生物导体任务视图:微阵列

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维护人员 标题
ABarray 孙永明 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。
adSplit 克劳迪奥·Lottaz 注解驱动的集群
affy 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix寡核苷酸阵列方法
affycomp 拉斐尔·a·伊瑞扎里 非词形表达度量评估的图形工具箱
AffyCompatible 马丁•摩根 Affymetrix基因芯片软件兼容性
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。
AffyExpress 李学军 Affymetrix质量评估和分析工具
affyio 本杰明·米洛·博尔斯塔德 用于解析Affymetrix数据文件的工具
affylmGUI 基斯Satterley 使用limma包进行affy分析的GUI
affyPara 马库斯Schmidberger Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法
affypdnn Laurent Gautier 探测affy包的依赖近邻(PDNN)
affyPLM 本Bolstad 探针级模型的拟合方法
affyQCReport 克雷格Parman 为affyBatch对象生成QC报告
AffyTiling 查尔斯·g·丹科 在Affymetrix平铺阵列中容易提取单个探针
Agi4x44PreProcess 佩德罗Lopez-Romero 安捷伦4x44阵列数据的预处理
altcdfenvs Laurent Gautier 备选CDF环境(又名探针集映射)
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据的注释工具
annotationTools 亚历山大·库恩 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。
aroma.light 亨利克·本特松 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法
ArrayExpress 奥黛丽考夫曼 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
arrayMvout 诉凯利 表达数组质量保证的多元离群值检测
arrayQuality 艾格尼丝Paquet 评估点状阵列上的阵列质量
arrayQualityMetrics 奥黛丽考夫曼 微阵列数据集的质量度量
ArrayTools 亚瑟•李 基因芯片分析包
BAC 拉斐尔Gottardo 芯片实验的贝叶斯分析
beadarray 马克·邓宁 Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析
beadarraySNP 1月东 Illumina SNP珠阵列的规范化和报告
betr 阿尔耶前来马丁 识别微阵列时间过程数据中的差异表达基因
BGmix 亚历克斯·列文 差异基因表达的贝叶斯模型
bgx 欧内斯特Turro 贝叶斯基因表达
BicARE 皮埃尔Gestraud 聚类分析与结果探索
拉斐尔Gottardo 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理
CALIB 回族赵 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型
CGHbase 会发生Vosse CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。
CGHcall 会发生Vosse 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。
cghMCR j .张 找到显示共同增益/损失的染色体区域
CGHregions 会发生Vosse 最小化信息损失的阵列CGH数据降维方法。
codelink 迭戈Diez Codelink生物阵列数据的操作。
转换 杨怡华(Jean) 转换微阵列数据对象
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 执行癌症异常值分析的功能。
CORREP Dongxiao朱 多元相关估计和统计推断程序。
crlmm Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie 用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具。
ctc 安东尼·卢卡斯 集群和树转换。
daMA Jobst Landgrebe 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析
DEDS 肖渊源 微阵列数据的距离汇总差分表达式
DFP 罗德里戈Alvarez-Glez 基因选择
diffGeneAnalysis Choudary Jagarlamudi 执行差异基因表达分析
DNAcopy Venkatraman E. Seshan DNA拷贝数数据分析
dualKS 埃里克·j·科特 双KS判别分析与分类
dyebias 菲利普Lijnzaad 校正基因特异性染料偏倚的方法
exonmap Crispin米勒 Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析
explorase 迈克尔•劳伦斯 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI
factDesign 丹尼斯Scholtens 析因设计微阵列实验分析
fdrame 有效率切尼克斯贝格 微阵列实验FDR调整(FDR- ame)
gcrma z吴 利用序列信息进行背景调整
genArise 国际金融公司发展小组 微阵列分析工具
gene2pathway Holger Froehlich 基于InterPro结构域特征的单个基因KEGG通路成员度预测
genefilter Biocore Team c/o BioC用户列表 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法
geneRecommender 格雷格已经 一种基因推荐算法,用于识别与查询集基因共表达的基因
GeneRegionScan Lasse Folkersen GeneRegionScan
GeneTraffic 丹尼尔Iordan GeneTraffic R集成功能
GenomeGraphs 史蒂芬Durinck 绘制ensemble的基因组信息
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据
很高兴 菲利普Hupe DNA得失分析
GlobalAncova r·迈斯特 计算组间差异基因表达的全局测试
globaltest Jelle Goeman 检测具有临床变量的基因组的关联
goProfiles 亚历克斯·桑切斯 goProfiles:一个用于功能配置文件统计分析的R包
goTools 艾格尼丝Paquet 基因本体数据库功能
gpl Biocore Team c/o BioC用户列表 广义偏最小二乘分类
GSEAlm 艾瑟夫巴德或者 基因集富集分析的线性模型工具集
Heatplus 亚历山大plone ( 显示协变量和着色集群的热图
帮助 里德·f·汤普森 帮助数据分析工具
哼哼 HyungJun曹 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型
嫁祸于 Balasubramanian纳史木汗 impute:微阵列数据的impute
斜体 Guillem Rigaill 斜体
iterativeBMA 杨嘉怡 迭代贝叶斯模型平均算法
iterativeBMAsurv 杨嘉怡 生存分析的迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法
KCsmart Jorma de Ronde 多样本aCGH分析包使用核卷积
