| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| affxparser | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix基因芯片软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | affymetrix cel文件数据的结构化损坏 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 用于解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| AnnotationDbi | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 标注数据库接口 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet |
| arrayMvout | 诉凯利 | 表达数组质量保证的多元离群值检测 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 评估点状阵列上的阵列质量 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | 基因芯片分析包 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| Biobase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Biobase: Bioconductor的基函数 |
| BiocCaseStudies | Biocore Team c/o BioC用户列表 | bioccasionally Studies:支持案例研究专著 |
| biocDatasets | l . Gautier | 生物导体合成数据集 |
| biocGraph | Florian Hahne | 生物信息学中的图表示例和用例 |
| biocViews | Biocore Team c/o BioC用户列表 | R包存储库的分类视图 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase |
| Biostrings | h .页面 | 表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法 |
| BSgenome | h .页面 | 基于生物链的基因组数据包的基础设施 |
| BufferedMatrix | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 在临时文件中保存的矩阵数据存储对象 |
| BufferedMatrixMethods | B. M.博尔斯塔德 | 使用BufferedMatrix对象的Microarray数据相关方法 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 细胞筛选分析 |
| cellHTS2 | Florian Hahne | 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版 |
| CGHbase | 会发生Vosse | CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 最小化信息损失的阵列CGH数据降维方法。 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 用于构造cosmo包使用的约束集的GUI |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| DynDoc | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 动态文档工具 |
| EBImage | 格雷戈勒加索尔 | 图像处理工具箱R |
| ecolitk | 劳伦特 | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI |
| externalVector | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 带有外部存储的R的向量对象 |
| flowClust | 拉斐尔Gottardo | 流式细胞术的聚类 |
| flowCore | f . Hahne | flowCore:流式细胞仪数据的基本结构 |
| flowQ | f . Hahne | 流式细胞仪的质量控制 |
| flowUtils | 作者Nishant葛 | 流式细胞仪实用程序 |
| flowViz | Florian Hahne | 流式细胞术可视化 |
| 群 | 丹特南鲍姆 | 在R和其他生物信息学程序之间广播数据 |
| gene2pathway | Holger Froehlich | 基于InterPro结构域特征的单个基因KEGG通路成员度预测 |
| geneplotter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 与Bioconductor图形相关的功能 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GeneSpring | Thon de Boer | genspring R集成函数 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 绘制ensemble的基因组信息 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因组区间操作 |
| GEOmetadb | 杰克朱 | 来自NCBI GEO的元数据汇编 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| 图 | 罗伯特先生 | graph:处理图数据结构的包 |
| GraphAlignment | 约翰·p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| GSEABase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因集富集数据结构与方法 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色集群的热图 |
| 帮助 | 里德·f·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| hexbin | 尼古拉斯Lewin-Koh | 六边形装箱例程 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| 超图 | 罗伯特先生 | 提供超图数据结构的包 |
| Icens | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 删减和截断数据的NPMLE |
| 染色体组型 | 卡尔·j·戴科玛 | 染色体组型 |
| IRanges | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 用于在序列上操作间隔的基础结构 |
| KCsmart | Jorma de Ronde | 多样本aCGH分析包使用核卷积 |
| KEGGgraph | 张季涛 | KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图形方法 |
| keggorth | VJ凯里 | 图形支持KO, KEGG Orthology |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计包 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| 微 | 罗伯特先生 | 处理microRNAs的数据和函数 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络推断 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| nem | 基督教本德 | 嵌套效应模型来重建表型层次结构 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略 | 用于高吞吐量SNP阵列的类 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT，基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。 |
| ontoTools | 文斯凯里 | 用于使用本体的图和稀疏矩阵;具有出处管理的命名的正式对象 |
| pathRender | 李长 | 渲染分子路径 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包构建器 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | PostgreSQL数据库的实用函数 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 软件包依赖工具 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| preprocessCore | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 预处理函数的集合 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 分子调控网络的qp图逆向工程 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化 |
| RBGL | 李长 | BOOST图形库的接口 |
| Rdbi | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| RdbiPgSQL | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科玛 | 区域表达偏差 |
| rflowcyt | n LeMeur | 流式细胞分析的统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | Kasper汉森 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | 芯片-芯片寡聚阵列的研究 |
| Rintact | 托尼蒋介石 | 与EBI完整蛋白质相互作用数据库的接口 |
| RNAither | 诺拉Rieber | 高通量RNAi筛选的统计分析 |
| RpsiXML | 张季涛 | R接口到PSI-MI 2.5文件 |
| Rredland | VJ凯里 | redland RDF实用程序的接口 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | R对SBML的支持，使用libsbml |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R接口到基因组浏览器及其注释跟踪 |
| Ruuid | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Ruuid:提供唯一的ID值 |
| RWebServices | 马丁•摩根 | 通过Java/Axis/Apache将R函数公开为web服务 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅交互组 |
| ShortRead | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 用于高通量短读测序数据的基类和方法。 |
| SIM卡 | Maarten van Iterson | 基因表达与copynumber数据的综合分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 对AP-MS技术进行了计算模拟。 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命基因相互作用 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 用于高吞吐量SNP芯片数据的类和方法 |
| SPIA | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和异常信号扰动的联合证据 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:基因本体的富集分析 |
| TypeInfo | 邓肯庙朗 | 可选类型规格 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xmapbridge | 蒂姆·耶茨 | 将绘图文件导出到xmapBridge，以便在X:Map中进行可视化 |
| xps | 基督教Stratowa | 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列，全基因组阵列和平板阵列的处理和分析 |