################################################### ### 块数量1:设置 ################################################### 选项(宽度= 60)选项(继续= " ")选项(提示= " R > ") ################################################### ### 块2号:getRawData ################################################### 库(“益生元”)库(hapmap100kxba) pathCelFiles < -系统。file("celFiles"， package=" happap100kxba ")celfiles (path = pathCelFiles full.names = TRUE) outputDir < file.path (getwd(),“crlmmTest ") ################################################### ### 块3号:crlmm ################################################### crlmm (fullFilenames outputDir verbose = FALSE ) ################################################### ### 块数量4:召唤 ################################################### crlmmOut < - getCrlmmSummaries (outputDir)调用(crlmmOut) [1:5, 1:2] callsConfidence (crlmmOut) [1:5, 1:2 ] ################################################### ### 块5号:召唤 ################################################### crlmmCalls < - readSummaries(“调用”,outputDir) crlmmConf < - readSummaries(“相依”,outputDir) crlmmCalls [1:5, 1:2] crlmmConf [1:5, 1:2 ] ################################################### ### 块6号:alleleA ################################################### alleleAsense < - readSummaries(“alleleA-sense”,outputDir) [1:5], alleleBsense < - readSummaries(“alleleB-sense”,outputDir) [1:5], log.ratios.sense < - alleleAsense-alleleBsense log.ratios。(感觉,1:2 ] ################################################### ### 块数量7:干净 ################################################### 分离(outputDir递归= TRUE ) ################################################### ### 块8号:################################################### 康涅狄格州< - db (pd.mapping50k.xba240) dbListTables(康涅狄格州)dbListFields(康涅狄格州,featureSet) sql < -“选择man_fsetid、铬physical_pos从featureSet man_fsetid像SNP %限制5”dbGetQuery(康涅狄格州、sql ) ################################################### ### 块9号 : ################################################### sessionInfo ()