# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“GenomicFeatures”)

这个包是2.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFeatures。

工具制造和操作记录为中心的注释

Bioconductor版本:2.11

一组工具和方法制造和操作记录为中心的注释。用这些工具,用户可以很容易地下载成绩单的基因组的位置,外显子和cd的给定的有机体,从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(在未来将支持更多的来源)。然后这些信息存储在一个本地数据库,跟踪记录之间的关系,外显子、cd和基因。提供灵活的方法提取所需的功能在一个方便的格式。

作者:m·卡尔森h .页面,p . Aboyoun猎鹰,m·摩根,d . Sarkar m .劳伦斯

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“GenomicFeatures”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicFeatures”)

PDF	R脚本	制造和利用TranscriptDb对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,遗传学,HighThroughputSequencing,基础设施,软件
版本	1.10.2
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.15.35),GenomicRanges(> = 1.9.66),AnnotationDbi(> = 1.19.36)
进口	方法,DBI(> = 0.2 5),RSQLite(> = 0.8 - 1),BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,Biostrings(> = 2.23.2),rtracklayer(> = 1.15.1),biomaRt,RCurl跑龙套,Biobase(> = 2.15.1)
链接
建议	rtracklayer,biomaRt,org.Mm.eg.db,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18(> = 1.3.14),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db,FDb.UCSC.tRNAs,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),Rsamtools,pasillaBamSubset(> = 0.0.5),RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,ggtut,Homo.sapiens,Mus.musculus,OrganismDbi,Rattus.norvegicus,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart10,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart12,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart14,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene
进口我	biovizBase,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,geneLenDataBase,ggbio,gmapR,Gviz,Homo.sapiens,HTSeqGenie,methyAnalysis,Mus.musculus,Rattus.norvegicus,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart10,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart12,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart14,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,VariantAnnotation,VariantTools
建议我	Biostrings,chipseq,easyRNASeq,GenomicRanges,ggtut,Gviz,HTSeqGenie,ind1KG,海市蜃楼,Rsamtools,ShortRead
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	GenomicFeatures_1.10.2.tar.gz
Windows二进制	GenomicFeatures_1.10.2.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/genomicfeatures/tree/release - 2.11
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicFeatures/
包下载报告	下载数据