要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ pathview”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的2.14版;对于稳定的最新版本,请参阅PathView。
生物导体版本:2.14
PathView是用于基于路径的数据集成和可视化的工具集。它绘制并呈现有关相关途径图的各种生物学数据。所有用户都需要提供其数据并指定目标途径。PathView会自动下载Pathway Graph数据,解析数据文件,将用户数据映射到路径,并使用映射数据渲染路径图。此外,PathView还与途径和基因集(富集)分析工具无缝集成,用于大规模和完全自动化的分析。
作者:Weijun Luo
维护者:weijun luo
引用(从r内,输入引用(“ PathView”)
):
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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ pathview”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ pathview”)
R脚本 | PathView:基于路径的数据集成和可视化 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差异性,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,遗传学,,,,GraphandNetwork,,,,代谢组学,,,,微阵列,,,,途径,,,,蛋白质组学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,系统生物学,,,,可视化 |
版本 | 1.4.2 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(3年) |
执照 | GPL(> = 3.0) |
要看 | r(> = 2.10),kegggraph,,,,org.hs.eg.db |
进口 | rgraphviz,,,,图形,,,,PNG,,,,AnnotationDbi,,,,keggrest,方法,utils |
链接 | |
建议 | 量规,,,,org.mm.eg.db,,,,运行,,,,生物基因 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://pathview.r-forge.r-project.org/ |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | clusterProfiler,,,,量规,,,,Gagedata |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | pathview_1.4.2.tar.gz |
Windows二进制 | pathView_1.4.2.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | PATHVIEW_1.4.2.TGZ |
Mac OS X 10.9(Mavericks) | PATHVIEW_1.4.2.TGZ |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/pathview/tree/release-2.14 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/pathview/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |