| 包裹 | 维护者 | 标题 |
|---|---|---|
| abarray. | 永明安德鲁太阳 | 应用生物系统公司(Applied Biosystems)基因组调查(Genome Survey)的微阵列(Microarray)基因表达数据的QA和统计数据分析。 |
| acgh. | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 计算微阵列富集的算法（ACME） |
| adSplit | Claudio Lottaz. | 注解驱动的集群 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| 敬服 | Rafael A. Irtizarry. | Affymetrix寡核苷酸阵列的方法 |
| Affycomp. | Rafael A. Irtizarry. | 图形工具箱，用于评估Affymetrix表达措施 |
| 倍数 | 马丁摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| 倍感工具 | 詹姆斯W.麦克唐纳 | 用于使用Affymetrix Genechips进行重复分析的函数。 |
| AffyExpress | Xuejun亚瑟李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明米洛博尔斯塔德 | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 利用Limma包的辅助分析GUI |
| 怀特拉拉 | Markus Schmidberger. | 用于亚核寡核苷酸阵列的并行化预处理方法 |
| Affypdnn. | Laurent Gautier. | 辅助包的探针依赖邻居（PDNN） |
| affyplm. | 本Bolstad | 拟合探测级模型的方法 |
| affyqcreport. | Craig Parman. | QC报告Affybatch对象的生成 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier. | 替代CDF环境（AKA映射） |
| andaffy. | 科林A.史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | Biocucton Annotation数据包构建器 |
| 注释 | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 微阵列注释 |
| AnnotationDbi | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 注释数据库界面 |
| annotationTools | Alexandre Kuhn. | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| apComplex | Denise Scholens. | 使用AP-MS蛋白质数据估算蛋白质复杂成员资格 |
| Aroma.Light. | Henrik Bengtsson. | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据归一化和可视化的轻量级方法 |
| ressquality. | 艾格尼丝皮特 | 在斑点阵列上评估阵列质量 |
| ArrayqualityMetrics. | 奥黛丽考夫曼 | 微阵列数据集的质量指标 |
| BAC. | Raphael辣Ordo. | 贝叶斯芯片芯片实验分析 |
| bcrank. | 亚当ameur. | 预测来自排名DNA序列的结合位点共识 |
| Beadarray | 马克催夜 | Illumina Beadarray数据的质量评估和低级分析 |
| beadarraysnp. | Jan Oosting. | Illumina SNP珠子阵列的正常化和报告 |
| BGaFun. | iain华莱士 | BGaFun一种识别蛋白质家庭中残留物的方法 |
| BGMIX. | Alex Lewin. | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| BGX. | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| BioBase. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | BioBase：生物导体的基础功能 |
| Bioccasestudies. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 生物加权学者：支持案例研究专着 |
| 生物剧本 | 李龙 | 生物信息学中的图形示例和用例 |
| biocViews | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | R包存储库的分类视图 |
| 生物派 | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 不同的距离措施 |
| 生物雕 | Steffen Durinck. | 与Biomart数据库的接口（例如Ensembl，Wormbase和Gramene） |
| BiomVccClass. | 伊丽莎白Whalen. | 使用bibase的模型-视图-控制器类 |
| Biostrings | H.页面 | 表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法 |
| 桥 | Raphael辣Ordo. | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推论 |
