################################################### ### chunk number 1: loadlibs ################################################### library("Rintact") library("graph") library("Rgraphviz") #library("ppiStats") library("RBGL") library("apComplex") library("xtable") ################################################### ### chunk number 2: psi25int ################################################### url <- system.file("PSI25XML", "interactionSample.xml", package="Rintact") ewing <- psi25interaction(url) ################################################### ### chunk number 3: ewingStruc ################################################### class(ewing) ################################################### ### chunk number 4: slotEntries ################################################### slotNames(ewing) ################################################### ### chunk number 5: simpleSlots ################################################### ewing@organismName ewing@taxId ewing@releaseDate ################################################### ### chunk number 6: interactionSlot ################################################### length(interactions(ewing)) class(interactions(ewing)[[1]]) interactions(ewing)[[1]] slotNames(interactions(ewing)[[1]]) ################################################### ### chunk number 7: getBaitPrey ################################################### ewbait <- sapply(interactions(ewing), bait) ewprey <- sapply(interactions(ewing), prey) ################################################### ### chunk number 8: baitVec ################################################### ewbait ewprey ################################################### ### chunk number 9: interactors ################################################### interactors(ewing) ################################################### ### chunk number 10: translateEG ################################################### wh = ewbait[3:4] ################################################### ### chunk number 11: lookUP ################################################### interactors(ewing)[wh, "geneName"] ################################################### ### chunk number 12: psi25complex ################################################### url2 <- system.file("PSI25XML/complexSample.xml", package="Rintact") comps <- psi25complex(url2) slotNames(comps) ################################################### ### chunk number 13: complex1 ################################################### length(complexes(comps)) class(complexes(comps)[[1]]) slotNames(complexes(comps)[[1]]) ################################################### ### chunk number 14: check ################################################### stopifnot(all(c("fullName", "attributes", "members")%in%slotNames(complexes(comps)[[1]]))) ################################################### ### chunk number 15: showComplex1 ################################################### complexes(comps)[[1]] ################################################### ### chunk number 16: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())