要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("annmap")
在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。
该软件包适用于Bioconductor的2.14版本;有关稳定的最新发布版本,请参见annmap。
Bioconductor版本:2.14
annmap为Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询提供注释映射,以支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面,API提供了一组函数,如genesInRange(), geneToExon(), exonDetails()等。还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的功能。底层数据来自Ensembl。
作者:蒂姆·耶茨(Tim Yates)
维护者:Tim Yates
引用(来自R,输入引用(“annmap”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("annmap")
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:
browseVignettes(“annmap”)
R脚本 | Annmap安装说明 | |
R脚本 | annmap底漆 | |
R脚本 | Annmap烹饪书 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,微阵列,OneChannel,ReportWriting,软件,转录,可视化 |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor中 | BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 2.15.0), methods;GenomicRanges |
进口 | DBI,RMySQL(0.6 > = 0),消化,Biobase、网格晶格,Rsamtools,genefilter,IRanges,BiocGenerics |
链接 | |
建议 | RUnit,rjson,Gviz |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://annmap.cruk.manchester.ac.uk |
这取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。
包的来源 | annmap_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.6(雪豹) | annmap_1.6.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/annmap/tree/release-2.14 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/annmap/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
请阅读发布指南。将有关Bioconductor的问题发送到以下地点之一: