rMAT

R实现从MAT程序对平铺阵列和ChIP-chip数据进行归一化和分析。

该包是包MAT的R版本,包含解析和合并Affymetrix BPMAP和CEL平铺阵列文件的功能(使用基于c++的Fusion SDK和Bioconductor包affxparser),使用序列特定模型规范化平铺阵列,检测ChIP-chip芯片实验中的富集区域。注意:用户应该安装GSL和GenomeGraphs。Windows用户:“请参考源代码发行版的inst目录中的README文件,以获得必要的配置说明”。

作者 Charles b张,Arnaud Droit和Raphael Gottardo
维护人员 阿诺·德洛特和拉斐尔·戈达多

要安装这个包,启动R并输入:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“rMAT”)

文档

rMAT用户指南 PDF R脚本
参考手册

细节

biocViews
取决于
进口
Biobaseaffxparser、方法
建议
系统需求
许可证 艺术- 2.0
URL http://www.rglab.org
这取决于我
进口我
建议我
发展历史 Bioconductor更新日志

包下载

包的来源 rMAT_1.1.2.tar.gz
Windows二进制 rMAT_1.1.2.zip
MacOS X 10.4 (Tiger)二进制文件 rMAT_1.1.2.tgz
MacOS X 10.5 (Leopard)二进制文件 rMAT_1.1.2.tgz
软件包下载报告 下载数据