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MEDIPS
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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MEDIPS。
(地中海)IP-seq数据分析
Bioconductor版本:2.13
MEDIPS开发分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,MEDIPS提供几个功能的其他类型的定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括覆盖组间差计算样本以及饱和度和相关性分析。
作者:卢卡斯查韦斯马提亚Lienhard, Joern迪特里希
维护人员:卢卡斯查韦斯< lchavez liai.org >
从内部引用(R,回车引用(“MEDIPS”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
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文档
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browseVignettes (“MEDIPS”)
| R脚本 | MEDIPS | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | ChIPseq,CpGIsland,DNAMethylation,DifferentialExpression,HighThroughputSequencing,预处理,质量控制,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(5.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.0),BSgenome,DNAcopy |
| 进口 | Biostrings,BSgenome,Rsamtools、图形、gtools,IRanges、方法、统计跑龙套,GenomicRanges,刨边机,GenomicFeatures,DNAcopy,biomaRt,rtracklayer |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,MEDIPSData |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | MEDIPS_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MEDIPS_1.12.0.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | MEDIPS_1.12.0.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/medips/tree/release - 2.13 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/MEDIPS/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