| bsgenome. | H.页面 | 基于生物仪器的基础设施基础组数据包 |
| Bufferedmatrix. | 本杰明米洛博尔斯塔德 | 在临时文件中保持矩阵数据存储对象 |
| bufferedmatrixmethods. | B. M. Bolstad. | 利用BufferedMatrix对象的微阵列数据相关方法 |
| 索布尔 | 回族赵 | 校准模型，用于估算微阵列数据的绝对表达水平 |
| 类别 | 罗伯特绅士 | 类别分析 |
| 细胞 | 利雅兄弟 | 基于细胞的屏幕分析 |
| cellHTS2 | Gregoire Pau. | 基于细胞的屏幕 - 修订版蜂窝屏幕分析 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤配置文件的像差。 |
| CGHMCR. | j .张 | 找到染色体区域，显示常见的收益/损失 |
| Clusterstab. | 詹姆斯W.麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| 椰子 | r .绅士 | 基于协同的不同测试统计数据。 |
| Codelink. | 迭戈帝国 | 处理Codelink Bioarrays数据。 |
| 转换 | Yee Hwa（Jean）杨 | 转换微阵列数据对象 |
| COPA | 詹姆斯W.麦克唐纳 | 用于执行癌症异常分析的功能。 |
| 保证 | 东霄朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| 科斯莫 | 奥利弗Bembom. | DNA序列保守基序的监督检测 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom. | 用于构建COSMO包使用的约束组的GUI |
| ctc | Antoine Lucas. | 群集和树转换。 |
| 达马 | 乔斯特兰堡 | 有效的双色微阵列数据设计与分析 |
| ded | 愿源萧 | 微阵列数据通过距离总结的差异表达 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi. | 进行差异基因表达分析 |
| dnacopy. | Venkatraman E. Seshan. | DNA拷贝数数据分析 |
| Dyndoc. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 动态文档工具 |
| ebarrays. | 明元 | 同时基因聚类和差异表达鉴定的统一方法 |
| ebimage. | OLEG SKLYAR. | 用于r的图像处理和图像分析工具包 |
| ecolitk | 劳伦 | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| edd. | 文斯凯莉 | 表达密度诊断 |
| exonmap. | Crispin Miller. | Affymetrix Exon阵列数据的高级分析 |
| 探索酶 | 迈克尔劳伦斯 | 用于系统生物学数据探索性数据分析的GUI |
| ExtentSvector. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 导航r的对象与外部存储 |
| factdesign. | Denise Scholens. | 阶乘设计的微阵列实验分析 |
| fbat | Weiliang邱 | 基于家族的遗传数据关联测试。 |
| fdrame | Effi Kenigsberg. | 微阵列实验的FDR调整（FDR-AME） |
| 流通 | Raphael辣Ordo. | 流式细胞术聚类 |
| 流量计 | Nolwenn Le Meur | 流动核：流式细胞术数据的基本结构 |
| flowQ | N.Le Meur. | 流式细胞仪的Qualitiy控制 |
| Flowuls. | Florian Hahne. | 用于流式细胞仪的工具 |
| flowviz. | Florian Hahne. | 流式细胞术的可视化 |
| 加格 | 大卫Rossell | 微阵列数据分析的GaGa层次模型 |
| 鹅群 | 丹·托纳邦 | 在R和Java生物信息学程序之间广播数据 |
| Gcrma. | Z. Wu. | 使用序列信息进行背景调整 |
| 基因糖 | IFC开发团队 | 微阵列分析工具 |
| Genefilter. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | GeneFilter：从微阵列实验过滤基因的方法 |
| GeneMeta | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 高吞吐量实验的元分析 |
| Geneplotter. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 生物体的葡萄相关功能 |
| 生成 | y d 'Aubenton-Carafa | 基因和序列分析 |
| GenereCommender. | 格雷格赫瑟 | 一种基因推荐算法，用于识别与基因查询集共同表达的基因 |
| generfold. | Antoine Lucas. | R为基因和序列，使用viennaRNA包(fold) |
| Geneselector. | 马丁Slawski | Geneselector. |
| GeneSpring | Thon de Boer. | Genespring R集成功能 |
| geneticsbase. | 格雷戈里瓦斯 | 处理遗传数据的类和函数 |
| GeneticsDesign | 格雷戈里瓦斯 | 设计遗传学研究的功能 |
| Geneticsped | 格雷戈尔·戈尔加克 | 血统和遗传关系功能 |
| 基因克拉克 | 丹尼尔Iordan. | 基因克拉克集成功能 |
