时)或独立性检验(卡方检验或fisher确切检验; when phenotype data is categorical) will be performed to test the association between the phenotype of interest with the selected samples. Additionally, other analyses can be easily added as extra shiny modules. Therefore, omicsViewer will greatly facilitate data exploration, many different hypotheses can be explored in a short time without the need for knowledge of R. In addition, the resulting data could be easily shared using a shiny server. Otherwise, a standalone version of omicsViewer together with designated omics data could be easily created by integrating it with portable R, which can be shared with collaborators or submitted as supplementary data together with a manuscript.

• ompBAM这个包为希望创建处理BAM文件的R包的开发人员提供了c++头文件。2021欧洲杯体育投注开户ompBAM自动化了文件访问、内存管理和“幕后”多线程处理，因此开发人员可以专注于创建特定领域的功能。2021欧洲杯体育投注开户附带的小插图包含该API的详细文档，包括创建新的基于ompam的包的快速入门说明，以及ompam中包含的示例包背后的功能的逐步解释。

• PanomiRPanomiR是一个包，用于从基因表达数据中检测靶向通路组的miRNAs。该包提供了生成通路活性概况、在用户指定的条件下确定差异激活的通路、通过PCxN包确定通路集群和生成靶向通路集群的miRNAs的功能。这些功能可以单独使用，也可以依次用于分析RNA-Seq数据。

• pareg计算途径富集分数，同时考虑长期关系。该程序包使用正则化多元线性回归来回归从路径成员矩阵的多条件实验中得到的差分表达式p值。通过这样做，它能够将额外的生物学知识纳入到富集分析中，并更可靠地估计途径富集分数。

• protGear蛋白质微阵列数据的通用三步预处理包。这个包包含不同的数据预处理程序，以便比较它们的性能。这些步骤是背景校正、基于变异系数(CV)的滤波、批量校正和归一化。

• PSMatchPSMatch包帮助蛋白质组学从业者加载、处理和管理肽谱匹配。它提供了将肽-蛋白质关系建模为邻接矩阵和连接组件的功能，将这些可视化为图，并对共享肽过滤做出明智的决定。该软件包还提供了计算和可视化MS2片段离子的功能。

• qmtoolsqmtools(定量代谢组学工具)包提供了使用标准summarizeexperiment类处理定量代谢组学数据的基本工具。这包括一些功能，如:归一化、特征过滤、特征聚类、降维和可视化，以帮助用户为统计分析准备数据。这个包中的几个函数也可以用于其他类型的组学数据。

• qsvaRqsvaR包包含从死后脑组织的rna-seq数据中去除降解影响的功能。该软件包的配置是为了帮助用户生成与降级相关的主组件。该组分可用于差异表达分析，以消除降解的影响。

• RAREsim可以使用RAREsim对模拟真实数据的罕见变异遗传数据进行单倍型模拟。RAREsim使用MAC箱中预期的变体数量(由默认参数提供或从目标数据估计)和大量的罕见变体作为模拟的HAPGEN2来概率地修剪变体。RAREsim产生的单倍型可以模拟真实的测序数据，包括变异总数、等位基因频谱、单倍型结构和变异注释。

• Rbwa为BWA对齐算法提供R包装器。BWA-backtrack和BWA-MEM都可用。还提供了从参考基因组构建BWA索引的方便函数。目前不支持Windows机器。

• RCX以Cytoscape交换(CX)格式创建、处理、验证、可视化并将网络转换为标准数据类型和对象。该包还提供了与iGraph和graphNEL对象之间的转换。CX格式也被NDEx平台(生物网络的在线共享平台)和网络可视化软件Cytocape所使用。

• rgoslin简明脂类命名法语法的R实现解析脂类名称的不同速记符号方言。它将它们规范化为一个标准名称。它进一步为每一个成功解析的脂类名称提供了计算的单同位素质量和求和公式，并补充了脂类地图类别和类信息。此外，在适用的情况下，还返回了头部基团、脂肪酰基和官能团的结构层次和进一步的结构细节。

• rifi' rifi '分析由微阵列或RNAseq生成的利福平时间序列数据。“rifi”是一种转录组数据分析工具，用于转录和衰变相关过程的整体识别。衰减常数和开始衰减的延迟适合于每个探针/容器。随后，通过动态规划将具有相同属性的探针/桶组合成独立于现有基因组注释的片段。这使得可以在一个注释基因中检测不同稳定性的转录片段或转录事件。除了经典的衰减常数/半衰期分析，“rifi”检测处理位点、转录暂停位点、操纵子内部转录起始位点、操纵子部分转录终止位点，通过碰撞机制识别可能的转录干扰区域，并给出转录速度的估计。所有的数据被整合以给出一个连续的转录单位，即操作子的估计。生成了完整基因组结果的综合输出表和可视化图以及所有探针/容器的个体适合度。

• RolDERolDE检测噪声高吞吐量数据中两种条件之间的纵向差异表达式。甚至适用于缺少适当数量值的数据。RolDEis a composite method, consisting of three independent modules with different approaches to detecting longitudinal differential expression. The combination of these diverse modules allows RolDE to robustly detect varying differences in longitudinal trends and expression levels in diverse data types and experimental settings.

• rprimer功能、工作流程和一个用于可视化序列保存和设计简并引物、探针和(RT)-(q/d)PCR分析的Shiny应用程序。结果可以以数据帧格式显示，并可视化为类似仪表板的图。有关更多信息，请参阅包装插图。

• sccomp一种鲁棒和异常值感知的方法，用于从单细胞数据中测试差异组织组成。该模型可以推断组织组成和异质性的变化，并可以基于任何现有数据集生成真实的数据模拟。该模型还可以从大量集成数据集中转移知识，以进一步提高准确性。

• seqArchRseqArchR支持无监督的发现新创具有以位置特定的基序或核苷酸延伸组成为特征的序列结构的簇，如cg丰富度。seqArchR确实不要求任何规格的W.R.T.集群的数量，任何单个图案的长度，或图案之间的距离，如果它们成对/组出现;它直接从数据中检测到它们。seqArchR使用非负矩阵分解(NMF)作为其主干，并使用基于分块的迭代过程，可以有效地处理大型序列集合。为将集群架构可视化为序列标识提供了包装器函数。

• 单从纳米孔读取DNA基因文库的精确一致序列。SINGLe可以纠正基因文库中纳米孔测序读取的系统性错误，并检索由条形码识别的变体的真实一致序列，每个变体只需要几次读取。更多信息请参见预印本doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.25.007146。

• 关注的焦点关注的焦点提供了一种利用种子NMF方法以及可视化工具来评估结果的解卷积空间转录组学斑点的方法。空间解析的基因表达谱是理解组织组织和功能的关键。然而，新的空间转录组(ST)分析技术缺乏单细胞分辨率，需要结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)信息来解卷积空间索引数据集。利用这两种数据类型的优势，我们开发了SPOTlight，这是一种计算工具，可以将ST与scRNA-seq数据集成，从而推断复杂组织中细胞类型的位置和状态。SPOTlight以种子非负矩阵分解(NMF)回归为中心，使用细胞类型标记基因和非负最小二乘(NNLS)初始化，随后解卷积ST捕获位置(点)。

• sSNAPPYRNA-seq数据的单样本路径扰动测试方法。该方法将基因表达的变化传播到基因集拓扑结构中，以计算反映可能变化方向的单样本定向路径摄动分数。摄动分数可用于检验路径摄动在个体样本和处理水平上的显著性。

• standRstandR是一个用户友好的R包，提供了一些功能，以帮助Nanostring对GeoMX DSP数据进行良好的实践分析。包中的所有功能都是基于SpatialExperiment对象构建的，允许集成到来自Bioconductor的各种空间转录组学相关包中。standR允许数据检查，质量控制，标准化，批次校正和评估与信息可视化。

• STdeconvolveSTdeconvolve是一种无监督、无参考的方法，可从空间转录组(ST)数据集中推断多细胞空间解析像素内的潜在细胞类型比例和转录谱。STdeconvolve建立在潜在狄利克雷分配(LDA)的基础上，LDA是自然语言处理中常用的生成统计模型，用于发现文档集合中的潜在主题。在自然语言处理环境中，给定文档中的单词计数矩阵，LDA推断每个主题的单词分布以及每个文档中的主题分布。在ST数据的背景下，给定多细胞ST像素中基因表达的计数矩阵，STdeconvolve应用LDA来推断每种细胞类型的假定转录谱以及每种细胞类型在每个多细胞ST像素中的比例表示。

• TEKRABberTEKRABber提供了一个用户友好的管道，用于比较两个物种之间的正交和转座元素(TEs)。它考虑了来自BioMart的两个物种之间的orthology confidence来规范化表达计数，并检测差异表达的orthology /TEs。然后，它提供了一个对一个的相关分析所需的矫形和TEs。还有一个应用程序功能，可以对结果有一个初步的了解。用户可以根据自己的喜好准备orthologs/TEs RNA-seq表达数据，按照小插图中提到的数据结构运行TEKRABber。

• terraTCGAdata利用Terra上现有的开放访问TCGA数据与完善的Bioconductor基础设施。在不了解其复杂性的情况下使用Terra数据模型。通过一些函数，您可以从Terra提供的TCGA示例工作区中复制/下载并生成MultiAssayExperiment。

• tomoseqrtomoseqr是一个用于分析Tomo-seq数据的R包。Tomo-seq是一种全基因组RNA断层扫描方法，将高通量RNA测序与冷冻切片相结合，用于空间解析转录组学。tomoseqr从tomo-seq数据重构三维表达模式，并将重构的三维表达模式可视化。

• TREGRNA丰度和细胞大小参数可以改进RNA seq反褶积算法，在不同细胞类型转录活性水平下，更准确地估计细胞类型比例。总RNA表达基因(TREG)可用于单分子荧光原位杂交(smFISH)测定总RNA含量。我们开发了一种数据驱动的方法，使用表达不变性的测量来寻找死后人脑单核RNA-seq中的候选treg。这个R包实现了从snRNA-seq数据中识别候选treg的方法。

• UCellUCell是一个用于评估单细胞数据集中基因签名的包。UCell签名评分基于Mann-Whitney U统计量，对数据集的大小和异质性具有鲁棒性，其计算所需的计算时间和内存比其他可用方法更少，即使在计算能力有限的机器上，也可以在几分钟内处理大型数据集。UCell可以应用于任何单单元数据矩阵，并包含直接与singlecellexperexperiment和Seurat对象交互的函数。

• updateObject一组围绕updateObject()构建的工具，用于处理旧的序列化S4实例。该包主要用于那些希望更新包中包含的序列化S4实例的包维护人员。这项工作仍在进行中。

• xcorexcore是一个基于已知分子特征和用户基因表达数据的转录因子活性建模的R包。附带的xcoredata包提供了分子签名的集合，由公开的ChiP-seq实验构建。Xcore使用岭回归模型的表达变化作为分子特征的线性组合，并发现其未知的活性。得到的估计可以进一步检验选择对观察到的表达变化具有最高预测效应的分子特征的显著性。

