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在大多数情况下,您不需要下载包存档。
SplicingGraphs
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这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SplicingGraphs。
创建、操作、可视化拼接图,并分配RNA-seq读取
Bioconductor版本:2.12
这个包允许用户创建、操作和可视化拼接图及其泡沫基于基因模型对于一个给定的有机体。此外它允许用户指定RNA-seq读取一组的边缘拼接图,以不同的方式,并总结他们。
作者:d . Bindreither m·卡尔森·m·摩根,h .页面
维修工:h .页< hpages fhcrc.org >
从内部引用(R,回车引用(“SplicingGraphs”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“SplicingGraphs”)
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SplicingGraphs”)
| R脚本 | 拼接图和RNA-seq数据 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | 注释,DataRepresentation,GeneExpression,遗传学,RNAseq,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.0.4 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(3年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | BiocGenerics,IRanges(> = 1.17.43),GenomicRanges(> = 1.11.45),GenomicFeatures,Rgraphviz(> = 2.3.7) |
| 进口 | 方法,跑龙套,igraph,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,图,Rgraphviz |
| 链接 | |
| 建议 | igraph,Gviz,Rsamtools,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | SplicingGraphs_1.0.4.tar.gz |
| Windows二进制 | SplicingGraphs_1.0.4.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | SplicingGraphs_1.0.4.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/splicinggraphs/tree/release - 2.12 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/SplicingGraphs/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