| 基因片 | Steffen Durinck. | 从Ensembl中绘制基因组信息 |
| geometadb. | 杰克朱 | 来自NCBI Geo的元数据的汇编 |
| 地理曲线 | 肖恩·戴维斯 | 获取来自NCBI基因表达的数据（Geo） |
| GGBase. | 文斯凯莉 | 基因表达遗传学基础设施(c) 2008 VJ Carey |
| GGTools. | 文斯凯莉 | 生殖基因组学的软件和数据（c）2006 VJ Carey |
| 高兴的 | Philippe Hupe. | DNA的增益和损失分析 |
| Globalancova | R. MEISTER. | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| 全球化境 | Jelle Goeman. | 用临床变量测试基因组组的协会 |
| Goprofiles. | Alex Sanchez. | goprofiles：用于功能型材的统计分析的R包 |
| GOstats | 罗伯特绅士 | 用于操纵Go和微阵列的工具。 |
| gools | 艾格尼丝皮特 | 基因本体数据库的功能 |
| GPLS. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 用广义偏最小二乘分类 |
| 图形 | 罗伯特绅士 | 图：要处理图形数据结构的包 |
| Rappalign. | Joern p·迈耶 | Rappalign. |
| GraphAT | 托马斯拉法布莱斯 | 图形理论关联测试 |
| GSEABASE. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 基因设定富集数据结构和方法 |
| GSEALM | 艾瑟夫巴德或者 | 基因集基因模型工具集合富集分析 |
| 马格莱尔 | Maurizio Pellegrino. | 微阵列芯片的“纠正化妆”程序 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色集群的热图 |
| 缝 | Hyungjun Cho. | 多种条件下鉴别差异表达基因的异质误差模型 |
| 六己 | Nicholas Lewin-Koh | 六角形融合惯例 |
| 霍波哈 | Katherine S. Pollard. | 分层有序分区和折叠混合动力（Hopach） |
| 超图 | 罗伯特绅士 | 提供超图数据结构的包装 |
| Icens | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | NPMLE用于审查和截断的数据 |
| Idiogram. | Karl J. Dykema. | Idiogram. |
| 赋予 | Balasubramanian Narasimhan. | impute:微阵列数据的Imputation |
| keggorth | vj carey | 图形支持KO, KEGG Orthology |
| keggsoap. | 罗伯特绅士 | 客户端SOAP访问KEGG |
| Lapmix. | Yann Ruffieux. | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | Cyril Dalmasso. | 估计假发现率。 |
| limma | 戈登·斯密 | 微阵列数据的线性模型 |
| Limmagui. | 基斯Satterley | GUI为LIMMA包装 |
| Lmgene. | 约翰·蒂林斯塔斯特 | 基因表达阵列数据转换及差异表达基因鉴定的LMGene软件 |
| Logicfs. | 霍尔格施怀德 | 识别SNP互动 |
| LPE. | Nitin Jain. | 分析微阵列数据的方法使用局部池错误(LPE)方法 |
| lumi. | 杜潘 | illumina微阵列的Beadarray特定方法 |
| Maanova. | Hyuna杨 | 分析微阵列实验的工具 |
| 马特 | 乔恩·托德林 | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据中可视化人工相关性 |
| 时间的 | Johannes Rainer. | 微阵列数据库和实用功能的微阵列数据分析。 |
| 制作4. | Aedin Culhane | 使用ADE4多变量分析微阵列数据 |
| maigespack. | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 用于处理cDNA微阵列数据的功能，包括几种数据分析方法 |
| makecdfenv. | 詹姆斯W.麦克唐纳 | CDF环境制造商 |
| makeplatformdesign. | 奔雪尔顿库尔哈洛 | 平台设计包 |
| 庄园 | Pierre Neuvial. | 全息微阵列正常化 |
| Mantelcorr. | Brian Steinmeyer. | 计算Mantel群集相关性 |
| marray | Yee Hwa（Jean）杨 | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| masigpro. | 安娜Conesa | 在时间阵列微阵列数据中的显着基因表达谱不同 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波的算法的质谱处理 |
| matchprobes. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | 用于使用寡核苷酸微阵列报告序列信息进行预处理和质量评估的基础设施 |
| mdqc | Gabriela Cohen-Freue | 微阵列的Mahalanobis距离质量控制 |
| MeasurementError.Cor. | 北京丁 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MergeMaid | 晓冈忠 | 合并女仆 |
