#################################块数字1:#############################################################图书馆(“ Biocdatasets”)################################################################################################################块数字3:#########################################################target = rep(as.integer(na),n_transcripts * n_probes))for(i in 1:n_transcripts){s < - tresscripts [[i] ir [i] ir [i]]长度(s),替换= false)功能$ seq [(1:n_probes) +(i-1) * n_probes] < - as.Character(msubseq(s,ir [i]))功能$ $ target [(((1:n_probes) +(i-1) * n_probes] <-I} ############################################################################################################################## 5: ################################################### ppos <- createProbeCoords(50, 50) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### plot(ppos$x, ppos$y, pch=".") ################################################### ### chunk number 7: ################################################### scramble_i <- sample(seq(along=ppos$x)) array_layout <- cbind(features, ppos[scramble_i, ]) row.names(array_layout) <- seq(along=array_layout[[1]]) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### x <- expression_arraywide(50*50) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### x2 <- replicate_arraywide(x) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### m <- cbind(x, x2) colnames(m) <- c(1, 2) rownames(m) <- seq(1, 50*50) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### library(Biobase) eset <- new("ExpressionSet", featureData = new("AnnotatedDataFrame", array_layout), exprs = m) ################################################### ### chunk number 12: eset2dataframe ################################################### eset2dataframe <- function(eset){ pdataf <- pData(eset) dataf <- lapply(pdataf, function(col) rep(col, rep(nrow(exprs(eset)), nrow(pdataf))) ) dataf <- as.data.frame(dataf) dataf <- cbind(exprs = c(exprs(eset)), array=rep(rownames(pdataf), each=nrow(exprs(eset))), dataf) return(dataf) } ################################################### ### chunk number 13: ################################################### sample_a_seed <- expression_arraywide(50*50) sample_b_seed <- expression_arraywide(50*50) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### m <- vector("list", length=6) for (i in 1:3) { m[[i]] <- replicate_arraywide(sample_a_seed) m[[i+3]] <- replicate_arraywide(sample_b_seed) } m <- matrix(unlist(m), ncol=6) sample_data <- data.frame(grp = rep(c('a', 'b'), c(3, 3))) rownames(sample_data) <- 1:6 ################################################### ### chunk number 15: ################################################### eset <- new("ExpressionSet", featureData = new("AnnotatedDataFrame", array_layout), exprs = m, phenoData = new("AnnotatedDataFrame", sample_data)) ################################################### ### chunk number 16: ################################################### dataf <- eset2dataframe(eset) library(lattice) p <- densityplot( ~ exprs | grp, groups = dataf$array, data = dataf, pch = ".") print(p)