| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix基因芯片软件兼容性 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 用于解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象生成QC报告 |
| AffyTiling | 查尔斯·g·丹科 | 在Affymetrix平铺阵列中容易提取单个探针 |
| Agi4x44PreProcess | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦4x44阵列数据的预处理 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名探针集映射) |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet |
| arrayMvout | 诉凯利 | 表达数组质量保证的多元离群值检测 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 评估点状阵列上的阵列质量 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 微阵列数据集的质量度量 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | 基因芯片分析包 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| betr | 阿尔耶前来马丁 | 识别微阵列时间过程数据中的差异表达基因 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | 聚类分析与结果探索 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| 相机 | 卡斯滕•库尔 | 收集质谱数据注释相关方法 |
| CGHbase | 会发生Vosse | CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 最小化信息损失的阵列CGH数据降维方法。 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| crlmm | Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie | 用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具。 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | Venkatraman E. Seshan | DNA拷贝数数据分析 |
| dualKS | 埃里克·j·科特 | 双KS判别分析与分类 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | 校正基因特异性染料偏倚的方法 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| flagme | 马克。罗宾逊 | 代谢组学GC/MS数据分析 |
| flowCore | f . Hahne | flowCore:流式细胞仪数据的基本结构 |
| flowFlowJo | 约翰·戈辛克 | 用于从FlowJo工作区中提取信息并使用flowCore范例中的数据的工具。 |
| flowQ | f . Hahne | 流式细胞仪的质量控制 |
| flowStats | Florian Hahne | 流式细胞术数据分析的统计学方法 |
| flowUtils | 作者Nishant葛 | 流式细胞仪实用程序 |
| flowViz | Florian Hahne | 流式细胞术可视化 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| genArise | 国际金融公司发展小组 | 微阵列分析工具 |
| gene2pathway | Holger Froehlich | 基于InterPro结构域特征的单个基因KEGG通路成员度预测 |
| genefilter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 绘制ensemble的基因组信息 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测具有临床变量的基因组的关联 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles:一个用于功能配置文件统计分析的R包 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| gpl | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 广义偏最小二乘分类 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 基因集富集分析的线性模型工具集 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色集群的热图 |
| 帮助 | 里德·f·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的impute |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 杨嘉怡 | 迭代贝叶斯模型平均算法 |
| iterativeBMAsurv | 杨嘉怡 | 生存分析的迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法 |
| KCsmart | Jorma de Ronde | 多样本aCGH分析包使用核卷积 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| LMGene | 约翰·蒂 | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 微阵列数据的局部合并误差分析方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 修正局部合并误差(LPE)方法，以基于样本量的无偏调整取代渐近方差调整。 |
| 光民 | 杜潘 | Illumina微阵列的BeadArray特定方法 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计包 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波算法的质谱处理 |
| matchprobes | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 利用寡核苷酸微阵列报告序列信息进行预处理和质量评估的基本基础设施 |
| MEDME | 马狄亚 | 来自MeDIP富集的模拟实验数据 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行元分析 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 元分析中的层次依赖 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络推断 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | 用于组合多个扫描的R包 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| nem | 基督教本德 | 嵌套效应模型来重建表型层次结构 |
| nnNorm | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化 |
| 推动 | n .院长 | 正态均匀差分基因表达检测 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT，基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测 |
| pamr | Rob Tibshirani | 微阵列预测分析 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林t平方法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pickgene | Brian S. Yandell | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 幂律全局误差模型 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 配对高通量数据差分表达式的局部合并误差检验 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 局部调节加权t检验。 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 分子调控网络的qp图逆向工程 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模 |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式的分解 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科玛 | 区域表达偏差 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | 芯片-芯片寡聚阵列的研究 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 非对称SNP阵列的基因型调用算法 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 基于MicroArray基因表达的程序误差率估计 |
| rMAT | Arnaud Droit和Raphael Gottardo | R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片芯片数据。 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于读取和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| SIM卡 | Maarten van Iterson | 基因表达与copynumber数据的综合分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 对AP-MS技术进行了计算模拟。 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本容量和功率计算 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| snpMatrix | 大卫·克莱顿 | 苏格兰民族党。matrix和X.snp.matrix类 |
| SPIA | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和异常信号扰动的联合证据 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·N·麦考 | 插入数组的方法 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| SSPA | Maarten van Iterson | 微阵列数据的样本容量和功率分析 |
| 斯塔姆 | 克劳迪奥·Lottaz | 微阵列数据的结构化分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA芯片的逐步归一化函数 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | GC-MS代谢物谱数据分析包。 |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图 |
| timecourse | 御川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:基因本体的富集分析 |
| tspair | Jeffrey T. Leek | 微阵列分类的最高评分对 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计局部错误发现率 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| xcms | 科林·a·史密斯 | LC/MS和GC/MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |
| xps | 基督教Stratowa | 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列，全基因组阵列和平板阵列的处理和分析 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析 |