新的数据实验包

在这个版本的Bioconductor中有5个新的数据实验包。

• crisprScoreData提供一个接口来访问预训练的模型，用于在crisprScore包中实现的靶上和靶外gRNA活动预测算法。预训练的模型数据存储在ExperimentHub数据库中。用户应该考虑直接使用crisprScore包来使用和加载预先训练的模型。

• epimutacionsData这个包包含运行epimutacions包中函数和示例所需的数据。收集DNA甲基化数据。包包含2个数据集:(1)对照(GEO: GSE104812)， (GEO: GSE97362)案例样本;(2)参考面板(GEO: GSE127824)。在450k甲基化阵列中，它还包含了候选区域。

• healthyControlsPresenceChecker一种函数，它读入基因表达数据集的GEO登录代码，从GEO检索其数据，并检查数据集中是否存在健康对照的数据。如果找到健康的控件数据，则返回true，否则返回false。基因表达综合。ID:识别码。GEO数据集从URL下载https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/．

• VectraPolarisData提供在科罗拉多大学安舒茨医学院的Vectra仪器上收集的两个多重成像数据集。数据作为空间实验对象提供。数据以表格形式提供，并使用Inform软件进行了分割和表型分析。原始的.tiff文件不包括在内。

• xcoredata提供与xcore包一起使用的数据。

新的注释包

在这个版本的Bioconductor中有8个新的注释包。

• BSgenome.Cjacchus.UCSC.calJac4UCSC (calJac4, 2020年5月)提供了jacchus(狨猴)的全基因组序列，并包装在BSgenome对象中。

• BSgenome.CneoformansVarGrubiiKN99.NCBI.ASM221672v1新型隐球菌grubii变种KN99的全基因组序列(装配ASM221672v1装配接入GCA_002216725.1)。

• BSgenome.Hsapiens.NCBI.T2T.CHM13v2.0T2T- chm13v2.0程序集(加入GCA_009914755.4)，由T2T联盟提交给NCBI，并包装在BSgenome对象中。配套论文:Nurk S, Koren S, rihie a, Rautiainen M，等人的“人类基因组的完整序列”。科学,2022。

• BSgenome.Mfascicularis.NCBI.6.0Macaca fascicularis(吃螃蟹的猕猴)的全基因组序列由NCBI提供(装配macaca_fasicularis_6.0，装配接入GCA_011100615.1)，并存储在Biostrings对象中。

• JASPAR2022JASPAR是一个开放访问的数据库，包含人工策划的、跨六个分类组的转录因子(TF)的非冗余转录因子(TF)绑定概要。在第9个版本中，我们扩展了CORE集合，增加了341个新概要(植物148个，脊椎动物101个，尾索动物85个，昆虫7个)，这相当于比上一个版本增加了19%。要搜索这个数据库，请使用TFBSTools包(>= 1.31.2)。

• MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38从基因组聚合数据库(gnomAD版本3.1.2)中存储少量等位基因频率数据，用于人类基因组版本GRCh38。

• SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38从NCBI dbSNP Build 155中提取的智人SNP位点和等位基因。该包中的948,979,291个snp是从位于https://ftp.ncbi.nih.gov/snp/latest_release/JSON/的1-22号染色体、X、Y和MT的RefSNP JSON文件中提取的(这些文件是由NCBI于2021年5月25日创建的)。这些snp可以被“注入”到bsgome . hsapiens . ncbi中。GRCh38或BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。

• UCSCRepeatMasker存储UCSC RepeatMasker AnnotationHub资源元数据。为UCSC RepeatMasker AnnotationHub资源提供来源和引用信息。用小插图说明如何访问这些资源。

新的工作流包

没有新的工作流包。

新书

没有新的在线图书。

来自新的和现有软件包的新闻

ADaCGH2

2.35.1版本更改(22-04-19)

• 从ffbase添加所需的代码(ffbase不再在CRAN中)(将ffbase作者添加到作者列表中)。Ffbase不再是依赖项。

affxparser

1.67.1版本更改(22-03-23)

重大的改变

• 在MS Windows上构建时，这个包需要R(>= 4.0.0)。这是由于在MS Windows上增加了对UCRT的支持，这是即将到来的R 4.2.0所需要的。

软件质量

• 更新从MS Windows上的源代码与UCRT构建包。感谢Tomas Kalibera的贡献。

• 现在注册本机例程——显然以前从未发生过。

  1.67.0版本的更改(21-10-27)

• Bioconductor devel版本的版本号发生了变化，现在是R-devel的BioC 3.15。

airpart

1.3.4版的更改

• 发表在生物信息学上的论文…

alevinQC

1.11.1版的更改

• 增加了读取alvin -fry输出的支持

AlpsNMR

3.5.1版本的更改(22-04-07)

• Plot_interactive现在接受一个覆盖参数，以避免交互式地询问用户
• 改进nmr_detect_peaks_tune_snr，使用正确的其他参数调整信噪比阈值
• 文档的改进
• 将Peak_detection页面拆分为更小和更具体的页面
• 根据BiocParallel文档的建议，让用户选择代码如何并行化。
• 用BiocParallel替换furr/future并行循环。如果future::plan()已设置，则提供警告。
• 降级导入建议:SummarizedExpriment, S4Vectors, ggrepel, GGally
• 删除依赖:tidyselect, assertthat, plyr, furrr
• 添加download_MTBLS242()函数，以帮助下载教程的数据
• 如果受到https://github.com/mixOmicsTeam/mixOmics/pull/199的影响，跳过mixOmics测试
• 修复峰值检测基线门限的自动设置

AnnotationHub

3.3.0版的更改

新功能

• (3.3.6)序列化S4 hub资源(AnnotationHub和ExperimentHub)现在通过updateObject()在加载时传递

用户可见的修改

• (3.3.8)增加关于创建跨多个用户共享的集线器的说明

• (3.3.2)删除测试选项，因为只需要暴露dedeorgdb

• (3.3.2)更改orgdb的过滤器。在发布的时候，orgdb将被盖上devel(即将发布)的印章，然后手动为即将到来的新devel添加生物ocversion。然后根据生物浓度进行过滤。这将在生成后立即公开devel orgdb

错误修正

• (3.1.9)修复损坏的测试。相同的不合适。所有礼物合适

AnnotationHubData

1.25.0版本的更改

重大更新

• 1.25.7更新食谱上传至azure。NonStandardOrgDb发布配方已更新

• 1.25.6更新食谱上传至azure。TwoBit集成和发布食谱的标准TxDb和组织db更新

新功能

• 1.25.5添加助手功能上传至azure

修改

• 1.25.2更改makeAnnotationHubMetadata指向Azure而不是AWS

铁砧

1.8.0版本的更改

新功能

• (v 1.7.4)添加avworkflow_configuration_*()函数来操作工作流配置，并添加一个描述使用的小插图。

• 添加avdata_import()导入' REFERENCE DATA '和' OTHER DATA '表。

• 导出repository_stats()来总结二进制包的可用性。

用户可见的变化

• (v 1.7.4)弃用avworkflow_configuration()， avworkflow_import_configuration()

• (v 1.7.4)更新Dockstore md5sum。

• avdata()被重新实现，以更忠实地报告' REFERENCE DATA '和' OTHER DATA '工作区属性;以前，还报告了其他属性，如描述和标记(来自工作空间登录页面)。

错误修复

• (v 1.7.4) avworkflow_files()和avworkflow_localalize()在工作流没有生成文件时不会失败。

• (v 1.7.6)改进gcloud实用程序的身份验证令牌处理。

  在1.7.13版本的更改

错误修复

• 当用户环境变量设置时，纠正gcloud_project()。https://github.com/Bioconductor/AnVIL/pull/52

  1.6.6版的更改

错误修复

• 纠正gsutil_pipe()参数不匹配，参见https://support.bioconductor.org/p/9141780/

APAlyzer

1.9.4版本更改(22-02-28)

• 固定的错别字在小插图

  1.9.3版本更改(22-02-27)

• 修正了最新的集成GRCm39 GTF引起的问题。

• 固定的错别字在小插图

  1.9.2版本更改(22-01-02)

• 增加了多工况设计支持APAdiff．

  1.9.1版本更改(21-11-28)

• 添加MultiTestAPAdiff参数。

• 改进了PAS2GEF的性能并修复了一些问题。

• 更新文档和作者。

aroma.light

3.25.1版本的更改(22-04-21)

错误修复

• 修正了iwpca()中使用的部分参数名称。

ATACseqQC

1.19.3版本的更改

• 修复电子邮件的错别字。

  1.19.2版本的更改

• 修改方法，以修复在调用gscores时为保存分数生成NA的问题。

  1.19.1版本的更改

• 修复了调用gscores时为保存分数生成NA的问题。

atena

1.2.0版本的更改(22-04-21)

用户可见的变化

• TEtranscripts和Telescope方法的TE定量精度更高。

• 改进EM步长运行时间。

• 添加了新的AnnotationHub资源:UCSCRepeatMasker。

• 实现了检索和解析TE注释的函数。

AUCell

1.17版的更改

• 新功能:AUCell_run ()

• 支持DelayedArray和稀疏矩阵

强盗

1.11.1版的更改

• “prior_precision”函数更快(仅基于基因子集的先验计算)

bandle

1.0.0版的更改

版本0.99.8

• 小bioc变化

版本0.99.7

• 加速包编译
• 修复编译问题

版本0.99.6

• 修复已编译代码中指向self的指针

版本0.99.5

• 删除超时问题

版本0.99.4

• 修复生物导体评论建议

版本0.99.2

• 生物导体稳定版本已初始化

版本0.0

• 初步方案提交

基础知识

2.7.1版本更改(21011-03)

• 当WithSpikes=FALSE时，添加FixNu参数来修复scran规范化因子的缩放参数

• 在使用BASiCS_TestDE执行差异表达式分析时，排除折叠变化/差异的绝对估计小于DE阈值的特征。

BayesSpace

1.5.1版的更改

微小的改进和修复

• 更新readVisium，使其在特性名称包含空格时正常工作
• 修正了MCMC中w_i求和的舍入

• 为小插图添加与spatialEnhance相关的细节

  1.5.0版的更改

新的Bioconductor devel (3.15)

• 版本编号更改与Bioconductor版本碰撞

BEclear

2.11.1版本更改(22-03-31)

• 用dixonTest替换依赖异常值

啤酒

0.99.8版本的更改(22-02-14)

• 修正了小插图中过时的参数的小错误。

  0.99.7版本的更改(22-02-14)

• 改变了bp.param要调用的参数BPPARAM与BiocParallel参数一致。

  0.99.6版本的更改(22-02-09)

• 纠正未来参考自述来BiocParallel

• 更改了参数的顺序，将没有默认值的参数放在首位。

  0.99.3版本的更改(22-01-31)

