SRAdb

NCBI SRA和工具的元数据编译

Bioconductor版本:2.7

序列读取档案(SRA)是来自下一代测序平台的最大的公共测序数据仓库，包括Roche 454 GS系统，Illumina基因组分析仪，Applied Biosystems SOLiD System, Helicos Heliscope等。然而，使用当前的工具查找感兴趣的数据可能是一项挑战。SRAdb试图使访问与提交、研究、样本、实验和运行相关的元数据变得更加可行。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析到一个可以在本地存储和查询的SQLite数据库来实现的。包中的全文搜索使得查询元数据非常灵活和强大。可以下载SRA数据文件(SRA或SRA -lite)进行本地对齐。随着新数据被添加到SRA, SQLite数据库会定期更新，并且可以随意下载最新的元数据。

作者:Jack Zhu和Sean Davis

维护人员:Jack Zhu

要安装这个包，开始R，然后输入:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“SRAdb”)

要在发布中引用此包，请开始R并输入:

引用(“SRAdb”)

文档

PDF	R脚本	使用SRAdb查询序列读存档
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施，HighThroughputSequencing，DataImport
取决于	RSQLite(> = 0.8 4),图
进口	RCurl，GEOquery
建议	Rgraphviz
系统需求
许可证	艺术- 2.0
URL	http://watson.nci.nih.gov/
取决于我
进口我
建议我
版本	1.4.1
自	Bioconductor 2.6 (r - 2.11)

包下载

包的来源	SRAdb_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	SRAdb_1.4.1.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	SRAdb_1.4.1.tgz
包下载报告	下载数据