生物弦

表示生物序列和匹配算法的弦对象

生物导体版本：2.7

内存有效的字符串容器，匹配算法和其他实用程序的字符串容器，用于快速操纵大型生物序列或一组序列。

作者：H。Pages，P。Aboyoun，R。Gentleman和S. Debroy

维护者：H。页面>

要安装此软件包，请启动R并输入：

来源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ BioStrings”）

要在出版物中引用此软件包，请启动R并输入：

引用（“生物弦”）

文档

PDF	R脚本	对生物弦中定义的基本类别的简短介绍2
PDF	R脚本	使用生物弦和BSGENOME数据包进行有效的基因组搜索
PDF	R脚本	处理探针序列信息
PDF	R脚本	多个对齐
PDF	R脚本	成对序列比对
PDF	R脚本	关于DNASTRING（）构造函数的矢量化功能的一些旧说明。不适合最终用户。
PDF		参考手册

细节

生物浏览	测序，，，，遗传学，，，，基础设施
要看	R（> = 2.8.0），方法，iranges（> = 1.7.23）
进口	图形，方法，统计，utils，iranges，，，，生物酶
建议	BSGENOME（> = 1.13.14），bsgenome.celegans.ucsc.ce2（> = 1.3.11），bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3（> = 1.3.11），果蝇2企业，，，，HGU95AV2Probe，，，，GenomicFeatures（> = 0.1.3），HGU95AV2CDF，，，，副词，，，，Affydata（> = 1.11.5），运行
系统要求
执照	艺术2.0
URL
取决于我	altcdfenvs，，，，BSGENOME，，，，Chippeakanno，，，，芯片，，，，Generegionscan，，，，港口，，，，R453plus1toolbox，，，，rgadem，，，，rsamtools，，，，Shortread
进口我	AffyCompatible，，，，Bcrank，，，，生物数据集，，，，BioseqClass，，，，魅力，，，，Chippeakanno，，，，chipseqr，，，，芯片，，，，GCRMA，，，，Genelendatabase，，，，Generegionscan，，，，GenomicFeatures，，，，girafe，，，，Medips，，，，Medme，，，，甲基类，，，，microRNA，，，，寡群，，，，耳管酶，，，，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，，，，PD.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，，，，PD.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，，，，PD.2006.10.31.RN34.REFSEQ.PROMOTER，，，，pd.charm.hg18.example，，，，pd.cytegenetics.array，，，，pd.feinberg.hg18.me.hx1，，，，pd.feinberg.mm8.me.hx1，，，，pd.Genomewidenp.5，，，，pd.Genomewidenp.6，，，，pd.hg.u95a，，，，pd.hg.u95av2，，，，pd.ht.hg.u133.plus.pm，，，，pd.huex.1.0.st.v2，，，，pd.hugene.1.0.st.v1，，，，pd.hugene.1.1.st.v1，，，，pd.mapping250k.nsp，，，，pd.mapping250k.Sty，，，，pd.mapping50k.hind240，，，，pd.mapping50k.xba240，，，，pd.moex.1.0.st.v1，，，，pd.mogene.1.0.st.v1，，，，pd.mogene.1.1.st.v1，，，，PD.Mouse430.2，，，，pd.raex.1.0.st.v1，，，，pd.ragene.1.0.st.v1，，，，pd.ragene.1.1.st.v1，，，，pdinfobuilder，，，，R453plus1toolbox，，，，rgadem，，，，劳力士，，，，rsamtools，，，，rtracklayer，，，，Shortread
建议我	注释，，，，CSAR，，，，GenomicFeatures，，，，microRNA，，，，Onechannelgui，，，，Slgi，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20090506，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20100427，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109
版本	2.18.4
自从	生物导体1.6（R-2.1）或更早

软件包下载

包源	bioStrings_2.18.4.tar.gz
Windows二进制	BioStrings_2.18.4.4.zip（32-和64位）
MacOS 10.5（豹）二进制	BioStrings_2.18.4.tgz
软件包下载报告	下载统计