• 文档
  • 修正了打字错误、格式错误和缺失的链接。
  • 修改描述包括URL和删除整理
  • 删除了安装说明PhIPData在自述和装饰图案。
  • 添加包引用刨边机．
  • 增加了包手册页。
  • 的文档中添加了其他详细信息phipseq_model.bugs．
  • 添加引用。
• 代码
  • 要使用的标准化函数名camelCase．
  • 要使用的标准化函数参数dot.case．
  • 虽然edgeROne ()而且brewOne ()这两个函数名不打算直接由用户接口，已经更改，以反映它们仍然是导出的。
  • 重命名磨边机()来runEdgeR ()更详细地说。
  • 纠正paste0 ()那应该是file.path ()．

  • 转换为BiocParallel从未来并行化支持。

    0.99.0版本更改(22-01-13)

• 提交给Bioconductor

benchdamic

1.1.1版本更改(2021-03-21)

• 修正了DA_ALDEx2函数中的一个错误

• 更新DA_ALDEx2功能手册

• 引文中增加了更多作者

  1.1.0版本更改(21-10-26)

• 在创建RELEASE_3_14分支之后，碰撞x.y.z版本到奇数y

BindingSiteFinder

1.1.2版的更改

• 可以允许coverageOverRanges()为输出中不均匀的范围生成NAs

  1.1.1版的更改

• coverageOverRanges()为选项merge_all_copies和merge_replicates_per_condition匹配输入范围和输出矩阵的顺序

bioCancer

1.23.03版本的更改

• 主机cgdsr

  1.23.02版本的更改

• 更新新闻

  1.23.01版本的更改

• 从github获取CGDSR

BiocCheck

1.32版的更改

新功能

• 将包元数据添加到主报告，以方便诊断

• < pkgname >。BiocCheck文件夹，创建在包文件夹之上，包含完整的报告和NAMESPACE建议(如果可用的话)。

• 增加检查以发现任何走失< pkgname >。BiocCheck文件夹

• 更新文档链接和报告中附加信息的建议

• 更新BiocCheck报告要更简短，只注意情况;详细情况见报告全文

Bug修复和小的改进

• 初始化内部引用对象的默认verbose值(FALSE)

• 旗帜只隐藏了。RData’ files as bad files and allow ‘myData.RData’ (@hpages, #155)

• 用统一的机制改进条件消息的内部处理

• 内部改善BiocCheck机制:出口.BiocCheck对象，该对象包含写入JSON的所有条件、日志列表和方法

• 更新到r4.2中的更改——no-echo国旗

• 利用lib.loc帮助安装和加载所检查的包的函数

• (1.31.36)通过删除空行来稍微减少函数长度计数。

• (1.31.35)限制的文件本月将被标记为警告而不是一个错误

• (1.31.32)检查时S3打印方法的帐户猫使用

• 命名空间中的单个包导入破坏了获取所有包导入的代码。

• (1.31.29)在检查DESCRIPTION/NAMESPACE中导入的一致性时，包括NAMESPACE文件中的其他导入字段。

• 更新和清理单元测试。

• (1.31.26)改进被检查包装的负载试验。

• (1.31.25)从外部数据检查中排除以HTML结尾的GitHub url。

• (1.31.23)内部更新需要而且图书馆检查。

• (1.31.22)删除与运行相关的旧代码BiocCheck在命令行上进行更新BiocCheck文档。

• (1.31.21)去除冗余＝从信息到避免＝任务。

• (1.31.20)在" Checking function length…"消息中添加换行

• (1.31.18)包在加载或附加时不应下载文件。

• (1.31.17)为清晰易读，应避免使用“=”作赋值，而应改用“<-”。

• (1.31.16)注意使用猫而且打印在show方法之外。

• (1.31.15)检查固定包版本描述用的表示的文件= =．

• (1.31.14)对内部助手功能和BiocCheckGitClone

• 恢复移动到新的包检查。更新bio -devel邮件列表检查，使其在非BBS环境下尽早失败。

• (1.31.12)移动bio -devel邮件列表并支持站点注册检查到新包检查。

• (1.31.10)各种内部改进BiocCheck以及包目录和名称的标识。

• 使用更可靠的方法来识别包名描述文件。

• (1.31.5)修正了在情况下的错误VignetteBuilder在一个包装的字段描述有一个以上的列表。

• (1.31.3)添加BioCbooks存储库urlcheckIsPackageNameAlreadyInUse，的观点文件是悬而未决。

• (1.31.2)修复逻辑长度> 1错误checkImportSuggestions(@vjcitn # 141)

• (1.31.1)简化函数长度检验;消除过度的点。

BiocFileCache

2.3版本的更改

增强

• (2.3.4)增加跨系统多个用户共享缓存的指令

• (2.3.2)增加对某些检索函数的直接SQL调用，以加快访问时间。这将加快bfcquery函数的速度，以及任何使用了底层.sql_get_field、.get_all_rid或.get_all_web_rid的函数的速度。

• (2.3.1)增加@LTLA解决方案，使bfcrpath线程安全

BioCor

1.19.1版本的更改

• 在小插图上增加了可选文本情节。
• 再次激活与GOSemSim的比较

BiocParallel

1.30版的更改

用户可见的变化

• 完整报告第一个远程错误。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/165

• (v 1.29.4)添加bpresult()(从tryCatch(bplapply(…))的返回值中提取结果向量)，并允许直接使用tryCatch(bplapply(…))的返回值作为bplapply(BPREDO=…)的参数。关闭# 157

• (v 1.29.8) worker计算的默认超时从30天更改为. machine $integer。Max(无超时)，允许在未设置时提高性能。

• 建立套接字连接的超时时间设置为getOption(" timeout ")(默认为60秒)。

• 检查并报告打开SnowParam端口的失败尝试。

• (v 1.29.18)添加bpfallback=选项来控制拉普兰人()当0个或1个工人可用时(退步)。

• 添加bpexportvariables= option自动导出全局变量，或在用户提供的搜索路径上的包中找到的变量有趣的=功能。

错误修复

• 使用SerialParam的debug()修复回归。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/128

• 使用bplapply()修复进度条显示中的回归。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/172

• (v 1.29.5)修复默认种子生成时，用户有非默认的生成器。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/176

• 修正当指定为character()的工作者比(非零)任务更多时的有效性。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/181

BiocStyle

在2.24.0版本中的更改

错误修复

• 修复了在生成PDF小插图时与长表乳胶包的最新版本不兼容的问题。此错误显示为“LaTeX Error: Missing \begin{document}”。织毛衣的时候。(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/89)

biocViews

1.63.0版本的更改

错误修复

• (1.63.1)修复了Authors@R解析视图的错误

biodb

1.3.3版本更改(22-04-02)

• 解释如何在小插图中使用自定义CSV文件。

  1.3.2版本更改(22-03-11)

• 修正ext pkg升级:不再生成c++示例文件。

• 将默认的小插图名称更改为包名称。

• 升级扩展包时，不要再次生成c++文件。

• 在Progress类中接受一个未知的总数。

• isSearchableByField()接受。类型参数。

  1.3.1版本更改(2021-12-10)

• 删除小插图中的自定义缓存文件夹设置。

biodbChebi

1.1.1版本更改(22-03-15)

• 改变装饰图案的名字。作者姓名。

• 删除已经在biodb包中的代码。

• 升级维护文件。

biodbExpasy

0.99.0版本的更改(22-03-15)

• 提交给Bioconductor

biodbHmdb

1.1.2版本更改(22-03-13)

• 改变装饰图案的名字。

• 更新用于小插图和测试的HMDB解压压缩文件。

biodbKegg

1.1.1版本更改(22-03-17)

• 升级维护文件。

• 正确的实例化的例子。

biodbLipidmaps

1.1.1版本更改(22-03-17)

• 更新维护文件。

• 检查时在输出文件中添加日志输出。

biodbMirbase

0.99.1版本的更改(22-04-01)

• 删除小插图中的getNbEntries()示例。miRBase中不存在这样的web服务。

  0.99.0版本的更改(22-03-22)

• 提交给Bioconductor

biodbNcbi

0.99.6版本更改(22-03-24)

• 修正的例子内插图。

  0.99.0版本的更改(22-03-17)

• 提交给Bioconductor

biodbNci

0.99.0版本的更改(22-03-22)

• 提交给Bioconductor

biodbUniprot

1.1.1版本更改(22-03-17)

• 更新维护文件。

• 正确的实例化示例。

biomaRt

2.52.0版的更改

错误修复

• 当使用带有' version '参数的useensemble()时，停止报告关于使用https的消息。

• 使用Mart提供的virtualSchemaName，而不是简单地“默认”。这导致了ensemble Plants Mart的问题。

BiRewire

3.27.5版的更改

• 更新支持tsne-> Rtsne

  3.27.1版本的更改

• 增加了一个约束标志，用于排除两个节点之间的正弧线和负弧线

BridgeDbR

2.5.0版的更改

新功能

• 更新到BridgeDb 3.0.13

错误修复

• 在Vignette的代码示例中修复了一个小的拼写错误

bugsigdbr

1.2.0版的更改

• importBugSigDB接受Zenodo DOIs和Github散列来获取定义的数据发布或devel来获取最新版本(新参数版本)。
• 基于本体的实验因素和主体站点查询(新函数getOntology和subsetbyontology)
• 一次从一个身体部位和一个条件的单个签名中编译元签名，按样本量加权(新函数getMetaSignatures)

篮球选手

2.2.0版的更改

错误修复

• 恢复correctSystematicG选项getCTSS ()．看到# 61。

• 恢复私有函数if / else语句中的对象类一致性bam2CTSS．修复# 49。

• 从BAM文件恢复正确的CTSS转换(v1.34.0中引入的错误)，同时修复问题#36。

• 确保标签集群有一个Seqinfo。修复# 63。

相机

在版本1.51.1中的更改

用户可见的变化

• 移动到mzML，例如数据和小插图后，删除mzR中的mzData支持

癌症

1.29.03版本的更改

• 主机cgdsr功能

  1.29.01版本的更改

• 从github获取CGDSR

cbaf

1.18.0版本的更改(22-04-24)

新功能

• 包现在使用cBioPortalData包与cBioPorta通信，因为cgdsr包已弃用。

• 包现在支持RNA-seq数据与z分数相对于正常样本。

• 术语更新。

• 小improvemets

CBEA

在0.99.3版本的更改

新功能

• 创建一个输出类型对象(CBEAout)。这是一个S3类型对象，本质上是一个包含最终评分矩阵和其他诊断细节的列表。

用户可见的明显变化

• 由于上面的新特性，现在用户将不得不使用提供的函数或使用基于CBEAout对象的列表中的列表格式的自定义方法来提取分数，而不是获得一个tibble。
• 实现了tidy和glance方法来处理CBEAout对象

错误修复

没有一个

在0.99.2版本的更改

新功能

• 增加了一个选项(参数)来指定是参数化估计空值还是通过纯排列估计空值。为了支持这一点，还添加了一个选项(n_perm)来指定排列的数量。如果parameter为FALSE但n_boot很小(< 100)，则会添加一个警告。
• 增加了选项(parallel_backend)，使用BiocParallel指定循环的并行后端
• 参数控制现在允许一个名为fix_comp的特殊槽，它可以指定在调整过程中修复双组分混合分布中的哪个组件。

