该包是包MAT的R版本,包含解析和合并Affymetrix BPMAP和CEL平铺阵列文件的功能(使用基于c++的Fusion SDK和Bioconductor包affxparser),使用序列特定模型规范化平铺阵列,检测ChIP-chip芯片实验中的富集区域。注意:用户应该安装GSL和GenomeGraphs。Windows用户:“请参考源代码发行版的inst目录中的README文件,以获得必要的配置说明”。
作者 | Charles b张,Arnaud Droit和Raphael Gottardo |
维护人员 | 阿诺·德洛特和拉斐尔·戈达多 |
要安装这个包,启动R并输入:
源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“rMAT”)
rMAT用户指南 | R脚本 | |
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参考手册 |
biocViews | |
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取决于 | |
进口 | |
建议 | |
系统需求 | |
许可证 | 艺术- 2.0 |
URL | http://www.rglab.org |
这取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
发展历史 | Bioconductor更新日志 |
包的来源 | rMAT_1.1.2.tar.gz |
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Windows二进制 | rMAT_1.1.2.zip |
MacOS X 10.4 (Tiger)二进制文件 | rMAT_1.1.2.tgz |
MacOS X 10.5 (Leopard)二进制文件 | rMAT_1.1.2.tgz |
软件包下载报告 | 下载数据 |