### R代码来自vignette源的vignettes/MBCB/inst/doc/MBCB。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:加载方案和数据 ################################################### 图书馆(MBCB);数据(MBCBExpressionData);################################################### ### 代码块2号:样本数据写入文件 ################################################### 写。table(expressionSignal， 'signal.txt'， sep="\t");写。table(negativeControl， 'negative.control.txt'， sep="\t");################################################### ### 代码块数量3:阅读示例文件 ################################################### 数据< - mbcb.parseFile(“signal.txt”、“negative.control.txt”);信号<- data$sig;negCon <- data$con;################################################### ### 代码块数量4:设置BGcorrection方法变量 ################################################### 非参数< -真实; RMA<- TRUE; MLE <- TRUE; GMLE <- FALSE; MCMC <- FALSE; ################################################### ### code chunk number 5: BG correct sample data ################################################### cor <- mbcb.correct(expressionSignal, negativeControl, nonparametric, RMA, MLE, MCMC, GMLE); ################################################### ### code chunk number 6: mbcb.main with values set ################################################### mbcb.main(expressionSignal, negativeControl, nonparametric, RMA, MLE, MCMC, GMLE, "param-est", "bgCorrected"); ################################################### ### code chunk number 7: default mbcb.main run ################################################### mbcb.main(expressionSignal, negativeControl, paramEstFile="param-est", bgCorrectedFile="bgCorrected"); ################################################### ### code chunk number 8: plotcorrections ################################################### ylimits <- c(10,60000); par(mfrow=c(2,2), mar=c(4,4,3,1)) boxplot(expressionSignal, log="y", ylim=ylimits, main="Raw Expression") boxplot(cor$NP, log="y", ylim=ylimits, main="NP-corrected") boxplot(cor$RMA, log="y", ylim=ylimits, main="RMA-corrected") boxplot(cor$MLE, log="y", ylim=ylimits, main="MLE-corrected") ################################################### ### code chunk number 9: MBCBnormalization ################################################### mbcb.main(expressionSignal, negativeControl, normMethod="quant"); quant_np <- read.csv("bgCorrected-NP.csv", row.names=1) mbcb.main(expressionSignal, negativeControl, normMethod="median"); median_np <- read.csv("bgCorrected-NP.csv", row.names=1) ################################################### ### code chunk number 10: normPlots ################################################### par(mfrow=c(2,2), mar=c(4,4,3,1)) boxplot(expressionSignal, log="y", main="Raw Expression") boxplot(cor$NP, log="y", main="Non-normalized NP") boxplot(median_np, log="y", main="Quantile Norm, NP-corrected") boxplot(quant_np, log="y", main="Median Norm, NP-corrected") ################################################### ### code chunk number 11: open GUI ################################################### mbcb.gui(); ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### sessionInfo();