用户可见的明显变化

• 将原始参数与CBEA函数的输出参数结合起来，指定返回原始CBEA分数(不需要任何分布拟合和转换)。
• 新的和修改小插曲
• 显著减少依赖关系，包括删除对phyloseq的本机支持

错误修复

没有一个

在0.99.1版本的更改

新功能

没有一个

用户可见的明显变化

没有一个

错误修复

• 删除.Rproj文件以符合Bioconductor错误

  在0.99.0版本的更改

新功能

• 添加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。
• 添加了一个完整的功能，可以使用绑定的数据集从头执行CBEA

用户可见的明显变化

没有一个

错误修复

没有一个

cBioPortalData

在2.8.0版本的更改

新功能

• 认证令牌字符串或文件现在可以包含在cbiopportal函数中。
• 在使用cBioPortalData时，check_build参数可以为其他api设置为FALSE，例如KidsFirst
• queryGeneTable通过API服务转换基因id (' hugogenesymbles ' <> ' entrezGeneIds ')
• getDataByGenes取代getDataByGenePanel
• getStudies()替换data(' studestable ')来发现研究id

Bug修复和小的改进

• 修正了内部调用中by参数没有传递给getDataByGenes的问题
• 向来自GISTIC数据集的元数据元素添加名称。

cbpManager

1.3.2版的更改

• Oncotree功能现在也可以在示例选项卡中使用。
• 对“突变”选项卡的主要修改。突变数据现在是可编辑的。

celda

1.11.0版本更改(22-03-31)

• 改进了解ontx小插图
• 增加了子采样能力，以加快困惑计算
• 增加了在decontX中使用原始矩阵的批量参数的能力

ceRNAnetsim

1.7.3版本的更改(22-15-03)

• 新函数，find_affected_nodes和find_targeting nodes

• 固定测试文件

• 固定的文件

ChIPpeakAnno

3.29.6版本的更改

• jianhong更新的邮件

  3.29.5版的更改

• 更新管道文档，以避免将grange对象转换为data.frame时的错误。

  3.29.3版本的更改

• 处理错误“非标准床文件”。

  3.29.2版本的更改

• 修复错误:试图从一个虚拟类“DataFrame”生成一个对象。

  3.29.1版的更改

• 为getEnrichedGO和getEnrichedPATH添加subGroupComparison参数。

ChIPQC

1.31.2版本的更改

• 修正

• 处理更大的阴谋

ChIPseeker

1.32.2版本的更改

• 更新装饰图案

  1.31.4版的更改

• readPeakFile现在支持。broadpeak和。gappedpeak文件(21-12-17，星期五，#173)

  1.31.3版本的更改

• 修复了确定负链启动子区域的错误(21-12-16,Thu， #172)

  1.31.1版的更改

• 修复了获取链信息的错误(21-11-10，周三，#167)

chromstaR

1.21.1版本的更改

错误修复

• 修复了rnorvegicus_gene_ensemble的主机问题。现在使用默认主机而不是may2012.archive.ensemble bl.org。

CIMICE

1.3.1版的更改

概述:

• 移除与关系的依赖性

ClassifyR

在3.0.0版的更改

• 现在除了现有的分类功能外，还支持生存模型及其评估。

• 交叉验证不再需要特定的注释，比如数据集名称和分类器名称。现在，用户可以指定他们想要的任何特征，并将这些特征作为变量来分组或更改行外观。此外，像特征选择名称和分类器名称这样的特征从内部表中自动填充。

• 使用crossValidate函数大大提高了易用性，该函数允许通过单个关键字指定分类器。以前，像SelectParams和TrainParams这样的参数对象必须显式地指定，这对不熟悉S4面向对象编程的用户来说是个挑战。

• 基本的多组学数据集成功能可以通过crossValidate实现，它允许不同表的组合。预验证和PCA维数技术为比较高维组学数据和低维临床数据提供了一种公平的方法。另外，也可以简单地连接所有数据表。

• 当一次删除一个选定变量时，通过训练计算出模型不可知变量的重要性。默认关闭，因为它大大增加了运行时间。详细信息请参见modelellingparams的doImportance参数。

• 指定交叉验证过程和数据建模的参数形式化为CrossValParams和modelingparams类。

• 现在，特征选择可以基于再替换度量(即训练和测试训练数据)或交叉验证度量(即将训练数据分割成训练和测试分区，以优化所选的特征)来完成。所有的特征选择函数都被转化为特征排序函数，因为选择过程是一个交叉验证的特征。

• 所有函数和类文档从手动编写的Rd文件转换为Roxygen格式。

• 人类参考交互组(二进制实验PPI)包含在捆绑数据中，用于基于配对的分类。看到了吗?

• 表演情节现在可以做盒子情节或小提琴情节。框图保持默认样式。

cleanUpdTSeq

1.33.2版本的更改

• 由海波合并代码

  1.33.1版的更改

• 修复了Haibo报告的GRanges一行的bug

clusterProfiler

4.3.4版的更改

• 修复当keyType = ' SYMBOL ' && readable=TRUE时，richmentgo, gseGO和groupGO的问题(22-4-9,Sat)

  4.3.3版的更改

• 解析GAF文件准备GO注释数据(用于蛋白质组学研究)(2017-03-08,Tue， #397， #418， #421， #442)

• 修正了compareCluster()的错误(22-01-27,Thu， #424)

  4.3.2版的更改

• 修复了extract_params()中的错误(2012-01-12,Wed， #392， @amcdavid)
• make simplify()适用于compareCluster()中的gseGO()

• compareCluster()支持GSEA方法的公式接口(2014-01-04,Tue， @altairwei， #416)

  4.3.1版的更改

• compareCluster()支持GSEA算法(21-12-11,Sat)
• download.KEGG.Path()和download.KEGG.Module()的更新错误消息(21-11-21,Sun)
• 更新simplify()函数以支持ont = ALL(2010-10-27，周三)

clustifyr

1.7.3版本更改(22-03-09)

• vec_out选项直接获得分类结果作为一个向量，以插入到其他元数据/工作流

• 维护人员变化

CNVMetrics

在0.1.6版本中的更改

新功能

• calculateLog2ratioMetric()方法支持使用与calculateOverlapRegionsMetric()方法类似的工作流程进行log2比率度量计算。

用户可见的明显变化

• plotMetric()取代plotOverlapMetric()方法。新方法可以绘制所有指标(状态调用指标和log2比率指标)。
• 小插图部分“使用放大/删除级别计算指标的工作流”已经完成。
• README中新增了引用部分和参考已发布的F1000Research海报(http://www.doi.org/10.7490/f1000research.1118704.1)的小插图。
• log2比率度量不是计算距离，而是计算基于距离的度量(1/(1+距离))。

错误修复

• 没有一个

  0.1.4版的更改

新功能

• 没有一个

用户可见的明显变化

• 新网站https://krasnitzlab.github.io/CNVMetrics/index.html与包相关联。
• 小章节“使用CNV状态调用计算指标的工作流”已经完成。

错误修复

• 没有一个

  在0.1.3版本中的更改

新功能

• 没有一个

用户可见的明显变化

• plotOneOverlapMetric()方法有一个新的参数silent=TRUE，因此默认情况下不绘制绘图。

错误修复

• plotOneOverlapMetric()方法现在将样本距离用作默认聚类方法。

  0.1.2版本的更改

新功能

• plotOneOverlapMetric()方法实现了重叠度量计算的绘图结果。

用户可见的明显变化

• calculateOverlapRegionsMetric()方法更改为calculateOverlapMetric()。

错误修复

• 没有一个

  在0.1.1版本中的更改

新功能

• 添加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。
• calculateOverlapRegionsMetric()方法允许使用重叠的放大/删除区域计算相似性度量。

用户可见的明显变化

• 一个也没有。

错误修复

• 没有一个

可乐

2.1.1版的更改

• 添加分层共识分区

  在2.0.1版的更改

• predict_classes ():支持svm/random forest方法进行类标签预测。

彗星

1.27.2版本更改(22-04-18)

• 更新https的ensemble函数

• 删除DNase_UCSC功能

• 添加字体信息。家族用于plotTrack和其他Gviz函数

• 在coMET中添加showtext库。Rnw装饰图案

coMethDMR

在0.99.9版本的更改

我们一直在根据Bioconductor评审期间的要求进行bug修复和格式/文档更改。请在这里查看这些请求:https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/2064

突发的变化

• 在CpGsInfoAllRegions()、cpgsinfoonregion()和GetCpGsInRegion()函数中，注意我们添加了一个新的参数region_gr(在第二个位置)，它允许向这些函数输入GRanges对象。如果现有代码使用位置参数匹配，这将导致错误。任何按名称匹配实参的现有代码都不受影响。

  在0.99.2版本的更改

重大变化

支持跨所有包帮助/手动文件的文档

错误修复

在0.99.1版本的更改

将所有干净的文件迁移到此存储库。所有的发展历史在https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR_old

版本0.0.0.9001的更改

重大变化

包含EPIC数组注释(#1)增加了一个检查:(#5)beta矩阵的行名是探测id，并且在beta矩阵中只有数字列

错误修复

compcodeR

1.31.1版的更改

• 根据系统发育泊松对数正态模型进行模拟

• 实现length-varying模拟

• 用于系统发育信息模拟数据的新PhyloCompData对象

• 为DESeq2和limma分析添加可能的长度归一化

• 添加phylolm分析

ComplexHeatmap

在2.11.1版的更改

• 添加一个全局选项美元ht_opt颜色控制颜色以进行连续的颜色映射。

• annotation_label可以是一个表达式对象。

• recycle_gp ():现在考虑当n = 0时。

• anno_block ():添加align_to论点。

• 添加anno_text_box ()而且grid.text_box ()．

• 添加show_name论点anno_empty ()．

• 注解的验证HeatmapAnnotation ()是简化。

• 添加anno_numeric ()．

• 当Rect_gp = gpar(type = "none")，use_raster强制为FALSE。

• “全局变量”cell_fun/layer_fun自动识别并保存在本地。

CompoundDb

在0.99版的更改

在0.99.12版本的更改

• 为CompDb数据库添加mass2mz方法。

在0.99.11版本的更改

• 添加peaksVariables方法。

在0.99.10版本的更改

• 为peaksData添加参数列。

在0.99.9版本的更改

• 将参数dbFile添加到createCompDb中，并添加如何从自定义输入创建CompDb数据库的示例。

在0.99.8版本的更改

• 添加引用。

在0.99.7版本的更改

• 添加错误报告链接到描述。

在0.99.6版本的更改

• MsBackendCompDb扩展了Spectra::MsBackendCached而不是Spectra::MsBackendDataFrame。

在0.99.5版本的更改

• 没有更新，只是版本碰撞导致新的构建。

在0.99.4版本的更改

• 更多评论来自@jianhong。

在0.99.3版本的更改

• 修复BiocCheck警告。

在0.99.2版本的更改

• 修复BiocCheck警告。

在0.99.1版本的更改

• 回复@jianhong的评论/修改请求。

在0.99.0版本的更改

• 准备提交Bioconductor。

  0.9版的更改

在0.9.4版的更改

• 添加deleteIon和deleteSpectra允许删除离子或光谱。

在0.9.3版的更改

• insertIons支持添加额外的数据库列。

在0.9.2版的更改

• 添加instertSpectra方法，从光谱对象添加MS/MS光谱到数据库。

在0.9.1版的更改

• 添加IonDb构造函数方法。
• 展开文档和示例。
• 添加并修复单元测试。

在0.9.0版本的更改

• 添加IonDb类作为CompDb的扩展(允许向数据库添加离子信息)和创建这样的对象的功能。
• 添加插入以允许向IonDb对象添加新离子
• 添加ionVariables, ions函数来访问数据库中的ions数据。

