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在大多数情况下,您不需要下载包存档。
DEXSeq
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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEXSeq。
推理RNA-Seq微分外显子的使用
Bioconductor版本:2.14
包是专注于找到微分外显子使用使用RNA-seq外显子之间的数量和样品不同的实验设计。它提供了功能,允许用户进行必要的统计测试基于模型,采用负二项分布来估计方差之间的生物复制和广义线性模型进行测试。包还提供了函数的可视化和探索的结果。
作者:西蒙·安德斯Alejandro雷耶斯<桑德斯在fs.tum.de >和<亚历杭德罗。海德堡EMBL雷耶斯在embl.de >
维护人员:亚历杭德罗雷耶斯<亚历杭德罗。雷耶斯在embl.de >
从内部引用(R,回车引用(“DEXSeq”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“DEXSeq”)
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“DEXSeq”)
| R脚本 | 分析RNA-seq数据微分外显子与“DEXSeq”包使用 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.10.8 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(4.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | Biobase,GenomicRanges,IRanges,DESeq2(> = 1.3.69),BiocParallel |
| 进口 | BiocGenerics,biomaRt,hwriter、方法、stringr,Rsamtools,statmod,geneplotter,genefilter,RColorBrewer |
| 链接 | |
| 建议 | GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE,BiocStyle,knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 平行 |
| URL | |
| 取决于我 | 甲状旁腺 |
| 进口我 | |
| 建议我 | GenomicRanges,oneChannelGUI,pasilla |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | DEXSeq_1.10.8.tar.gz |
| Windows二进制 | DEXSeq_1.10.8.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | DEXSeq_1.10.8.tgz |
| Mac OS X 10.9(小牛) | DEXSeq_1.10.8.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/dexseq/tree/release - 2.14 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/DEXSeq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
