| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix基因芯片软件兼容性 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象生成QC报告 |
| Agi4x44PreProcess | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦4x44阵列数据的预处理 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名探针集映射) |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 微阵列数据集的质量度量 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | 基因芯片分析包 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测具有临床变量的基因组的关联 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| 光民 | 杜潘 | Illumina微阵列的BeadArray特定方法 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计包 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。 |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT，基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 局部调节加权t检验。 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 非对称SNP阵列的基因型调用算法 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| xps | 基督教Stratowa | 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列，全基因组阵列和平板阵列的处理和分析 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析 |