• 添加过滤器:IonIdFilter, IonAdductFilter, IonMzFilter, IonRtFilter。

  0.8版本的更改

在0.8.1版本中的更改

• 从MoNa导入光谱类型(MS级)和前驱体类型。

在0.8.0版本的更改

• 将数据库表名称复合重命名为ms_compound issue #74。

  0.7版本的更改

在0.7.0版本中的更改

• 删除mass2mz和mz2mass函数，以支持MetaboCoreUtils中实现的函数。

  0.6版本的更改

在0.6.6版的更改

• 从protgeneric导入复合方法。

0.6.5版的更改

• 向compound_tbl_sdf添加参数onlyValid，允许只导入问题#69的有效元素。

在0.6.4版中的更改

• 添加其他过滤器:MassFilter, FormulaFilter, InchiFilter和InchikeyFilter。

在0.6.3版本中的更改

• 添加元数据、spectravvariables和compoundVariables函数。

在0.6.2版本中的更改

• 支持创建数据库而不指定数据库的组织。
• 确保数据库列正确映射到spectrum变量名。

在0.6.1版本中的更改

• 增加SpectrumIdFilter，支持频谱id过滤。

在0.6.0版的更改

• 重命名列名:compd_name -> name, mass -> exactmass, inchi_key -> inchikey。

  0.5版本的更改

0.5.0版的更改

• 取代。与peaksData列表。

• 用spectraData替换asDataFrame。

  0.4版的更改

在0.4.3版本中的更改

• 更新以匹配新的脂质地图字段名。

在0.4.2版本中的更改

• 修复as中的错误。MsBackendCompDb返回一个SimpleList而不是一个列表。

在0.4.0版本中的更改

• 将MsBackendCompDb的方法spectraData重命名为asDataFrame(适应spectrum的变化)。

  0.3版本的更改

在0.3.2版本中的更改

• 导入也微笑从SDF文件。

0.3.1版的更改

• 将包光谱从依赖移动到导入

在0.3.0版本的更改

• 从MSnbase到rformassspectra包的更改(Spectra和MsCoreUtils)。

• 将MS/MS光谱存储在两个表中，msms_spectrum和msms_spectrum_peak。

  0.2版的更改

在0.2.3版本中的更改

• 添加仪器和precursor_mz光谱数据列(issue #32)。

在0.2.2版本中的更改

• 从Jan Stanstrup的commonMZ包中添加加法信息。
• 添加matchWithPpm函数来匹配数值，允许小的差异。
• 添加加法函数来检索加法定义。
• 添加mass2mz和mz2mass以在质量和m/z之间进行转换。
• 添加annotateMz方法注释m/z值。

在0.2.1版本中的更改

• 将字段collision_energy更改为字符，以支持MoNa的值(issue #31)。
• 添加函数import_mona_sdf和msms_spectra_mona，以支持从MoNa SDF文件导入频谱数据(issue #30)。
• 添加对MoNa SDF文件的支持(issue #30)。

0.2.0版的更改

• 添加hasMz,Spectrum和hasMz,Spectra方法在光谱中寻找m/z值(第28期)。
• 添加MsmsMzRangeMinFilter和MsmsMzRangeMaxFilter (issue #29)。
• 从MSnbase重用光谱对象。

• 添加supportedFilters CompDb方法。

  0.1版的更改

在0.1.1版本中的更改

• 为Spectrum2List添加precursorMz, precursorCharge, precursorIntensity, acqutionnum, scanIndex, peaksCount, msLevel, tic, ionCount, collisionEnergy, fromFile，极性，平滑，isEmpty，中心化和中心化方法。

0.1.0版的更改

• 添加expandMzIntensity函数。
• 加入光谱法，从CompDb数据库中提取光谱。
• 增加了在CompDb数据库中存储MS/MS光谱的功能(m/z和强度值存储为BLOB)。
• 增加了从HMDB xml文件加载MS/MS光谱的功能。

conclus

1.3.4版本更改(22-03-28)

• 进行了以下重大更改
• 在normalizeCountMatrix方法中增加参数removeNoSymbol来过滤没有SYMBOL的基因。
• clusterMarkers槽变为topMarkers槽，访问器名称也以同样的方式更改。0

CoreGx

在2.0.0版的更改

• @cell插槽变成了@sample插槽。关联泛型和访问器方法已被重命名，然后别名为它们的旧名称。因此，旧的代码应该仍然像预期的那样工作，但实际上将调用不同的S4方法。
• 将@treatment插槽添加到coreset类中

COTAN

在0.99.12版本的更改

在3.15正式发布前发布。主要变化:

• 对COEX矩阵的估计和存储方式进行了更改，使其占用的空间更少，运行速度更快。

  在0.99.10版本的更改

初始Bioconductor释放

crisprBase

1.0.0版的更改

• 新的软件包crisprBase，基本函数和类的CRISPR gRNA设计。

crisprBowtie

1.0.0版的更改

• 新的封装crisprBowtie，基于bowtie的CRISPR gRNA间隔序列对齐。

crisprScore

1.0.0版的更改

• 新的软件包crisprScore，用于导向rna (gRNAs)的靶上和靶外评分。

csdR

1.1.3版本的更改

增加了csdR文章的引用，现在印刷。

1.1.2版的更改

在文档中明确说明不允许缺少值，并为此编写了一个测试。

1.1.1版的更改

对自述文件和小插图做了一些小的修改。

customCMPdb

1.5.1版本更改(22-01-31)

• 添加DrugAge构建4数据库

cytomapper

1.7.2版本的更改(22-04-20)

• 下一个版本的修复

  1.7.1版本更改(2021-12-28)

• 为通道溢出补偿增加了compImage功能

cytoMEM

0.99.2版本的更改(22-04-11)

• 更新了build_heatmaps函数的显示方法

• 更新了从=到<-的赋值

  0.99.1版本更改(22-03-21)

• 更新的类成员检查使用is()和== / != to is(x， ' class ') S4类

• Bioconductor的版本碰撞

  0.99.0版本的更改(22-03-18)

• 提交给Bioconductor

CytoML

3.11版的更改

API的变化

• 在open_flowjo_xml中将参数sampNLoc -> sample_names_from重命名
• 所有解析器(flowjo/cytobank/diva_to_gatingset)现在都基于cytoset返回GatingSet，而不是ncdfFlowSet
• 向cytobank_to_gatingset添加trans参数，允许覆盖来自gatingML文件的转换(#76)
• Gatingset_to_flowjo现在使用一个带有编译转换器的docker映像:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• flowjo_to_gatingset搜索FCS文件的一些更新(#77)
• 向flowjo_to_gatingset添加include_empty_tree选项，以包含不带门的示例
• 允许gatingset_to_flowjo采用GatingSet存档目录的路径
• 添加gating_graphGML来替换门控。openCyto::门控泛型的graphGML方法
• 解析细胞库实验时按面板过滤样本，添加ce_get_samples, ce_get_panels

修复/内部变化

• FlowJo工作空间样本的自动时间缩放现在由flowjo_to_gatingset RGLab/cytolib#33处理
• 在R 4.0中处理默认stringsAsFactors=FALSE的更改
• 消除了工作空间解析期间临时目录中遗留的额外中间文件
• 将GatingSetList的使用方式切换到merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 在c++ FlowJo解析器中从experimental::filesystem切换到boost::filesystem

• 添加巨细胞XSD到安装

  在3.10版的更改

API的变化

• 根据RGLab/cytolib#16更改四栅的处理

• 重命名的方法:

• openWorkspace -> open_diva_xml, open_flowjo_xml
• cytobankExperiment - > open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet - > cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace -> flowjo_to_gatingset, diva_to_gatingset
• getSampleGroups -> fj_ws_get_sample_groups, diva_get_sample_groups
• > fj_ws_get_samples, diva_get_samples
• getKeywords - > fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices - > ce_get_compensations
• getTransformation - > ce_get_transformations

• 比较。项- > gs_compare_cytobank_counts

• 重命名的类:

• divaWorkspace - > diva_workspace

• flowJoWorkspace - > flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。set、巨细胞名称空间设置参数

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank导出带有属性名称空间的cytobank ML
• 允许diva_to_gatingset使用xml中的补偿矩阵
• 将参数从cytobank_to_gatingset适当地传递到FCS解析器
• 修复了从Diva工作区解析的栅格缩放的一些问题(#64)
• 防止在Diva解析期间向GatingSet添加不支持的转换
• 将diva_to_gatingset切换为使用flowjo_log_trans而不是logtGml2_trans
• 修复了移植的flowUtils::xmlTag以启用自关闭标记
• 使闸门。graphGML查找根据FCS名称和文件id定制的门
• 为gatingset_to_flowjo中使用的getSpilloverMat添加一些灵活性

dasper

1.5.1版的更改

新功能

• 修复与coverage_norm()相关的错误，确保用于规范化覆盖的区域与输入的连接具有相同的seqlevel。

dce

1.3.5版本更改(22-04-14)

• 更新包数据df_pathway_statistics

dearseq

1.7.2版本的更改(22-04-13)

• 当survey::pchisqsum()中的“鞍点”方法无法计算二次型渐近p值时，重新引入CompQuadForm::davies()作为较长的替代方案

  1.7.1版本更改(22-02-07)

• 增加了意大利面绘图功能

解耦

2.2版本的更改

变化

• 改变垫子和网的例子玩具的例子。

• 将测试数据更改为玩具数据。

  2.1版的更改

变化

• 可能性参数被弃用，从现在起，权重(正的或负的)应该去网络的mor列。如果指定了似然，则方法仍将运行，但它们将被设置为1。

• 为所有方法添加了minsize参数，默认设置为5。在输入mat中包含低于此目标值的源将从计算中删除。

• 更改了解耦函数的默认行为。现在，如果统计参数中没有指定任何方法，那么该函数将只运行基准测试中性能最好的函数(mlm、ulm和wsum)。要像以前一样运行所有方法，请将统计信息设置为“all”。此外，还添加了参数consensus_stats，用于过滤计算共识评分的统计信息。默认情况下，它只使用mlm, ulm和norm_wsum，或者如果statistics== ' all '运行解耦后返回的所有方法。

