| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| AffyTiling | 查尔斯·g·丹科 | 在Affymetrix平铺阵列中容易提取单个探针 |
| Agi4x44PreProcess | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦4x44阵列数据的预处理 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名探针集映射) |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | 基因芯片分析包 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| cellHTS2 | Florian Hahne | 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| crlmm | Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie | 用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具。 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | 校正基因特异性染料偏倚的方法 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| genArise | 国际金融公司发展小组 | 微阵列分析工具 |
| 帮助 | 里德·f·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| LMGene | 约翰·蒂 | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| 光民 | 杜潘 | Illumina微阵列的BeadArray特定方法 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计包 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | 用于组合多个扫描的R包 |
| nnNorm | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT，基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 高通量qPCR数据的数据驱动归一化策略。 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| 林格 | j . Toedling | 芯片-芯片寡聚阵列的研究 |
| rMAT | Arnaud Droit和Raphael Gottardo | R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片芯片数据。 |
| RNAither | 诺拉Rieber | 高通量RNAi筛选的统计分析 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA芯片的逐步归一化函数 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | GC-MS代谢物谱数据分析包。 |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| xps | 基督教Stratowa | 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列，全基因组阵列和平板阵列的处理和分析 |