HTSanalyzeR

用于高通量筛选的基因集过度表征、富集和网络分析

Bioconductor版本:2.7

这个包提供了在高通量屏幕上基因集过度表示、富集和网络分析的类和方法。基于超几何检验进行过表示分析。富集分析基于GSEA算法(Subramanian et al。PNAS 2005)。网络分析基于生物网络包中的算法识别丰富的子网络(Beisser等人，生物信息学，2010)。还专门为cellHTS2对象设计了一个管道，以执行高通量RNA干扰筛选的综合网络分析。用户可以基于这个包为自己的数据集构建自己的分析管道。

作者:王欣<欣。王在cancer.org.uk >，Camille Terfve , John C. Rose , Florian Markowetz

维护者:Wang Xin

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源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“HTSanalyzeR”)

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引用(“HTSanalyzeR”)

文档

PDF		Figure.pdf
PDF	R脚本	主要内容:利用HTSanalyzeR对高通量RNAi筛选数据进行基因集富集和网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays，生物信息学，MultipleComparisons
取决于	igraph，GSEABase，生命网络，cellHTS2，RankProd、方法
进口	图，igraph，GSEABase，生命网络，cellHTS2，AnnotationDbi，biomaRt
建议	KEGG.db，GO.db，org.Dm.eg.db，GOstats，org.Ce.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Hs.eg.db，雪
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL
取决于我
进口我
建议我
版本	2.3.5
自	Bioconductor 2.7 (r - 2.12)

包下载

包的来源	HTSanalyzeR_2.3.5.tar.gz
Windows二进制	HTSanalyzeR_2.3.5.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	HTSanalyzeR_2.3.5.tgz
包下载报告	下载数据