| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 功能有用的那些做重复分析与Affymetrix基因芯片。 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 图形用户界面的affy分析使用limma包 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名问题集映射) |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP头阵列归一化和报告 |
| betr | 阿尔耶前来马丁 | 在微阵列时间过程数据中识别差异表达基因 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | 双聚类分析与结果探索 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推断 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 基于细胞的筛选分析 |
| cellHTS2 | Florian Hahne | 基于细胞筛选的分析——修订后的cellHTS |
| CGHbase | 会发生Vosse | CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基本函数和类。 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤谱的像差。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 最小信息丢失的阵列CGH数据降维方法。 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| crlmm | Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie | Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和拷贝数分析工具。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 析因双色微阵列数据的有效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 进行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | Venkatraman E. Seshan | DNA拷贝数数据分析 |
| edd | 文斯凯里 | 表达密度诊断 |
| 刨边机 | 马克·罗宾逊，戴维斯·麦卡锡 | 数字基因表达数据的实证分析 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高级分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验的FDR调整(FDR- ame) |
| flagme | 马克。罗宾逊 | 代谢组学GC/MS数据分析 |
| flowCore | f . Hahne | flowCore:流式细胞术数据的基本结构 |
| flowQ | f . Hahne | 流式细胞术的质量控制 |
| flowStats | Florian Hahne | 流式细胞术数据分析的统计方法 |
| flowUtils | 作者Nishant葛 | 流式细胞术的实用程序 |
| flowViz | Florian Hahne | 流式细胞术可视化 |
| gaga | 大卫Rossell | 微阵列数据分析的GaGa分层模型 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GeneSelectMMD | Weiliang邱 | 基因选择基于基因谱的边际分布，其特征是三组分多元分布的混合 |
| GeneSelector | 马丁Slawski | GeneSelector |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测基因群与临床变量的关联 |
| 帮助 | 里德·f·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下鉴别差异表达基因的异质误差模型 |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| KCsmart | Jorma de Ronde | 多样本aCGH分析包使用核卷积 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 芯片实验中的拉普拉斯混合模型 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | limma包的GUI |
| LMGene | 约翰·蒂 | LMGene软件用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 局部池误差(LPE)方法分析微阵列数据的方法 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括几种数据分析方法 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列标准化 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 基因表达谱在时序芯片数据中的显著差异 |
| MEDME | 马狄亚 | MeDIP富集模拟实验数据 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 整合微阵列数据进行荟萃分析 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 元分析中的层次依赖性 |
| miRNApath | 詹姆斯·m·沃德 | miRNApath: miRNA表达数据的途径富集 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| 推动 | n .院长 | 正常均匀差异基因表达检测 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的工作特性加上样本大小和局部fdr |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔·A·卡洛杰罗 | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3' IVT，基因和外显子阵列实际上与Illumina, GEO矩阵系列文件和制表符分隔的文件一起实现。 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的t平方法 |
| pickgene | 布莱恩·s·杨德尔 | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 幂律全局误差模型 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 配对高通量数据差分表达式的局部池错误测试 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 探测水平局部调节加权t检验。 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 高通量qPCR数据的数据驱动规范化策略。 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 分子调控网络的qp图逆向工程 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和阵列数据的基因组可视化 |
| RankProd | Fangxin香港 | 秩积法鉴别差异表达基因及其在meta分析中的应用 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科马 | 地域表达偏见 |
| rflowcyt | n LeMeur | 分析流式细胞术的统计工具和数据结构 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| RNAither | 诺拉Rieber | 高通量RNAi筛选的统计分析 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | 用于ROC的实用程序，以数组为重点 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| SIM卡 | 马丁·范·伊特森 | 基因表达和拷贝数数据的综合分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的高层次分析Affymetrix数据 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 阵列- cgh拷贝数分析的段最大后验方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 高通量SNP芯片数据的类和方法 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本大小 |
| timecourse | 玉川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 局部错误发现率的估计 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | 生物导体网络接口 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | 用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |
| xps | 基督教Stratowa | Affymetrix寡核苷酸阵列(包括外显子阵列、全基因组阵列和平板阵列)的加工和分析 |