生物导体任务视图:预处理

子视图的

视图中的包

维护人员 标题
ABarray 孙永明 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。
affy 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix寡核苷酸阵列方法
affycomp 拉斐尔·a·伊瑞扎里 非词形表达度量评估的图形工具箱
AffyExpress 李学军 Affymetrix质量评估和分析工具
affylmGUI 基斯Satterley 使用limma包进行affy分析的GUI
affyPara 马库斯Schmidberger Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法
affypdnn Laurent Gautier 探测affy包的依赖近邻(PDNN)
affyPLM 本Bolstad 探针级模型的拟合方法
AffyTiling 查尔斯·g·丹科 在Affymetrix平铺阵列中容易提取单个探针
Agi4x44PreProcess 佩德罗Lopez-Romero 安捷伦4x44阵列数据的预处理
altcdfenvs Laurent Gautier 备选CDF环境(又名探针集映射)
aroma.light 亨利克·本特松 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法
ArrayTools 亚瑟•李 基因芯片分析包
beadarray 马克·邓宁 Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析
beadarraySNP 1月东 Illumina SNP珠阵列的规范化和报告
CALIB 回族赵 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型
cellHTS2 Florian Hahne 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版
CGHcall 会发生Vosse 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。
codelink 迭戈Diez Codelink生物阵列数据的操作。
crlmm Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie 用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具。
dyebias 菲利普Lijnzaad 校正基因特异性染料偏倚的方法
exonmap Crispin米勒 Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析
gcrma z吴 利用序列信息进行背景调整
genArise 国际金融公司发展小组 微阵列分析工具
帮助 里德·f·汤普森 帮助数据分析工具
limma 戈登•史密斯 微阵列数据的线性模型
limmaGUI 基斯Satterley 用于limma包的GUI
LMGene 约翰·蒂 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件
光民 杜潘 Illumina微阵列的BeadArray特定方法
maCorrPlot 亚历山大plone ( 可视化微阵列数据中的人工相关性
maigesPack Gustavo H. Esteves 处理cDNA微阵列数据的功能,包括数据分析的几种方法
makecdfenv 詹姆斯·w·麦克唐纳 CDF环境生成器
makePlatformDesign Benilton卡瓦略 平台设计包
庄园 皮埃尔Neuvial CGH微阵列归一化
marray 杨怡华(Jean) 双色斑点微阵列数据的探索性分析
Mfuzz 马提亚Futschik 时间序列基因表达数据的软聚类
多屏幕 Mizanur Khondoker 用于组合多个扫描的R包
nnNorm 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化
益生元 Benilton卡瓦略 寡核苷酸阵列的低水平分析工具。
奥林 马提亚Futschik 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化
OLINgui 马提亚Futschik OLIN的图形用户界面
oneChannelGUI Raffaele A Calogero 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。Affymetrix 3’IVT,基因外显子阵列实际与Illumina、GEO矩阵系列文件和制表符分隔文件一起实现。
彪马 理查德·皮尔森 微阵列分析中的传播不确定性
qpcrNorm 杰西卡3月 高通量qPCR数据的数据驱动归一化策略。
罗摩 拉斐尔Gottardo 微阵列的稳健分析
RefPlus Kai-Ming常 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。
林格 j . Toedling 芯片-芯片寡聚阵列的研究
rMAT Arnaud Droit和Raphael Gottardo R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片芯片数据。
RNAither 诺拉Rieber 高通量RNAi筛选的统计分析
SAGx 每Broberg 基因芯片的统计分析
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
snapCGH 约翰Marioni aCGH数据的分割、归一化和处理。
spotSegmentation 克里斯Fraley 微阵列光斑块的分割与网格化
stepNorm 肖渊源 cDNA芯片的逐步归一化函数
TargetSearch Alvaro Cuadros-Inostroza GC-MS代谢物谱数据分析包。
tilingArray (徐 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据方差稳定与校正
xps 基督教Stratowa 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列,全基因组阵列和平板阵列的处理和分析