################################################### ### 块1号 : ################################################### 库(RankProd ) ################################################### ### 块2号 : ################################################### 数据(阿拉伯 ) ################################################### ### 块3号 : ################################################### n < - 5 cl < -代表(1、5)cl ################################################### ### 块数量4:################################################### n1 < - 5 n2 < - 4 cl < -代表(c (0, 1), c (n1、n2)) cl ################################################### ### 块5号 : ################################################### n1 < - 5 n2 < - 4 cl < -代表(c (0, 1), c (n1、n2)) cl起源< -代表(n1 + n2)来源 ################################################### ### 块6号:################################################### n < - 9 cl < -代表(1,n) cl起源< -代表(1,n) ################################################### ### 块7号 : ################################################### 起源< - c(代表(1,6),代表(2、4),代表(3 8)) ################################################### ### 块8号 : ################################################### colnames(阿拉伯)阿拉伯。cl阿拉伯人。起源 ################################################### ### 块9号 : ################################################### 阿拉伯人。子< -阿拉伯(,(arab.origin = = 1)) arab.cl.sub < - arab.cl ((arab.origin = = 1)) arab.origin.sub < - arab.origin [(arab.origin = = 1 )] ################################################### ### 块10号 : ################################################### RP。out <- RP(阿拉伯.sub，阿拉伯.cl。sub, num.perm=100, log =TRUE, na。rm = FALSE,情节= FALSE,兰德= 123 ) ################################################### ### 块11号 : ################################################### plotRP (RP。截止= 0.05 ) ################################################### ### 块12号 : ################################################### topGene (RP.out截止= 0.05,=“亲”的方法,记录= TRUE, logbase = 2, gene.names = arab.gnames ) ################################################### ### 块13号 : ################################################### ## 识别差异表达基因RP.adv.out < RPadvance(阿拉伯、arab.cl arab.origin, num。烫= 100,登录= TRUE, gene.names = arab.gnames兰德= 123 ) ################################################### ### 块14号 : ################################################### plotRP (RP.adv。截止= 0.05 ) ################################################### ### 15块数量 : ################################################### 数据(淋巴瘤 ) ################################################### ### 块16号 : ################################################### 耐火材料< -(1:8)* 2 - 1桑普< - (1:8)* 2 M < - lym.exp -lym,桑普。exp[， refs] colnames(M) cl <- c(rep(0,4)，rep(1,4)) cl #"CLL"为一级RP， "DLCL"为二级RP。< - RP (M, cl,记录= TRUE,兰德= 123 ) ################################################### ### 17块数量 : ################################################### topGene (RP.out截止= 0.05,= TRUE, logbase = exp (1 )) ################################################### ### 块18号 : ################################################### 阿拉伯人。Cl2 <-阿拉伯。cl阿拉伯人。cl2[arab.cl==0 &arab.origin==2] <- 1 arab.cl2[arab.cl==1 &arab.origin==2] <- 0 arab.cl2 ################################################### ### chunk number 19: ################################################### Rsum.adv.out <- RSadvance(arab,arab.cl2,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) topGene(Rsum.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### topGene(Rsum.adv.out,num.gene=10,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### chunk number 21: ################################################### plotRP(Rsum.adv.out,cutoff=0.05) ################################################### ### chunk number 22: ################################################### RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl2,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### chunk number 23: ################################################### topGene(RP.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames)