要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("IRanges")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

IRanges

此包适用于Bioconductor的2.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见IRanges

用于操作序列上的间隔的基础结构

Bioconductor版本:2.12

这个包提供了高效的底层和高度可重用的S4类,用于存储整数的范围、RLE向量(运行长度编码),以及更一般的可以按顺序组织的数据(正式定义为Vector对象),以及关于这些Vector对象的视图。还提供了高效的类列表类,用于存储基本类的大型实例集合。包中的所有类都使用一致的命名,并尽可能共享相同的丰富且一致的“Vector API”。

作者:H. Pages, P. abyoun和M. Lawrence

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

引用(从R中,输入引用(“IRanges”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("IRanges")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“IRanges”)

PDF R脚本 伊朗简介
PDF R脚本 Rle提示和技巧
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation基础设施软件
版本 1.18.4
Bioconductor自 BioC 2.3 (R-2.8)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.8.0),方法,utils, stats,BiocGenerics(> = 0.5.6)
进口 方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics, stats4
链接
建议 GenomicRangesRUnitBSgenome.Celegans.UCSC.ce2
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 AnnotationHubBayesPeakbiomvRCNSBiostringsBiSeqBSgenomebsseqbumphunter卡斯珀ChIPpeakAnnochipseqchroGPScn.mopsCSARDASiR解读deepSNVDESeq2DirichletMultinomialeasyRNASeqepigenomixexomeCopy基因组GenomicFeaturesGenomicRangesGenominatorgenosetGGtoolsgirafegwascatharbChIPHiTCHMMcopyhtSeqToolsLiebermanAidenHiC2009methyAnalysisMinimumDistanceMotifDb诊断oneChannelGUIrGADEMRIPSeekerrMATRsamtoolsrSFFreadersegmentSeqShortReadSNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608SomatiCASplicingGraphsTEQCtriformVariantAnnotationVariantToolsxmapcore
进口我 annmapAnnotationDbiArrayExpressHTSBayesPeakBiostringsbiovizBaseBiSeqBitSeq篮球选手cgdv17魅力ChIPpeakAnnochipseqChIPseqRChIPsimChromHeatMapcn.mopscopynumber解读DESeq2DiffBindEDASeqensemblVEPepigenomixfastsegflowQFunciSNPgCMAPWebgcrmaGenomicFeaturesGenomicRangesggbiogirafegmapRGvizHTSeqGenieHTSFilterMEDIPSmethVisualmethyAnalysisMethylSeekRMMDiff马赛克motifRGMotIVMSnbaseNarrowPeaks诊断oligoClassesOTUbasepd.081229.hg18.promoter.medip.hx1pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoterpd.2006.07.18.mm8.refseq.promoterpd.2006.10.31.rn34.refseq.promoterpd.agpd.aragene.1.0.stpd.aragene.1.1.stpd.atdschip.tilingpd.ath1.121501pd.barley1pd.bovgene.1.0.stpd.bovgene.1.1.stpd.bovinepd.bsubtilispd.cangene.1.0.stpd.cangene.1.1.stpd.caninepd.canine.2pd.celeganspd.charm.hg18.examplepd.chickenpd.citruspd.cottonpd.cyngene.1.0.stpd.cyngene.1.1.stpd.cyrgene.1.0.stpd.cyrgene.1.1.stpd.cytogenetics.arraypd.drosgenome1pd.drosophila.2pd.e.coli.2pd.ecolipd.ecoli.asv2pd.equgene.1.0.stpd.equgene.1.1.stpd.feinberg.hg18.me.hx1pd.feinberg.mm8.me.hx1pd.felgene.1.0.stpd.felgene.1.1.stpd.genomewidesnp.5pd.genomewidesnp.6pd.hc.g110pd.hg.focuspd.hg.u133.plus.2pd.hg.u133apd.hg.u133a.2pd.hg.u133a.tagpd.hg.u133bpd.hg.u219pd.hg.u95apd.hg.u95av2pd.hg.u95bpd.hg.u95cpd.hg.u95dpd.hg.u95epd.hg18.60mer.exprpd.ht.hg.u133.plus.pmpd.ht.hg.u133apd.ht.mg.430apd.hu6800pd.huex.1.0.st.v2pd.hugene.1.0.st.v1pd.hugene.1.1.st.v1pd.hugene.2.0.stpd.hugene.2.1.stpd.maizepd.mapping250k.nsppd.mapping250k.stypd.mapping50k.hind240pd.mapping50k.xba240pd.medicagopd.mg.u74apd.mg.u74av2pd.mg.u74bpd.mg.u74bv2pd.mg.u74cpd.mg.u74cv2pd.mirna.1.0pd.mirna.2.0pd.mirna.3.0pd.mirna.3.1pd.moe430apd.moe430bpd.moex.1.0.st.v1pd.mogene.1.0.st.v1pd.mogene.1.1.st.v1pd.mogene.2.0.stpd.mogene.2.1.stpd.mouse430.2pd.mouse430a.2pd.mu11ksubapd.mu11ksubbpd.ovigene.1.0.stpd.ovigene.1.1.stpd.pae.g1apd.plasmodium.anophelespd.poplarpd.porcinepd.porgene.1.0.stpd.porgene.1.1.stpd.rae230apd.rae230bpd.raex.1.0.st.v1pd.ragene.1.0.st.v1pd.ragene.1.1.st.v1pd.ragene.2.0.stpd.ragene.2.1.stpd.rat230.2pd.rcngene.1.1.stpd.rg.u34apd.rg.u34bpd.rg.u34cpd.rhegene.1.0.stpd.rhegene.1.1.stpd.rhesuspd.ricepd.rjpgene.1.1.stpd.rn.u34pd.s.aureuspd.soybeanpd.soygene.1.1.stpd.sugar.canepd.tomatopd.u133.x3ppd.vitis.viniferapd.wheatpd.x.laevis.2pd.x.tropicalispd.xenopus.laevispd.yeast.2pd.yg.s98pd.zebgene.1.0.stpd.zebgene.1.1.stpd.zebrafishpdInfoBuilder图片prebsQuasRR453Plus1ToolboxRcadeREDseqRepitoolsrGADEMrMATrnaSeqMapRolexaRsamtoolsrSFFreaderRSVSimrtracklayersegmentSeqShortReadSNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608SomatiCASplicingGraphsTransViewtriformTSSiVanillaICEVariantAnnotationVariantToolswaveTiling
建议我 BiocGenericsHilbertVisHilbertVisGUI海市蜃楼RepitoolsSNPchipyeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 IRanges_1.18.4.tar.gz
Windows二进制 IRanges_1.18.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) IRanges_1.18.4.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/IRanges/tree/release-2.12
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/IRanges/
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