################################################### ### 块1号:loadtoy ################################################### 库(KEGGgraph) toyKGML < -执行(“extdata / kgml-ed-toy.xml”、包=“KEGGgraph”)toyGraph < - parseKGML2Graph (toyKGML genesOnly = FALSE) (toyGraph toyGraph节点 ) ################################################### ### 块2号:vistoy ################################################### 库(Rgraphviz) nodeInfo < - getKEGGnodeData (toyGraph) nodeType < -酸式焦磷酸钠(nodeInfo方法)makeNodeRenderAttrs < -函数(g,标签=节点(g),形状=“椭圆”,填补= " # e0e0e0 ",…){房车< -列表(标签=标签、形状=形状、填充=填补,…)nA < - nodeRenderInfo (g)(我在seq (= rv)){如果(长度(rv[[我]])= = 1){房车[[我]]< -代表(rv[[我]],其他numNodes (g))}{如果(长度(rv[[我]])! = numNodes (g))停止("属性向量必须尽可能多的元素“g”节点。”)}的名字(rv[[我]])< -节点(g) nA[[名称(rv)[[我]]]]< - rv[[我]]}nodeRenderInfo (g) < - nA返回(g)} toyDrawn < - plotKEGGgraph toyGraph toyDrawnRefine < - makeNodeRenderAttrs (toyDrawn填补= ifelse (nodeType = =“基因”,“lightblue”,“橙色”),形状= ifelse (nodeType = =“基因”,“椭圆”、“矩形 ")) ################################################### ### 块3号:vistoyReal ################################################### renderGraph (toyDrawnRefine ) ################################################### ### 块数量4:spiaLoad ################################################### 如果需要(SPIA)){数据(colorectalcancer包=“SPIA”)}其他{数据(colorectalcancerSPIA、包=“KEGGgraph”)}图书馆(SPIA)数据(colorectalcancer)头(顶部 ) ################################################### ### 块5号:spiaTrans ################################################### 库(hgu133plus2.db) x < - hgu133plus2ENTREZID顶级美元ENTREZ < unlist (as.list (x ($ ID]))前< -前[! is.na(顶部ENTREZ美元),]前< -前[!复制(最高ENTREZ美元),]号< -前(前adj.P美元。Val < 0.05,] DE_Colorectal号logFC美元的名字(DE_Colorectal) < - < - as.vector(一号ENTREZ美元)ALL_Colorectal < - $ ENTREZ顶部 ################################################### ### 块6号:remoteRetreval eval = FALSE ################################################### ## tmp < -“hsa05210.xml”# # retrieveKGML (pathwayid = " 05210 ",有机体=“保险”,destfile = tmp ) ################################################### ### 块7号:spiaPer ################################################### colFile < -执行(“extdata / hsa05210.xml”、包=“KEGGgraph”)g < - parseKGML2Graph (colFile) deKID < - translateGeneID2KEGGID(名字(DE_Colorectal)) allKID < - translateGeneID2KEGGID (ALL_Colorectal) isDiffExp < -节点(g) % % deKID sprintf(“% % % 2.2 f基因差异表达”,意味着(isDiffExp) * 100 ) ################################################### ### 块8号:spiaVis ################################################### 库(RColorBrewer)库(org.Hs.eg.db)图书馆(RBGL)图书馆(网格)ar < - 20关口< -牧师(colorRampPalette(布鲁尔。pal(6， "RdBu"))(ar)) logfcs <- DE_Colorectal[match(nodes(g)， deKID)] names(logfcs) <- nodes(g) logfcs[is.na(logfcs)] <- 0 incol <- round((logfcs+2)*5);incol[incol>ar] <- ar undetected <- !nodes(g) %in% allKID logcol <- cols[incol];Logcol [logfcs==0] <- "darkgrey"; logcol[undetected] <- "yellow" names(logcol) <- names(logfcs) nA <- makeNodeAttrs(g, fillcolor=logcol, label="", width=10, height=1.2) par(mar=c(3,5,0,5), mgp=c(0,0,0)) layout(mat=matrix(c(rep(1,8),2), ncol=1, byrow=TRUE)) plot(g, "dot", nodeAttrs=nA) image(as.matrix(seq(1,ar)), col=cols, yaxt="n", xaxt="n") mtext("down-regulation", side=1, at=0, line=1) mtext("up-regulation", side=1, at=1, line=1) ################################################### ### chunk number 9: spiaSingleNode ################################################### gDeg <- degree(g) gIsSingle <- gDeg[[1]] + gDeg[[2]] == 0 options(digits=3) gGeneID <- translateKEGGID2GeneID(nodes(g)) gSymbol <- sapply(gGeneID, function(x) mget(x, org.Hs.egSYMBOL, ifnotfound=NA)[[1]]) isUp <- logfcs > 0 isDown <- logfcs < 0 singleUp <- isUp & gIsSingle singleDown <- isDown & gIsSingle ################################################### ### chunk number 10: spiaSub ################################################### ups <- nodes(g)[logfcs > 0] upNs <- unique(unlist(neighborhood(g, ups, return.self=TRUE))) upSub <- subKEGGgraph(upNs, g) upNeighbor <- nodes(upSub)[sapply(neighborhood(upSub, nodes(upSub)), length)>0] upNeighbor <- setdiff(upNeighbor, nodes(g)[undetected]) upSub <- subKEGGgraph(upNeighbor, upSub) upSubGID <- translateKEGGID2GeneID(nodes(upSub)) upSymbol <- gSymbol[upSubGID] upnA <- makeNodeAttrs(upSub, fillcolor=logcol[nodes(upSub)], label=upSymbol, fixedsize=TRUE, width=10, height=10, font=20) plot(upSub, "dot", nodeAttrs=upnA)