kegggraph

kegggraph:在R和bioconductor中使用的kegg途径的图形方法

生物导体版本:2.7

Kegggraph是Kegg途径和图对象之间的接口,也是分析,剖析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML(KEGG XML)文件解析为维护所有基本途径属性的图形模型。该软件包提供功能,包括解析,图形操作,可视化和等。

作者:Jitao David Zhang和Stefan Wiemann

维护者:Jitao David Zhang

要安装此软件包,请启动R并输入:

来源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ kegggraph”)

要在出版物中引用此软件包,请启动R并输入:

引用(“ kegggraph”)

文档

PDF R脚本 kegggraph:应用程序示例
PDF R脚本 kegggraph:kegg途径的图形方法
PDF 参考手册

细节

生物浏览 途径,,,,GraphSandNetworks
要看 方法,XML(> = 2.3-0),图形,,,,rgraphviz(> = 1.22.0)
进口 方法,XML,,,,图形
建议 rbgl,,,,kegg.db,,,,org.hs.eg.db,,,,hgu133plus2.db,,,,Spia
系统要求
执照 GPL(> = 2)
URL http://www.dkfz.de/en/mga/index.html
取决于我
进口我 degraph
建议我 degraph,,,,Spia
版本 1.6.0
自从 生物导体2.4(R-2.9)

软件包下载

包源 kegggraph_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 kegggraph_1.6.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制 kegggraph_1.6.0.tgz
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