• 毒蛇的方法:

• 现在，通过将它们归一化为-1和+1，可以正确地处理mor中的权重。

• 乌尔姆/传销/ udt /联合化疗方法:

• 改变了他们处理输入网络的方式。以前的模型矩阵只包含mat和网络目标之间特征的交集，现在它包含了所有来自mat的特征，确保了更健壮的预测。预测值可能与旧版本稍有不同。

• 弃用稀疏的论点。

• 奥拉的方法:

• 现在将顶部5%的特性作为默认输入，而不是300个向上和底部的特性。

• 添加种子随机打破平局

• 共识的方法:

• 不再基于robustrangaggreg。现在的共识得分是经过双尾z得分转换后得到的活动的平均值。

• 丢弃filter_regulons函数。

• 将主要依赖项移动为建议，以减少所需依赖项的数量。

• 更新README添加:

• 激酶推理的例子
• 图形抽象
• 手稿和引用

• 新装饰图案风格

• 更新了所有方法的文档。

新功能

• 添加了包装器，可以方便地查询Omnipath，这是收集先验知识资源的最大数据库之一。添加这些功能:

• show_resources:显示Omnipath内部可用的资源。
• get_resource:从Omnipath获取任何资源。
• get_dorothea:获取转录因子(TF)活性估计的DoRothEA基因调节网络。注意:这个版本与包dorothea中的版本稍有不同，因为它包含了新的边和tf，并且还根据置信度对交互进行了加权。

• get_descendants:获取用于路径活性估计的geny模型。

• 增加了show_methods函数，它显示了当前可用的统计信息数量。

• 增加了check_corr函数，它显示了网络中调节器的相关性。它可以用来检查共线性的mlm和mdt。

• 当共变量为共线性时(调节器的相关性太大，无法拟合模型)，为mlm增加了新的误差。

修正

• Wmean和wsum现在返回正确的经验p值。

• Ulm、mlm、MDT和udt现在接受单列作为输入的矩阵。

• 来自ulm和mlm的结果现在正确返回未分组。

• 方法在mat没有列名时正确运行。

deepSNV

1.99.3版本更改(2013-07-25)

更新

• 对shearwater vignette做了一些改动

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 修正了bf2Vcf()在没有变量被调用时的错误

  1.99.2版本更改(2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 为bam2R添加verbose选项以抑制输出

• 将loadAllData()的值的mode()更改为" integer "

修正

• 修正了在bf2Vcf()中只调用一个变量的问题

  版本1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用编织为更漂亮的小插图

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 修复了bf2Vcf的删除问题

• makprior()为所有网站添加背景

  1.99.0版本的更改(2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过汇总包含VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DEGreport

1.31.6版的更改

• 将gather迁移到pitvot_long

• 修正了degcovariables中melt的警告

• 修复重要功能，问题与!!信谊

  1.31.3版本的更改

• 修复了使用时示例中的错误头后管

DelayedArray

在0.22.0版本的更改

弃用,已经

• 以下内容在之前版本的包中已弃用，现在已失效:
  • blockGrid():替换为defaultAutoGrid()
  • rowGrid():替换为rowAutoGrid()
  • colGrid():替换为colAutoGrid()
  • multigrids():替换为defaultmultiautogrids ()
  • lineind():替换为Mindex2Lindex()
  • viewportApply():用gridApply()替换
  • viewportReduce():用gridReduce()替换
  • getRealizationBackend():替换为getAutoRealizationBackend()
  • setRealizationBackend():替换为setAutoRealizationBackend()
  • RealizationSink():替换为AutoRealizationSink()

错误修复

• 对DelayedArray对象的updateObject()方法进行了小调整(参见commit abcd154)。

服饰

1.11.4版的更改

• sPLSDA功能测试被排除在BioConductor之外，因为它在本地工作，但在BioConductor中失败。

  1.11.3版本更改(22-03-12)

• 修正了影响字符向量和作为输入的因子的dColorPlot的错误。

  1.11.2版本更改(22-03-11)

• 在dSlsda函数的测试中查找未识别的bug。

  1.11.1版本更改(22-03-05)

• 修正了dColorPlot中的Bug，解决了单个连续向量的问题

• 内部函数microClust已经更新，除了计算邻居的中位数和平均值外，还包括捐赠者的计数。

• 加上nUniqueNeihgDons，加上前面提到的对microcluster函数的更改。

• 对dSplsda函数测试进行了微小的更新，希望能够消除在Linux平台上测试时出现的间歇性问题。

DepInfeR

0.99.7版本的更改(22-04-05)

• 根据第二轮修订的意见修改包

  0.99.4版本更改(22-03-19)

• 根据Bioconductor团队的意见修改包

  0.99.0版本更改(22-01-13)

• 提交给Bioconductor

DEWSeq

1.9.2版本更改(22-04-19)

• 添加基于最大过滤读取计数的功能。位置数

DExMA

1.3.1版的更改

• missGenesImput功能添加

• 未测基因加入SampleKnn归责法

DiffBind

3.6版的更改

• 将默认的峰值归一化更改为NATIVE (TLE/TMM)

• 更改峰值归一化以使用参考库大小

• 修复报告中调用列的错误

• 保持FRiP计算

• 改善dba。plotProfile样品标签

• 修复与包:并行的问题

• 修复dba中的错误/警告。不匹配的染色体名称的黑名单

• 更新dba手册页。报告，以阐明当bNormalized=FALSE时折叠变化是如何报告的。

• 向GenerateDataFiles添加一些新的测试条件。R

截然不同的

1.7.2版的更改

• 允许进行差异检测，即使只提供1个基因

  1.7.1版的更改

• 在去除妨害协变量时，将原有的线性模型替换为线性混合效应模型，其中:i)妨害协变量具有固定效应，ii)样本具有随机效应。这很好地解释了属于同一样本的细胞的相关性结构。

dittoSeq

1.8版本的更改

• 新增:' randomize '选项用于' dittoDimPlot() '和' dittoScatterPlot() '的' order '输入

DMRcate

在2.8.1版的更改

• 引用更新。

剂量

3.21.2版的更改

• 为compareCluster(GSEA算法)的结果启用setReadable (2013-12-13, Mon)
• 更新GSEA结果的默认顺序(21-12-09,Thu)

• 如果p.adjust相同，则按abs(NES)排序

  3.21.1版的更改

• 更新DisGeNET和NCG数据(20121-11-14,Sun)
• DisGeNET v7: 21671个基因，30170种疾病和1134942个基因-疾病关联
• 194515种变异，14155种疾病和369554种变异疾病关联
• NCG v7: 3177个癌症基因，130种疾病和6095个基因疾病关联

刨边机

3.38.0版本的更改

• 新观点的保持。voomLmFit()的list '用于存储规范化的log2-CPM值和轰鸣权值。

enrichplot

1.15.4版本的更改

• 更新树图:支持将rel对象传递给offset和offset_tiplab

  1.15.3版本的更改

• 导出“drag_network”(2012-03-07,Mon)
• 更新cnetplot。drag_network(22-6-6, Sun)支持的结果
• 添加函数drag_network来拖动网络的节点
• 修复goplot: goplot中的一个bug。gseaResult需要setType slot而不是本体slot (22-2-22, Tue)

• 返回gg对象，而不是在dotplot.compareClusterResult() (22-01-05, Wed， @altairwei， #160)

  1.15.2版本的更改

• 为treeplot添加label_format_tiplab和label_format_cladelab参数(21-12-24，星期五)
• 支持compareCluster(GSEA算法)结果的树状图(21-12-13,Mon)
• 支持compareCluster(GSEA算法)结果的可视化(20121-12-11,Sat)

• 支持gseaplot2的科学记数法(20121-12-4,Sat)

  1.15.1版本的更改

• 通过导入utils固定R检查

ensembldb

在2.19.10版本的更改

• 解决问题getGeneRegionTrackForGviz如果在提供的基因组范围内没有发现转录本(issue https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/132)。

  在2.19.9版本的更改

• seqlevelsStyle允许提供自定义映射数据帧。

  在2.19.8版本的更改

• 在坐标映射小插图中需要包生物串。

  在2.19.7版本的更改

• listColumns不再报告来自元数据数据库表的列(问题https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/128)。

  在2.19.6版本的更改

• 修复的proteinToGenome．

  在2.19.5版本的更改

• 添加对附加的支持tx_is_canonical列和添加TxIsCanonicalFilter(https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/123)问题。

  在2.19.4版本的更改

• 修复了导入抄本表时抄本名称中引号的问题。

  在2.19.2版本中的更改

• 恢复向后兼容性(issue https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/122)。

  在2.19.1版本中的更改

• 添加数据库列tx_name来存储外部抄本名称。

• 更新TxNameFilter以允许对这个数据库列进行过滤。

ensemblVEP

1.37.0版本的更改

• 添加对ensemble 105版本的支持

epialleleR

1.3.6版本更改(22-02-16)

• 显著加速(1.3.5)

• 甲基化模式

  1.3.2版本更改(2021-12-24)

• 更高效的数据处理(XPtr代替Rcpp::wrap 'ping)

EpiCompare

在0.99.3版本的更改

新功能

• 带有示例/单元测试的新函数:
  • import_narrowPeak:导入狭峰文件，使用ENCODE.\中的元数据自动标头注释
  • gather_files:自动峰值/皮卡德/床文件，并读取它们作为一个列表农庄对象。\
  • write_example_peaks:将样例峰值数据写入磁盘。
• 更新.gitignore

• 更新.Rbuildignore

  在0.99.1版本的更改

新功能

• epiccompare的新参数:

  • genome_build:指定基因组构建，“hg19”或“hg38”。中也包含此参数plot_chromHMM，plot_ChIPseeker_annotation，tss_plot而且plot_enrichment．

    在0.99.0版本的更改

新功能

• EpiCompare提交Bioconductor。

epigraHMM

1.3.2版的更改

• 导出函数estimateTransitionProb，从马尔可夫链的状态序列中估计转移概率

  1.2.1版的更改

• 修复了用' . '处理路径的输出路径的错误。

epimutacions

在0.99.33版本的更改

• 修复bug和注释(如果可能的话)

  在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

逃避

1.4.1版的更改

• 版本号和小编辑的生物导体遵从

• 删除singscore方法

• 在内部添加了UCell功能，因此它们与Bioconductor兼容

EWCE

1.3.3版的更改

新功能

• 来自orthogene::create_background和orthogene::convert_orthologs的方法参数现在作为参数传递给EWCE函数，以给予用户更多的控制。“homologene”被选为所有功能的默认值。“同源基因”的物种比“正基因”少，但不需要从网络导入数据。它也有更多的1:1的老鼠:人类矫形师。
• 包括GitHub文档和当前Bioc发布版本之间不匹配的注释。
• 允许bin_specificity_into_quantiles设置生成的特异性矩阵名称。
• 将GHA工作流yamls合并为一个。

