要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("annmap")

在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。

annmap

该软件包适用于Bioconductor的2.14版本;有关稳定的最新发布版本,请参见annmap

基因组注释和可视化包有关Affymetrix阵列和NGS分析。

Bioconductor版本:2.14

annmap为Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询提供注释映射,以支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面,API提供了一组函数,如genesInRange(), geneToExon(), exonDetails()等。还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的功能。底层数据来自Ensembl。

作者:蒂姆·耶茨(Tim Yates)

维护者:Tim Yates

引用(来自R,输入引用(“annmap”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("annmap")

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:

browseVignettes(“annmap”)

PDF R脚本 Annmap安装说明
PDF R脚本 annmap底漆
PDF R脚本 Annmap烹饪书
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释微阵列OneChannelReportWriting软件转录可视化
版本 1.6.0
在Bioconductor中 BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 2.15.0), methods;GenomicRanges
进口 DBIRMySQL(0.6 > = 0),消化Biobase、网格晶格RsamtoolsgenefilterIRangesBiocGenerics
链接
建议 RUnitrjsonGviz
SystemRequirements
增强了
URL http://annmap.cruk.manchester.ac.uk
这取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

包的来源 annmap_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6(雪豹) annmap_1.6.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/annmap/tree/release-2.14
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/annmap/
软件包下载报告 下载数据

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请阅读发布指南。将有关Bioconductor的问题发送到以下地点之一:

Fred Hutchinson癌症研究中心