Gosemsim

Go-Terms语义相似性度量

生物导体版本:2.7

实施了Resnik,Schlicker,Jiang,Lin和Wang提出的五种方法,用于估计语义相似性。支持许多物种,包括按蚊,拟南芥,牛,犬,鸡,黑猩猩,Coelicolor,E Coli菌株K12和Sakai,Fly,Human,Human,Human,Humaria,Homaria,House,Pig,Pig,Pig,Rat,Rat,Worm,Worm,worm,Xenopus,Xenopus,Yeast,酵母,酵母和Zebrafish。

作者:广庆

维护者:gmail.com> guangchuang yu

要安装此软件包,请启动R并输入:

来源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ gosemsim”)

要在出版物中引用此软件包,请启动R并输入:

引用(“ Gosemsim”)

文档

PDF R脚本 语义相似性度量
PDF 参考手册

细节

生物浏览 ,,,,聚类,,,,途径,,,,Anopheles_gambiae,,,,拟南芥,,,,bos_taurus,,,,caenorhabditis_​​elegans,,,,canis_familiaris,,,,danio_rerio,,,,Drosophila_melanogaster,,,,大肠杆菌,,,,Gallus_Gallus,,,,homo_sapiens,,,,mus_musculus,,,,pan_troglodytes,,,,plasmodium_falciparum,,,,rattus_norvegicus,,,,saccharomyces_cerevisiae,,,,链霉菌素,,,,SUS_SCROFA,,,,Xenopus_laevis
要看 AnnotationDbi,,,,go.db,,,,org.hs.eg.db
进口
建议 org.ag.eg.db,,,,org.at.tair.db,,,,org.bt.eg.db,,,,org.ce.eg.db,,,,org.cf.eg.db,,,,org.dm.eg.db,,,,org.dr.eg.db,,,,org.eck12.eg.db,,,,org.ecsakai.eg.db,,,,org.gg.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,org.mmu.eg.db,,,,org.pf.plasmo.db,,,,org.pt.eg.db,,,,org.rn.eg.db,,,,org.sc.sgd.db,,,,org.sco.eg.db,,,,org.ss.eg.db,,,,org.xl.eg.db
系统要求
执照 GPL-2
URL
取决于我
进口我
建议我
版本 1.8.3
自从 生物导体2.4(R-2.9)

软件包下载

包源 gosemsim_1.8.3.tar.gz
Windows二进制 gosemsim_1.8.3.zip(32-和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制 gosemsim_1.8.3.tgz
软件包下载报告 下载统计

工作流程»

常见的生物导体工作流程包括:

邮件列表»

向我们的邮件列表发布有关生物处理程序包的问题。阅读发布指南发布之前!

弗雷德·哈钦森癌症研究中心