| metaArray | Hyungwon Choi. | Meta-Analysis的微阵列数据集成 |
| mfuzz. | Matthias Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MIPP. | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| ml interfaces | V.凯莉 | 统一的界面到R机器学习程序，用于生物导体容器中的数据 |
| Multtest. | Katherine S. Pollard. | 基于重采样的多假设检测 |
| mvcclass. | 伊丽莎白Whalen. | 模型 - 视图 - 控制器（MVC）类 |
| nem | Florian Markowetz. | 嵌套效果模型重建表型层次结构 |
| nnnorm. | Adi Laurentiu Tarca | 基于强大神经网络的CDNA微阵列数据的空间和强度基于CDNA微阵列数据 |
| 轻推 | n .院长 | 正常均匀差异基因表达检测 |
| COMPUNE. | 奥利弗将会 | 多项占用分布的函数 |
| ocplus. | 亚历山大plone ( | 用于微阵列实验的操作特性加上样品大小和本地FDR |
| oligo. | 奔雪尔顿库尔哈洛 | 寡核苷酸阵列 |
| oligoClasses | 奔雪尔顿库尔哈洛 | 高吞吐量SNP阵列的类 |
| 奥林 | Matthias Futschik | 双色微阵列的优化局部强度相关归一化 |
| olingui. | Matthias Futschik | olin的图形用户界面 |
| onechannelgui. | raffaele一个calogero. | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT、基因外显子阵列实际上是与Illumina、GEO矩阵系列文件和tab分隔文件一起实现的。 |
| ontotools. | 文斯凯莉 | 用于使用本体的图和稀疏矩阵;用于源头管理的命名法的正式对象 |
| OrderedList. | Claudio Lottaz. | 有序基因名单的相似之处 |
| vielierd. | Sukwoo金 | 在高吞吐量数据的M-A散点图上使用定量回归的异常检测 |
| PAMR. | Rob Tibshirani. | 微阵列的预测分析 |
| PANP. | 彼得沃伦 | 来自负股匹配概率的缺失呼叫 |
| pathRender | 李龙 | 渲染分子途径 |
| pcamethods. | Wolfram Stacklies | PCA方法的集合。 |
| PCOT2. | 莎拉歌 | 主坐标和热塑性的T范围法 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pdInfoBuilder | 奔雪尔顿库尔哈洛 | 平台设计信息包建造者 |
| pdmclass. | 詹姆斯W.麦克唐纳 | 使用惩罚判别方法进行微阵列样品的分类 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因设定富集分析 |
| pgUtils | Johannes Rainer. | PostgreSQL数据库的实用程序函数 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 微阵列表达数据分析的自适应基因拣选 |
| pkgdeptools. | Seth Falcon. | 包依赖工具 |
| plgem | Mattia pelizzola. | 权力法全球错误模型 |
| 钳子 | Crispin Miller. | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| plw | 马格斯Astrand. | 探针级局部调节加权T检验。 |
| PPISTATS. | 托尼清 | 蛋白质 - 蛋白质相互作用统计包 |
| 普拉达 | Florian Hahne. | 基于细胞功能测定的数据分析 |
| 预处理核 | 本杰明米洛博尔斯塔德 | 预处理功能的集合 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| 彪马 | 理查德皮尔森 | 在微阵列分析中传播不确定性 |
| quantsmooth | Jan Oosting. | 阵列数据的定量平滑和基因组可视化 |
| qvalue. | 约翰·d·层 | 错误发现率控制的q值估计 |
| 拉玛 | Raphael辣Ordo. | 微阵列的鲁棒分析 |
| Rankprod. | 方金红 | 依次鉴定差异表达基因的校正差异表达基因的研究方法 |
| RbcBook1 | 文斯凯莉 | 支持Springer Inograph |
| RBGL. | 李龙 | 升压图库的接口 |
| RBIOINF. | 罗伯特绅士 | RBIOINF. |
| rbsurv. | Sukwoo金 | 基于微阵列数据的稳健概率生存模型 |
| RDBI. | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| rdbipgsql. | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| RDISOP. | Steffen Neumann. | 同位素模式的分解 |
| 雷培 | Karl J. Dykema. | 区域表达偏见 |
| refplus. | 凯明昌 | 用于外推策略（RMA +）和外推平均（RMA ++）方法的功能。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| Rflowcyt. | N. Lemeur. | 分析流式细胞仪的统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | 李龙 | 为R图形对象提供绘图功能 |
