################################################### ### 块数量1:启动 ################################################### 库(Biostrings)图书馆(hgu95av2probe)图书馆(hgu95av2cdf ) ################################################### ### 块2号:matchprobes ################################################### 点< - DNAStringSet (hgu95av2probe序列美元)dict < -点[3801:4000]pdict < - pdict (dict) m < - vcountPDict (pdict, pm)暗(m)表(rowSums (m)), (rowSums (m) = = 3) ii <——(m[77] ! = 0)点(ii ] ################################################### ### 块3号:basecontent ################################################### bcpm < - alphabetFrequency (pm, baseOnly = TRUE)头(bcpm) alphabetFrequency(点,baseOnly = TRUE,崩溃= TRUE ) ################################################### ### 块数量4:hgu95av2dim ################################################### nr = hgu95av2dim NROW数控= hgu95av2dim NCOL美元 ################################################### ### 块5号:################################################### 库(affy) abseq =代表(as.character (NA), nr * nc) ipm =与(hgu95av2probe, xy2indices (x, y, nr = nr)任何(复制(ipm)) #一个检查abseq (ipm) = hgu95av2probe $序列表(is.na (abseq )) ################################################### ### 块6号:pm2mm ################################################### pm2mm < -函数(探针){部分< - threebands (DNAStringSet(探针),开始= 13日结束= 13)xscat(部分美元,补充(部分中间美元),部分美元)}mm < - pm2mm (pm)猫(as.character (pm [[1]]), as.character (mm [[1]]), 9 = " \ n ") ################################################### ### 块7号:mismatchSeq ################################################### imm = (hgu95av2probe xy2indices (x, y + 1, nr = nr))相交(ipm, imm) #一个检查abseq (imm) = as.character(毫米)表(is.na (abseq )) ################################################### ### 块8号:公元前 ################################################### 频率< - alphabetFrequency (DNAStringSet (abseq [! is.na (abseq)]), baseOnly = TRUE)公元前< -矩阵(nrow =长度(abseq) ncol = 5) colnames (bc) < - colnames公元前(频率)[! is.na (abseq)] < -频率(na.omit(公元前 )) ################################################### ### 块数量9:GC ################################################### GC =命令(公元前(“G”]+ [C])颜色=彩虹(nlevels (GC )) ################################################### ### 块10号:abatch ################################################### 库(affydata) f < -系统。文件(“extracelfiles”、“CL2001032020AA。， package="affydata") pd <- new("AnnotatedDataFrame"， data=data.frame(fromFile=I(f)， row.names="f")) batch <- read。affybatch(文件名= f,压缩= TRUE, phenoData = pd ) ################################################### ### 块11号:软面包卷 ################################################### barplot(表(GC)、坳=颜色xlab =“GC ylab = "号 ") ################################################### ### 块12号: bxp ################################################### boxplot(log2(exprs(abatch)[,1]) ~ GC, outline=FALSE, col=colores, , xlab="GC", ylab=expression(log[2]~intensity)) ################################################### ### chunk number 13: p2p ################################################### png("matchprobes-p2p.png", width=900, height=480) plot(exprs(abatch)[ipm,1], exprs(abatch)[imm,1], asp=1, pch=".", log="xy", xlab="PM", ylab="MM", col=colores[GC[ipm]]) abline(a=0, b=1, col="#404040", lty=3) dev.off()