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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead。

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:2.14

这个方案实现了采样、迭代和FASTQ文件的输入。军售计划包括函数过滤和削减读取,并生成一个质量评估报告。数据被表示为DNAStringSet-derived对象,很容易操纵的多样性的目的。包还包含遗留支持早期的单头,ungapped对齐格式。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

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PDF	R脚本	介绍ShortRead
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.1.0),BiocParallel,Biostrings(> = 2.31.14),Rsamtools(> = 1.13.1),GenomicAlignments(> = 0.99.6)
进口	Biobase,GenomicRanges(> = 1.15.26),IRanges(> = 1.21.22),hwriter、方法、zlibbioc,晶格,latticeExtra
链接	IRanges,XVector,Biostrings
建议	BiocStyle,RUnit,biomaRt,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	Basic4Cseq,chipseq,ChIPseqR,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,girafe,HTSeqGenie,诊断,OTUbase,Rolexa,rSFFreader,segmentSeq
进口我	ArrayExpressHTS,击败,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,easyRNASeq,哥特,诊断,OTUbase,QuasR,R453Plus1Toolbox,Rolexa,rSFFreader,RSVSim
建议我	CSAR,DBChIP,Genominator,HiCDataLymphoblast,图片,平,Repitools,RnaSeqTutorial,Rsamtools,yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ShortRead_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ShortRead_1.22.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	ShortRead_1.22.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/shortread/tree/release - 2.14
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ShortRead/
包下载报告	下载数据