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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NarrowPeaks。

使用函数PCA ChIP-seq变化分析

Bioconductor版本:2.14

包应用主成分分析的功能版本(FPCA):(1)在摆动过程数据记录格式(假发)通常由ChIP-seq峰值调用者通过应用FPCA超过一组的read-enriched地区(ChIP-seq峰)。这样做是为了缩短基因组位置会计对于一个给定的比例enrichment-score概要文件之间的差异。“narrowpeaks”功能允许分裂和削减结合位点相互接近,缩小的长度假定的转录因子结合位点,同时保留信息出现在数据集的可变性和捕捉变化的主要来源。(2)分析微分与复制多个ChIP-seq样本之间的差异。函数的bigwigdiff量化不同形状,并使用霍特林的T2测试功能主成分得分确定条件之间的显著差异。

作者:佩德罗情歌< pm59 cam.ac。英国>,来自Pawel Krajewski < pkra在igr.poznan.pl >

维护人员:佩德罗情歌< pmb59在cam.ac.uk >

安装

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文档

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PDF	R脚本	NarrowPeaks装饰图案。分裂、修剪和微分分析ChIP-seq峰值
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,遗传学,测序,软件,转录,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10.0),样条函数
进口	GenomicRanges,IRanges,食品及药物管理局,CSAR
链接
建议	rtracklayer,GenomicRanges,CSAR,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	NarrowPeaks_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	NarrowPeaks_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	NarrowPeaks_1.8.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	NarrowPeaks_1.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/narrowpeaks/tree/release - 2.14
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NarrowPeaks/
包下载报告	下载数据