| rhvdm. | Martino Barenco. | 隐变量动态建模 |
| 林诺 | j . Toedling | R调查Nimblegen OligoArrays |
| RINTART | 托尼清 | 与EBI完整蛋白质交互数据库的接口 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | Affymetrix SNP序列的基因型调用算法 |
| RMAGEML | Steffen Durinck. | 处理Mageml文件 |
| 中华民国 | 文斯凯莉 | ROC的公用事业，Uarray焦点 |
| 雷丁 | vj carey | 德国RDF公用事业的界面 |
| rsbml | 迈克尔劳伦斯 | R支持SBML，使用libsbml |
| RSNPper | vj carey | interface to chip.org::SNPper for snp相关数据 |
| rtracklayer. | 迈克尔劳伦斯 | R接口到基因组浏览器及其注释轨道 |
| rtreemix. | Jasmina Bogojeska. | Rtreemix：诱变树混合模型。 |
| Ruuid. | Biocore团队C / O BIOC用户列表 | Ruuid:提供统一的唯一ID值 |
| RWebServices | 马丁摩根 | 通过Java / Axis / Apache公开函数作为Web服务 |
| 安全的 | 威廉·巴里 | 功能与表达的意义分析 |
| Sagenhaft. | Tim Beissbarth. | 读取和比较SAGE库的函数集合 |
| Sagx. | 每Broberg | 统计分析GeneChip |
| SBMLR | Tomas Radivoyevitch. | SBML-R接口和分析工具 |
| scisi. | 托尼清 | 在硅蛋白单组中 |
| SemSim | 湘郭 | 基于基因本体的语义相似度度量 |
| seqlogo. | 奥利弗Bembom. | 用于DNA序列对齐的序列徽标 |
| siggenes. | 霍尔格施怀德 | 使用SAM和EFRON经验贝叶斯方法进行多次测试 |
| SigPathway. | 韦尔赖 | 途径分析 |
| simpleaff. | Crispin Miller. | 非常简单的Affymetrix数据分析 |
| simulatorapms. | 托尼清 | 计算地模拟AP-MS技术。 |
| 提升机 | Weiliang邱 | Micorarray研究中的样本大小和功率计算 |
| SLGI. | Nolwenn Le Meur | 合成致命遗传互动 |
| SLQPCR. | Matthias Kohl. | SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能 |
| sm | 罗宾·安德森 | 数组cgh拷贝数分析的分段最大后验方法 |
| snapcgh. | 约翰马里尼利 | ACGH数据的分割，归一化和处理。 |
| SNPCHIP. | 罗伯特肖拉姆 | 高吞吐量SNP芯片数据的类和方法 |
| SNPMATRIX. | 大卫克莱顿 | snp.matrix和x.snp.matrix类 |
| spikeli. | 恩里科Carlon | Affymetrix Spike-in Langmuir等温数据分析工具 |
| 剪接 | Laurent Gautier. | 剪接 |
| splots | OLEG SKLYAR. | 高吞吐量屏幕的可视化例程 |
| spotSegmentation | 克里斯弗雷利 | 微阵列点分割和网格用于微阵列斑点 |
| score. | 理查德肯尼迪 | 亚核寡核苷酸微阵列的S评分算法 |
| SSIZE. | 格雷戈里·沃恩斯 | 估计微阵列样本大小 |
| 斯坦 | Claudio Lottaz. | 微阵列数据的结构分析 |
| stepNorm | 愿源萧 | cDNA微阵列的逐步归一化功能 |
| tilingArray | W. Huber. | 高密度寡核苷酸平铺阵列分析 |
| 时间课程 | 俞川大 | 开发芯片时间历程数据的统计分析 |
| TKWidgets. | j .张 | 基于RK小部件 |
| 顶点 | 阿德里安亚历克萨 | TOPGO：基因本体学的浓缩分析 |
| 暮 | Stefanie Scheid. | 局部错误发现率的估计 |
| TypeInfo. | 邓肯寺郎 | 可选类型规格原型 |
| 香草 | 罗伯特肖拉姆 | 将隐马尔可夫模型拟合到SNP芯片数据的方法 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变形贝叶斯多项概率概率回归 |
| vsn | Wolfgang Huber. | 微阵列数据的方差稳定和校准 |
| 韦弗 | Seth Falcon. | 处理yefe文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林A.史密斯 | 生物导体网界面 |
| WidgetInvoke. | 杰夫绅士 | 函数的评估小部件 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式TCLTK小部件 |
| xcms | 科林A.史密斯 | LC / MS和GC / MS数据分析 |
| XDE. | 罗伯特肖拉姆 | XDE：差异基因表达跨研究分析的贝叶斯分层模型 |
| XPS | 克里斯蒂安斯特罗瓦 | Affymetrix寡核苷酸阵列的处理和分析方法，包括外显子阵列和基因阵列 |
| YaqCaffy. | Laurent Gatto. | Affymetrix表达数据质量控制和再现性分析 |