错误修复

• 添加try({})和error=TRUE以避免“多边形边缘未找到”错误。

  1.3.1版的更改

新功能

• 主要更改:从bschilder_dev分支Pull Request。
• 所有的函数现在都可以使用列表和CellTypeDatasets (CTD)从任何物种，并通过正交基因将它们转换为一个共同的物种(默认为人类)。
• 通过standardise_ctd实现自动CTD标准化。
• 可以处理(稀疏)矩阵。
• 可以使用DelayedArray对象类从非常大的数据集创建CTD。
• 所有的功能都会自动为给定的物种创建合适的基因背景。
• 更模块化，简化的小部件。
• 额外的基因预过滤选项(DESeq2, MAST，方差分位数)。
• 新的/改进的绘图函数(例如plot_ctd)。
• 添加了示例引导富集结果作为extdata以加速示例(在data.R中有文档)。通过访问EWCE: example_bootstrap_results()。
• 用check- bios自动替换了GHA工作流:运行R-CMD检查，运行BiocCheck，并重建/部署pkgdown站点。
• 由功能:
• drop_uninformative_genes
• generate_celltype-data
• bootstrap_enrichment_test
• 增加了测试(每个文件多个功能测试，以减少ewceData文件必须下载的次数):
• test-DelayedArray
• test-merge_sce
• test-get_celltype_table
• test-list_species
• test-run_DGE
• test-check_percent_hits
• 为所有测试添加了函数is_32bit()，以确保它们不会在Windows操作系统上运行两次。
• 新增GitHub动作工作流程:
• check-bioc-docker。运行CRAN/Bioc检查，重建和推送pkgdown网站，运行和上传测试覆盖报告，
• dockerhub。yml:构建安装了EWCE的Bioconductor Docker容器，运行CRAN检查并(如果检查成功)将容器推到neurogenome slab DockerHub。
• 删除文档文件夹，因为文档网站现在来自gh-pages分支，并在每次推送到主分支后由GHA工作流自动构建。
• 添加了新的导出函数fix_celltype_names，以帮助标准化单元类型名称，使之与标准化单元类型名称保持一致。
• generate_bootstrap_plots_for_转录组:现在支持任何物种(不仅仅是老鼠或人类)。
• 将CTD和DGE表(tt)转换为output_species基因符号。
• 自动生成合适的基因背景。
• 更快，因为现在有选项，只产生特定的情节类型。
• 通过新的example_转录tome_results函数从ewce_expression_data提供预计算结果。
• 通过不计算某些代码块，减少了构建运行时和超大的小片段。
• 防止扩展小插图完全运行。
• @返回内部函数的文档。
• 增加更多的安装检查到GHA。
• 修复了单元测试文件命名不一致的问题:test_ ==> test-
• 在drop_uninformative_genes中删除DGE参数，直到我们运行基准测试，看看每个参数如何影响EWCE结果。
• 将bootstrap_plots函数设置为内部函数。
• 在扩展的小插图中增加关于正基因如何改善种内和跨种基因映射的报告。
• 在standdise_ctd输出中记录额外的信息:
• “species”:input_species和output_species
• “版本”:EWCE，正基因和同源基因

exomePeak2

1.7.0版本的更改(22-04-20)

• 通过引入新的GC内容偏差校正和IP效率校正计算模型，提高了精度。

• 在默认设置下应用泊松检验提高峰值呼叫稳定性。

• 改进了读计数法。

• 不推荐多步函数和量化模式。

• 删除不需要的函数参数。

ExperimentHub

在2.3.0版本的更改

用户可见的修改

• (2.3.5)更新跨多个用户共享集线器的文档

ExperimentHubData

在1.21.0版本的更改

修改

• 1.21.2更改makeExperimentHubMetadata指向Azure而不是AWS

fastreeR

1.0.0版的更改

• VCF和Fasta文件上的新包fastreeR，系统发育，距离和其他计算。

  0.99.7版本的更改(22-04-02)

• 第一次Bioconductor评审后的更新和更正。

  0.99.6版本更改(22-03-26)

• dist2hist下降功能。

  0.99.5版本更改(22-03-25)

• 更新vignette对dist2hist的使用。

  0.99.4版本更改(22-03-25)

• 更新java后端(createHistogram)。

  0.99.3版本更改(22-03-25)

• 更新java后端。

  0.99.2版本更改(22-03-25)

• 更新README。md通知JDK>=8的要求。

• 更新java依赖项(jfreechart-1.5.3)。

  0.99.1版本的更改(22-03-24)

• 更新vignette使用BiocFileCache，以便示例vcf和fasta下载不会被不必要地重复。

  0.99.0版本更改(22-03-21)

• 提交Bioconductor。

fgsea

1.21.1版本的更改

• 修复再现性问题(https://github.com/ctlab/fgsea/issues/110)

FindIT2

1.0.3版本更改(2021-12-29)

• 修复了染色体长度太小的错误(calcRP_coverage函数)

  1.0.2版本更改(21-11-23)

• 修复了colData类型为factor时的错误(integrate_copies函数)

  1.0.1版本更改(21-11-09)

• 简化loadPeakFile函数

鱼池

2.2.0版的更改

• 在亚型、TSS或基因水平上展示等位基因分析的新插图。参见下面的详细信息。
• 用于Salmon或alevin数据等价类分析的新导入函数，由Jeroen Gilis编写。请参阅shalonec()和alevinEC()手册页。
• 新的plotAllelicGene()和plotAllelicHeatmap()函数用于绘制等位基因表达分析的结果。
• 新的makeTx2Tss()辅助函数用于等位基因分析。
• 现在importFromAllelicCounts()可以接受GRanges对象作为tx2gene参数，这样范围将被分配到输出summarizeexperiment的rowrange。
• 为数值x变量的plotInfReps()添加shiftX参数，以帮助绘图过度。
• 重新组织的包新的pkgdown主页:https://mikelove.github.io/fishpond

flowAI

1.25.3版本的更改

• 增加选项使用IQR，使流量检查不那么敏感。

flowSpecs

1.9.2版本更改(22-02-15)

• 给oneVsAllPlot函数添加一个hexBin参数

• 添加依赖hexbin。

  1.9.1版本更改(21-12-18)

• 向oneVsAllPlot函数引入dirName参数。

• 增加了madFilter功能的通用性。

核磁共振

在2.0.0版的更改

自上一个版本以来的改进

• 使用. call函数重写包。
• 改进了威布尔分布的编码。

错误修复

• 修复了几个导致相同分析结果不同的错误。

fobitools

1.3.2版的更改

• 修复小插图中的bug

弗雷泽

1.6.1版本的更改

• 修复分位数过滤默认值(#28)

• 要求5%而不是95%的样本表达量最小

• 需要最小表达式在连接的两边

• 将FRASER包与DROP管道对齐(#24)

• 将临时目录从tempdir()移动到工作目录getwd()

• 改进可视化和改进文档

• 改进内部对象验证

• 一些小错误修正

gdsfmt

1.32.0版的更改

公用事业公司

• 优化使用矩阵包的工具稀疏矩阵

GeneNetworkBuilder

1.37.2版本的更改

• 为htmlwidgets添加布局按钮

  1.37.1版本的更改

• 修复STRINGdb的版本问题

《创世纪》

2.25.5版的更改

• 向assocTestAggregate添加新的测试选项“fastSMMAT”。

  2.24.4版的更改

• 修正了在运行多个样本块和多个核心时的一个错误

  2.24.3版本的更改

• 修正了在assocTestSingle中计算变量的鞍点近似(SPA) p值的错误(即当使用test = Score.SPA时)，当输入null模型不是混合模型时(即当fitNullModel与cov一起运行时)。mat = NULL，或所有方差分量收敛为0)和family = " binomial "

GeneTonic

在2.0.0版的更改

新功能

• GeneTonic现在提供了在运行时上传GeneTonicList的可能性。这使得应用程序可以作为一个类似服务器的仪表板使用，它默认运行在不提供数据集上，并在成功提供预期数据时填充其组件
• 欢迎面板中的GeneSpector功能提供了一种方法来探索表达集中的任何基因，根据感兴趣的任何实验协变量着色和分组
• 可以在Bookmarks面板中输入一组基因和基因集，并且可以根据当前GeneTonicList的可用特性对这些基因和基因集进行双重检查——这与上传功能结合在一起，使比较不同的gtl对象成为可能
• GeneTonic应用程序有一个按钮，可以将当前提供的数据集导出为GeneTonicList，无论输入格式如何。如果要提供单个组件(dds、res_de、res_rich、annotation_obj)并希望获得正确的序列化对象，那么这一点尤其有用
• gs_upset增加了将丰富分析的结果表示为打乱图的可能性，并提供了用de相关信息装饰它们的选项

其他的笔记

• 关于GeneTonic的手稿现在发表在BMC生物信息学网站https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04461-5上
• 引文项目已相应更新
• 通过在jitter生成函数内部设置一个种子，gene_plot中的抖动位置现在是完全可复制的

GenomeInfoDb

1.32.0版的更改

弃用,已经

• releaseName()现在在GenomeDescription对象上无效。

• 删除fetchExtendedChromInfoFromUCSC()和available.species()。这两者在bioc3.14中都已失效。

GenomicAlignments

1.32.0版的更改

• 在这个版本中没有显著的变化。

GenomicDataCommons

1.20.0版本的更改

新功能

• gdcdata有一个省略参数来从遗留存档中下载数据，例如legacy = TRUE (#84， @LiNk-NY)
• 为过滤查询而实现的missing (is missing)和!missing (NOT missing)操作，参见小插图(#96，@LiNk-NY)
• gdc-client版本可以根据数据发布(#99，@LiNk-NY)对最后一个已知的良好版本进行验证

Bug修复和小的改进

• gdc_clinical使用reader::type_convert来处理来自API的类型不一致的列。
• 根据新数据发布，更新文档和插图中的示例

GenomicFeatures

1.48.0版本的更改

新功能

• 添加proteinToGenome()泛型和方法。松散建模于ensemble bldb::proteinToGenome()。

• 添加extendExonsIntoIntrons()。

用户可见的明显变化

• 尽可能使用useensemble()而不是useMart()。

• makeTxDbFromGFF()和makeTxDbFromGRanges()现在识别并导入类型为" gene_segment "、" pseudogenic_gene_segment "、" antisense_RNA "、" three_prime_overlapping_ncrna "或" vault_RNA "的特征作为转录本。注意，根据序列本体论，“gene_segment”和“pseudogenic_gene_segment”术语不是通过is_a关系，但我们仍然认为他们是，因为这是ensemble在他们的GFF3文件中所做的!

