################################################### ### 块1号:lkd1-1 ################################################### 库(ind1KG)库(Rsamtools ) ################################################### ### 块2号:解决方案 ################################################### readPileup < selectMethod(“readPileup”、“连接 ") ################################################### ### 块3号:lkd1-2 ################################################### pup17 < - gzfile(执行(“限速/ n240_17.pup.gz”、包=“ind1KG”))c17p。i <- readPileup(pup17, variant="indel") levels(seqnames(c17p.i)) levels(seqnames(c17p.i)) <- "chr17" c17p.i)。我 ################################################### ### 块数量4:李 ################################################### 库(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20080617) c6 < - getSNPlocs(“chr6”)负责人(c6, 5 ) ################################################### ### 块5号:getg ################################################### library(org.Hs.eg.db) egid <- get("CDRT4"， revmap(org.Hs.egSYMBOL)) kgid <- get(egid, org.Hs.egUCSCKG) library(GenomicFeatures) txdb <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome="hg18"， tablename="knownGene") txloc <- transcripts(txdb) cdrt4txloc <- txloc[elementMetadata(txloc)$tx_name %in% kgid] subsetByOverlaps(c17p。我,cdrt4txloc ) ################################################### ### 块6号:lkm ################################################### cdrt4txid < - as.character (elementMetadata (cdrt4txloc) tx_id美元)cdrt4exloc < - exonsBy (txdb) [cdrt4txid] subsetByOverlaps (c17p。我,cdrt4exloc ) ################################################### ### 块7号:lkd ################################################### 图书馆(ind1KG)图书馆(snpMatrix)数据(yri240_6) yri240_6 hm头(yri240_6增刊美元,10美元 ) ################################################### ### 块8号:lklu ################################################### 库(lumiHumanIDMapping) < - lumiHumanIDMapping_dbconn监狱()dbListTables (con) dbGetQuery(反对,“select * from HumanWG6_V1限制5 ") ################################################### ### 块数量9:噢 ################################################### sessionInfo ()