lapmix Yann Ruffieux 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型
limma 戈登•史密斯 微阵列数据的线性模型
limmaGUI 基斯Satterley 用于limma包的GUI
LMGene 约翰·蒂 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件
logitT 托拜厄斯Guennel logit-t包
简述 Nitin耆那教徒的 微阵列数据的局部合并误差分析方法
LPEadj 卡尔Murie 修正局部合并误差(LPE)方法,以基于样本量的无偏调整取代渐近方差调整。
光民 杜潘 Illumina微阵列的BeadArray特定方法
maanova 基思·谢泼德 分析微阵列实验的工具
macat Joern Toedling 微阵列染色体分析工具
maCorrPlot 亚历山大plone ( 可视化微阵列数据中的人工相关性
时间的 约翰内斯Rainer 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。
maigesPack Gustavo H. Esteves 处理cDNA微阵列数据的功能,包括数据分析的几种方法
makecdfenv 詹姆斯·w·麦克唐纳 CDF环境生成器
makePlatformDesign Benilton卡瓦略 平台设计包
庄园 皮埃尔Neuvial CGH微阵列归一化
marray 杨怡华(Jean) 双色斑点微阵列数据的探索性分析
maSigPro 安娜Conesa 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异
matchprobes Biocore Team c/o BioC用户列表 利用寡核苷酸微阵列报告序列信息进行预处理和质量评估的基本基础设施
MEDME 马狄亚 来自MeDIP富集的模拟实验数据
MergeMaid 于宁波钟 合并女仆
metaArray 遭受崔 集成微阵列数据进行元分析
metahdep 约翰·r·史蒂文斯 元分析中的层次依赖
Mfuzz 马提亚Futschik 时间序列基因表达数据的软聚类
minet 帕特里克·e·迈耶 互信息网络推断
MiPP Sukwoo金 错误分类惩罚后验分类
多屏幕 Mizanur Khondoker 用于组合多个扫描的R包
凯瑟琳·s·波拉德 基于重采样的多重假设检验
nem 基督教本德 嵌套效应模型来重建表型层次结构
nnNorm 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化
推动 n .院长 正态均匀差分基因表达检测
OCplus 亚历山大plone ( 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr
益生元 Benilton卡瓦略 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。
奥林 马提亚Futschik 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化
OLINgui 马提亚Futschik OLIN的图形用户界面
oneChannelGUI Raffaele A Calogero 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT,基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。
OrderedList 克劳迪奥·Lottaz 有序基因表的相似性
OutlierD Sukwoo金 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测
pamr Rob Tibshirani 微阵列预测分析
pcot2 莎拉的歌 主坐标和霍特林t平方法
PGSEA 卡尔Dykema 参数基因集富集分析
pickgene Brian S. Yandell 微阵列表达数据分析的自适应基因选择
plgem 诺曼·帕夫卡 幂律全局误差模型
PLPE Soo-heang Eo 配对高通量数据差分表达式的局部合并误差检验
plw 马格努斯搁浅地 局部调节加权t检验。
彪马 理查德·皮尔森 微阵列分析中的传播不确定性
qpgraph 罗伯特Castelo 分子调控网络的qp图逆向工程
罗摩 拉斐尔Gottardo 微阵列的稳健分析
rbsurv Soo-heang Eo 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模
犹太人的尊称 卡尔·j·戴科玛 区域表达偏差
RefPlus Kai-Ming常 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。
Resourcerer Jianhua张 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。
rHVDM 马蒂诺Barenco 隐变量动态建模
林格 j . Toedling 芯片-芯片寡聚阵列的研究
RLMM Nusrat Rabbee 非对称SNP阵列的基因型调用算法
RMAGEML 史蒂芬Durinck 处理MAGEML文档
Rmagpie 卡米尔Maumet 基于MicroArray基因表达的程序误差率估计
rMAT Arnaud Droit和Raphael Gottardo R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片芯片数据。
SAGx 每Broberg 基因芯片的统计分析
siggenes Holger Schwender 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试
SIM卡 Maarten van Iterson 基因表达与copynumber数据的综合分析
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
sizepower Weiliang邱 微阵列研究中的样本容量和功率计算
SMAP 罗宾·安德森 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法
snapCGH 约翰Marioni aCGH数据的分割、归一化和处理。
snpMatrix 大卫·克莱顿 苏格兰民族党。matrix和X.snp.matrix类
SPIA 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和异常信号扰动的联合证据
spikeLI 恩里科Carlon Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具
spkTools 马修·N·麦考 插入数组的方法
spotSegmentation 克里斯Fraley 微阵列光斑块的分割与网格化
ssize 格雷戈里·r·沃恩斯 估计微阵列样本量
SSPA Maarten van Iterson 微阵列数据的样本容量和功率分析
斯塔姆 克劳迪奥·Lottaz 微阵列数据的结构化分析
stepNorm 肖渊源 cDNA芯片的逐步归一化函数
tilingArray (徐 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图
timecourse 御川台 发育微阵列时间过程数据的统计分析
topGO Adrian Alexa topGO:基因本体的富集分析
tspair Jeffrey T. Leek 微阵列分类的最高评分对
《暮光之城》 斯蒂芬妮Scheid 估计局部错误发现率
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据方差稳定与校正
webbioc 科林·a·史密斯 Bioconductor Web界面
XDE 罗伯特Scharpf XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型
xps 基督教Stratowa 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列,全基因组阵列和平板阵列的处理和分析
yaqcaffy 劳伦特与 Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析