IRanges
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这个包是2.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅IRanges。
基础设施用于操作间隔序列
Bioconductor版本:2.11
包提供了高效的底层和高度可重用的S4类存储范围的整数,RLE向量(行程长度编码),而且,更普遍的是,数据可以按顺序组织(正式定义为矢量对象),以及对这些矢量对象的看法。有效的类似类也提供了用于存储大的基本类的实例的集合。包中所有的类使用一致的命名和共享相同的富人和“向量API”尽可能一致。
作者:h .页,p . Aboyoun和m .劳伦斯
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“IRanges”)):
安装
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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“IRanges”)
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细节
| biocViews |
DataRepresentation,基础设施,软件 |
| 版本 |
1.16.6 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 2.8.0)、方法、效用,统计数据,BiocGenerics(> = 0.1.4) |
| 进口 |
方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics,stats4 |
| 链接 |
|
| 建议 |
GenomicRanges,RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
BayesPeak,Biostrings,BSgenome,bsseq,ChIPpeakAnno,chipseq,chroGPS,cn.mops,CSAR,解读,deepSNV,DirichletMultinomial,easyRNASeq,exomeCopy,基因组,GenomicFeatures,GenomicRanges,Genominator,genoset,GGtools,girafe,gwascat,harbChIP,HMMcopy,htSeqTools,LiebermanAidenHiC2009,methyAnalysis,MinimumDistance,MotifDb,诊断,oneChannelGUI,平,r3Cseq,rGADEM,rMAT,Rsamtools,rSFFreader,segmentSeq,ShortRead,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608,TEQC,triform,VariantAnnotation,VariantTools,xmapcore |
| 进口我 |
annmap,AnnotationDbi,ArrayExpressHTS,BayesPeak,Biostrings,biovizBase,BitSeq,cgdv17,魅力,ChIPpeakAnno,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,ChromHeatMap,cn.mops,解读,DiffBind,EDASeq,fastseg,flowQ,FunciSNP,gcrma,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggbio,girafe,gmapR,Gviz,HTSeqGenie,MEDIPS,methVisual,methyAnalysis,马赛克,motifRG,MotIV,MSnbase,NarrowPeaks,诊断,oligoClasses,OTUbase,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.ag,pd.aragene.1.0.st,pd.aragene.1.1.st,pd.atdschip.tiling,pd.ath1.121501,pd.barley1,pd.bovgene.1.0.st,pd.bovgene.1.1.st,pd.bovine,pd.bsubtilis,pd.cangene.1.0.st,pd.cangene.1.1.st,pd.canine,pd.canine.2,pd.celegans,pd.charm.hg18.example,pd.chicken,pd.citrus,pd.cotton,pd.cyngene.1.0.st,pd.cyngene.1.1.st,pd.cyrgene.1.0.st,pd.cyrgene.1.1.st,pd.cytogenetics.array,pd.drosgenome1,pd.drosophila.2,pd.e.coli.2,pd.ecoli,pd.ecoli.asv2,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.1.st,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.hc.g110,pd.hg.focus,pd.hg.u133.plus.2,pd.hg.u133a,pd.hg.u133a.2,pd.hg.u133a.tag,pd.hg.u133b,pd.hg.u219,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.hg.u95b,pd.hg.u95c,pd.hg.u95d,pd.hg.u95e,pd.hg18.60mer.expr,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.ht.hg.u133a,pd.ht.mg.430a,pd.hu6800,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.hugene.2.1.st,pd.maize,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.medicago,pd.mg.u74a,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c,pd.mg.u74cv2,pd.mirna.1.0,pd.mirna.2.0,pd.mirna.3.0,pd.moe430a,pd.moe430b,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mouse430.2,pd.mouse430a.2,pd.mu11ksuba,pd.mu11ksubb,pd.ovigene.1.0.st,pd.ovigene.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.plasmodium.anopheles,pd.poplar,pd.porcine,pd.porgene.1.0.st,pd.porgene.1.1.st,pd.rae230a,pd.rae230b,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pd.rat230.2,pd.rcngene.1.1.st,pd.rg.u34a,pd.rg.u34b,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.1.st,pd.rhesus,pd.rice,pd.rjpgene.1.1.st,pd.rn.u34,pd.s.aureus,pd.soybean,pd.soygene.1.1.st,pd.sugar.cane,pd.tomato,pd.u133.x3p,pd.vitis.vinifera,pd.wheat,pd.x.laevis.2,pd.x.tropicalis,pd.xenopus.laevis,pd.yeast.2,pd.yg.s98,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.1.st,pd.zebrafish,pdInfoBuilder,图片,R453Plus1Toolbox,Rcade,REDseq,Repitools,rGADEM,rMAT,rnaSeqMap,Rolexa,Rsamtools,rSFFreader,rtracklayer,segmentSeq,ShortRead,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608,TransView,triform,TSSi,VanillaICE,VariantAnnotation,VariantTools,waveTiling |
| 建议我 |
BiocGenerics,HilbertVis,HilbertVisGUI,海市蜃楼,Repitools,SNPchip,yeastRNASeq |
| 构建报告 |
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包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测
指示在R会话中使用这个包。
