Bioconductor任务视图:OneChannel

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视图中的包

维护人员 标题
ABarray 孙永明 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。
affy 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix寡核苷酸阵列方法
affycomp 拉斐尔·a·伊瑞扎里 非词形表达度量评估的图形工具箱
AffyCompatible 马丁•摩根 Affymetrix基因芯片软件兼容性
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。
AffyExpress 李学军 Affymetrix质量评估和分析工具
affylmGUI 基斯Satterley 使用limma包进行affy分析的GUI
affypdnn Laurent Gautier 探测affy包的依赖近邻(PDNN)
affyPLM 本Bolstad 探针级模型的拟合方法
affyQCReport 克雷格Parman 为affyBatch对象生成QC报告
Agi4x44PreProcess 佩德罗Lopez-Romero 安捷伦4x44阵列数据的预处理
altcdfenvs Laurent Gautier 备选CDF环境(又名探针集映射)
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据的注释工具
aroma.light 亨利克·本特松 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法
ArrayExpress 奥黛丽考夫曼 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
arrayQualityMetrics 奥黛丽考夫曼 微阵列数据集的质量度量
ArrayTools 亚瑟•李 基因芯片分析包
beadarray 马克·邓宁 Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析
拉斐尔Gottardo 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理
codelink 迭戈Diez Codelink生物阵列数据的操作。
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 执行癌症异常值分析的功能。
exonmap Crispin米勒 Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析
gcrma z吴 利用序列信息进行背景调整
GeneRegionScan Lasse Folkersen GeneRegionScan
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据
GlobalAncova r·迈斯特 计算组间差异基因表达的全局测试
globaltest Jelle Goeman 检测具有临床变量的基因组的关联
lapmix Yann Ruffieux 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型
limma 戈登•史密斯 微阵列数据的线性模型
光民 杜潘 Illumina微阵列的BeadArray特定方法
时间的 约翰内斯Rainer 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。
makecdfenv 詹姆斯·w·麦克唐纳 CDF环境生成器
makePlatformDesign Benilton卡瓦略 平台设计包
益生元 Benilton卡瓦略 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。
oneChannelGUI Raffaele A Calogero 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT,基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。
plw 马格努斯搁浅地 局部调节加权t检验。
彪马 理查德·皮尔森 微阵列分析中的传播不确定性
RefPlus Kai-Ming常 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。
RLMM Nusrat Rabbee 非对称SNP阵列的基因型调用算法
SAGx 每Broberg 基因芯片的统计分析
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
tilingArray (徐 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据方差稳定与校正
webbioc 科林·a·史密斯 Bioconductor Web界面
xps 基督教Stratowa 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列,全基因组阵列和平板阵列的处理和分析
yaqcaffy 劳伦特与 Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析