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卡斯珀
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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅卡斯珀。
描述基于Paired-End可变剪接的读取
Bioconductor版本:2.14
推断出可变剪接从paired-end RNA-seq数据。跨外显子模型是基于计算路径,而不是成对外显子连接,并估计片段大小和分布non-parametrically开始,提高估计精度。
作者:大卫•Rossell卡米尔Stephan-Otto曼努埃尔Kroiss,米兰达施托贝
维护人员:大卫Rossell < rosselldavid gmail.org >
从内部引用(R,回车引用(“鬼马小精灵”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite(“鬼马小精灵”)
文档
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browseVignettes(“鬼马小精灵”)
| R脚本 | 卡斯珀图书馆手册 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件,转录 |
| 版本 | 1.9.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(3年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 2.14.1),Biobase,IRanges、方法、GenomicRanges |
| 进口 | BiocGenerics,EBarrays,gaga,gtools,GenomicFeatures,mgcv,Rsamtools,rtracklayer,sqldf,生存,VGAM |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 平行 |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | casper_1.9.0.tar.gz |
| Windows二进制 | casper_1.9.0.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | casper_1.9.0.tgz |
| Mac OS X 10.9(小牛) | casper_1.9.0.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/casper/tree/release - 2.14 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/casper/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
