girafe

基因组的间隔和阅读校准功能的探索

Bioconductor版本:2.6

包“girafe”处理的基因组水平表示读取从下一代测序数据保持一致。使它包含一个对象类的详细描述与一致读和功能比较基因组的间隔,想象,出口和使用这样的间隔和对齐的读取。因此,包与包ShortRead之间提供了一个链接,IRanges genomeIntervals。

作者:Joern Toedling,沃尔夫冈•休伯

维护人员:j . Toedling < joern。在curie.fr toedling >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“girafe”)

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引用(“girafe”)

文档

PDF	R脚本	基因组的间隔和阅读校准功能的探索
PDF		Rplots.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	测序,HighThroughputSequencing
取决于	R(> = 2.10.0)、方法IRanges(> = 1.3.53),ShortRead(> = 1.3.21),时间间隔(> = 0.13.1),genomeIntervals(> = 1.1.1),网格
进口	方法,Biobase,Biostrings,BSgenome、图形、grDevices统计,跑龙套
建议	质量,org.Mm.eg.db,RColorBrewer
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我
进口我
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版本	1.0.0
自	Bioconductor 2.6 (r - 2.11)

包下载

包的来源	girafe_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	girafe_1.0.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	girafe_1.0.0.tgz
包下载报告	下载数据