##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

此包适用于Bioconductor 2.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsamtools．

二进制对齐(BAM)、变量调用(BCF)或tabix文件导入

Bioconductor版本:2.12

这个包提供了一个接口到'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序(见' license ')，用于操作SAM(序列对齐/映射)，二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag\ ' es

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF	R脚本	Rsamtools的介绍
PDF	R脚本	使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，HighThroughputSequencing，测序，软件
版本	1.12.4
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	art -2.0 +文件许可
取决于	方法,IRanges(> = 1.15.35),GenomicRanges(> = 1.11.38),Biostrings(> = 2.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges，GenomicRanges，Biostrings，zlibbioc，bitops，BiocGenerics(> = 0.1.3)
链接	Biostrings，IRanges
建议	ShortRead(> = 1.13.19),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，KEGG.db，pasillaBamSubset，RUnit，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
全靠我	ArrayExpressHTS，BitSeq，卡斯珀，嵌合体，deepSNV，easyRNASeq，EDASeq，exomeCopy，GGtools，ggtut，girafe，leeBamViews，MMDiff，oneChannelGUI，prebs，qrqc，r3Cseq，Rcade，ReQON，RIPSeeker，RNASeqDataSubset，rnaSeqMap，ShortRead，TBX20BamSubset，TEQC，VariantAnnotation
进口我	annmap，ArrayExpressHTS，biovizBase，篮球选手，cn.mops，deepSNV，DEXSeq，FunciSNP，ggbio，gmapR，Gviz，HTSeqGenie，LungCancerLines，MEDIPS，图片，QuasR，R453Plus1Toolbox，rtracklayer，ShortRead，TransView，VariantAnnotation，VariantTools
建议我	AnnotationHub，biomvRCNS，DiffBind，GenomicFeatures，GenomicRanges，ind1KG，parathyroidSE，QuasR，R453Plus1Toolbox，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，RnaSeqTutorial，seqbias，SplicingGraphs，彩带
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	Rsamtools_1.12.4.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.12.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Rsamtools_1.12.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/Rsamtools/tree/release-2.12
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools/
软件包下载报告	下载数据