##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("gage")

此包适用于Bioconductor的2.14版本;有关稳定的最新发布版本，请参见计．

路径分析中普遍适用的基因集富集

Bioconductor版本:2.14

GAGE是一种已发表的基因集(富集或GSEA)或通路分析方法。GAGE一般适用于独立于微阵列或RNA-Seq数据属性(包括样本大小、实验设计、分析平台和其他类型的异质性)的情况，并始终比其他常用方法获得更好的性能。在测试包中，我们提供了基本的gage分析、结果处理和显示功能。我们还建立了批量多个GAGE分析的管道例程，并行分析之间的比较，以及来自不同来源/研究的异构数据的组合分析。此外，我们还提供了基于KEGG通路和GO术语的演示微阵列数据和常用的基因集数据。这些功能和数据对使用其他方法进行基因集分析也很有用。

作者:罗维军

维护者:Weijun Luo < Luo _weijun at yahoo.com>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("gage")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“规”)

PDF	R脚本	基因设置和数据准备
PDF	R脚本	一般适用的基因集/通路分析
PDF	R脚本	RNA-Seq数据通路和基因集分析工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，通路，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，TwoChannel
版本	2.14.4
在Bioconductor公司	BioC 2.7 (R-2.12)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2.0)
取决于	R (>= 2.10)
进口	图，KEGGREST，AnnotationDbi
链接
建议	pathview，gageData，GO.db，org.Hs.eg.db，hgu133a.db，GSEABase，Rsamtools，GenomicAlignments，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，DESeq，DESeq2，刨边机，limma
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
全靠我
进口我
建议我	gageData，pathview
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	gage_2.14.4.tar.gz
Windows二进制	gage_2.14.4.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	gage_2.14.4.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队)	gage_2.14.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/gage/tree/release-2.14
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/gage/
软件包下载报告	下载数据