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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantAnnotation。

注释的基因变异

Bioconductor版本:2.14

注释变异,计算编码氨基酸的变化,预测编码的结果

作者:迈克尔·马丁•摩根Valerie Obenchain劳伦斯与斯蒂芬妮Gogarten贡献。

维护人员:瓦莱丽Obenchain < vobencha fhcrc.org >

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PDF	R脚本	filterVcf概述
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,Homo_sapiens,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.10.5
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.8.0)、方法BiocGenerics(> = 0.7.7),GenomicRanges(> = 1.13.51),Rsamtools(> = 1.15.5)
进口	IRanges(> = 1.21.43),XVector,Biostrings(> = 2.31.19),Biobase,AnnotationDbi(> = 1.17.11),zlibbioc,BSgenome,GenomicFeatures(> = 1.15.15),DBI跑龙套,rtracklayer
链接	IRanges,XVector,Biostrings,Rsamtools
建议	RUnit,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,snpStats,ggplot2,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ampliQueso,cgdv17,CNVrd2,deepSNV,ensemblVEP,HTSeqGenie,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,VariantTools
进口我	biovizBase,COSMIC.67,customProDB,FunciSNP,ggbio,GGtools,gmapR,MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,R453Plus1Toolbox,Rariant,SeqArray,SomaticSignatures,VariantFiltering
建议我	GenomicRanges,GWASTools,三人组,vtpnet
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	VariantAnnotation_1.10.5.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.10.5.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	VariantAnnotation_1.10.5.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	VariantAnnotation_1.10.5.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/variantannotation/tree/release - 2.14
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantAnnotation/
包下载报告	下载数据