斯塔尔

Affymetrix芯片-芯片数据的简单平铺阵列分析

Bioconductor版本:2.7

Starr促进了ChIP-chip数据的分析，特别是Affymetrix平铺阵列的数据分析。该软件包提供了数据导入、质量评估、数据可视化和探索等功能。此外，它还包括高级分析功能，如ChIP信号与注释特征的关联，ChIP信号与其他基因组数据(如基因表达)的相关性分析，CMARRT算法的寻峰和ChIP-profiles的多个聚类的比较显示。它使用基本的Bioconductor类ExpressionSet和probeAnno，以最大限度地兼容Bioconductor上的其他软件。来自Starr的所有函数都可以用于调查来自Ringo包的预处理数据，反之亦然。一个重要的新工具是自动生成正确的、最新的微阵列探针注释(bpmap)文件，它依赖于短序列(例如微阵列上的探针序列)到任意基因组的有效映射。

作者:Benedikt Zacher, Johannes soding, Pei Fen Kuan, Matthias Siebert, Achim Tresch

维护者:Benedikt Zacher < Zacher at lmb.uni-muenchen.de>

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源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“斯塔尔”)

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文档

PDF	R脚本	简单的平铺阵列分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，DataImport，质量控制，预处理，ChIPchip
取决于	林格，affy，affxparser
进口	pspline，质量
建议
系统需求
许可证	艺术- 2.0
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版本	1.6.0
自	生物导体2.5 (R-2.10)

包下载

包的来源	Starr_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	Starr_1.6.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	Starr_1.6.0.tgz
软件包下载报告	下载数据