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GEOquery
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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GEOquery。
从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据
Bioconductor版本:2.14
NCBI基因表达综合(GEO)是一个公共存储库的微阵列数据。鉴于该资源丰富多变的本性,它只是自然要BioConductor工具应用到这些数据。GEOquery是地理和BioConductor之间的桥梁。
作者:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2
维护人员:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2
从内部引用(R,回车引用(“GEOquery”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“GEOquery”)
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GEOquery”)
| R脚本 | GEOquery | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | DataImport,微阵列,OneChannel,圣人,软件,TwoChannel |
| 版本 | 2.30.1 |
| Bioconductor自 | BioC 1.8 (r - 2.3)(10年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | 方法,Biobase |
| 进口 | XML,RCurl |
| 链接 | |
| 建议 | limma |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/seandavi/GEOquery |
| 取决于我 | DrugVsDisease,dyebiasexamples,GEOmetadb,SCAN.UPC |
| 进口我 | BeadArrayUseCases,ChIPXpress,SRAdb,virtualArray |
| 建议我 | antiProfilesData,dyebias,肘,GeneExpressionSignature,甲状旁腺,parathyroidSE,PGSEA,TargetScore |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | GEOquery_2.30.1.tar.gz |
| Windows二进制 | GEOquery_2.30.1.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | GEOquery_2.30.1.tgz |
| Mac OS X 10.9(小牛) | GEOquery_2.30.1.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/geoquery/tree/release - 2.14 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GEOquery/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
