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此包适用于Bioconductor 2.13版本;有关稳定的最新发布版本，请参见光民．

用于Illumina甲基化和表达微阵列的BeadArray特定方法

Bioconductor版本:2.13

lumi包为Illumina微阵列数据分析提供了一个集成的解决方案。它包括Illumina BeadStudio (genome estudio)数据输入、质量控制、beadarray特定方差稳定、归一化和探针级基因注释功能。介绍了Illumina甲基化微阵列的加工功能，特别是Illumina Infinium甲基化微阵列的加工功能。

作者:潘度，理查德·布尔根，冯刚，西蒙·林

维护者:Pan Du

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

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browseVignettes(“光民”)

PDF	R脚本	分析Illumina Infinium甲基化微阵列数据
PDF	R脚本	lumi包中VST算法的评价
PDF	R脚本	通过nuID解决Illumina标识符的不一致
PDF	R脚本	使用lumi A封装处理Illumina芯片
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	2.14.2
在Bioconductor	BioC 2.0 (R-2.5)(9年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10)，Biobase(> = 2.5.5)
进口	affy(> = 1.23.4),methylumi2.3.2 (> =)GenomicFeatures，GenomicRanges，注释，Biobase(> = 2.5.5),晶格，mgcv(1.4 > = 0),nleqslv，KernSmooth，preprocessCore，RSQLite，DBI，AnnotationDbi，质量，图形，统计，统计s4，方法
链接
建议	beadarray，limma，vsn，lumiBarnes，lumiHumanAll.db，lumiHumanIDMapping，genefilter，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	arrayMvout，ffpeExampleData，lumiBarnes，lumiHumanIDMapping，lumiMouseIDMapping，lumiRatIDMapping，MAQCsubset，MAQCsubsetILM，mvoutData，西瓜
进口我	ffpe，methyAnalysis，MineICA
建议我	beadarray，methylumi，tigre，virtualArray
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	lumi_2.14.2.tar.gz
Windows二进制	lumi_2.14.2.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	lumi_2.14.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/lumi/tree/release-2.13
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/lumi/
软件包下载报告	下载数据