近年来,在公共数据库中可以获得大量的生物数据。全面的生物信息学数据分析需要方便地获取这些宝贵的数据资源,并与数据分析紧密结合。biomaRt为实现biomaRt软件套件的数据库提供了一个接口(http://www.biomart.org)。该包支持以统一的方式检索大量数据,而不需要知道底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。BioMart数据库的例子有ensemble bl、Uniprot、Gramene、Wormbase和HapMap。这些主要数据库使生物art用户可以直接访问各种数据集,并实现从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。
作者 | Steffen Durinck, Wolfgang Huber, Sean Davis |
维护人员 | 史蒂芬Durinck |
要安装这个包,启动R并输入:
源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“biomaRt”)
生物art用户指南 | R脚本 | |
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参考手册 |
biocViews | |
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取决于 |
方法 |
进口 | |
建议 | |
系统需求 | |
许可证 | 艺术- 2.0 |
URL | |
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进口我 | |
建议我 | |
发展历史 | Bioconductor更新日志 |
包的来源 | biomaRt_2.0.0.tar.gz |
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Windows二进制 | biomaRt_2.0.0.zip |
MacOS X 10.4 (Tiger)二进制文件 | biomaRt_2.0.0.tgz |
MacOS X 10.5 (Leopard)二进制文件 | biomaRt_2.0.0.tgz |
软件包下载报告 | 下载数据 |