弃用,已经

• 添加关于featuredb相关功能不再被积极维护的警告。

• disjointExons()在3.13中被弃用后现在无效。

GenomicRanges

1.48.0版本的更改

新功能

• Add subtract()用于从GRanges对象中减去一组基因组范围。这类似于床上工具的减法。

• 添加“na。参数makeGRangesFromDataFrame()。

弃用,已经

• 删除genome icrangeslist()构造函数。这个构造函数在3.10中被弃用，在3.13中失效。

错误修复

• 确保promoters()在GPos对象上工作。

GenomicScores

在2.8.0版本的更改

用户可见的变化

• 增加了对gnomAD最新版本3.1.2 MAF数据的支持，该数据存储在包MafH5.gnomAD.v1.1.2.GRCh38中。

错误修复

• 修复了宽度大于1的无序输入基因组范围导致的结果返回顺序错误的问题;参见https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues/18

• 修复了访问存储在HDF5后端的多个分数群体时的错误。

GenomicSuperSignature

1.4.0版的更改

• (错误修正)
  • findStudiesInCluster:单元素集群现在返回正确的研究，而不是零
• (主要)
  • findStudiesInCluster:输出包括集群中参与研究的PC数及其解释的方差。与studyTitle = FALSE，输出将是一个数据帧，而不是字符向量。
  • subsetEnrichedPathways:新的论点include_nes是补充道。如果设置为真正的，输出将包括来自GSEA的NES。
  • getRAVInfo而且getStudyInfo:分别为RAVs和研究提取基本元数据的两个新功能。
  • 我们用当前可用的相关信息描述了难以解释的RAVs(更多细节可以在bit.ly/ ravmodel_characteristics)。对于以下函数，包括这些RAVs在内的任何输出都将有一个defulat消息:meshTable，drawWordcloud，heatmapTable，validatedSignatures．你可以通过设置来打盹filterMessage = FALSE
  • 新的所需参数RAVmodel用于以下功能:annotatePC，heatmapTable而且validatedSignatures．
  • 新访问器版本可以查看RAVmodel的版本吗
  • 新功能availableRAVmodel将输出可供下载的不同版本的ravmodel。
  • getModel函数现在有一个新的参数，版本，指定要下载的RAVmodel版本。
• (小)
  • miniRAVmodel更新

GenProSeq

0.99.0版本更改(21009-20)

• 提交Bioconductor

GeoDiff

1.1.2版的更改

• 转移maintainership

  1.1.1版的更改

• 将fitNBth和NBthmDE包装器函数中的默认值更改为一致

  1.1.0版的更改

• 接受Bioconductor

GeomxTools

在2.99.2版本的更改

• 文档更新

  在2.99.1版本的更改

• 文档更新

  在2.1.9版本的更改

• 文档更新

  在2.1.8版本的更改

• 对测试和示例中的对象进行子集以减少时间

  在2.1.7版的更改

• Seurat和SpatialExperiment的矫顽力是S3矫顽力

  在2.1.6版的更改

• 添加updateObject能力

  2.1.5版的更改

新特性:

• 处理单个模块的多个PKC文件版本
• 每个模块的所有版本中只使用通用探测
• 用于解析探测分配的最新PKC版本的默认行为
• 用户可以用指定的版本文件名覆盖默认值

• 从PKC中增加SystematicName和GeneID到特征元数据

  在2.1.4版的更改

• 从已弃用的异常值包中添加grubbs测试代码

  在2.1.3版本的更改

新特性:

• 允许蛋白质NGS实验数据读取

• 新的槽，分析物，增加了指分析物类型

  2.1.2版的更改

缺陷修正:

• 修复了离群值测试中的Bug

  2.1.1版的更改

新特性:

• 给Seurat和SpatialExperiment添加强制功能

  在2.1.0版的更改

• 与1.1.4相比没有变化

GEOquery

2.63.2版本的更改

• 添加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

ggmanh

在0.99.0版本的更改

• 添加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

ggmsa

1.1.4版的更改

更新了simplot上调用smooth的方式(2012-01-03,Mon)

增加了simplot上的平滑曲线。星期五(2021-12-17)

1.1.3版本的更改

修正了“poshighligated”的拼写错误，并将其从“camelCase”poshighligated更改为“snake_case”position_highlight (21-12-13, Mon)

1.1.2版的更改

修正了第155行seqlogo的分配错误。R '

1.1.1版的更改

固定的错误:使用

而不是

在geom_msa的110行上。R

ggtree

3.3.3版的更改

• geom_striplab()支持aes()映射(2014-04-22，周五，#493)

• 出现。在geom_hilight()中引入了bottom参数，以允许高光层添加到最低层堆栈中。

  3.3.2版的更改

• mv identify()方法到' ggfun '(2014-04-01，星期五)
• 更新identity .gg()以支持' ggplot '对象和+xlim()

• 更新man files (22-03-23, Wed， #489)

  3.3.1版的更改

• 使用图形布局可视化树(21-12-10，星期五，#460，#461)
• igraph布局
• graphlayouts: https://cran.r-project.org/web/packages/graphlayouts/index.html
• scale_color_subtree和scale_color_subtree通过分类组信息到颜色子树(例如，cutree，或kmeans) (21-12-01, Wed)
• na。value = ' white ' in msaplot()(21-10-29，星期五)

ggtreeExtra

1.5.4版的更改

• 当没有提供方向参数且geom具有该参数时，自动设置方向参数。(2022-03-24,清华)

  1.5.3版本的更改

• 更新引文格式。星期五(2022-01-28)

  1.5.2版的更改

• 导入geom_text，它被do.call在geom_fruit的轴中使用。(2021-11-24,结婚)

  1.5.1版的更改

• 更新归一化过程中参考范围的下限。星期五(2021-11-19)

GOSemSim

2.21.1版的更改

• 避免在load_OrgDb()中使用eval-parse (2017-01-10, Mon)

石墨

1.41.2版本的更改(22-04-21)

• 更新所有路径数据。

GSVA

1.50版本的更改

错误修复

• 修正了https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/54的错误，使过滤基因的常量表达式行为相同，而不管数据容器的延迟或非延迟性质。

哈曼

1.23.1版的更改

• 对代码语法进行了调整，以删除R的新版本中引发的警告。

• 将forceRand单元测试从10,000次迭代增加到30,000次迭代。这解决了由于采样而偶尔出现的单元测试失败。

HDF5Array

1.24.0版本的更改

用户可见的明显变化

• 改进内部助手.h5openlocalfile()中的错误报告

错误修复

• 确保updateObject()处理非常老的HDF5ArraySeed实例。

爱马仕

在0.99.4版本的更改

• 纠正作者。

  在0.99.2版本的更改

• 第一次公开发布爱马仕套装。
• 提交BioConductor。

杂项

• 新的效用函数cut_quantile用于将数字向量切割成分位数。
• 新的实用函数cat_with_newline用于连接和使用换行符打印。
• 新增检查函数check_proportion，用于检查单个比例。
• 基因barplot和相关热图的更好的图例。

• 改进的小插图布局使用BioConductor风格。

  在0.1.1版本中的更改

新功能

• 新函数draw_scatterplot生成两个基因或基因签名的散点图。
• 新的函数draw_boxplot用于基因表达值的箱线图。
• 新的函数draw_barplot用于二分化基因表达计数的barplot，分为两个或三个百分位类别。
• 新的助手函数wrap_in_mae将单个summarizeexperiment对象包装为MAE对象。
• 新的方法重命名，使重命名rowData和colData的列以及现有summarizeexperiment对象中的分析名称更加容易，作为转换为HermesData之前的一个步骤。
• 新方法lapply，允许用户在MultiAssayExperiment中的所有实验中应用一个函数。
• 新方法isEmpty检查summarizeexperiment对象是否为空。
• calc_pca函数中新的基因过滤选项n_top，允许过滤样本中变异最大的基因。
• 用于指定基因或基因签名的新类GeneSpec，参见?gene_spec了解简单的构造。加入基因特征函数colPrinComp1和colMeanZscores以补充标准列统计函数。
• 新的助手函数col_data_with_genes提取了保存在colData中的样本变量和选择的基因信息作为组合数据集。
• 新的帮助函数inner_join_cdisc连接遗传与CDISC数据集。

错误修复

• Normalize()现在也可以在hermes包未加载时工作，即你可以使用hermes:: Normalize()。
• 当HermesData对象的样本变量中有因子变量时，correlation()现在也可以工作。
• 如果输入中只包含一个基因，add_quality_flags()不再返回NA作为样本的技术故障标志，而是返回FALSE矢量以确保正确的下游功能。

杂项

• 更新的许可证和自述文件与新的软件包参考。
• multi_assay_experiment现在包含HermesData实验、不同的患者id、一个归一化实验和一个实验中每个患者的多个样本。
• 主HermesData示例现在作为hermes_data保存在包中，并且前面的summarized_experiment仍然可用。注意，在新版本中，患者id已经更改，以与multi_assay_experiment保持一致。
• 重命名必需的rowData和colData列，使其更符合标准，并使用小写的蛇形大小写名。
• 注释查询和设置现在更加灵活，因为它还允许查询比所需注释更多的注释。
• 现在使用基因外显子的总长度作为注释列的大小，而不是基因的起始和结束。来自BioMart的相应查询用于返回该基因大小。
• Df_char_to_factor已弃用(仍然可以带警告使用)，取而代之的是df_cols_to_factor，它也将逻辑变量转换为因子变量。

• 当向HermesData()构造函数提供包含DelayedMatrix分析的summarizeexperiment对象时，这些对象将被默默地转换为矩阵分析，以确保下游功能。

  0.1.0版的更改

• hermes包的第一个内部版本，其中包含用于导入、质量检查、过滤、规范化和分析RNAseq计数数据的类、方法和函数。
• hermes是rnaseqTools R包的继承者。核心功能建立在BioConductor生态系统之上，特别是summarizeexperiment类。新用户应该首先阅读“介绍爱马仕”小插图，以熟悉爱马仕的概念。

新功能

• 将RNAseq计数数据导入hermes ready格式。
• 通过bioart注释来自ensemble数据库的基因信息。
• 为基因和样品添加质量控制(QC)标志。
• 对数据集进行筛选和子集化。
• 正常计数。
• 产生描述性的情节。
• 执行主成分分析。
• 制作模板QC Rmd报告。
• 执行差异表达式分析。

HIBAG

1.32.0版的更改

• 修复了Win32上使用已弃用的tbb::task_scheduler_init的问题

  1.30.2版的更改

• 编译AVX-512VPOPCNTDQ intrinsic需要GCC >= v8.0

• 修复hlaGDS2Geno ()当加载SeqArray GDS文件时

HiCDCPlus

1.3.1版本更改(22-01-23)

• 修正了阻止在TopDom上使用不同窗口大小的错误

hpar

1.37版的更改

1.37.1版本的更改

• 更新到HPA发布21.0 < 21-11-22 Mon>

HPAStainR

1.4.1版本更改(21-11-23)

• 的快速修复

HPiP

1.1.1版本更改(21011-29)

• 更新小插图示例
• 增加了聚类检测算法

HubPub

1.3.0版本更改(21-11-24)

• 更新CreateAHubPackageVignette以使用Azure而不是AWS

• 更新auth_header的AzureStor

idr2d

1.8.1版的更改

• 将网格添加到导入

• 固定的引用

• 更新DOI

IgGeneU